从故乡赛克汀瑟启航的格兰，以星之岛为目标骑空团的同伴一起继续地旅行着。他们接受杂货商谢洛卡特的委托，前往一座乡间小岛。这座岛上从很久以前就持续着不明的轰鸣声，露莉亚隐约感觉到星晶兽的气息。 在探索声音的真面目的过程中，格兰发现了一名倒在谷底的少女，名叫丽莎。他们听丽莎说她对整座岛的轰鸣声有所头绪。为了岛上的居民，格兰等人再次向谷底进发……

被艾尔斯提帝国通缉的格兰等人，突然接到艾尔斯提帝国提出的议和，一行人为了谈判而向要塞都市阿尔比昂（アルビオン）进发。阿尔比昂是以军官学校为中心的学园都市，而阿尔比昂军官学校也是卡塔莉娜的母校。一行人怀着紧张的心情与艾尔斯提帝国军少校弗略斯见面，但很快就被赐予赦免书，谈判轻易地结束了。获得自由的格兰等人，接受既是阿尔比昂的现任领主也是卡塔莉娜的后辈的薇拉·莉莉艾的款待……

取得艾尔斯提帝国的赦免状，格兰等人被无罪赦免。可是，夜宴结束后天亮，卡塔莉娜留下字条后独自离开了格兰和露莉亚。想问清情况，为了掌握卡塔莉娜所在地的线索，格兰等人向薇拉的城堡进发，途中他们得知卡塔莉娜是打算牺牲自己献身于阿尔比昂。他们好不容易躲开追兵，到达卡塔莉娜的身边。卡塔莉娜开始述说，她拿定决心不仅是为了格兰他们，也是为了薇拉。

格兰等人说服落空，无法扭转卡塔莉娜的决心。卡塔莉娜因为过去的某件事对薇拉抱有罪恶感，只要薇拉有需求就愿意成为一直忍受着作为阿尔比昂领主的重担和孤独的薇拉的力量。另一方面，得知无罪赦免的条件是阿尔比昂的星晶兽“光辉骑士”交予艾尔斯提帝国为武器（实质是薇拉编造的）的格兰等人撕毁了合约，为了夺回卡塔莉娜，中断了阿尔比昂城正举行的光辉骑士的转让仪式。但是这时，艾尔斯提帝国的新兵器阿德韦萨突然发起攻击。

薇拉释放星晶兽光辉骑士（シュヴァリエ）的力量，向格兰等人袭来。看到薇拉暴走的身影，卡塔莉娜无比自责。并且也为了清算往事，卡塔莉娜决心去面对薇拉。为了实现卡塔莉娜的心愿，格兰等人全力迎击薇拉的猛攻。虽然终于将薇拉逼入绝境，使其无法施展出光辉骑士的力量，但她的战意为仍消退。卡塔利娜与薇拉开始对决。

离开阿尔比昂的格兰赛法号终于到达了某座被传言有进无出的被浓雾包围着的岛屿。为了收集情报和筹备食材而村子漫步的格兰等人，遇到了那里的僵尸村民们，听闻100年前有幽灵船出没于此的传闻。接受僵尸村民招待的格兰等人还意想不到地重逢了与黑骑士一起行动的三个人——佣兵组合德兰克和斯托姆，还有露莉亚相似力量的少女奥尔姬丝。德兰克说这座岛发生的现象与星晶兽有莫大关系，寻求格兰等人的协助。

露莉亚、伊欧、奥尔姬丝三人被星晶兽塞勒斯特吞食了。被留下来的格兰等人，和在村里遇到的幽灵少女菲莉，一起寻找救出露莉亚三人的方法。另一方面，露莉亚三人不仅仅等待救援，也一边合作着试图找出出口。露莉亚一直就想多了解奥尔姬丝，这时伊欧从中相助让她们二人走近，然后在一旁微笑地注视着二人。但是，随着在塞勒斯特体内一路前往，伊欧的样子渐渐地变得奇怪……

被某种存在控制着的塞勒斯特遵从其意志，袭击了村子并吞噬了僵尸们。为了减轻其造成的危害，拉卡姆驾驶格兰赛法号前去阻止塞勒斯特。古兰则为了营救露莉亚她们，从格兰赛法号上跳到塞勒斯特身上，进而潜入其内部。古兰在塞勒斯特一片漆黑的体内前进，眼前却突然出现了如同其幼年经历一般的景象。在那里等着他的，是仿佛镜中倒影的另一个自己。面对他挥来的剑，古兰陷入了苦战。

为了修复受损的格兰赛法号，格兰等人前往被称作造船圣地的加隆佐岛。格兰等人在加隆佐岛委托修理骑空艇，但这里的工匠虽从事巨额工作却不签订合同。据说加隆佐岛上存在一个即使是口头约定也会让人信守的守护神。为了赚取修理的费用，格兰等人接受谢洛卡带来的委托工作。另一方面，留在船坞主持修理的拉卡姆的面前，出现了一名少年。

突如其来的彭梅伦率领艾尔斯提帝国军队掳走了格兰和露莉亚。受“魔晶”影响而痛苦万分的星晶兽诺亚也同样被囚禁在帝国驻扎地的研究所里。萝赛塔出现在拉卡姆等人面前，帮忙营救格兰等人。而卡拉姆回想起了很久之前的某段记忆，决定要尽早救出诺亚。然后，被俘虏的格兰和露莉亚和艾尔斯提帝国的宰相芙莉西亚·冯·俾斯麦相见……

格兰和露莉亚从艾尔斯提帝国的驻扎地逃出，和卡拉姆等人汇合。诺亚打算复活因帝国袭击而腐朽的格兰赛法号，不过因为力量殆尽，提议借助加隆佐岛上司掌契约的星晶兽密斯拉的力量。但是，魔晶的力量突然袭来，诺亚一边承受痛苦一边暴走。为了拯救诺亚，将卡拉姆的声音传递过去，格拉等人对抗芙莉西亚的诡计。

出现在格兰等人面前的黑骑士和奥尔姬丝试图带走露莉亚。露莉亚痛诉不想和奥尔姬丝战斗，但这声音无法传达给奥尔姬丝。面对囚禁过露莉亚、追求力量的黑骑士，格兰坚决地发誓绝不交出露莉亚。两人决不让步的信念激烈碰撞。