1958年，外星物种“ BETA”首次在火星表面被发现。 这一发现绝不是人类未知生物的梦想或希望，而是漫长的绝望之旅。1998年。在卫士培养学校上学的篁唯依和同学们一起，为了成为卫士(战术机的驾驶员)，过着艰苦而又快乐的日子。在训练中加深彼此的羁绊的唯依们。但这样的日常生活并没有持续多久。BETA的威胁越过海洋，终于波及到了日本。唯依他们的训练也进行了一半，被派去实战了…

为了阻止BETA迫近首都·京都的进攻，唯依达前往战场。但是，在压倒性的BETA数量面前，抵抗也是徒劳的，战术飞机不断被破坏，同甘共苦的同学们也一个又一个地牺牲了。唯依一行人被迫撤退，前往救援队等待的京都车站，但那里等待着更凄惨的现实。

距离上一集3年后的2001年。 “育空号”搭乘大型运输机前往阿拉斯加的育空基地。他作为日美联合开发新型战术飞机的XFJ计划的试飞员从美国军队转到联合国军。在育空基地迎接尤雅的是阿尔戈斯小队的成员。他们是来自世界各国的精选卫士。 裕也在到任不久就进行的模拟战中被考验其实力。

也许是因为日本的战术机和美国的战术机设计思想不同，裕也在练习机“暴风雪”的驾驶上遇到了困难。“不是缺陷机吗?”对采取傲慢态度的裕也唯依说“不成熟”。激烈冲突的两人之间的隔阂越来越深…… 在这种情况下，优雅遇到了拥有不可思议气氛的少女伊妮卡。伊妮卡说她想把家人介绍给优雅。被邀请进入苏联军队的统治区划。 在那里，尤雅遇到了另一个少女克里斯卡。

悠也和组队的不知火进行换机训练，却被比暴风雪还要笨重的机体折腾得团团转。作为王牌的自尊心被践踏，和唯依的冲突也越来越激烈。在这样的情况下，为了让尤雅振作起来，塔莉莎、VG、斯特拉为尤雅举行了欢迎会。 在之后的演习中也没能取得预想的结果的裕也他们的面前突然出现了所属不明的飞机。展现压倒性的强度的机体的真实身份是? 然后，那架机体的卫士是什么人?

拍摄宣传材料，目的是为了进行战术飞机在热带的环境耐久试验和鼓舞士气。尤雅他们来到了西印度群岛的瓜德罗普基地。 一行人享受着开放的氛围。 担任指挥的奥尔森上尉希望阿尔戈斯小队和伊达尔小队(克里斯卡·伊尼奥饰)借此机会加深交流，并进行烧烤，但塔莉莎和伊尼奥开始争吵。比起争吵，更应该用有意义的比赛来竞争优劣，于是决定在分组的基础上进行橡皮艇比赛和沙滩排球……

小船被冲走了，在没有联络手段的情况下，在无人岛的洞穴中，尤亚、唯依、克里斯卡只能等待救援。从很早以前开始，伊妮卡就很仰慕尤雅的理由是什么呢?抱着疑问的克里斯卡向尤亚追问这件事。 也许是因为国情不同，两人的对话有些不太对劲。而且，和来看两人情况的唯依发生了一点误会，气氛变得很尴尬…

以尤雅达阿尔戈斯小队为首的联合国军派遣部队在拉特罗瓦中校率领的贾尔大队的护卫下进行实战测试。 “优亚”将以装备试制99型电磁投射炮的94二号出击。 第一次实战，尤雅无法抑制内心的焦虑。然后，一群BETA出现了。与预想相反，战况朝着可能全军覆没的方向恶化。唯依感到苏联军队是不是有什么不稳定的意图。 尤亚想用电磁投影炮打开战况，向拉特罗建议后退…

以尤雅达阿尔戈斯小队为首的联合国军派遣部队在拉特罗瓦中校率领的贾尔大队的护卫下进行实战测试。 “优亚”将以装备试制99型电磁投射炮的94二号出击。 第一次实战，尤雅无法抑制内心的焦虑。然后，一群BETA出现了。与预想相反，战况朝着可能全军覆没的方向恶化。唯依感到苏联军队是不是有什么不稳定的意图。 尤亚想用电磁投影炮打开战况，向拉特罗建议后退…。

由于电磁投影炮和尤亚的活跃，BETA郡被一扫而光，整个基地被唤起。 但是，尤雅并没有像大家一样高兴。 活跃的是电磁投射炮，苦恼自己什么也没能做的尤亚说:向唯依进言，希望卸下电磁投射炮，让它在近距格斗战的实践测试前倒下。 唯依接受了裕也作为试飞员的热情，但无法回应。在这种情况下，由于原因不明的不适，导致电磁投射炮无法使用。然后BETA再次出现…

军团规模的BETA正在地下进攻，逼近基地的眼前。 由于无法增援，联合国军部队不得不撤离基地。但是桑达克说，由于以人员撤离为优先，所以只能放弃各部队的装备。易卜拉欣看出99型电磁投射炮才是苏军的目标。 另一方面，唯依前往放置电磁投影炮的机库，途中与文森特会合。通过易卜拉欣的机智，两人察觉到了苏联军队的意图。唯依说为了不让苏军接收最高机密的电磁投射炮，只能进行爆破…

为了不被苏军接收电磁投射炮而破坏的唯依。但是由于爆炸 完全破坏是不可能的。于是唯依利用BETA的最优先破坏对象是高性能电脑和人类的组合的习性，自己进入电磁投射炮的内部作为诱饵，让BETA破坏。为此，为了打开机密部分的舱口，必须打破保护罩。唯依把开锁的工作交给山本伍长。但是在这期间BETA也不断侵入飞机库…

在绝对绝命之际，唯依被悠雅救了下来。但是，机库周围的BETA就像被吸引过来一样聚集在一起。优也把唯依放在94二号上开始躲避，在此期间BETA也毫不留情地来袭。唯依从战斗损伤的94第二转移到斯特拉的好球老鹰的尤亚。 根据斯特拉的提议想用长距离跳跃越过BETA的群，但是94第二的输出没有提高…

被BETA包围的尤亚被赶来的贾尔大队救了出来。 但是这次飞来的轰炸机的空袭袭击了他们。 这是苏军企图消灭BETA等所有证据的企图。尤亚他们正被卷入轰炸中，突然响起了激光警报。然后马上被照射的光线击落的轰炸机和战术飞机。 在这片土地上一直没有被确认存在的激光级BETA出现了。 拉特罗向幸存的部下们宣布了激光级扫荡的毅然决然…

在育空基地，为了让各国的战术机开发部队互相评估和钻研对方的力量，举行了蓝旗演习。这是战术机之间的对人模拟淘汰赛。 一边观战巴奥芬小队的战斗一边有各自想法的阿尔戈斯的每个人。另一方面，当晚波尔斯特正在举行堪察加远征慰劳宴会。在斯特拉的提议下，唯依给优雅做了料理。那对裕也来说是一道值得回忆的料理。 在和谐的气氛中出现的是巴奥芬小队的中尉杜伊菲。作为卫士好像对由雅有兴趣…

出现在尤雅和克里斯卡面前的是美国陆军英菲尼迪兹的莱昂和莎朗。他们和尤雅在过去似乎有着不浅的因缘。 于是，阿尔戈斯小队的蓝旗初战对手是统一中华战线的杜亦菲中尉率领的巴奥芬小队。伊菲对在堪察加创下世界纪录的BETA击破数的尤亚，燃起了对抗心。在新闻发布会上，塔莉莎对尤雅说，请向伊菲申请决斗……。 另外，克里斯卡和伊妮卡也从首场比赛开始展现出压倒性的实力。但是桑达克注意到出现了细微的调谐误差，并寻找其原因。

克里斯卡在调节槽里做着梦。那是小时候在苏联研究设施的回忆。和伊妮卡的相遇，还有和桑达克的…。 另一方面，被尤雅打败的伊菲完全迷上了尤雅，如果自己赢了英菲尼迪，就去度蜜月!擅自宣布。唯依和悠雅不知所措。而巴奥芬和因弗迪兹的对战结果是…。 之后尤雅说克里斯卡想跟她说话，于是和伊妮卡三人一起去了里尔波特。克里斯卡说，只要一想到尤亚，他的注意力就会被打乱，这样下去任务就会受到影响。被不安所驱使的克里斯卡想向尤亚追问其原因是什么……

尤亚和莱昂的争执。原因是尤亚在美军时期，在开发“猛禽”的过程中发生了事故。即将在蓝旗上对战的双方回顾过去，直面现在的自己。 尤雅向克里斯卡坦白了自己的过去。克里斯卡的见解令尤雅感到意外。然后，山达克对与尤亚接触的克里斯卡安上监视收集数据，伊菲说有话跟唯依说。 各自的想法错综复杂…

尤亚和莱昂的争执。原因是尤亚在美军时期，在开发“猛禽”的过程中发生了事故。即将在蓝旗上对战的双方回顾过去，直面现在的自己。 尤雅向克里斯卡坦白了自己的过去。克里斯卡的见解令尤雅感到意外。然后，山达克对与尤亚接触的克里斯卡安上监视收集数据，伊菲说有话跟唯依说。 各自的想法错综复杂…在蓝旗下，卫士们只执着于胜负，互相敌视，奥尔森上尉担心这种风气应该用有意义且健全的方法消除，于是命令各试验小队执行自己制定的宣传任务。那就是向指定坐标徒步行军，以及随后举行的国际座谈会。 阿尔戈斯小队正在阿拉斯加的森林中前进。一边感受着平时没有重新接触过的、留在这片土地上的自然的丰富性，一边沉浸在思绪里的儒雅们。但是，在往里走的过程中听到了不可思议的气味和令人毛骨悚然的笑声…

是即将与英菲尼迪斯对战的阿尔戈斯小队。“猛禽”的隐形功能和其他性能，跑着的莱昂他们作为卫士的能力的高度找不到攻略的头绪。出现在那里的伊菲说可以做对英菲尼迪斯的模拟战对手。对于阿尔戈斯小队来说，这是值得感激的提议。但是ephie提出了一个条件。那就是伊菲和尤雅要约会一天!?另一方面，经常出入育空基地的民间快递公司， 基地内MP的动向开始出现不稳定的迹象。 那是即将发生的惨剧的前兆。

尤雅、塔莉莎、伊菲三人通过娜塔莉牺牲自己的行动，总算从恐怖分子手中逃脱，与阿尔戈斯小队的伙伴会合。 唯依也和克里斯卡一起走到了衣架上。唯依命令所有的战术飞机起飞，自己也为了乘上武御雷冲向斯卫军的衣架。 克里斯卡和伊菲用预备机“好球鹰”出击。迫近的恐怖分子的战术飞机部队。阿尔戈斯小队在没有装备实弹的情况下必须迎击它…

面对吉赛尔率领的24架战术飞机部队，尤亚只剩下自己一个人，并表示要迎击。唯依相信尤亚，把那个地方交给他，和克里斯卡、塔莉莎、伊菲一起前往贝泽罗万基地。陆陆续续击落敌机的优雅，在数量上逐渐被压制，最终被包围…。 在育空基地司令部大楼里，易卜拉欣和瓦伦丁正在对峙。为了拯救难民而战斗的过去的易卜拉欣，瓦伦丁请求帮助他们，但是…

完成补给的尤亚他们夺回了被占领的司令部和通信中心。的行动转移到的桑达克的作战。虽然控制设施是美苏特种部队的任务，为了确保其入侵路径，必须排除敌人的战术飞机部队。克里斯托弗奔跑的比耶克托折磨着尤娅。 在此期间BETA也蹂躏了里尔波特的街道。 战术飞机部队和BETA都必须战斗的状况。 唯依想起过去在京都发生的惨剧，怒火中烧…

从想要保护尤亚的愿望中解放了限制解除的普拉夫卡的克里斯卡和伊妮卡。但是被克里斯托弗启动的装置施加了强烈的暗示，进入了洗脑状态。然后事态朝着意想不到的方向发展…。裕也来到唯依他们身边，在那里看到的是冲击性的景象。唯依为了不让裕也知道飞翼的驾驶员是谁，故意说:“这家伙是敌人。”是这样说的…。 由雅能救她们吗?