近未来日本首都，新埼玉。超高层霓虹灯街道中高耸入云的丸之内超级高层大厦。被卷入邪恶忍者组织“总会集团”的抗争而身负濒死重伤的藤木户健二，遭到前来抹杀事件目击者的嗜血忍者们的追杀。此时，由于突然被邪恶的忍者灵魂附身，藤木户从死亡深渊中被唤回！“你好，我是忍者杀手……！”寿司！空手道！忍者！毫不留情的死斗！忍者杀手的复仇之战开幕了……！

为了替妻儿报仇，忍者杀手持续地杀戮总会屋的忍者。他的下一个敌人是使用“火遁术”的忍者亚松。再加上欧姆拉公司自上空瞄准的武装金枪鱼飞艇不断逼近，激光和追踪导弹的波状攻击向他袭来。陷入危机的忍者杀手，会迎来怎样的结局……！？

自京都共和国转校来的女高中生，矢本小季。外表是看似平凡的女高中生，然而她身上却寄宿着上级忍者的灵魂“和纸忍者”的力量。她是如何得到这种力量的？掌握这一疑问的钥匙的是留着爆炸头的男子转学生，章刚间口。使用神秘的忍术收拾不良的章刚……他也是忍者灵魂的凭依者！

矢本将忍者灵魂的力量隐藏起来，以普通的女高中生身份平稳地生活。但在和好友亚沙里一同去卡拉OK的她的面前，出现了成为总会集团爪牙的章刚——斯萨特，以及他的带头大哥音爆！矢本解放了和纸忍者的力量，使用折纸飞弹抵抗！而音爆则毫不留情地使用音速流空手道向她袭来！

志垣最善。他有一个成为职业水墨画师的梦想。但自从某天他在工作的豆腐工厂因豆腐压制机而失去了右臂开始，他的人生就开始了巨大的扭曲。在失意当中吃着寿司的他，由于偶然的事件而参加了对坂家豆腐公司工厂的袭击。但那却是总会屋的阴谋！另一方面，追寻着总会屋秘密的忍者杀手也以豆腐工厂为目标……！

为了寻找碍眼的龙道场并在那里放火，巨镖和震地者自总会集团出击。道场那里有着在过去将忍者杀手自破灭中拯救的龙老师和他的孙女由佳乃。总会集团的刺客一边对平民百姓施加毫不留情的拷问，一边逼近龙道场！为了阻止他们卑劣的企图，忍者杀手开始追踪，但……！快呀！忍者杀手！快呀！

有能的黑客，同时是自由记者的南希·李。上围非常丰满。她在搭档约瑟的引导下，前往古玉地区。手握洋巴拿刺身事件关键的人物，多良木韦恩应该就潜伏在此地。但，多良木已经被不知道什么人给杀了。多良木所留下的死亡讯息“狸”所隐含的谜团是！？之后，遭到残忍的总会忍者“蛇怪”袭击的南希，其命运将会如何！？

伙伴约瑟被杀，南希为了揭露可恶的总会集团和黑暗巨型企业的阴谋，再度面临危险的潜入作战。找到了好好先生制药工厂的南希，得到寻找“伐武”解毒剂的忍者杀手的协助，两人最终会合。两人在工厂深处所见到的是，令人恐惧的克隆黑道生产设施！不止如此，“佛雷斯特·佐渡”所率领的异形生化忍者们阻挡在他们的面前！

忍者杀手仍然对南希抱有不信任感，但他知道要从好好先生制药之处夺取“伐武”的解毒剂，她的网络攻击是不可缺少的，于是在网络上展开极秘会议。拥有生体LAN端子的南希，以超人的打字速度而自豪，并可以自在飞翔于在黑客之间被称作“言灵空间”的电脑IRC空间当中。但总会集团的电脑安全担当忍者代达罗斯却向他们发动了袭击！“防火墙在我的面前就和纸门没什么两样……！”危险！

为了寻找对忍者生物兵器“伐武病毒”的解毒剂，忍者杀手与南希潜入好好先生制药的汤汤婆工厂。阻挡在他们面前的是拥有四条手臂的生化忍者恶汉，以及再度现身的佛雷斯特·佐渡。此外，在电脑IRC空间内，南希·李再次遭到代达罗斯的袭击，陷入了危机！快呀！忍者杀手！快呀！现在只需要一记KICK就好！

龙·严道僧。他是龙道场曾经的主人，有着老师忍者别名的男人。但他如今却因伐武病毒而处在死亡边缘。到达他身边的忍者杀手，将从好好先生制药获得的安瓿交给他。在他喝下放入解毒剂的茶的瞬间，响起了爆炸音！总会屋的刺客黑暗忍者出现在飞到外面的忍者杀手的面前，并拔出妖刀别品。在看到妖刀别品的忍者杀手脑中，那个夜晚的地狱光景复苏了。黑暗忍者正是在丸之内抗争中将自己深爱的妻儿杀害的男人！藤木户的怒火燃烧！……忍者，该杀！

在与忍者杀手死战的最后，黑暗忍者的妖刀别品粉碎而败北。他在隐藏于沙龙大厦内的非法私人空间中连接上生命维持装置而开始沉睡。此时总会屋内的两名忍者潜入，为了取他的地位和性命而打开了纸门。究竟是何人指使！？以无情的空手道将其抹杀的黑暗忍者，为了找出对自己派出刺客的总会屋背叛者而前往屋形船，将其烧落。

降下重金属酸雨的灰色电脑巨大都市，新埼玉。在那里生活的自由忍者，银鸦。本名键·田中。他从事着名为“电脑试刀”的黑暗生意。得知自己的身体被病魔侵蚀，已经来日无多的键，某天在投币式洗衣店与一位少女相遇了。她的名字是矢本小季。毫无意义的闲聊。分别的两人。此时，总会屋的刺客“胡桃夹子”追杀身为总会屋通缉对象的她而来。南无三！“和总会屋有关的忍者吗……我讨厌麻烦事哪。”键·田中拔出了剑，为了拯救矢本而回到洗衣店。

银鸦即键·田中，开始把空手道教给自己偶然救了的女高中生忍者矢本小季。但他收到的新任务，是将现在正隐藏在自己家中、遭到通缉的女忍者——也就是矢本——发现并抹杀。即使知道了这一点，键仍然在道场持续锻炼着矢本，并将居合道传授给她。之后，安稳的时间无情地飞逝。终于，追寻着矢本的踪迹，来自总会屋的两名老手“剑舞者”和“第三只眼”被派遣前来。南无阿弥陀佛！矢本小季的命运将如何！？消失的乌鸦最后所歌唱的是！？键·田中究竟给矢本传达了什么，又留下了什么！？

在小村公司开发的新型机械忍者“马达亚虎”的攻击下，鸟取村的水坝建设反对势力几乎要全军覆没。虽然支援着反企业反抗军的革命斗争组织一揆打毁的代理人“极乐者”和“忘却者”也来援助他们，但小村公司把擅长使用爆炸物的忍者“爆破者”也派遣来了！枪林弹雨！空手道！爆炸！陷入绝境的反抗军！突然现身的忍者杀手！他帮助了忘却者，并称她为“由佳乃”。是的，她正是失踪并且丧失记忆的龙·由佳乃本人！

忘却者由佳乃成为了进步的革命组织“一揆打毁”的战斗代理人。为了看透他们的本质，忍者杀手也成为一揆打毁的一员。忍者杀手和战斗代理人“指弹”一起，前去袭击与总会屋息息相关的两辆编成输送新干线“银河号”。在那里现身的是总会屋的“日珥”！在战斗的最后，忍者杀手等人将日珥逼入绝境，但此时传入他耳中的是乘客中富豪幼儿园的孩子们发出的悲鸣。指弹连想要保护无力的孩子们的职员也毫不留情地肃清。杀吧！忍者杀手！杀吧！现在就将一揆打毁那暴力的忍者本质公之于众吧！

被总会屋派来的杀手追杀，度过着逃亡生活的矢本小季，在流落的教会中与自称为“灭绝者”的恐怖忍者相遇了。问过之后，发现他几乎没有到这里来之前的记忆。事实上他是在老元手下工作的疯狂科学家“李医师”制造出来的僵尸忍者，后来觉醒了自我，从李医师的实验室逃走了。矢本和灭绝者在教会获得了喘息之机，此时李医师的助手吹雪·纳哈塔所制造的最新生化忍者“巨蝎”，以及追杀矢本而来的总会屋刺客“投弹者”，两名刺客被送来了！南无阿弥陀佛！决定并肩作战的矢本和灭绝者的命运究竟如何！？