弘濑琢磨这名少年自年幼时与母亲死别以来，内心即产生了极大的创伤。为了疗愈伤痛，他转学到充满着大自然环境的乡下学校，并在此遇见了三名少女。非常排斥与他人接触的“小日向早美”，喜欢帮助他人的“神乐日向”，以及自称是“时之音精灵”的“音羽”。琢磨虽然试着想融入新的学校，但在这个小小的社会中却有个他所不知道的秘密。

琢磨的新同学主动帮琢磨介绍村里的各个地方，但早美却没有跟他们一起来。即使琢磨询问旁人关于早美的事，得到的却都是冷漠的回应。当天晚上，琢磨来到位于深山里，只有早美一个人住的家中找她。早美的态度虽然依旧冷淡，但是当同学们知道她和琢磨有所接触后，居然做出让琢磨不敢相信的行为。

在班上的写生课中，琢磨原本试着想让早美跟日向和好，但最后仍告失败。当晚，琢磨受邀到日向家中，得知在宽广的日向家中有个没人使用的房间。当日向被琢磨问到为什么要避着早美时，她想起了那段无法说出口的痛苦过去。由于琢磨一直要求日向跟早美和好，最后日向居然做出了某种惊人的举动…。

琢磨与班上同学来到了海边，他们在白天享受海水浴，晚上则是泡温泉。这一天他们虽然玩得很开心，但琢磨仍一直挂念着不愿意一起来的早美，以及前几天与日向在晚上发生的那件事。滨路也比平常显得更为积极，不断对琢磨示好，把琢磨耍得团团转。此时，海边出现了一名长得很像滨路的美少女。这名相当敌视琢磨的少女究竟是谁？琢磨最后也在温泉发现了一项惊人的事实！

自从发生在海边的那件事后，早美更加刻意与琢磨保持距离。相对的，除了日向采取更加强硬的方式企图拉近与琢磨的关系之外，日向的祖父同样也以强硬的手段想要帮助孙女与琢磨发展关系。看到琢磨为此感到困扰的滨路，最后终于对他说出早美与日向过去的种种往事。小日向家与神乐家的恩怨、以及与村民的争执。这也导致早美一家人，最后遭到村民们的严苛对待…。

“我绝对不会原谅小日向！”唯虽然对于同学们对待早美的态度变化感到困惑，但她仍没有停止憎恨早美。另一方面，琢磨也从早美口中得知，导致唯会如此憎恨早美的真正理由。某个假日，唯为了忘记这阵子的不愉快，带着真纪与滨路到镇里打算痛快地玩一番，没想到却恰巧遇到早美…。

为了迎接村里庙会的到来，学校的女同学们开始缝制浴衣。此时，日向从年幼即过世的妹妹房间里，找到一本老旧的绘本。这本封面写着“时之音的精灵物语”的绘本，原来是这对姐妹年幼时的宝物。此时日向的爷爷突然出现，并严厉地责骂了她。受到爷爷斥责的日向，再加上妹妹过世时的回忆涌现，对她造成双重的打击。隔天开始，日向就没有出现在学校。对此感到担心的其他同学，来到日向的家中…。

弘濑琢磨这名平凡的少年，与巨乳妹妹小萤、贫乳妹妹早美这两个没有血缘关系的妹妹住在一起。再加上儿时玩伴的滨路，让他过着充满酸甜苦辣却也令人羡慕的校园生活。某天，他在上学途中撞到一名一边大叫着“要迟到了！要迟到了！”，一边冲过来的神秘少女‧音羽。接着又出现一名企图将农业扩展至日本全国，让粮食自给率提升至100%并统治日本的邪恶魔法少女‧魔法农夫小唯！试图从小唯的魔掌中保护学园的是…来自精灵界的爱与希望之魔法少女‧魔法音羽！

泽衣村的祭典季节又到了，村里的男性会趁这个机会送给女性铃铛，若女性愿意接受，则将铃铛挂在身上前来参加祭典。琢磨得知过世的母亲也因为有这场祭典，才能与父亲结为连理。另一方面，被不名人士放火烧毁了住处的早美，寄住在琢磨的家中。学校的同学们一边准备着祭典，同时为了表达自己的思念而感到忐忑不安。琢磨究竟会把母亲遗留给他的铃铛送给谁呢…。

在琢磨的努力下，学校的同学们也渐渐开始接纳早美。但是，村里的大人仍不愿原谅小日向家的女儿‧早美，对她的憎恨不断加深。阻止这种状况继续发生的人，意外地竟然是担任村长的日向祖父。自从早美与琢磨住在一起之后，两人内心的距离也越来越接近。眼看两人就快变成大家公认的情侣，没想到村长此时说出一件让他们感到震惊的事实。几年前把琢磨母亲逼死的人，居然是…。

他与神一起走了，沙滩上留着两人的脚印。天空发出刺眼光芒，脚印映照出他的人生。开心的时候，快乐的时候，幸福的时候…一切都映照在两个脚印中。但是，当他陷入极度痛苦的时候，悲伤而泣的时候，痛苦到无法忍耐的时候。映照出这些回忆的脚印，却只剩下一个。

他这么问了神。当我开心的时候、快乐的时候，这些时候你都陪伴着我。明明如此，当我最希望你陪伴我的时候，为什么你要弃我而去？神这么回答他：“我总是在你的身边。”“当你极度痛苦、悲伤、哭泣的时候。我一直都背着你向前走。”