因应魔物越发活跃与犯罪案件增加，议会决议通过禁止一般民众持有重武装备，使得帝国军越发强势，在这样的情势背景下，青年.雷奥加迪欧加入了帝国军队。他初次出勤当天前往兵营的途中，经过港口仓库时，帮助一名叫伊曼诺尔的青年搬运了货物。雷奥加迪欧与伊曼诺尔丝毫不知其中两个木箱中装载的货物，将会彻底改变两人的命运以及帝国历史，握手道别后，踏上各自的道路。

伊曼诺尔在非自愿的状况下，接连犯下违法持有重武、逃狱、乃至杀人等重罪，成为帝国被追缉的对象之一。他在这阴错阳差之间，只得顺势与走私组织领航者.阿诺德所率领的小队一起行动，来到有组织据点的地方都市。另一方面，亲眼目睹童年玩伴塞兹遭到杀害的雷奥加迪欧，以帝国军人的身份开始追缉这群遭到通缉的领航者成员。

获得伊曼诺尔的援助，领航者一行人得以从原本潜伏的都市安全脱身，逃离帝国的追击。他们在前往有支持者在的古泰尔领地途中，因故协助被魔物威胁生活的村庄搜寻失踪人口。同一时间，在帝都进行谍报活动的领航者成员.艾芙莉德入侵帝国议会，找到组织内部有与帝国议员往来的内贼，以及可疑的资金流向，再度进行更进一步的调查。

根据赫尔曼的指示，雷奥加迪欧来到伊曼诺尔的妹妹赛希儿居住的村庄。他向她说明伊曼诺尔犯下的罪刑，准备将她一起带回帝都。同一时刻，艾芙莉德为了调查从领航者流入议会的资金，潜入了一间废弃医院。她在这间坐落医院深处的研究所中发现了资金的去向，以及关于威胁全帝国上下的魔物的数据。

在被誉为“民众代辩者”的玛丽.巴尔特议员的要求下，帝国军展开扫荡领航者的作战计划。与此同时，阿诺德等人为了请示组织分部部长下一步该如何行动，而来到古泰尔领地。伊曼诺尔为了取得要送给分部部长的礼物前去采买，夏卡则为了寻找一样东西，回到统治古泰尔领地的父亲所在的老家。

艾芙莉德回报获得有关雷火病的重大情报后便消失无踪，为了搜索包含她在内的密探们的行踪，阿诺德等人在分部长杰特的指示下前往帝都。但帝国军早已在帝都做好万全准备，等待领航者成员们自投罗网，伊曼诺尔也在入侵废弃医院的作战途中，再度看见与他命中注定势必对立的雷奥加迪欧。

研究“光”的人体实验产生了许多怪物，这些异样的存在逃出废气医院地下室的研究所，无差别地袭击正在进行领航者捕获任务的帝国军及帝都居民。在各地陷入混乱之际，伊曼诺尔和同伴.依尔玛一起急忙逃离中心街道，两人好不容易逃进郊外的禁区，等待着他们的却是前来追击的赫尔曼小队和化身为怪物的艾芙莉德。

主导领航者捕获计划、无视帝都正陷入混乱的玛丽.巴尔特议员，受领帝令掌管新都斐克济恩的所有政务。另一方面，康莱和伊曼诺尔暴露在永冻之火的照射中，正试图逃脱地下道的时候，遇上带着希赛儿为人质的赫尔曼后不久，怪物化的艾芙莉德也跟着现身。伊曼诺尔、帝国军与怪物展开了三方死斗的局面。

伊曼诺尔在夏卡和雷奥加迪欧的帮助下，成功逃离魔化艾芙莉德和赫尔曼的魔掌。艾芙莉德恢复神智道出一连串事件皆有关联，拜托他前去传话，伊曼诺尔因此与领航者成员们一同前往新都，求见圣骑士盖欧尔格.埃斯特哈齐伯爵。与此同时，雷奥加迪欧与领航者成员们有了短暂交流，令他开始对帝国方存疑，着手调查雷火病的内幕。

围绕帝都中央区的高塔建设、魔物与永冻之火的活性化、新都迁都计划……这些全都与玛丽.巴尔特上议员有深刻的关系。盖欧尔格声称她就是反皇帝派的中心人物，并委托伊曼诺尔一行人寻找玛丽反叛的证据，以及寻回能诱导灾祸之光的装置原版。同一时刻，雷奥加迪欧因违法取得机密情报的罪名被送入监狱。而夏卡的母亲米涅尔拜就被囚禁在那里的地下单人牢房。

雷奥加迪欧接受米涅尔拜的委托，决定要将光种带出帝都。他在逃离变成怪物的赫尔曼的猛攻后成功逃狱，与伊曼诺尔一行人会合，并为了阻止玛丽.巴尔特的企图，前往帝国军总部夺取光种。伊曼诺尔则为了找出能证明玛丽和领航者勾结的证据，潜入了药品开发机构，然而无人知晓伊曼诺尔身上的雷火病其实越来越严重。

领航者的叛徒.弗列兹发动光种，“灾祸之光”的光柱从天而降贯穿了帝都，市街成为废墟，因光而出现的怪物们开始袭击从光害中幸存的人们。就在为了将灾祸连同帝都一同封印的结界装置“摇篮”发动之时，雷奥加迪欧与逐渐变异成怪物的伊曼诺尔对峙。这两人最后的对话，原来正意味着一个故事的终结，及另一个故事的开始。