日下部麻子在某个任务中从恐怖分子的手中救出了少年雄二。以士兵的身份数次历经死地的她，似乎是一时兴起地作为保护者而收留了雄二。不顾同僚JB的担心，半强迫地开始在同一屋檐下生活的笨拙女战士与少年——。在这简直就是模仿家庭一般的奇妙的共同生活当中，雄二渐渐取回了人情味。也许是拜既是母亲又是师父的麻子那严厉而又充满爱的“教育”之赐，成长到已经开始考虑自己生存意义的雄二，向麻子提出了某个“请求”。

麻子由于身体状况不佳而给自己的“工作”带来了障碍。切身感受到她的异变的雄二接替了她的负担，并由此思考是否能够找到自己生存的意义。麻子决定尊重雄二的意志。但，守护在两人身旁的JB，从想要重返暴力世界的雄二身上感到了危险。对雄二感到担忧的JB坚决反对，但试图说服她的正是雄二本人。之后，为了接受正式训练，他和麻子一同前往美国。

为了和麻子走上同一条道路而前往美国的雄二，在残酷的军队生活中，与同甘共苦的战友们相遇，并加深着和他们之间的羁绊。不久，被配备至实战的雄二在绝望的战局当中，与聚集了吊车尾的部队——“薮犬小队”相遇，并开始作为部队的一员穿梭在战火当中。在连什么是正义、什么是胜利都搞不清楚的地狱之中，雄二他们这些薮犬小队仅以活下来为目的而奔跑着。即使他们陷入失去意识、紧闭双眼的极限状态，也会为了同伴而继续战斗。

雄二为了守护“重要的女人”——麻子而在战士之道上前进。但，还未等到雄二的成长，麻子就要离开他的身边。雄二再次感到无力感，不过他被麻子临别前留下的话所拯救，并因此再次以自己的双脚开始行进。然后，那番话语将他引导至美滨学园。追溯过去的漫长旅途结束，雄二回到了天音等人所等着的三岛崎。然而，他并没有再次出现在学园。

美滨学园的少女们在电视画面的另一侧看到了突然消失了踪影的风见雄二。但他却作为可能发展成国际问题的恐怖事件嫌疑犯而被全国报道。她们被这突然的事态惊呆了，但仍然坚信他是无辜的。雄二身上究竟发生了什么——为了知道真相，她们能做到什么？少女们没能找到这一疑问的答案，就这么一直站着，只有由美子为了掌握事态的全貌而开始行动。在驱使着自己所剩的资金以及网络进行情报收集的最后，由美子找到了某个“情报屋”的存在。

经由与“情报屋”吉米的接触，由美子与美滨学园的少女们得知如今的状况比预料得更糟糕。五个人失去了雄二，甚至被放逐出学园，但她们确保了新的活动据点，并策划着夺回雄二的作战计划。此时，神秘的协助者对少女们伸出了援手。另一方面，恐怖事件发生后立刻就被囚禁在“市谷”的雄二，在其地下深处与某个存在邂逅。从“她”的口中说出的，是关于姐姐·一姬死亡的真相，以及如今这个国家所面临的危机。

突然接近天音她们的无形支援者“塔娜托斯”——。“她”的目的也是风见雄二的解放和夺回。利害一致的美滨少女们与塔娜托斯为了执行作战计划而进行着准备。塔娜托斯的指示通过手机传播，乍一看意义不明，少女们为此感到困惑，但这些指示给她们带来了为使目的开花结果的超出预想的成果。之后，到了雄二被移送到赤坂的当天。尽可能进行了准备的少女们，为了取回无可替代的存在而奔赴战斗。

以核武器为后盾威胁国家的国际性恐怖分子·希斯奥斯陆。为了与他交易，雄二被当做牺牲品，而要拯救雄二的危机，只有趁他从市谷被押送至赤坂的时机将其夺回。之后，在塔娜托斯的情报之下，美滨的少女们推测出移送路线，并打算袭击护送车。另一方面，察觉到奥斯陆企图掌握塔娜托斯系统的“她”，在情报屋吉米和JB的协助下，尝试将塔娜托斯的核心从系统本体物理切离。当系统的机能停止之时，少女们眼前出现了奇迹的光景。

美滨的少女们上演了夺回雄二的激烈逃亡剧。等在终点的是以塔娜托斯核心的身份存活的风见一姬。面对这意想不到的邂逅，雄二和天音无法隐藏惊讶之情，但事态已经不允许他们有沉浸在重逢感慨中的时间了。让自己的命运狂乱，在世界散布死亡与灾难的禁忌般的男人——希斯·奥斯陆。为了切断与他的因缘，风见雄二前往最后的战场。之后，曾经被雄二拯救的少女们，为了守护他的归所，而坚定了共同奋战的意志。

浮在太平洋上的巨大人工物·塔尔塔罗斯。那是世界之敌，以及风见雄二的宿敌，希斯·奥斯陆的居城。他在静静地等待着，为了成就自己野望的最后的钥匙·风见雄二再次出现在自己眼前的那一瞬间。之后，化身为复仇之鬼的雄二来到塔尔塔罗斯之时，他发出了欢喜的声音。另一方面，塔娜托斯与美滨的少女们目送着奔赴塔尔塔罗斯的雄二，为了给深爱着的而又罪孽深重的他准备归所，而开始了某个计划。想要得到能安心的场所——“乐园”。为了实现这一微薄却又恳切的愿望，众人面临最后的战斗。