枯萎的大地上，命运的齿轮在缓缓的移动，决定命运的七个人站在东京铁塔上，而最为的耀眼的是司狼神威，这是“预见”丁姬的梦境。天龙七人先后出场，高野山的和尚有洙川空汰，伊势神宫的巫女鬼咒岚，三峰神社猫依护刃和犬鬼，阴阳师皇昴流，花街的夏澄火炼，出版社的苍轨征一狼，顺次登场，都受到了某种暗示，他们将齐聚东京，等待着命运的裁决。另一方面，神威来到刀隐神社，为了取走神剑，与青梅竹马的桃生小鸟的父亲争斗，没有取走神剑。小鸟做了预知梦，梦到消失了六年的神威转学来自己的学校了，并且变成了现实，在学校神威和桃生封真打了个朝面，却没有打招呼，对小鸟也十分冷漠，与此同时，受到丁姬的监视和骚扰。

小鸟回忆起小时候和神威一起爬树，结果险些掉下来，被神威救了。和哥哥讨论神威的事，感觉神威性情大变。神威路遇丁姬的仆人，碎轨玳透。和其大打一架，碎轨身受重伤，被岚所救，神威也受了伤，因此作罢。而碎轨和岚都怀疑性情暴戾的神威是不是丁姬所梦见的救世主，丁姬叙述了梦境，世界即将终结，神威站在世界的终端，并发觉了丁姬的存在，因而觉出，神威没有真正的觉醒。神威带着伤，路遇打球的封真，没有理会，继续回家。空汰一直跟随神威，刚要打招呼，碰到了对手地龙的麒饲游人，为了不影响和破坏现实世界召唤出方形结界，正当打的不可开交的时候，封真闯入了本不可能出现的结界中，二人停止了打斗，封真追到了神威家里，看到倒在地上的神威……

神威从母亲在烈火中死去的梦中醒来，身边空汰要告诉神威重要的事，关于自己所在，星见爷爷预见，以及世界末日，结果被赶了出来。接着游人跟丁姬的妹妹庚通话，说了路上的经历，并出现了地龙，电脑少女八头司飒姬。小鸟在图书馆偶遇神威，诉说了自己的梦想——蓝染。岚再次出现，神威还是敌对的态度，且不相信命运，丁姬却一再嘱咐，要岚保护神威。小鸟父亲回忆了，妻子纱夜惨死，诞生神剑的经历，孩子们也目睹了这一惨剧。神威找到封真，封真曾因感激神威救了小鸟而约定，无论发生什么都会保护神威，神威来了却说，以后无论发生什么都不要多管闲事，是新的约定，两个人的宿命对决初次觉醒。此时，地龙之一哪吒来到神社，抢走了神剑，伤了小鸟父亲，神威空汰二人追去……

神剑被抢走，两个神威，两把神剑出现在丁姬的梦中。神剑被带到一个研究所研究，是活的生命体，哪吒也是其中的一个实验品，没有情感的躯壳，没有灵魂。另一面，空汰回忆起自己小时候的孤独，父母的不舍。神威母亲的妹妹真神时鼓来找神威说明一切，真神是影贽的家族，所谓影贽就是活着的替身人偶，为别人遭受灾祸，妈妈就是承担了本该神威承受的灾祸。并说神剑有两把，且会回到神威的身边。此时，岚受到神秘符咒的攻击，征一狼进入岚的结界，一起消灭了敌人，为了弄清楚自己的处境，神威决定跟随岚去见丁姬。

护刃在奶奶的指示下，来到了东京，寻找能看到犬鬼的人做朋友。这时碰到了地龙志勇草薙，只是当时二人都不知道对方的身份。神威来见丁姬，丁姬向神威阐释了梦境，东京是世界的结界，东京内又有很多结界，天龙和地龙是保护世界和毁坏世界的两股力量，即将展开决定世界命运的战斗。丁姬希望神威做“保神之威者”而庚进入了丁姬的梦，引导神威做“猎神之威者”。因而，是拯救世界还是毁灭世界都由神威自己来决定。正当纠结之时，护刃来到了都厅见到了丁姬和大家，结果受到了地龙的跟踪和攻击，在神威的力量之下，幻境即刻消失，危机解除，神威一时不相信丁姬的话，离开了……

空汰从小受到严格的训练，在高野山中，不过他也经常偷懒跑去打鱼吃。空汰和岚现在一起保护神威的安全，空汰不断重复着，姐姐就是他决定了的人。第二天是哥哥地区篮球赛，小鸟要照顾受伤的爸爸，封真坚持让小鸟回去睡觉，小鸟在夜晚的医院，想起了妈妈惨死的场面，几乎昏厥，被神威救起并送回了家，小鸟告诉了神威，封真第二天的比赛。地龙飒姬，听游人说了大阪少年空汰，也想向他打招呼，此时，空汰和岚在体育馆对面的屋顶聊天， 对于那句决定了的人，岚不断追问，空汰说决定岚是他送命的对象，星见爷爷说过，他将来会一直保护神威，但是会为了女人而死，岚很不安，空汰却已经深深爱上她了。空汰没有埋怨这不幸的命运，反而乐于接受，感谢爷爷教他运用力量保护心爱的人，只是忘不了妈妈的泪眼。这时，飒姬发动进攻，为了保护岚，空汰受了伤，但拼尽全力，给了飒姬重创，岚为他包扎。

飒姬的世界与电脑紧紧相连，她认为那里纯净而美丽。庚和游人在房间里打趣，被飒姬听到而吃醋。飒姬出行，再次受到一群找她的人的骚扰。路上偶遇护刃和犬鬼。飒姬奋力逃跑，被逼到一个地下室，她只想得到自由，却因为有和电脑沟通的强大能力，而从小被驱使，为研究所工作，父亲也为了钱逼迫飒姬。但这一切让她无比厌烦，在电脑网路的帮助下，利用车祸，杀害了父亲。在飒姬眼中，人类既脆弱又贪婪，身边的一切让她厌恶，就在此时，庚出现了，说出了和电脑告诉她一样的世界命运的缘故，飒姬从此跟随庚，并可以对心所欲的和电脑交流了。飒姬跑到地下室，追逐她的人把她逼到墙角，飒姬打算和他们同归于尽，这时游人出现了，救了她。飒姬探出哪吒和神剑的情报。庚推断这就是另一地龙。

火炼在教堂祈祷，受到符咒的攻击，火炼展开了十字架形结界，展开战斗。游人和庚通电话，找到了那日闯入他们结界的少年，封真。小鸟的父亲病危，找来在篮球场上的封真，告诉他最后的重要的事——封真是神威的添加星。葬礼上，火炼带来了时鼓要在月圆之夜带给神威另一把神剑的消息。葬礼后，神威安慰小鸟，封真不解父亲的遗言，一直在思索，脑中闪现了和神威战斗的画面，以及小鸟被神威杀死的画面，封真初次作为“神威”觉醒。就在此时，地龙樱冢星史郎再次袭击神威和小鸟，紧要关头，小鸟差点坠崖，神威陷入险境，这时封真突然进入地龙的幻境并解除了危机。随后，恢复了原来的封真。庚在梦境中向丁姬打招呼，找到了另一个神威——封真。

昴流的姐姐皇北都，被共同最好的朋友星史郎杀害之后，昴流一直无法释怀。昴流作为第十三代阴阳师继承人，被委托任务，离开东京，岚和空汰去寻找昴流，召集大家聚集东京准备战斗的事。昴流到达委托人所在城市镰仓，极其古朴，委托人的女儿设置诸多障碍阻止昴流的到来，一只黑猫变的式神跟踪加害昴流，被昴流一一躲开，而后又使出幻境，让昴流误以为北都和星史郎还在他的身边，扰乱昴流的心。之后让昴流回忆起星史郎杀害北都的一幕，并和樱战斗。而后，打败式神，幻境消失。岚和空汰看到昴流的五芒星结界，赶来打了招呼。昴流来到委托人家，把猫还给了女儿，并运用自己的力量，毁灭了女儿由于偏执而使死人复生的傀儡，母亲也不愿意别人抢走自己女儿的心，因而说只有得了心病才会一直只想着一个人。

护刃给奶奶写信，诉说了近况。碎轨约护刃去见征一狼，路上遇到了她刚到东京第一个能看到犬鬼的男人，草薙。护刃很惊喜，和草薙诉说了第一次见面很激动的原因。从小，犬鬼就只有护刃看得见，其他小朋友都看不到，所以一直骂护刃是说谎鬼。一次，假期作业，护刃在犬鬼的带领下找到了三峰山深处的大瀑布，老师和同学不相信这是真的，于是，护刃的朋友鼓励和不信的同学一起去找寻瀑布，证明护刃没有说谎。护刃向奶奶哭诉，没有人看得到犬鬼，奶奶说这是只属于护刃的力量，与之一生相伴，而且跟未来命运攸关。护刃等人上山，天快黑了还没有看到瀑布，这时，一个小朋友小广失脚掉了下去，犬鬼去救起了落水的小广，结果虽然小广得救了，却没人看到瀑布，就像没人看到犬鬼一样。草薙说只要护刃相信犬鬼存在，他就会一直陪伴在她身边，而且有超凡力量的人都有超凡的苦痛，因而获得幸福。

小鸟做了和封真一样的预知梦，看到了有两个神威，以及神威和封真的相互残杀。封真和神威在树下谈心，神威告诉了封真关于世界末日运命的事情，封真答应神威无论何时都会保护他。神威回忆起来小时候，小鸟妈妈去世的时候，妈妈带着他离开时候的情形，神威跟随妈妈来到了冲绳，虽然弱小却有着强大的力量，经常遭受欺负。神威非常想念小鸟和封真，妈妈说神威要变得更强大，可以一个人生活，可以保护小鸟他们，神威一天天长大，也学会了运用力量，并和流氓打架，妈妈说，你拥有的力量，只有自己能决定，希望他能为了保护什么而运用。当神威回家，看到了大火中的母亲，妈妈说这是自己的命运，希望神威到东京去，取得神剑，并且为了保护所爱。时鼓和神威约定在神社在月圆之夜给他神剑，时鼓说了封真妈妈代替神威妈妈六年前诞生神剑的缘故，并且牺牲自己诞生另一把神剑。

小鸟从梦中醒来，看到了神剑诞生，想起了当年妈妈诞生神剑的惨状，精神崩溃。理事长受到时鼓的委托，来接神威等人，并要将神剑封于clamp学园五芒星的中心。小鸟坠入梦境，遇到了另一梦见，地龙玖月牙晓，小鸟的意识和内心拒绝醒来，知道即将发生的事情，北都是牙晓深爱的人，她的死却也只能梦见，不能被改变。丁姬梦见神威将做出选择，小鸟将被地龙杀死，因而给各个天龙发出信号，阻止神威。时鼓给神威留下了最后的视频书信，成为天龙的七封印还是地龙的七御史，寄希望于现在还是变革的选择时刻到来了。神威不管世界怎样，不管天龙地龙，只希望小鸟和封真幸福，只想守护让他们幸福的世界，此时，作为地龙的神威——封真真正觉醒，并和神威对立。封真伤害神威，杀了小鸟，牙晓帮助小鸟阻止了封真杀害神威。神威伤心欲绝，牙晓和小鸟在梦中道别，小鸟相信能救封真的只有神威，而且未来还没有决定呢……

神威因为看到小鸟被封真所杀，而失去意识，躲避在自己的内心中。空汰，岚，昴流赶到了，却无能为力，十分自责。另一面，封真找到了地龙梦见，牙晓，并由牙晓带领，来到了地龙大本营，庚和游人，飒姬的所在地。丁姬预见了一切惨剧，但是没有办法改变，只能自己痛苦。神威一直没有反应，昴流决定利用皇一门秘术，潜入神威内心，去拯救神威。神威的意识中一直抗拒，并且回忆着封真杀小鸟的一幕。昴流劝说着神威，如果逃避，一切都没有办法开始，也没办法结束。并且说了自己的例子，姐姐被星史郎所杀的一幕，自己没办法阻止，因而逃避，活在自己的心中。如果神威有愿望，希望他试一试，回到现实，去实现。神威终于有了意识，他希望把封真带回来。

丁姬和牙晓在梦中对话，牙晓为了自己的愿望，为地龙神威占梦。大家来祭拜小鸟，并互相介绍，七龙聚集了，火使火炼，风使征一狼，皇一门昴流，三峰护刃犬鬼，高野空汰，伊势岚和神威。神威将神剑封印于五芒星的中心，引起和另一把神剑的共鸣，与此同时，地龙七人开始聚集，水使游人，电脑飒姬，哪吒，军人草薙，杀手樱冢星史郎，梦见牙晓和封真。众人来到丁姬处，答疑解问，互相信任。众人不解，丁姬既然知道小鸟会死，为什么不提前告知。无论选择天龙还是地龙，小鸟的命运就是被地龙神威所杀，神威只想把封真带回来……

碎轨小时候和舅舅征一狼，学习风的力量的时候有过一段对话，这份力量，为了所爱的人的守护。丁姬最近没办法占梦，非常困扰，碎轨服侍丁姬有八年了。飒姬侵入研究所，探究维持克隆人哪吒生命的方法，未果，封真亲自前去研究所，进行破坏。神威因为没办法做出结界而困扰，碎轨劝说，舅舅说过，想保护跟祈祷的心，就能制造出结界。这时，封真破坏研究所，神威和碎轨赶来，封真利用神威的软弱和温柔，伤害他，并且杀害了碎轨，神威很绝望，攻击了封真，封真却说，要想杀我请认真一点……

星史郎曾经用手臂穿过胸膛的方法杀死了妈妈和北都，昴流和星史郎的纠葛一直没有停歇过。昴流和封真战斗的时候，因封真很像樱而露出破绽，封真实现了昴流一直以来的一个愿望，失去右眼，和樱一样，但是真正的愿望只能由樱实现。神威因为没能保护碎轨和昴流，而深深自责。其他人去东京各地找寻地龙的消息。丁姬指示昴流去东京湾大桥，星史郎在那里。丁姬露出了诡异的笑容。樱一如既往的和昴流打招呼，昴流召唤五芒星结界，两个人开始战斗，随后，樱幻化出幻境，用樱花束缚住了昴流，一番斗争后，昴流的手臂传过了樱的胸膛，因为，北都堵上性命最后使出的法术，她希望昴流活下去，但是还是希望两个人都活下去，所以如果樱杀昴流时使出这一招式，将原本的回到自己身上，而昴流的真正愿望是被樱杀死，不想杀了樱，最后，樱只说了，昴流，我对你…… 没有要保护的东西，结界也崩溃了，一个地龙死了，另一个天龙也“死了”。

牙晓知道，未来是注定的，谁也没有办法改变的，因而，北都的死，牙晓也没有办法改变。梦境中，牙晓和丁姬对话，即使他想相信小鸟的话，却也劝说丁姬放弃希望，北都想带牙晓离开没办法离开的梦境，他一心求死。神威的梦境中，与牙晓相遇，牙晓希望神威放弃希望，放弃继续受到伤害，无论身体的还是精神的，他们回忆了很多神威不愿回忆的事情，回顾了这一段时间，他们所经历的，然而神威意志坚定，小鸟的灵魂来探望神威，神威很感伤，却相信小鸟说的话，她没有死，一直在他身边，活在他的心里，并且未来尚未决定呢……

护刃在路上遇到了封真，觉得他和草薙大哥很像。之后，和草薙约会，一起吃甜食，谈起了封真，草薙说，那个人不是只像他，而是谁都像，谁都不是，却根据遇到的人扮演角色。正在此时，地龙出现了，护刃前去迎战，展开结界，交战的是飒姬，她问飒姬，为什么不把人命当回事，飒姬反问，为什么不能杀人呢，人类大量屠杀其他生物，互相屠杀，护刃哑口无言，这时飒姬发动攻击，犬鬼为了救护刃而牺牲，再次攻击，草薙救了护刃，并说这个问题的答案，因为有人会伤心，就像犬鬼不在了，护刃会伤心一样。护刃向草薙表白了，回去的路上，被封真袭击，关键时刻，护刃有了强烈的求生意念，犬鬼再生，救了护刃，封真再次想要杀她时，草雉要出手阻止……

火炼小的时候，就会自由操纵火，但是被基督徒的妈妈称作恶魔，受到各种折磨，而后，妈妈去世了，牧师劝说火炼，恶魔的眼神不会那么彷徨，力量是根据拥有的人而定，是正义还是邪恶。征一狼提出离婚申请的时候，接待的刚好是游人，两人约定晚上11点东京车站见，刚好火炼偷听到了。征一狼曾为了工作去花街见过火炼，火炼很羡慕他，有很好的家人。飒姬探听到了哪吒的身世，是塔城制药会长的孙女和儿子的结合体，庚听说了游人去车站迎战，暗中派了哪吒去支援。火炼约征一狼到家里坐坐，征一狼说自己如果战争结束还活着的话，就和妻子复婚，火炼决定代替征一狼去车站赴约，并在他茶里下了药，说世上没有人会为她伤心。火炼来到车站，却遇到了哪吒，两个人开战，哪吒不敌，受了重伤。这时，游人赶到，和火炼激战，正当火炼遇到危险的时候，征一狼赶到了，却是不在状态，游人发出停战要求。征一狼责备火炼，如果她还这样一意孤行，他会生气的。

空汰是做料理的一把好手，岚却一窍不通，空汰手把手教她，并且劝说消沉的神威吃饭，如果一直自怨自艾，还会有很多后悔的事发生，岚很感慨，空汰能劝动神威吃饭，岚小的时候，遇到这样的问题，每天一个人，吃着垃圾生活，后来遇到了伊势的巫女枫，岚还是没有决定吃还是不吃，生还是死，一直一个人所以无所谓，巫女劝说，她之后会遇到很多人， 喜欢的，讨厌的，还有爱她的人……丁姬预言下一个地龙出现场所，银座和景之头公园，犬鬼对丁姬很不敬。护刃和岚聊着天去了公园，封真出现，开始袭击，空汰看出不对，马上要赶去，而被丁姬拦了下来，岚不敌封真，遇到了危险，空汰幻化出式神，去保护岚，封真讽刺空汰自寻死路，果然为了保护岚，受了重伤，右手无法动了，岚伤心不已，并对空汰做出深情表白，空汰吻了岚，岚后来不辞而别，来到了地龙阵地。

游人和飒姬约会，游人喜欢随波逐流，听从命运的安排，飒姬很在意他，被电脑兽嫉妒了。岚消失后，大家很担心，火炼对征一狼说，可能是因为爱才离开，就像他提出离婚一样。庚第一次见到游人的时候，就发现，他是个乐天派的潇洒的人，和飒姬一样都是不愿受到束缚的人。火炼跟踪游人，想要一决胜负，却被跟丢，游人上了另一辆列车时又遇到了征一狼，两个人展开了战斗，二人不分伯仲，飒姬命令兽帮助游人，兽却别别扭扭，但是遵从飒姬，给与征一狼以重击，这时火炼赶到，和游人开战，为了保护征一狼，火炼牺牲了自己和游人同归于尽了，飒姬想摆脱兽去救游人，被弄得身受重伤而死。征一狼抱着火炼，伤心不已。

丁姬的内心发生了动摇，邪恶的意念战胜了软弱的善良的，天龙受到各种阻碍。神威通过丁姬的符咒，看出来端倪，丁姬在背叛大家，正当他们赶往丁姬所在地，丁姬用符咒力量来阻止神威和空汰。正当此时，哪吒找寻护刃挑战，征一狼路过想要解救，草薙也正等着他，阻止解救，征一狼身受重伤。庚来到梦里见丁姬，庚一直恨着丁姬，希望看到她痛苦的表情和心情。护刃不敌哪吒，受了伤，虽然第一面就知道草雉是地龙，还是很喜欢他，正当哪吒要了结护刃，草薙还是出手相救了，救起护刃，岚出现了，给了草薙致命一击。赶来的空汰震惊了，丁姬为了打败邪恶的意念而自尽了，自此，神剑的封印就解除了，最后的时刻到来了，地龙的力量全部释放了，天龙的神威还没有真正的觉醒，但是丁姬还是相信神威可以改变未来。庚得知丁姬死亡，非常伤心。

岚宣称，自己不再是天龙，而是地龙，逃跑，空汰追过去，岚横刀相向。空汰无法理解岚的做法，征一狼对空汰说出了火炼的想法，岚是为了保护空汰。封印解除，神威去取回了神剑，见了昴流后，去找封真结束这一切。空汰想了想和岚之间的事终于明白了岚的良苦用心，去追神威。梦里，牙晓跟昴流谈心，他们有着一样的心情。封真把神威找来码头，却让岚跟他对打，说只有了结了神威的命，才能拯救空汰。正当神威被逼迫到角落，空汰即使出现，和岚对峙，关键时刻，两个人都停了手，封真抓起岚，打算杀了岚，空汰挺身而出，挡住了神剑，并且用尽全身力气，给与封真以重击，他暂时逃跑，而空汰失去了性命，临死前，他让岚答应要为了他好好活下去，岚伤心欲绝，爷爷也知道了空汰的陨落。

哪吒牺牲了自己，为封真治伤。地龙梦见和神威谈话，无论神威选择天龙还是地龙，天龙神威都会经受更多的伤痛，而最终一战，地龙会赢，东京塔会是最后一个结界的守护地，那里失守，东京会毁灭，世界会毁灭。北都拜托牙晓，通过梦境，劝说昴流，保护神威。最后，封真和神威在东京塔兵刃相见。而神威的神剑被切断，神威受伤，结界动摇，此时，昴流赶到，救了神威一命。神威回忆起了那些曾经他爱着的，关心他的人，以及那些话，母亲，小鸟，空汰……封真给了神威致命一击，而神威真正醒悟了，他想保护封真及他所在的世界，他不会消失，会永远活在封真的心中，寄托希望于活着的人，每个人都是如此，他把希望寄托在了封真身上，这就是他选择的未来，最后，神威幻化出了球体结界，保护了世界。封真终于回来了。末日之战结束了，岚去探访了星见爷爷，征一狼和家人去给火炼扫墓，草薙跟随护刃回到了三峰山看瀑布，封真常常来那颗他们小时候常去的大树，牙晓和北都离开了梦境……