平安时代，年仅13岁的半人类少年安倍昌浩，虽然是全日本最著名的阴阳师安倍晴明的孙子，却似乎没能继承到爷爷的任何神通，完全没有能看见鬼怪妖魔的能力，于是决定放弃成为一名阴阳师。 正当昌浩试图寻求别的前路也依然徒劳无功时，遇上了一只白色的怪物，昌浩取名为小怪的妖怪，在昌浩游说下愿意代替昌浩的眼睛帮助他消灭妖魔鬼怪们。 此时京都里各种妖怪肆虐，晴明委托昌浩去击退这些妖魔，昌浩以小魔的眼睛代替自己去看那些妖魔鬼怪，然后开始了伏击。 而昌浩也得知，小怪，其实是腾蛇红莲。

成为实习阴阳师的昌浩到阴阳寮去做工作了。 在接受过元服礼之后，昌浩被父亲吉昌带去觐见左大臣藤原道长，在那里邂逅了他的女儿彰子公主。那是一个拥有普通人所没有的强大灵能力，且有用眼看到妖魔鬼怪的能力。 逐渐昌浩终于慢慢适应了作为一个实习阴阳师，却在阴阳寮里做杂务的生活，此时宫里却突然出现一只燃烧着的手。

由于在几天前宫里的大火里，破坏了保护身体的结界，晴明张开了比以前更坚固的结界。 昌浩为了找出起火的原因，开始了自己极其不擅长的占卜，但占卜出来的意思昌浩并没有解开，他却依然在焦急地占卜着。 昌浩没办法把被烧毁的地方恢复，另一方面占卜也一无所获。虽然没有听说鬼怪们晚上有出来活动，但此时火灾时出现过的妖气再次出现。

红莲的火焰居然毫无效果，那个妖怪就这么在自己眼前逃走，究竟它是什么？昌浩依然如常每天在阴阳寮工作，一方面又在思索这个问题。 这天昌浩觉得很累于是在藏书房里睡着了，梦里居然出现了新的妖怪。 经过多番查探，昌浩发现几天前出现的牛怪，以及自己梦里出现的妖怪都是来自他乡的异邦怪物。 昌浩决定要找出它们的栖息之地，于是叫出隐藏的小鬼们查问，却突然听到有什么声音从瘴气后面传来。

出现在眼前的妖怪，就是那些妖怪们的主人，他就是西方国度传说中的妖魔穷奇。 由于力量相差过于悬殊，昌浩赶紧命令现出真身的红莲快逃，可红莲不仅没有离开，反而为了保护昌浩受伤，为什么红莲就算自己的命不要也非要保护昌浩呢。 茫然间，昌浩似乎看到小时候天不怕地不怕的自己，在看着现在这个胆怯的自己。 决定战斗下去的昌浩陷入了和穷奇的苦战，此时突然有人出现，且周身盈溢着凄烈的灵气。

为了寻找来自异邦的妖魔穷奇，夜里昌浩反复在京都四处搜寻，不但没找到穷奇，每天还不断地被从天上掉下来的小鬼们压的头昏眼花。 昌浩返回当时遭到袭击的现场想要寻找一些线索，却见一只有着恐怖脸孔的牛车化怪等在那里。 此时晴明式神中的十二神将之一青龙，正因为晴明没找到穷奇而焦急得大发脾气。 不仅如此，青龙似乎因为过去的什么事情，和红莲发生了争执。

晴明收到了一封彰子寄来的书信，通知他有异变发生。灵力高强的彰子竟然受到了妖怪的袭击？ 于是晴明派昌浩前去拜访彰子，详细询问事情细节，彰子告诉昌浩，自己的亲戚圭子公主突然被来历不明的气缠上了。 而今已经卧病在床的圭子公主，浑身上下都溢出不寻常的妖气，这天晚上她突然出现在彰子面前，并引诱她跟着自己前进离去。 为了调查出真相，昌浩也前往圭子公主的府邸。

一直以来，到处都流传着一个奇怪的传说，有个女鬼每到丑时就会在贵船出没，而她正是圭子公主。 其实来自异国他乡的妖怪们在利用圭子公主，他们还把贵船神佛的力量都封住，隐藏在当地的显贵家里伺机而动。 当昌浩为了寻找被抓走的彰子四处奔走的时候，圭子公主跑出来阻止他。 为了拯救被深沉的怨念包围的圭子公主，更为了救回被抓走的彰子，昌浩这次不得不竭尽全力去拼命了。

昌浩遭到来自异乡的妖怪岳和瞬的袭击，因此陷入了走投无路的危机。 没办法解开贵船当地龙神的封印，昌浩感到绝望。 此时他的脑子里，浮现出了以前晴明教给自己借助神力的秘诀。 因为这些咒语，昌浩得以解开龙神的封印，并借此击退了敌人，但随即昌浩就被受到妖怪操纵的彰子刺伤。 红莲见此情形受到打击，自己都无法控制自己了，冲破了晴明施在自己身上的封印，施放出火焰，一时之间炽热的火焰把他们周围都包围了起来。

昌浩在上次战斗中所受的伤开始慢慢愈合了，他为了探望彰子去拜访了藤原家，却发现晴明在这里张开的结界明显弱了很多。 不希望彰子再遇到任何危险的昌浩，要求彰子一定要好好保护自己，两人更约定明年一起去看贵船的萤火虫。 不久晴明告诉昌浩，彰子要被召进宫了。　　此时异邦妖怪穷奇开始活跃起来，大批的妖怪来到了彰子的住处，穷奇利用彰子身上的诅咒破坏了晴明的结界。

彰子终于恢复，这样就可以顺利入宫了，昌浩继续努力搜索穷奇的踪影，但他的一切努力都成了竹篮打水，就这样在几乎得不到情报的状况下无所事事地度过每一天。 此时又发生了一件事情，在一个有水的地方发生了异变，与此同时昌浩因为积劳成疾倒下了。 即使如此昌浩也绝不怠慢巡视京都的职责，此时，同样来自异乡的妖魔拳父和影之穷奇一起出现，而昌浩的身体也发生了异变。

明天就是彰子入宫的日子了。昌浩决定在彰子入宫之前解决掉穷奇，于是往位于京都南面的巨椋池而去。 为了和穷奇决斗，昌浩甚至把红莲支开，被穷奇带往了异世界，在那里开始了和穷奇的战斗。 战斗途中，穷奇突然跟昌浩说话，问他不想得到彰子吗。 听到这番话的昌浩内心产生了很大的动摇，但他最终还是召唤出贵船龙神消灭了穷奇。

彰子暂时借住在了安倍家，昌浩惊讶之后感到很高兴，还与彰子约好明年夏天一起去贵船看萤火虫。 昌浩振作起精神重新返回阴阳寮上班，却莫名遭到藤原敏次的排斥。 与此同时，又有看不到的怨灵开始出没，四处袭击京都的居民，昌浩决定去把它打退。 好不容易情况得到了控制，怨灵们却又开始骚动。 晴明再次感到了不稳的波动。

几天前逃掉的怨灵再也没有任何消息了，昌浩对此充满了疑惑。 昌浩一如既往到阴阳寮上班，却传来藤原行成被怨灵骚扰而病倒的消息。 昌浩决定打听一下具体细节，于是从行成那里得知了敏次斥责自己的理由，昌浩下定决心今后更加努力好好工作。 但敏次被怨灵附身了，并在其控制下咒杀行成。

给行成造成痛苦的怨灵，其本体就是四十年前受到冤枉，从大宰相府被流放的殿上人穗积诸上。 为了救回行成和敏次，昌浩想方设法对付诸尚的诅咒。 另一方面，京都里开始出现不稳定的预兆，似乎有妖魔煽动起了不安的气氛。某天晴明听到一阵古怪的歌声遁声追去，在那里遇到了一个神秘的女术师。

京都里的怨灵和死灵在不断蔓延，昌浩还发现有兵士的灵魂徘徊其中。 夜行鬼们夜间排列成队阻击这个兵士的亡灵。 帮忙击退了这些鬼怪们之后，昌浩就成了这个兵士灵魂的依靠。 昌浩救了一个遭到鬼怪袭击的女人，但这个女人却问昌浩，为什么还活着。 红莲想起了昌浩过去差点被淹死的情景。

虽然会很麻烦，昌浩还是带着愤怒的小怪一同前往贵船。在当地，昌浩受到夜行鬼的袭击失去意识。 与此同时，晴明使用离魂术前往贵船，从夜行鬼那里救出了神秘的女术师风音。

昌浩的哥哥成亲回到了京都。 父亲吉昌委托昌浩和小怪一起前往成亲住的地方，他们发现成亲及其子女受到了神秘妖魔的袭击。 虽然救出了哥哥及他的孩子，但因为小怪不肯进入宅邸，袭击人的妖魔逃掉了。 昌浩觉得小怪这次很奇怪，于是把自己的感觉报告了晴明，晴明却指出不需要担心。 昌浩再一次和妖魔对峙的时候，小怪又变得很古怪没能像平时那样行动，原来小怪讨厌小孩子，但最终仍救下了小姬，小姬竟对红莲笑了。

在阴阳寮上班的时候，敏次告诉昌浩有脸上失物之相，会丢失东西。 小怪却叫他不用在意。 当天晚上昌浩就做了一个奇怪的梦，梦中无论昌浩怎么呼唤，小怪都不理会不停往前走，最终头也不回地消失在了黑暗中。 昌浩对这个奇怪的梦充满了不安，同时又因发现北极星出现阴影而惶急。 在昌浩准备出门调查时，晴明也告诉昌浩有失物之相，而且很明显。 此时有人在对天皇下诅咒，而那个诅咒甚至会波及到将成为皇后的彰子。

受到黄泉流出的瘴气影响，京都的流浪汉、强盗不断增加。 为了打散这些瘴气，昌浩决定找出下咒的人。 此时晴明去参见天皇，并在宫里感觉到内亲王修子公主周围有不稳的空气，但很快修子公主就被风音抓住了。 瘴穴洞开，黄泉的瘴气覆盖了整个大地——晴明回忆起了以前曾发生过的和现在一样的情形，并把当时的情况告诉了昌浩。

进入了瘴穴之后，昌浩和小怪以及神将们走散了。 神将追逐着人的气息很快和昌浩会合，众人却始终没发现小怪的踪影，继续寻找的结果是意外见到了修子公主。 昌浩好不容易说服修子公主一起逃，却遭到了异型的阻止。 正当昌浩和对方陷入苦战时，红莲的火焰出现消灭了异型。 但昌浩没能高兴太早，因为很快红莲就转过来开始攻击昌浩。 红莲被风音施展缚魂术给控制了。

受到宗主的催促被要求返回，风音毫不理会六合拼命的劝说而折回，六合忍不住攻击了在旁边花言巧语的嵬，此时风音突然被灵力的光辉所包围。 因为那道光，道返的守护妖们当即感到道反巫女的灵力，原本牺牲自身堵住瘴穴的晴明等人也在红莲的攻击下被弹开。危急时刻高淤之神救出了晴明等人，风音也被红莲带走。 晴明等人回到了贵船，并向高淤神说明了事情的始末，得知能打开黄泉之门的两把钥匙——拥有道返神力的风音和拥有地狱之火的红莲全部落到智辅的手中。

为了寻求真相，昌浩不顾自己的伤前往贵船。 高淤神提供了今后可供选择的方案，一是借给他杀神之力，亲手杀死红莲，二是什么都当看不见，把一切都托付给高淤神。 高淤神要求昌浩到下个新月之前必须决定自己的前路，为此昌浩很迷惘，上班时在阴阳寮感动于敏次的温柔，又在成亲的家里看到孩子们天真稚气的脸，终于决定了自己的路。

道返的洞穴就是通往黄泉之国的入口。 出云国的高野山有个洞窟，于是昌浩等人来到这里，但智铺的神官用咒术封锁了通往那里的道路。 此时风音正在道返的洞窟里，被嵬催促着不断往洞窟的深处前进。 风音终于进入了智铺的神官明令禁止靠近的冰窖，她看到有人被封印在里面的冰柱中，而那就是风音的母亲，道返的巫女。

通向黄泉之国的门第一道封印被打开了，昌浩等人感到了那股气息，飞快赶往封印遭到破坏的地方。 智铺的神官等在那里，就是他利用风音的灵力打开了封印之门，智铺神官利用完风音之后，就想将风音杀死，随后六合等人赶到，但为时已晚。 晴明命令昌浩、勾阵和青龙，立刻前往圣地的最深处，也就是第二道封印所在之地。同时要求玄武、太阴和白虎保护京都的人们，因为从洞窟泄漏出的瘴气流向了京都。他自己则独自挑战智铺的神官。

太阴发现了冰窖中的巫女，叫来晴明救出了巫女，巫女得知风音已死后伤心的哭泣起来。 身体里依附着神杀的火焰，昌浩带着赋予了朱雀力量的大刀前往营救红莲。 此时的红莲被智铺的神官用缚魂术控制了心神，但仍保持着神将的真身。 青龙决定再和红莲打起来的时候就杀了他，却遭到勾阵的阻止，昌浩决定由自己来收拾红莲。 面对昌浩，红莲冷酷地放出了自己的火焰，昌浩内心激荡起伏着，似乎有所觉悟了，于是举起烈火熊熊的刀冲向红莲...... 战斗结束，昌浩用自己的生命换取了红莲的生命，但封印了红莲的所有记忆。在若莱的帮助下昌浩得以返回人间。时光流转，昌浩带着彰子去看萤火虫，小怪跟着一起……