C.E.70年，追求政治经济独立的PLANT以“染血的情人节”事件为契机，与地球联合之间正式爆发了武装冲突。拥有MS的ZAFT军在各地都对联合军取得了压倒性的胜利，使得各方原先“地球军将会以数量优势取得胜利”的预测彻底落空了。11个月过去了，战局依然呈现胶着状态。基拉大和是在中立国奥布的资源卫星赫利奥波利斯上生活的一名普通的工业专科学校的学生。某一天，在前往研究室的时候，基拉被卷入了ZAFT军夺取高达的作战之中。利用突袭所产生的混乱，ZAFT军很快夺取了5架高达中的3架。此时，正在寻找避难场所的基拉偶然发现了剩下的两架高达，而前来夺取高达的ZAFT军人之一，竟是他幼时的好友阿斯兰·萨拉。

基拉与地球联合军的军官玛琉一起乘上唯一未被夺走的强袭高达，离开了陷入爆炸之中的工场。但是，ZAFT军的MS正守候在工场外面。负伤的玛琉无法操作强袭高达，危急时刻，基拉代替玛琉开始驾驶强袭高达，并修正了高达的操作系统。潜在能力被解放出来的强袭高达轻而易举地击破了ZAFT军的MS。然而，危机解除后，基拉和他的朋友们却被玛琉以涉及军事机密而“挟持”。同一时刻，前来接收高达的大天使号的残余人员在娜塔尔少尉的带领下，启动了大天使号；得知消息的穆也回到了赫利奥波利斯的内部对大天使号进行援护。大天使号与ZAFT军就在殖民地卫星的内部展开了激战。

在与ZAFT军的拉乌激战的时候，基拉驾驶强袭高达将赫利奥波利斯的壁轰开了一个大洞。惊讶于强袭高达的威力的拉乌选择了撤退。基拉等人登上了大天使号。正当众人惊诧于驾驶强袭高达的基拉只是个孩子的时候，穆看出了基拉是调整者。感觉到高达的威胁的拉乌选择了再度攻击大天使号，阿斯兰也驾驶着刚强夺来的圣盾高达随队一同出击。由于操作系统被基拉修改过，其他人根本无法驾驶强袭高达。随着敌人的临近，已决定不再驾驶高达的基拉不得不再度出击。基拉与阿斯兰，曾经的朋友在战场上再次相逢。激烈的战斗中，早已伤痕累累的赫利奥波利斯开始解体。

带着赫利奥波利斯解体时逃出的一艘救生舱，基拉回到了大天使号上，基拉等人的同学芙蕾也在这艘救生舱里。大天使号选择前往友军的军事卫星阿尔特弥斯要塞；但这个行动被拉乌识破，并针对大天使号的路线立下了行动方案。作为友人，阿斯兰一心希望基拉能回到调整者这边来，因此对于拉乌的质问，他的回答是将说服基拉。被识破计划的大天使号遭到拉乌队的夹击。为了减轻基拉的负担，多尔等人志愿来到舰桥协助玛琉等人工作。被朋友们的行动及穆的言语所触动的基拉，决定继续驾驶强袭高达作战。

在强袭高达面前出现的是被夺走的四架高达。混战中，先行出击的穆出其不意地袭击了ZAFT军的威萨利乌斯号，但伊扎克和迪亚克无视撤退命令，继续攻击基拉。能量消耗严重的强袭高达解除了相转移装甲，危急中，圣盾高达变形为MA形态强行将强袭高达带走。在穆的援护下，强袭高达利用换装补充了能量，艰苦地将伊扎克等人击退。

艰难地摆脱了ZAFT军的追击的大天使号逃入阿尔特弥斯要塞，然而在这里等待着他们的是友军士兵的枪口。虽然同在地球联合内，但玛琉等人所属的是大西洋联邦，而阿尔特弥斯要塞则是欧亚联邦的势力范围。想要获取高达的机密的阿尔特弥斯要塞司令加尔西亚软禁了大天使号上的成员。克鲁泽队的尼科尔利用自己驾驶的迅雷高达特有的“海市蜃楼系统”破坏了阿尔特弥斯要塞的全周围光波防御带发生系统，基拉趁隙驾驶强袭高达出来迎战。但决战高达及暴风高达此时已开始对要塞展开攻击。在大天使号逃离之后，曾经夸称“难攻不落”的阿尔特弥斯要塞开始崩坏。

利用ZAFT军攻击阿尔特弥斯要塞的间隙，大天使号暂时逃离了克鲁泽队的攻击。然而舰内却出现了物资严重不足的新情况，为了解决这一问题，穆提出了利用位于碎石带上的废弃舰船上的物资的方案。另一方面，返回PLANT述职的拉乌和阿斯兰，在国防委员长帕特利克·萨拉的指使下片面陈述了赫利奥波利斯事件。PLANT最高评议会内，强硬派势力开始抬头。为从“尤尼乌斯7”的残骸中搬运物资的多尔等人担当哨戒任务的基拉遭遇了一架侦察型金。为了保护多尔等人，基拉将侦察型金击毁。在现场还发现了一艘救生舱，基拉将其带回到大天使号上。

在救生舱里的人是PLANT最高评议会议长西格尔·克莱恩的女儿、阿斯兰的未婚妻拉克丝·克莱恩。天真烂漫的拉克丝即使在敌对方的大天使号上也没有丝毫的不安感，而对拉克丝抱有敌意的也仅有芙蕾一人。作为拉克丝的未婚夫，在威萨利乌斯号的维修期间进行短暂休整的阿斯兰因拉克丝失踪一事被紧急随队派往碎石带进行搜索。而此时的大天使号，也与第八舰队的先遣队联系上了。

盼望已久的救援即将到来的消息使大天使号舰内一片轻松。芙蕾的父亲，地球联合外务次官乔治·阿尔斯塔也随先遣队一同前来。但就在两方汇合之际，克鲁泽队对先遣队和大天使号发动了攻击。芙蕾劫持了处于被软禁状态的拉克丝来到舰桥上，希望以拉克丝为质换得父亲的安全，但就在此时乔治·阿尔斯塔所乘坐的“蒙哥马利”号被击沉。在先遣队全灭、大天使号也岌岌可危的情况下，娜塔尔以拉克丝为人质，对克鲁泽队通讯，要求停火。

因顾忌到拉克丝的人身安全，克鲁泽队停止了对大天使号的攻击。芙蕾将父亲的死归咎于基拉不肯全力作战。基拉与被软禁的拉克丝相遇，言谈之中自然而然地回忆起了阿斯兰。得知两人关系的基拉决意将拉克丝送回PLANT。通过塞等人的帮助，基拉驾驶着强袭高达将拉克丝还给了阿斯兰。真正的诀别之后，被命运捉弄的两人走上了截然不同的道路。

为了完成和朋友们的约定，基拉回到了大天使号上，并就私自放走拉克丝一事而受审。因其并非正式军人，所以仅仅被要求反省便算完事。芙蕾听到夺走父亲生命的圣盾高达的驾驶员竟是基拉的好朋友，但她一反常态，为自己先前的表现向基拉道了歉，并开始主动接近基拉。

大天使号终于与地球联合军的第八舰队汇合了。玛琉就基拉为保护大天使号所做的一切而向其道谢。第八舰队的哈尔巴顿提督亲自来到大天使号上与老部下玛琉见面，然后命令大天使号前往位于阿拉斯加的地球联合军的本部。其间，娜塔尔关于强行留下基拉的主张被哈尔巴顿驳回。塞等人从娜塔尔那里收到了退伍许可证，然而此时芙蕾却突然提出志愿参军。吃惊的塞等人撕掉了自己的退伍许可证，决心留在大天使号上尽一分力。在脱出用舰船前，朋友们将基拉的退伍许可证给了他，并且告之自己决心留下来。此时警报声响起，总合了战力的克鲁泽队再度全力袭来。基拉的脑海中浮现起玛琉、哈尔巴顿以及避难的小女孩的话，放弃了自己的退伍许可证，回到强袭高达上待机。

位于地球轨道上的第八舰队开始了与克鲁泽队壮绝的会战。在数量上占绝对优势的联合军舰队被拥有4架高达的克鲁泽队打得毫无还手之力。大天使号紧急向地球降落，为了守护大天使号，基拉决定出击。在掩护大天使号的同时，哈尔巴顿提督所在的旗舰与ZAFT军的卡莫夫舰同归于尽。战斗中，一直以来所保护的难民们所乘坐的救生船就在基拉的眼前被击毁。以第八舰队的重大牺牲为代价，大天使号终于降落到地球上。

在与第八舰队决战的前夜，拉乌在威萨利乌斯号自己的房间里回顾了自赫利奥波利斯遇袭以来的所有事情，并且提到了乔治·格雷恩——第一个调整者。乔治·格雷恩是在受精卵阶段接受了人为遗传因子操作而诞生的人，因此无论是智力还是身体，他都比一般人更加优秀，所取得的成就也令普通人望尘莫及。在乘坐自行设计的宇宙船执行木星探测任务的时候，乔治·格雷恩公布了自己出生的秘密。随着调整者的逐渐增多，其与自然人的冲突也愈演愈烈，乔治·格雷恩本人也死于自然人的暗杀。

为了救起在突入大气圈时因与决战高达战斗而偏离了降落轨道的强袭高达，大天使号不得不修正了自己的航向，降落在位于ZAFT军势力范围之内的非洲。得救的基拉由于战斗及突入大气层时所受的伤害而发起了高热。芙蕾意外地承担起了照顾基拉的责任。受到严重刺激的基拉在芙蕾的安慰下，精神渐渐地平复下来，两人的距离也慢慢地缩小了。抵抗组织“光明沙漠”的成员卡嘉莉发现了为了去阿拉斯加而在沙漠中前行的大天使号。

非洲沙漠中，大天使号遭到有着“沙漠之虎”称号的安迪·巴尔特菲尔德所率部队的夜袭。基拉驾驶强袭高达出击，但由于不习惯在沙漠中进行战斗而一度陷入了苦战之中。就在这时，抵抗组织“光明沙漠”向大天使号伸出了援助的手，将巴尔特菲尔德队的MS引入了地雷阵，击退了敌人。

依靠抵抗组织“光明沙漠”的帮助，大天使号艰难地打退了巴尔特菲尔德队的猛攻。在与大天使号合流的“光明沙漠”的成员之中，基拉意外地发现了曾在赫利奥波利斯有过一面之缘的少女卡嘉莉。从“光明沙漠”的领导人塞布那里，玛琉等人得知了联合军的维多利亚基地已经陷落的消息。目前唯一的方案，便是从红海经印度洋、太平洋到达阿拉斯加。然而前进道路上最大的障碍，便是由“沙漠之虎”所率领的ZAFT军。巴尔特菲尔德队计划对“光明沙漠”实施报复性攻击。另一方面，大天使号上的众人迎来了短暂的休息。正准备对强袭高达进行调整的基拉被卷入了塞和芙蕾的争吵之中，芙蕾并且公然宣布了自己与基拉的关系。面对塞的诘问，基拉爆发了。这时，巴尔特菲尔德队正式对“光明沙漠”所居住的村庄发动了攻击。

在事先进行过通告之后，巴尔特菲尔德队以弹药和粮食为目标对“光明沙漠”所居住的村庄发动了攻击。在得知消息赶过去救援的穆及“光明沙漠”成员到达村庄的时候，巴尔特菲尔德队早已扬长而去。愤怒的“光明沙漠”的成员对巴尔特菲尔德队实行了追击，但由于实力过于悬殊，反使自己陷入了危机之中。基拉驾驶强袭高达赶到，击退了巴尔特菲尔德队。

为了补充匮乏的物资，基拉和卡嘉莉等人潜入了ZAFT军基地所在的巴拉迪亚的市场。两人偶然与“沙漠之虎”安迪·巴尔特菲尔德相见，并卷入激进组织“蓝色波斯菊”对“沙漠之虎”的暗杀行动之中。由于基拉和卡嘉莉迟迟不归，大天使号被笼罩在不安的气氛当中。格纳库内，塞试图强行启动强袭高达，但他的努力却终告失败。

按照事先的约定，阿斯兰来到拉克丝的家中作客。两人谈到了基拉，阿斯兰得知基拉依旧保留着自己送给他的小鸟，心情郁郁不乐。在PLANT最高评议会上，稳健派和强硬派对采用继续战争还是共存的不同手段展开了激烈的争吵。另一方面，大天使号拟订了强行突破“沙漠之虎”部队的作战计划。

伊扎克与迪亚克在直布罗陀基地与“沙漠之虎”部队合流。大天使号与巴尔特菲尔德队开始决战，驾驶强袭高达的基拉也与安迪·巴尔特菲尔德交上了手。为了扭转不利的局面，卡嘉莉驾驶空中霸王出击。一番激战过后，安迪·巴尔特菲尔德被重伤。

大天使号离开了光明沙漠，驶入红海。基拉击退了ZAFT古恩的进攻。

大天使号艰苦地打退了莫拉希姆队的进攻，然而莫拉希姆队依旧锲而不舍地对大天使号实行追击。卡嘉莉再度驾驶空中霸王出击。与此同时，和尼高尔一起降落到直布罗陀基地的阿斯兰被任命为萨拉队的队长，承担起指挥对大天使号作战的重任。阿斯兰乘坐输送机到卡奔塔利亚基地领取MS母舰，正巧被因机体中弹而偏离作战区域的卡嘉莉发现。小战过后，两人同时落到一个无人岛上。

卡嘉莉驾驶的空中霸王与阿斯兰所乘坐输送机同时被击落，两人降落在同一个无人岛上。在沙滩上遇到阿斯兰的卡嘉莉被阿斯兰以武力制服。由于电波障碍严重，两人都无法与各自的部队取得联系，只得在小岛上度过了一夜。另一方面，基拉也在不停地寻找着卡嘉莉。天明的时候，两人分别被各自的部队救起。

大天使号与追击的萨拉队展开了激战，由于作战地点十分靠近中立国奥布的近海领域，因此双方同时受到奥布军的警告。卡嘉莉表明了自己是奥布公主的身份，几乎被大破的大天使号进入了奥布的基地，萨拉队被迫撤退。奥布的领导人乌兹米·纳拉·阿斯哈向玛琉等人表明了愿意向大天使号提供协助的态度；但作为交换条件，奥布必须得到强袭高达的战斗数据，以及基拉必须到曙光社进行技术支持。

总集编。并添加了对五部集体的资料说明。

萨拉队一行四人借着奥布内部亲PLANT派的帮助秘密潜入了奥布。与奥布达成协议的大天使号开始在奥布的基地中进行修理工作；另一方面，曙光社的技术主任艾莉卡开始解析强袭高达的战斗数据。基拉来到曙光社，不但见到了曙光社正为奥布开发的M1 Astray，还遇上了卡嘉莉。艾莉卡要求基拉协助曙光社开发M1 Astray的操作系统。

玛琉向塞、多尔等人宣布了可以在军队本部与家人会面的消息。除了芙蕾之外，众人都十分兴奋。在基拉调试M1 Astray系统的闲暇里，卡嘉莉向基拉谈起了自己加入抵抗组织的原因。塞等人和父母见了面。不愿意见到父母的基拉在大天使号内等待着芙蕾，此举却被芙蕾认为基拉是在同情她，失态的芙蕾撕开了基拉心底的伤痕。基拉的父母单独与乌兹米·纳拉·阿斯哈会面，言谈之中竟然牵涉着基拉出生的秘密。基拉成功地完成了改良M1 Astray系统的任务；之后，在调整强袭高达时，阿斯兰送给基拉的机械鸟突然飞走。追寻着机械鸟来到基地操场上的基拉意外地发现了秘密潜入的阿斯兰。

修理完毕的大天使号即将从奥布的基地中出发。原本想与大天使号一起行动的卡嘉莉被父亲的话所触动，留在了奥布。在乌兹米、基拉的父母以及卡嘉莉等人的送别下，大天使号终于出发。阿斯兰判断出大天使号的行进路线，并在大天使号的必经之路上设伏。双方在公海展开了激战，依靠强袭高达的三种装备，基拉在与萨拉队四机的战斗中占了上风。为了掩护阿斯兰，迅雷高达被使用剑装备的强袭高达拦腰砍中，尼高尔战死。

迅雷高达被击破后，萨拉队不得已撤退。胜利归来的基拉受到整备班的祝贺，但他本人却因为杀人以及与阿斯兰的关系而无法释怀。另一方面，萨拉队的三人也因尼高尔的死而陷入痛苦之中，特别是阿斯兰无法原谅尼高尔因自己的错误而战死，决意杀掉基拉为尼高尔报仇。萨拉队再度对大天使号发动了攻击。强袭高达、空中霸王一号机与圣盾高达、决战高达和暴风高达开始了惨烈的战斗。混战中，大天使号遭受重创，多尔驾驶空中霸王二号机出击。被穆击落的迪亚克向大天使号投降。赶去支援基拉的多尔被阿斯兰击坠。愤怒的基拉和阿斯兰均发动了SEED模式。一番死斗之后，阿斯兰启动了圣盾高达的自爆装置并脱出，强袭高达和圣盾高达同归于尽。

大天使号刚刚摆脱了萨拉队的纠缠，却又被奥斯曼队追击。在战力严重缺损的情况下，玛琉不得已放弃了对强袭高达和空中霸王二号机的搜寻救援工作，下令撤退。接受大天使号救援请求的奥布军在基拉与阿斯兰激战的地方救起了阿斯兰，并移交给ZAFT军。被玛尔基奥导师救起的基拉在拉克丝家里苏醒过来。

大天使号终于到达了阿拉斯加，但却被命令在舰内待机。克鲁泽告诉逐渐恢复的阿斯兰，他因出色的表现而将被授予星云勋章。塞一直安慰着因多尔在战斗中失踪痛苦的米丽亚莉雅。大天使号的医务室里，米丽亚莉雅对冷嘲热讽的迪亚克举起了刀，被刚刚进来的塞拦住；随后而来的芙蕾对迪亚克开枪，却因被米丽亚莉雅扑住而射偏。

以维利亚姆·萨扎兰德上校为首，地球联合军军令部开始对大天使号上的指挥人员进行审议。另一方面，养伤中的基拉得到了拉克丝的精心照顾。虽然肯定了大天使号的战绩，但萨扎兰德上校认为玛琉对此前一系列的事态应负相当的责任。查问会结束后，萨扎兰德还下达了穆、娜塔尔和芙蕾的转属命令。为了接受星云勋章，阿斯兰从地球乘坐穿梭机返回PLANT。

穆、娜塔尔和芙蕾三人告别了大天使号。随后大天使号接到命令，由第八舰队转属阿拉斯加守备军第五护卫队。由帕特利克·萨拉亲自发布命令，ZAFT军发动了Spit Break作战。然而其目标却并非原先的巴拿马，而是地球联合军总部所在的阿拉斯加。在联合军主力全往巴拿马布防的情况下，作为守备队的大天使号不得不出击迎战。正在拉克丝家里休养的基拉得知了Spit Break作战发动的消息，为大天使号上的友人们担心不已。侵入联合军总部的克鲁泽遇到了尚未离开的芙蕾。听到克鲁泽的声音，芙蕾的眼前出现了父亲的幻觉。克鲁泽将芙蕾击昏并带走。拉克丝领着基拉来到自由高达的格纳仓库。带着拉克丝的期盼，基拉驾驶着自由高达离开了PLANT。依靠着自由高达的强大力量，基拉轻易击破了两架拦截的MS，却与刚从地球返回的阿斯兰失之交臂。

“真·Spit Break作战”进行中。虽然ZAFT军取得了压倒性的优势，但由于联合军的顽强抵抗所造成的伤亡也不少。克鲁泽、穆和娜塔尔得知了联合军真正的作战计划，即以阿拉斯加基地为诱饵，把ZAFT军吸引到这里，然后使用半径为10千米的破坏武器——“独眼巨人”予其毁灭性的打击。穆返回到大天使号上，并将联合军的真意告诉了玛琉等人。玛琉决定撤出战场。然而，大天使号正被密密麻麻的ZAFT部队重重包围着。千钧一发之际，驾驶自由高达的基拉赶到，为大天使号解了围。基拉将通过玛琉得知的联合军的作战方案，于是通告了正在交战的双方，并劝双方停止交战，迅速撤离阿拉斯加基地。“独眼巨人”系统启动，并造成了巨大的破坏。“Spit Break作战”失败的消息传到了刚刚回到PLANT的阿斯兰耳中，同时，他还得知了“在拉克丝的帮助下，新MS被夺取”的消息。

由于“Spit Break作战”的失败及自由高达被夺取，PLANT陷入一片混乱之中。PLANT最高评议会议长帕特利克·萨拉命令刚回到PLANT的阿斯兰去搜索自由高达被盗的协力人——拉克丝。另一方面，与大天使号合流的基拉与众人商讨今后的出路。因为大天使号是未经许可私自撤离战场，所以返回联合军的话肯定会以敌前逃亡罪被拘捕，还不如流亡到奥布。阿斯兰终于找到了拉克丝，然而对于拉克丝“战斗的意义”的疑问，他却无以为答。被拉克丝告知基拉在地球上，阿斯兰驾驶着正义高达开始出击。

大天使号到达奥布，然而却无法自由行动。奥布原代表乌兹米·纳拉·阿斯哈接到了地球联合“若不协力则视为敌对行为”的威胁。在地球联合军的另一处重要据点巴拿马，于“Spit Break作战”中遭受严重失败的ZAFT军卷土重来，想要破坏巴拿马的质量加速机（Mass Driver）；联合军方面则投入了量产型MS GAT-01 Strike Dagger以对抗，但在ZAFT军的超级武器“贡格尼尔”（这个名称来源于北欧神话中主神奥丁所使用的长矛）面前几无抵抗之力。奥布将回收修复后的强袭高达转交给了大天使号，换成可由自然人进行操作的操作系统之后，配给了穆驾驶。

巴拿马之战的结果是联合军高层（不如说是大西洋联邦的人更合适）万万没有想到的，焦虑的他们派蓝色波斯菊的总帅穆尔塔·阿兹拉艾尔率领太平洋舰队前往讨伐“非我即敌”的奥布。随同他们前往的除了量产型MS外，还有最新的三部GAT系列高达。联合军的太平洋舰队兵临城下，一直保持中立的奥布不得不准备开战。大天使号决定帮助奥布抵抗联合军的技工，因此基拉驾驶的自由高达和穆驾驶的强袭高达与奥布的M1 Astray一起并肩作战。众人陷入了与无视光束攻击的禁断高达、强力的接近战型强夺高达以及高火力的灾厄高达的苦战之中。而在这时，前来援助基拉等人的，是阿斯兰驾驶的正义高达和被释放的迪亚克驾驶的暴风高达。

在阿斯兰及迪亚克的帮助下，基拉等人击退了驾驶三部最新的GAT系列高达的克罗特、夏尼和奥尔加，联合军太平洋舰队也因此被迫撤退。原来克罗特等三人并非像基拉那样天生具有MS机师的禀赋，而是要借助药物人为地获得操纵MS的能力，所以实际上也是一种“强化人”（boosted man）。另一方面，基拉和阿斯兰这对好朋友终于可以笑颜相对，站到一条战线上来。而此时的联合军太平洋舰队重整了态势，以驾驶高达的克罗特三人为核心，再度来袭。

联合军太平洋舰队再度对奥布发起攻击。战斗越发激烈，奥布本土岌岌可危，随时都有可能陷落。奥布原代表乌兹米再三权衡后，决定放弃奥布本土。奥布的残存部队集中在宇宙舰草剃号及大天使号上，预备由质量加速机上向宇宙发进。在基拉和阿斯兰两人的联手通力支援下，草剃号和大天使号成功地摆脱了太平洋舰队的攻击，自大气圈脱出。临行前，卡嘉莉终于知道了自己和基拉的姐弟关系。目送草剃号和大天使号离开后，仍留在奥布的乌兹米按下按钮，进行了壮绝的自爆。

脱离了大气圈的草剃号和大天使号准备前往位于L4的废弃了的殖民卫星群。在PLANT，帕特利克·萨拉的肃正行动仍在继续；而克莱茵派也针锋相对地在地下持续进行着反战宣传。一直追求以和平方式来解决争端的前最高评议会议长西格尔·克莱茵在肃正行动中被射杀。芙蕾与克鲁泽和伊扎克一起返回PLANT。联合军在夺回了维多利亚基地的质量加速机之后，为追击大天使号而向宇宙发进。卡嘉莉向基拉告知了两人的双胞胎关系；阿斯兰想回到PLANT，再次与父亲好好谈一谈。另一方面，娜塔尔前往月面基地就任大天使级二号舰主天使号（Dominion）的舰长，军衔也晋升为少校。

阿斯兰前往ZAFT的宇宙要塞“雅金·杜埃”与父亲见面，但帕特利克·萨拉“这场战争的目的就是为了灭绝自然人”的回答让阿斯兰彻底死了心。为了从阿斯兰那里获取自由高达与正义高达的所在，帕特利克将阿斯兰拘禁起来；得知消息的拉克丝等人立即开始行动起来。将脱出的阿斯兰收容的，是以拉克丝为指挥官的ZAFT军的新造战舰“永恒号”，而舰长正是安德鲁·巴特菲尔德。向宇宙要塞“雅金·杜埃”发进的永恒号遭到了ZAFT军追击队的攻击。危急时刻，驾驶自由高达的基拉出现，解救了永恒号。草剃号、大天使号和永恒号在L4的殖民卫星“门德尔”会合了。安迪、拉克丝这些“克莱茵派”的人，也与大天使号的众人再度见面。

得到ZAFT军正在向大天使号驻留的L4殖民卫星群发进的消息后，蓝色波斯菊的总帅穆尔塔·阿兹拉艾尔带着三架高达来到主天使号上，准备抢先一步对大天使号发动攻击。另一方面，正在追击永恒号途中的克鲁泽，似乎对门德尔这个地方十分的熟悉。主天使号对大天使号、永恒号及草剃号所在的门德尔发动了突袭。除了未完成最终调试的永恒号之外，大天使号和草剃号先后出动迎战。双方交战之前，娜塔尔向大天使号表明了自己的身份，劝众人投降并表示愿意在军事法庭上作证；但被玛琉婉言谢绝。在娜塔尔的出色指挥下，大天使号被打得毫无还手之力，草剃号也被牵制住无法行动。克鲁泽队于此时赶到。看着正在交战的双方，克鲁泽决定带着伊扎克秘密潜入门德尔。感应到克鲁泽的存在的穆也和迪亚克回到了殖民卫星。前去帮助大天使号的基拉，自己也陷入了极其严重的境地。

危急时刻，基拉和阿斯兰先后爆发了种能力，将不利局面扳了过来；克罗特等三人被打得一败涂地，机体能量逐渐见底；与此同时，草剃号也摆脱了牵制，前来协助大天使号。见势不妙的娜塔尔当机立断，下令撤退。另一方面，穆和迪亚克在殖民卫星内部遇上了秘密潜入的克鲁泽和伊扎克，四人捉对展开了激烈的MS战。得知驾驶暴风高达的对方正是迪亚克的伊扎克大吃一惊，而迪亚克也要求和伊扎克谈一谈。发觉穆和迪亚克仍未归来的基拉也前往殖民卫星内部，正好救下了被克鲁泽击伤的穆。在克鲁泽的有意带领下，穆和基拉来到了研究所内部。在研究所里，克鲁泽不仅说出这里就是基拉的出生地，而且还透露出一个惊天的秘密……

在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和基拉两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：原来基拉是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工子宫里成功出生的新人类；而克鲁泽竟然是穆的父亲——阿尔塔·佛拉达的克隆体；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着欲望的世界。穆和基拉留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。克罗特等三人恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和自由三架高达均未返回的大天使号，只得由正义高达独自应战。另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。

战斗中，芙蕾带着“打开门的钥匙”乘上救生舱离开了威萨利乌斯号，并发出了救命信号。听到芙蕾的声音后，基拉迅即赶往救生舱，但却为三个强化人所阻拦，救生舱被主天使号回收成功。终于得到了“打开门的钥匙”里关于“中子干扰消除器”的情报，阿兹拉艾尔不禁大喜过望。遭到主天使号和ZAFT舰队夹击的大天使号等三艘战舰突破了ZAFT舰队的阻击。草剃号和永恒号向ZAFT的旗舰威萨利乌斯号合力发动了攻击。在曾经的部下阿斯兰和迪亚克的敬礼中，亚迪斯舰长和威萨利乌斯号永远地消失在漆黑的宇宙之中。 由于主天使号的三个强化人都达到了活动的界限，ZAFT方面也失去了旗舰威萨利乌斯号，大天使号等终于在激战中得以生还，但受伤醒来的基拉却因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克丝的膝上痛哭不已。

“中子干扰消除器”的情报的主天使号暂时撤离了战斗，向月球方向撤退，准备用核武器来压制新人类。然后，从月面基地发进的地球联合军第六、第七舰队带着装备了“中子干扰消除器”的核弹头向ZAFT军的宇宙要塞“博亚兹”进军。没有料想到地球方面会拥有“中子干扰消除器”的ZAFT军被打得大败。醉心于“博亚兹”的胜利的地球联合军，更进一步地向PLANT本国发射了核弹，幸好被驾驶自由高达和正义高达的基拉和阿斯兰联手阻止。焦虑不已的帕特利克·萨拉生怕“染血的情人节”的悲剧再现，决定对地球联合军的舰队使用ZAFT方面的核武器——“Genesis（创世纪）”。

标题：怒りの日ZAFT军的秘密武器“创世纪”所放出的γ射线肆意地射向地球联合军的宇宙舰队，地球联合军伤亡惨重。虽然深为“创世纪”的恐怖所震撼，蓝色波斯菊的盟主阿兹拉艾尔却主张继续攻击。在彼此的兵器的恐怖和被煽动的战意驱动下，地球联合军和ZAFT军开始向你死我活的战场发进。另一方面，基拉等人为了阻止核武器和创世纪继续造成破坏，决定介入地球联合军和ZAFT军的死斗。最终之战的序幕，即将拉开。

“创世纪”发动了第二波攻击，直接摧毁了月面基地，从月面基地出发的地球联合军舰队也被全灭。断绝了后路和援军的主天使号在阿兹拉艾尔的坚持下只得孤军奋战。在激烈的战斗中，M1 Astray小队成员大半阵亡，使得卡嘉莉的种能力觉醒；禁断高达和灾厄高达相继被赶来协助的决战高达和正义高达击毁；穆所驾驶的强袭高达在与克鲁泽驾驶的神翼高达的对决中受损，不得不暂时撤回大天使号。大天使号和主天使号仍然在持续地互相攻击。娜塔尔不愿意再继续这种毫无意义的战斗，在阿兹拉艾尔举枪威胁下仍然下令全员弃船，结果自己被阿兹拉艾尔射杀。阿兹拉艾尔单独对大天使号发动了最后的进攻，穆驾驶强袭高达为大天使号挡住了这致命的一击，自己却壮烈牺牲（其实没死）。万分痛苦的玛琉下令击毁了主天使号。

感应到克鲁泽的存在的基拉驾驶着自由高达与天命高达开始了死斗。混战中，迪亚克所驾驶的暴风高达被天命高达的浮游炮击中；驾驶决战高达的伊扎克前来援救，却被强夺高达所阻击。决战高达使用了暴风高达的大型光束炮，将无论是机体还是机师都到达极限的强夺高达击毁，克罗特战死。在与克鲁泽的死斗中，基拉处于一边倒的不利局面，流星系统也被击毁。就在这时，基拉突然发现了逃生艇上的芙蕾，当两人行将见面时，逃生艇被神翼高达的浮游炮击毁，芙蕾死亡。草剃号和永恒号同时向创世纪开火，但由于相转移装甲的保护，创世纪安然无恙。阿斯兰和卡嘉莉决定进入雅金·杜埃要塞内部来破坏创世纪。陷入疯狂的帕特利克·萨拉将创世纪的下一个目标定为北美大陆的华盛顿，并开枪打伤了劝阻他的部下，最后被部下射杀。雅金·杜埃的自爆系统被启动，然而自爆程序上还连带着创世纪的发射命令。阿斯兰决定以一己的牺牲让正义高达在雅金·杜埃内部自爆来阻止创世纪的发射，却被卡嘉莉劝阻。基拉与克鲁泽的死斗也终于到了最后。神意高达的驾驶舱遭到自由高达光束剑的直击，克鲁泽死亡。雅金·杜埃发生爆炸，创世纪同时发射，神意高达首当其冲，自由高达也被波及。PLANT临时最高评议会发布了停战通告，战争终于结束。劫后余生的阿斯兰和卡嘉莉相拥而泣。在从大天使号上飞出的机械鸟的带领下，阿斯兰和卡嘉莉找到了飘浮在宇宙中的基拉。