来自帕底亚地区的少女莉可，入读了关都地区的全寄宿学校——石英学园。莉可拿到第一只宝可梦新叶喵之后非常高兴，然而新叶喵却完全不听她的话……莉可为了能够加深与新叶喵的牵绊而努力奋斗着。另一边，为了莉可所佩戴的“不可思议的坠饰”而寻找她的一群可疑人物也出现了？！

为了获得“不可思议的坠饰”，莉可遭到了神秘组织探索队的追捕。弗里德和喷火龙一起从天而降并救了莉可，但莉可不敢相信。等待他们的是弗里德的伙伴“飞升伏特攻击队”和他们乘坐的飞船“勇猛浅葱号”！！

新叶喵被探索队抓走了。莉可决心要把新叶喵夺回来，弗里德等人也决定帮助她。莉可和弗里德找到了探索队的藏身之地，但艾梅吉欧已经在那里等着他们了！莉可能够成功把新叶喵带回来吗？！

勇猛浅葱号在荒岛上紧急着陆后，飞船上的宝可梦呆火鳄失踪了。为了寻找呆火鳄，莉可和新叶喵登上了岛屿。另一方面，生活在离岛上的少年罗伊目击到一只神秘的宝可梦。

“我想再次见到呆火鳄”，抱着这种想法的罗伊来到了飞升伏特攻击队的飞船上。然而因为运气不佳，他没能见到呆火鳄。眼看离出发时间越来越近了，他们还能再次见面吗？就在这时，艾梅吉欧率领的探索队的潜水艇已经逼近了飞船。

为了夺取莉可持有的坠饰，探索队登陆了离岛，挡在了飞升伏特攻击队的面前。莉可和罗伊相互合作，与新叶喵及呆火鳄的组合打得非常顺利，但艾梅吉欧与钢铠鸦趁隙朝他们逼近。就在这时，莉可的坠饰又再次发光！与此同时罗伊持有的“远古精灵球”也发生了异变...！？

飞升伏特攻击队继续他们在空中的旅程。莉可和罗伊为了想在对战中变得更强，接受了船长皮卡丘的特训。 在强大无比的船长面前，新叶喵和呆火鳄完全不是对手。后来透过与船长的特训，莉可注意到一些细节。

飞升伏特攻击队的食物正在耗尽，似乎有人一直在偷吃。在别无选择之下，大家只能分头去购买食物，以便补充。另一方面，在大家不在的时候，被分派看守飞船的莉可，很高效地完成她洗衣打扫的工作。之后她前去一窥从罗伊那里打听到的“特别秘密”。

飞升伏特攻击队终于抵达莉可的家乡帕底亚地区。莉可的父亲亚历克斯出来迎接莉可、弗里德和罗伊他们。然而回到久违的家里放松的莉可，不经意间听到亚历克斯“希望她从现在开始一直待在家里”的心里话。莉可刚开始没多久的冒险难道要在这里结束吗？

在亚历克斯的指引下，莉可和罗伊前往拜访深钵镇的道馆馆主寇沙。但是寇沙的道馆目前却是关着的。两人因为吃了闭门羹而不知所措，而就在这时，冠军级别的训练家妮莫出现在两人面前。她带着他们前往寇沙的工作室。

莉可与罗伊正前往据说是寇沙遇到黑色烈空坐的森林，飞升伏特攻击队的莫丽也对此感兴趣而决定和他们同行。途中，三人目睹了山火带来的残迹，但他们的目的地竟然还保留了下来，没有被烧毁。莉可等人开始寻找烈空坐，但不久后，三人就走散了。就在这时，住在森林里的奥利瓦也有了动静……？

莉可与罗伊再次目睹了山火带来的惨状。为了在那边生活的野生宝可梦，莉可决定让森林恢复生机。莉可他们借助飞升伏特攻击队的同伴的力量，埋下树的果实，耕地……奋力地行动着。看到他们辛勤工作的奥利瓦发生了奇怪的变化。在此同时，莉可的坠饰再次发光。

莉可的外婆在伽勒尔地区，那就出发吧！然而没想到飞船的控制系统发生了故障。飞升伏特攻击队决定在系统恢复前进行一次野餐。莉可和其他人一起享受着做三明治的乐趣，但她心里一直牵挂着留在飞船上的小点……

罗伊和呆火鳄对在野餐时见到的那只奇怪的电海燕感到非常好奇，决定再去看看。为什么这只电海燕会离群独处，这其中到底是什么原因？另外一边，飞升伏特攻击队的宝可梦博士弗里德发现有一只可疑的宝可梦出现在飞船附近。当他朝着那只转身逃走的宝可梦追过去时，又会有什么在等着他？！

莉可外出购物时失踪了！飞升伏特攻击队通过小点在网络上搜集到的情报在深钵镇内寻找，却没有找到她……察觉到有无形敌人存在的他们开始感到紧张起来。而身为搜寻王牌的小点为了加快搜寻速度，竟然联系到了酿光市的道馆馆主兼人气动画直播主奇树？

莉可的坠饰不知被谁抢走了。飞升伏特攻击队推断罪魁祸首仍在附近，于是展开了将其夺回的行动。而正在寻找坠饰的莉可一行人，突然发现和古代冒险者卢修斯一起旅行的“六英雄”宝可梦之一的奥利瓦的远古精灵球发出了光芒。这道光指向的地方是……？！

电海燕与呆火鳄争吵不休，无法友好相处，这让罗伊感到苦恼。他希望通过让它们并肩作战挑战船长皮卡丘来加深它们之间的感情，但是它们在战斗中无法默契配合，之后又扭打了起来。与此同时，航行中的勇猛浅葱号即将遭遇乱流……

船长皮卡丘飞上了高空？在对战时，船长皮卡丘看起来就像是在空中飞翔。为了了解这个秘密，莉可和罗伊向弗里德询问，但似乎被敷衍了。在奥莉奥等同伴的帮助下，弗里德终于拗不过，说出了他和船长皮卡丘邂逅的故事。而这也是飞升伏特攻击队建立的秘密……

一行人抵达伽勒尔地区。得知莉可的外婆黛安娜在一座古城中，众人决定离开飞船经由陆路前往。然而由于火车停开，他们决定在机擎市度过空闲时间。莉可与罗伊跟着马德克一起前往对战咖啡馆。在那里，他们遇见了马德克以前的同事——糕点师米切尔。但是，两人好像有一段什么因缘……？！

莉可与罗伊遇见了机擎市道馆馆主卡芜。他们得知卡芜来自丰缘地区，认为他可能知道同样也来自丰缘地区的传说宝可梦烈空坐，因此向他询问。卡芜被他们的精神感动，决定对他们进行训练。人生就是修行不止，至死方休！卡芜的火之特训，现在开始！！

根据卡芜提供的情报，莉可和罗伊一行人前往伽勒尔矿山寻找黑色烈空坐。在路上，他们发现了一只昏迷的迷布莉姆。莫丽诊断它因为“心的问题”而无精打采；换句话说，这只迷布莉姆可能是因为不断捕捉到周围生物的感受而受伤。莉可不忍心丢下迷布莉姆不管，决定独自照顾它……？！

飞升伏特攻击队为了寻找黑色烈空坐而再次来到伽勒尔矿山。在探索时和弗里德走散的莉可和罗伊听到奇怪的声音而前往深处。在那里，他们居然发现了不知出于什么原因而耗尽气力、失去精神的人和宝可梦！与此同时，探索队的艾梅吉欧一行人也追着黑色烈空坐而来到矿山……

在伽勒尔矿山里出现的并不是黑色烈空坐，而是和古代冒险者卢修斯同行的六英雄宝可梦之一——持有远古精灵球的伽勒尔火焰鸟！莉可他们尝试通过某种方法接近燃烧着愤怒之火、令人不敢接近的伽勒尔火焰鸟。“赢得对战并不是宝可梦训练家的唯一道路”，道馆馆主卡芜的话所启发的究竟会是怎样的策略？

莉可的坠饰变成了一只神秘的宝可梦。为了得知它的真实身份，莉可一行人前往她的外婆黛安娜的所在处，最终在一座隐蔽的古城里和她重逢。黛安娜提到了卢修斯的冒险故事以及神秘的宝可梦“太乐巴戈斯”。与此同时，跟踪莉可等人的探索队的艾梅吉欧一行人正朝着古城逼近……

莉可、罗伊和弗里德为了见黛安娜而来到伽勒尔的古城。就在他们和在那里出现的艾梅吉欧交战时，珊瑚和奥尼基思竟然也前来围攻！究竟莉可与罗伊能否守护太乐巴戈斯呢？

黛安娜也来到了飞船上。长时间沉睡的太乐巴戈斯也开始自行四处探索，使得莉可被折腾得手忙脚乱。不过，新叶喵似乎对只关心太乐巴戈斯的莉可感到不大高兴……

从小点那里得知了关于烈空坐的最新情报，飞升伏特攻击队一行人来到伽勒尔地区的旷野地带。只是可惜情报是假的。小点对此感到遗憾，而莉可建议一起做咖喱来消遣，于是他们决定在旷野地带休息。与此同时，探索队总部的干部们也集结到了一起。

莉可、罗伊、弗里德拜访了黛安娜的熟人泰彭的古董店。他们希望能够获得有关远古精灵球的情报，但是询问后也得不到任何答案。正当莉可他们打算返回飞船时，却发现罗伊的远古精灵球不翼而飞了！偷走它的难道是……？

根据泰彭提供的情报，莉可、罗伊、弗里德和奥莉奥四人前往位于伽勒尔地区的精灵球工厂。而工厂的负责人是对稀有的精灵球感兴趣的精灵球工匠卡娜！曾是同事的奥莉奥和她志趣相投、一拍即合。只不过，卡娜随后提出了一点建议……

今天也要进行对战特训！……然而，呆火鳄却“呲溜”一声脚滑绊倒了。而其中原因，是落在对战场地上的紫色神秘液体。于是罗伊和呆火鳄一起对紫色神秘液体的身份进行调查。另外一边，莉可也听到了“咔嚓”的神秘声音。在勇猛浅葱号上到底发生了什么事情？

白雾中的歌声……那是关于神秘宝可梦的传闻，相传它会用歌声来引导和帮助在雾中迷失方向的船只。飞升伏特攻击队从情报中得知它的真实身份是发着光的拉普拉斯，于是朝着传言中的海域出发了。“或许就会遇见六英雄中的拉普拉斯呢……！”莉可和罗伊他们对此满怀期待，但是在水面登陆行海路的勇猛浅葱号却突然被浓雾包围了。

在弗里德的作战策略下，拉普拉斯终于在白色的雾中出现。它闪闪发光的身姿和太乐巴戈斯发生了共鸣，果然它是卢修斯的六英雄之一吗？然而，拉普拉斯和它的宝可梦同伴们向勇猛浅葱号发起了进攻。飞升伏特攻击队和拉普拉斯它们的海战开始了？

将心意传达给了六英雄的拉普拉斯之后，这次事件终于得到了解决……但是没想到，飞升伏特攻击队一直追寻的黑色烈空坐突然出现在上空！虽然罗伊已经做好了战斗准备，但是探索队的艾梅吉欧突然出现和插手！受到攻击的烈空坐变得愤怒起来，莉可等人陷入了危机……就在这时，太乐巴戈斯的身体开始发光了？！

当莉可和罗伊听说戴安娜将要离开飞船时，他们准备和伙伴们合作筹划一场告别派对！同时，被烈空座击败的艾梅吉欧为了增强实力，决定与汉保进行战斗！

随着旅行资金的耗尽，飞升伏特攻击队陷入困境。为了赚钱，弗里德等人接受了寻找迷路的宝可梦・纳噬草的委托。期间一行人遇到了滥捕野生宝可梦的猎人，正打算展开对战的时候…!?

咕噜咪的一位听众向咕噜咪求助，说是有一场双打对战比赛，但是她的飘香豚却不想和任何人组队，因而遇到麻烦。于是咕噜咪希望莉可、罗伊和润水鸭帮忙解决问题。而从听闻来看，似乎是因为飘香豚恋爱了……？

在接到弗里德一位考古学家朋友的“挪移在遗迹发掘现场的岩石”委托后，飞升伏特攻击队前往挖掘现场。然而工作却难以开展。而其中原因是凶恶的混混鳄和流氓鳄在阻挠工作。于是莉可、罗伊和弗里德为查明其中真相而在遗迹里进行调查。

飞升伏特攻击队的飞船勇猛浅葱号因为遭遇暴风雨而暂时停泊，负责治疗宝可梦的莫丽正在为宝可梦进行健康检查。当莉可带着迷布莉姆接受检查时，迷布莉姆察觉到不知是谁的气息存在。没想到，在船上发现一只一对鼠溜了进来。一般情况下一对鼠都是结对行动的，现在却只剩下孤零零的一只，着实有些奇怪。该不会是有什么紧急情况发生了吧？！将心意传达给了六英雄的拉普拉斯之后，这次事件终于得到了解决……但是没想到，飞升伏特攻击队一直追寻的黑色烈空坐突然出现在上空！虽然罗伊已经做好了战斗准备，但是探索队的艾梅吉欧突然出现和插手！受到攻击的烈空坐变得愤怒起来，莉可等人陷入了危机……就在这时，太乐巴戈斯的身体开始发光了？！

莉可、罗伊和小点前往以工业品闻名的铁龙镇购物。途中，小点却和莉可、罗伊走散了。就在不情愿地单独行动时，小点遇到了通过敲打铁屑来制作锤子的宝可梦小锻匠。而这只小锻匠似乎对小点购买的某样东西感兴趣……？当莉可和罗伊听说戴安娜将要离开飞船时，他们准备和伙伴们合作筹划一场告别派对！同时，被烈空座击败的艾梅吉欧为了增强实力，决定与汉保进行战斗！

莉可和新叶喵、罗伊和呆火鳄一起进行对战练习！……但是没想到，在对战练习时发生了意外，新叶喵误伤了莉可。“这不是新叶喵的过错”，尽管莉可这样安慰新叶喵，但新叶喵似乎有什么心事？从英勇浅葱号上逃离的新叶喵，竟然前往自己出生和成长的培育家的家里？！随着旅行资金的耗尽，飞升伏特攻击队陷入困境。为了赚钱，弗里德等人接受了寻找迷路的宝可梦・

小点的母亲布兰卡来到勇猛浅葱号上。布兰卡似乎是来迎接小点的，因为小点只是在“试用期”。莉可和罗伊想要阻止小点离开，因此想听听她的真实感受。小点加入飞升伏特攻击队的前所未闻的秘密，是时候揭晓了！咕噜咪的一位听众向咕噜咪求助，说是有一场双打对战比赛，但是她的飘香豚却不想和任何人组队，因而遇到麻烦。于是咕噜咪希望莉可、罗伊和润水鸭帮忙解决问题。而从听闻来看，似乎是因为飘香豚恋爱了……？

飞升伏特攻击队来到帕底亚地区的海边。莉可和罗伊在尽情享受和海洋宝可梦共处的时光，但是呆火鳄突然被海水冲走了，陷入了大麻烦！在困境时海之英雄海豚侠将其救下，这让罗伊对它的酷炫感到兴奋不已。与此同时，似乎有人潜伏在附近计划拍摄“从未有人见过”的海豚侠变身场面……？在接到弗里德一位考古学家朋友的“挪移在遗迹发掘现场的岩石”委托后，飞升伏特攻击队前往挖掘现场。然而工作却难以开展。而其中原因是凶恶的混混鳄和流氓鳄在阻挠工作。于是莉可、罗伊和弗里德为查明其中真相而在遗迹里进行调查。