小时候看了闪亮夏莉欧的魔法表演后被吸引，梦想成为魔女的少女，敦子·篝。16岁的阿科，保持着心愿决定到魔女的名校“新月”入学。满心期待来到布莱顿贝利的敦子，在街上寻找着与新月有联系的车站。但是那里是只有靠魔女才能使用的灵脉连接的“扫帚车站”。不能使用魔法的敦子也没有驾驭灵脉的手段，就此走投无路。严格的新月如果赶不上开学典礼就会立刻退学……！

敦子终于开始了魔法的学习而心情澎湃，但是学习与想象不同，平凡又无趣。和夏莉欧那样闪闪发亮的梦与奇迹的魔法有着天壤之别。敦子因梦与现实的差距而感到生气。但是对于说想变成夏莉欧那样的敦子，周围投来了冷漠的视线。被称为新月开办以来的天才戴安娜也放言夏莉欧在魔法界的评价已不复存在。被全世界所喜爱，敦子相信着给予了梦的夏莉欧的魔法，让戴安娜亲眼目睹夏莉欧的奇迹并拿出了闪耀魔杖，但…。

连基础魔法都不会的敦子从指导员厄休拉老师那，得到了自己专用的扫帚。因此能在空中飞行而感到喜悦，但是扫帚却一点反应都没有。此时即将举办传统的“新月杯扫帚接力赛”。以三人为一组决出胜负。在其历代优胜者的照片中看到夏莉欧的敦子，还没跟两人说就擅自决定参加扫帚接力赛。接力的头号种子戴安娜，对飞行魔法很有自信的阿曼达等竞争选手纷纷出场，然而敦子她们能在扫帚接力中获胜吗！？

一天，因为偷偷潜入学校的厨房偷吃挞的原因敦子她们三人作为处罚被命令搬卸食材。但是那天是洛蒂一直期待着的小说《日暮》的新书发售会的日子。据说是120年间一直编写《日暮》的作者魔女安娜贝尔·克雷姆第一次在世人面前现身的活动。把一切都赌在这个活动上的洛蒂因被发出外出禁止令而十分难过，不过敦子想到一个好主意…！？

在魔法药的精制实习上敦子班和阿曼达、亚斯明卡、康斯坦策三人一起上课。但是脾气不合的敦子和阿曼达马上开始吵架了，作为惩罚被命令打扫“新月之塔”。在扫初中，目击到了新月之塔最顶层的魔力之源“魔导石”被龙夺走。魔力中断，妖精们也动不了，无法使用魔法的新月学园连课都没法上，于是敦子闹着要去龙那里夺回魔导石。因被戴安娜阻止反而更火了，洛蒂和苏西、敦子她们也一起前往龙的住所拉斯塔班遗迹。

至今还无法使用变身魔法的基础的敦子，被告知于汉布里奇伯爵的欢迎派对之日也得在自己的房间尽努力习得变身魔法。男性来访新月已时隔100年，而且伯爵的儿子安德鲁被称呼为名门学校艾伯顿的贵公子。学生们热烈讨论着。派对开始时，魔法完全没长进而失落的敦子想起了夏莉欧的“普拉里斯之泉”，为了寻找那个泉而冲出房间，但不料安德鲁也卷进来的事态发生了…。

在普拉里斯之泉洗心革面的敦子，想努力靠近夏莉欧而变成认真上课的样子。即便受到厄休拉的协助，基础魔法依然还是无法熟练使用。接着第一次考试开始，但是敦子无论怎么做都是不及格。在实技测试中终于弄出了被害者，在菲涅兰的魔法哲学的考试也不及格的时候，被告知了退学处分……

完成了可疑的实验药的苏西，亲自喝了那瓶药后陷入了深眠。第二天早上，敦子和洛蒂想叫醒苏西却醒不来，即便被蘑菇覆盖也没有一点醒来的迹象，洛蒂想起了魔女持有的病“沉睡森林的魔女”。敦子为了叫醒苏西在洛蒂的帮助下进入苏西的梦中世界…。敦子能否顺利让苏西醒来呢！？

敦子她们等待已久的外出假日到了。菲涅兰老师刚宣告出校的注意事项，就快速打破了那个规则。为了采蘑菇而被苏西带到墓地中却不小心把墓碑搞坏了，为了修理那个墓碑而使用修理魔法，然而苏西拿着的蘑菇却与魔法混在一起，复活了个出乎意料的东西。以布莱顿贝利为舞台卷起了意外的骚动。

敦子和洛蒂对苏西送错的被刺的人会对第一眼看到的人一见钟情的“一见钟情蜂”看起来很稀奇。为了前往汉布里奇伯爵的聚会而盛装打扮的汉娜和芭芭拉刚好路过。被两人得意地说起聚会的事，敦子强行决定与洛蒂、苏西一起参加聚会。首先想要入手礼服并来到魔道具咖啡店，暂且入手了卖剩的灰姑娘套装，于是三人巧妙地潜入会场，然而敦子被安德鲁发现并要被赶出去时，苏西把一见钟情蜂从瓶子中放了出来…！？

与厄休拉做魔法练习的敦子，仍旧不擅长而感到失望。那晚，敦子想起了夏莉欧卡的“蓝月”。数年一次，当一个月里有两个满月时的第二个满月“蓝月”，那就是今晚。与据说只能在这晚相遇，拥有所有知识，回答中意之人的提问的太古亡灵相见，敦子为了确认自己能否真正成为如夏莉欧一样的魔女，半夜跑出了宿舍。

“新月魔法祭”马上就要举行。在那个魔法祭将授予最有才能的魔女“月光魔女”的称号，因为夏莉欧也被选上过，所以敦子与厄休拉共同努力着。此时，用抽签来决定魔法祭的负责人，被选为魔法祭的最后与半夜的钟声一起觉醒的古老幽灵“叹息的巴哈洛瓦”的活祭品负责人的敦子，愈发感觉到了与既被选为魔法祭实行委员长兼“月光魔女”的最有力候补的戴安娜有着差距，但因为一些琐事也了解到了戴安娜的背后的努力…。

在“叹息的巴哈洛瓦”的活祭品仪式，敦子说想要使用变身魔法让巴哈洛瓦笑起来。热情地述说像夏莉欧一样让大家欢笑才是魔法，然而却被洛蒂和苏西反对，普通的仪式就好。敦子便想办法要让两人理解而不断练习变身魔法。看到她那个样子的洛蒂和苏西心情也逐渐变化，但时间到底还是不够！……随着敦子的练习半途而废，“新月魔法祭”开始了——！！

万圣节也结束了开始了新学期的新月学园迎来了新任教师克洛娃。同时，勤务员妖精们组成劳动联盟，谋求魔导石的能量而发起罢工。在新月学园的扫除、洗衣、料理等全部的生命线都停止了，甚至占据魔法石导致无法使用魔法。就这样下去校园生活会出故障，教学也无法进行。于是敦子决定与妖精们交涉……！？

作为新任教师来教课的克洛娃，与继续守护传统的新月学园的教师们划清界限。让科学和魔法融合的现代魔法，使用最新机器的技术和魔力，逐渐使学生们入迷。而且克洛娃还是新月学园的毕业生的时候被赞誉为凌驾于夏莉欧的学生。听到这个的敦子想听当时的夏莉欧的故事而去拜访克洛娃，但……

为了将剩下的4个言之端叶注入生命，厄休拉告诉敦子，必须要通过自己的力量成长而知其意义。在不管不顾地寻找言之端的线索叶时，闪耀之杖起了反应。厄休拉说为了体会“Maenbudisbood”，敦子缺少的“某个东西很重要”。然后闪耀之杖起反应就是指让她体验一下“何物”，而那似乎离敦子很近。敦子为了寻找言之端叶首先去往洛蒂的家。

根据闪亮夏莉欧的引导，敦子得到了下一个言之端叶的线索。这次的言之端叶似乎与古老的知识和传统有关。偶然得知此事的阿曼达在俱乐部把听到的情报告诉敦子。那是来自布莱顿贝利的圣杯传说。被拥有1000年以上历史的艾伯顿学校隐藏的圣杯，似乎会在从以前流传的传统仪式中使用。鼓动与言之端叶有关系的阿曼达与觉得可疑的敦子，为了确认真伪而潜入艾伯顿学校！

在12天捕获全部流浪鬼魂的“荒野打猎”。“荒野猎手”们也要来布莱顿贝利。学生和老师都在翘首等待着这一年一度的活动。此时康斯坦策也加入荒野打猎。康斯坦策正在制作专用的机甲，敦子却把伙伴斯坦机器人给弄坏了。为了道歉而提出帮忙的敦子净是帮倒忙没任何用处。离荒野打猎已经没多少时间了！敦子和康斯坦策能顺利赶上吗！？

九大魔女之一的贤者贝特利克斯代代延续的魔女名门贵族，卡文迪什家。因必要的事而必须急忙赶回去继承其家主之位的戴安娜，决定离开新月学园。汉娜和芭芭拉因突然事件而无法抑制动摇。敦子也感到意外，于是追问戴安娜，但无法阻止不寻常的戴安娜。甩开敦子，戴安娜就这样离开新月而去……

为了把戴安娜带回来，敦子不请自到卡文迪什家尝试说服她辞退当家仪式。但是戴安娜的意志很坚定。一进行仪式戴安娜就会成为卡文迪什家的正式当家。敦子的想法是偷偷去往戴安娜为了成为卡文迪什家的当家而不得不去的圣堂。听说戴安娜的姨妈达莉尔给戴安娜设下圈套的敦子，和安德鲁一同去向若妨碍便会遭受灾祸的卡文迪什家的仪式，但……。

听说夏莉欧登上传说中之树“瓦冈蒂亚”并得到第六个言之端叶“Rion”的敦子，恨不得马上就前往瓦冈蒂亚。但是，被厄休拉劝止道现在去的话很危险。焦急地想尽早追上夏莉欧的敦子不听厄休拉的制止，在克洛娃的劝诱下前往就快开花的瓦冈蒂亚。

厄休拉把最后的言之端叶的咒语传达给敦子，并决定把一切都告诉她。但是，因时机不好而错失了那个机会。此时，敦子为了与安德鲁见面而来到城市，但在大街上以足球的“进球疑惑”问题为开端，对邻国人士的憎恨感情开始高涨。不稳定的气氛正在扩散中，敦子从发现了之前就目击到的可疑的东西，并紧跟其后，但…

一直在近处守护的厄休拉，其真实身份竟然是敦子从小就憧憬的闪耀夏莉欧！从夏莉欧本人口中得知事实而受打击的敦子跑出了那个地方。洛蒂和苏西担心没有回新月学园的敦子而与戴安娜等人在布莱顿贝利到处寻找。另一方面，厄休拉为了阻止克洛娃而向新月之塔走去。

吸取人们的感情变换为魔法能量而启动的黑暗之杖，成为了解开究极魔法的封印的关键。为了让拥有巨大的力量的黑暗之杖变形并解开封印的克洛娃，前往阿尔克图拉斯之森。但是这超过克洛娃的预想，得到力量的魔怪违背意志开始向克洛娃发起攻击。厄休拉为了救出克洛娃挺身而出对抗魔怪，但…

暴走的克洛娃的魔怪附在导弹上，卷入世界的危机迫在眉睫。在那里的全员没有对策而正要放弃时，只有敦子一人断言应该有我们魔女能够做的事。被敦子的话打动，在那里的九个魔女们为了创造奇迹而站了起来。敦子等人自誉为“新九大魔女”去对抗魔怪导弹！