随风而去，随意而行，小智和皮卡丘继续着他们的冒险，接触着在路上与遇到的野生宝可梦—策划着抢夺皮卡丘的火箭队­­—每天都这样度过着这样的冒险的小智和皮卡丘，在某片树林里，遇到了受伤的传说中的宝可梦拉帝亚斯...!

小智和皮卡丘继续着旅行，来到了海边。在海边，他们遇到了野生的铁臂枪虾，正当小智准备收服的时候，被过去的旅伴小霞打断！双方毫不相让，互相争着要“自己收服铁臂枪虾”，于是决定用钓鱼的方式来决出胜负…？！

小智和皮卡丘与过去一同旅行的小刚和天桐再会。然而，小刚却正因为失恋而失落着……此时野生的布莉姆温突然把小刚给带走了…！而那个理由是！？小智，小霞，天桐他们能够把小刚给抢回来吗？！

持续旅途的小智和皮卡丘一行人为了要观看世界最稀有的“攀瀑的鲤鱼王”而来到一座山。在那里他们遇到了一只冻原熊，这只冻原熊用强大的冰冻力量让四周的所有一切都结冻，这让小智看得非常兴奋。然而，这只冻原熊看起来似乎有什么困扰？

来到港口城市的小智和皮卡丘一行人。在人群中看到了曾经一起旅行过的杰尼龟率领的杰尼龟消防队正在进行表演！现在杰尼龟消防队已经成为了被许多人喜爱的人气团体！！小智他们也来享受着表演。另一方面，火箭队成为杰尼龟的经理，好像有什么企图…！？

旅行中，火箭团突然袭击了正在悠闲沉睡的小智他们。总算是击退后，连皮卡丘和火箭队一起都飞到天空的远方去了!小智和失散的皮卡丘想要会合，互相寻找着对方…。虽然分开，但是一心同体的。两人能再次相见吗…!?

小智和皮卡丘与曾经一起旅行过的拉普拉斯重逢。拉普拉斯好像在寻求什么帮助…。小智等人在拉普拉斯的带领下来到了岛上，竟然有一只陷入洞穴被卡住的吼吼鲸！大家千方百计的想将吼吼鲸从洞穴里救出来，但是到底能救出来吗!?

小智和皮卡丘他们来到了某条街上，这里最近各家各户都发生了各种奇异现象。为了解决这一案件，小智他们来到了案发现场寻找线索。而此时他们则目击到了一只诅咒娃娃。诅咒娃娃侵入到各家各户并从中带出各种物品，它的目的到底是什么呢？

武藏、小次郎、喵喵从火箭队本部收到了自身在各地收服的宝可梦！火箭队很高兴能与过去的伙伴重逢。于是，火箭队决定赌上一切进行皮卡丘捕获大作战！？

小智与皮卡丘面前，拉帝亚斯再次现身。并利用「梦境转映」让小智看到攻击拉帝欧斯的宝可梦猎人！小智与皮卡丘决定一起前往拯救拉帝欧斯。他们能顺利救出拉帝欧斯吗！？

「你已经是冠军了，距离宝可梦大师还有多远呢？」回到真新镇的小智与皮卡丘，受到了小茂的提问。与皮卡丘一起旅行以来，小智就一直以成为宝可梦大师为梦想努力。小智能否答案呢―！？