在日本南方浮现的岛，南十字岛。这个岛上居住的少女，扬卷和子和其未婚夫新藤诹访，在夜晚海边发现漂来的少年。 少年的名字叫特纳西·塔科特。 这个说着“来做厉害的事”的少年，为了入学南十字学园高等部，竟然从本土单身游泳来。在青空蓝海的背景下，以天生的爽快性格顺利开始学园生活的塔科特。但是那个夜晚，可疑的戴着假面的什么人袭击和子。为了将和子救出，塔科特他们向岛的地下遗迹前进。

与绮罗星十字团的接触到第二天。塔科特在诹访的介绍下参观了戏剧部“夜间飞行”。 那个时候，南十字岛的地下，绮罗星十字团大会召开了。在如今队长不在状态的他们，实质上各组织领头的会议，决定打倒银河美少年·塔科特操纵道伯恩的人。然后，马上绮罗星十字团中的“Fliament”出动了。

被这个月的生活费所困的塔科特，在现如今是高中生的同时，也是世界大富豪的妻子的渡边加奈子的豪华客船上打工。 在船上，特科特与渡边的部下孝之进行剑术比赛。傍晚，绮罗星十字团大会第4队“成人银行”的代表“头取”主张赛巴迪应该归自己所有，为了张显自己的实力，渡边派遣了部下孝之与塔科特战斗。 战斗中的塔科特使用了新招数光之剑。

有一天早上，和子醒来周围谁也没有。和子不可思议地一边想一边来到到海岸，在那里找到塔科特。他们四周都走遍了也没发现一个人，这里是只有和子和塔科特的两人世界。过了一会，塔科特和和子说“想去本土看看吗？”，听到这句话后陷入沉默的和子。随后，和子开始将不能离开岛的原因告诉了塔科特。

南十字岛最近原因不明的小地震频发。在同一时间南十字学园里出现了一个神秘的美少女。转瞬之间将学园里的男生全部俘虏了，从这个美少女的身上，有不可思议的香气飘出。不久，“夜间飞行”的诸位，终于知道了这个美少女的原形和地震的关联性。为了阻止这个美少女的再一次动作，塔科特接近了她。

塔科特的怀表坏了，和子邀请塔科特说带他到钟表店，同时还邀请了诹访。但诹访与平时不同的态度拒绝了。其实那天是诹访的生日。街上的约会的同时，和子将诹访讨厌自己的生日原因告诉了塔科特。那是诹访的家代代相传，继承王之印记的人的宿命的原因。

诹访进行了王的赛巴迪扎麦克驯化后的第二天。对于依旧陷入昏迷状态的诹访，和子十分担心，就请假从早上开始祈祷，面对那样的二人，对于什么都做不到的塔科特感到焦急和孤独。另一方面，“王之子”的出现对绮罗星十字团的每个人带来很大的打击。曜鞠野对自己的部下下达了战斗命令。

诹访觉醒了的第二天。学校的风景和往常一样，不过，和子，塔科特和诹访的3人周围的空气有些奇怪。另一方面，那天傍晚召开的绮罗星十字团的总会上，会上因为红绪吻上了诹访而十分沉闷，昨晚与诹访接吻成功的她，自己的第一阶段的力量是将亲吻后的诹访成为自己的东西并操纵。

有一天，塔科特在学校与一个叫做水野的少女相遇了。被称为“魔女之子水野”的女孩，和小鸟交谈和别人教魔法的咒语，在学园里十分不可思议。另一方面绮罗星十字团中，教授宣布坏了赛巴迪的复原终于成为了可能。那是因为现在所在不明而存在的四个四方的巫女的去向也有了意义。

在南十字学园高等部举行球技大会上，参加棒球淘汰赛的塔科特一组和水野所在的2组对战。在比赛期间与水野的双胞胎姐姐的鞠野相遇。和往常一样亲切打招呼的塔科特与2组的鞠野的敌意的眼睛凝视着。不久比赛结束了，那个时候，塔科特按照水野所教的说出了“没关系的咒语”。

有天晚上进行的绮罗星十字团大会上，西蒙娜听到了意想不到的谣言，渡边竟然将赛巴迪利用着。献身侍奉的同时，也经常陷入复杂的思想感情西蒙娜。那是因为自己的成长和渡边有着巨大的关系。因此西蒙娜自己的赛巴迪交给为孝之，让他与塔科特对决。

西蒙娜失败而被追究责任陷入窘境的绮罗星十字团第4队“成人银行”。其代表董事长渡边终于决定自己亲自打倒塔科特定。几天的犹豫之后，渡边坐上了自己的赛巴迪。

某个星期天的早上，红绪在诹访的家里突然出现向诹访进行剑术的排练申请。学园首屈一指的剑术的持有者红绪。那样的她诹访决定让塔科特代替自己作为红绪对手，结果塔科特比赛输了。

赛巴迪的复原成为可能的绮罗星十字团。为了寻找日死亡巫女，开始了赛巴迪的复原工作。同时戏剧部“夜间飞行”，在下一次的公演的演出节目中，发表了塔科特与水野的接吻戏。水野高兴向姐姐报告，而自己也对塔科特上寄予感情的双胞胎姐姐却陷入了复杂的感情。

水野和鞠野的妈妈回到了南十字岛。丢下自己去追男人的母亲的突然回来的消息令两人心情十分复杂。就在那时，偶然间，水野知道了塔科特喜欢的人是和子。连续的打击，没想到，鞠野却用无情的语言中伤水野，于是，水野有了去往本土的决心。

放弃离家出走返回家里的水野，注意到了鞠野不见了。水野在家里等，结果到了晚上鞠野也没有回来。第二天，化学实验室凯特遇见了水野，就那样水野被带到绮罗星十字团到地下遗迹。水野的巫女赛巴迪被驯化。终于进入第三阶段。

来泡海水浴的塔科特和和子等人，在那里遇到了矽·原和雅达利·高。另一方面，在那天的傍晚，举行了绮罗星十字团大会上，竟然是所有的电器柩都被破坏，所有印记拥有者们政变发生了。

暑假的最后一夜，南十字学园高等部学生寮举办了烤肉聚会，结果塔科特的房间被烧毁了。于是决定在诹访家寄宿，在那里塔科特和和子找到了儿时一起唱歌的凯特的照片。第二天，为了挣生活费的而四处打工的塔科特遇见了同样在打工的凯特。

和子的生日到了。为了庆祝，塔科特和诹访做咖喱还一起走上街头，度过久违的三人快乐时光。但是，在凯特打工的卡拉OK店的地方相遇。原和小光，利用第一阶段的力量将自己变成了塔科特和诹访。

南十字岛的天空出现彩虹的那一天。贺白城想起了从前。那是领头还是叫特基欧，岛上还自己的未婚妻空的时候的事。被特基欧所画的画迷惑的空和特基欧变得亲近，三人的关系就开始坏掉了。

绮罗星十字团·科学行会中结束阶段系统的新的装置完成。那是一个划时代的，以“赛巴迪”的状态人为推进到第3阶段以上的东西。

在南十字学园祭上，“夜间飞行”上演的戏剧《神话前夜》上演。普通的人看不见身影的不可思议的少女·克里斯（和子）恋爱的少年·马克（塔科特）。

某个星期天的早上，诹访的样子总觉得有点奇怪了。早上的练习中，突然将和子赌上与塔科特比赛，又在特科特的面前提出与和子约会的邀请。

理事长室漫长的沉睡中的少年牧场慎吾终于睁开了眼睛。按照约定把自己的印记交给海德。那个夜晚，彼日死神社遗址中凯特悄悄地与诹访相遇。诹访和凯特谈起了四方的巫女的同时绮罗星十字团加盟的理由。

终于日死之巫女的封印被解开，赛巴迪扎麦克复活了。凯特企图粉碎海德的野心，但海德使用赛巴蒂的力量，将赛巴迪扎麦克和诹访控制了。 为了救出诹访，驾驶着赛巴蒂的塔科特站在海德的面前。