GDF前线基地波神星受到乌尔加尔攻击，上层让特务机关MJP西蒙负责撤退计划，西蒙召集Rabbits小队，任命日立出为队长，在给每个人分配和介绍了机体之后，派他们前去波神星掩护人员撤离，虽是第一次上战场，但Rabbits小队整体表现尤佳，原以为撤退结束，可日立出发现民间居住区还有人，在战斗与逃跑之间，怀有英雄梦的日立出重返战场，将敌人打跑，守护基地。

Rabbits小队因在波神星基地一战中成绩突出被授予了三等勋章，得到大家的广泛关注，并接受了记者们的采访。在大家充满期待的目光下，Rabbits小队又开始执行新的任务——重新设置被破坏的通讯卫星，本以为任务可以顺利进行可不想确遭到了乌尔加尔军的袭击，所幸是时他们只破坏了通讯卫星就撤退了，并未挑起战斗。

此次的任务失败让全宇宙的人开始怀疑他们的能力，这对五人的心理上或多或少造成伤害，在执行下一个任务前，凉风少佐给他们放了一天半的假然他们在度假村休息，除了环和骏河大家都心事重重。这次奇袭敌人补给路线的任务由参谋次长小峰大佐担任总指挥，可Rabbits小队刚出发就遭到了敌军精锐部队的袭击，被迫出击的环遭到敌人的炮轰。

环遭到攻击之后，雨音大尉和凉风少佐多次竭力劝说参谋次长撤退，固执的次长虽不甘心就此撤退但还是勉强答应，撤退过程中，出为了掩护惠收到攻击，危机时刻Doberman小队前来支援，Rabbits小队成功撤离。作战虽然失败，但大家都很庆幸可以平安归来。接下来，Rabbits小队返回到格朗塞雷学园，并与Doberman小队三人见了面。

AHSMB整备结束后，Doberman小队和Rabbits小队被派往玫瑰星接受新任务——潜入并爆破位于小行星上的敌军基地。在此之前，出向兰迪之前救援的事表示感谢，两人聊到了英雄，兰迪告诉出要想成为英雄就必须相信同伴。两只小队一起出发到敌军基地所在的小行星，岂料基地守护森严，Doberman小队负责引开敌人，出、惠和骏河潜入基地内部，浅木和环负责接应，在大家的完美配合下，完成任务。

任务完成后，两队暂时分别。回到学校后，凉风告诉Rabbits小队他们的训练时间结束，让他们跳级毕业正式加入GDF军队，而凉风也会随他们一起返回空间站担任格蒂尼昂的舰长。大家回忆着在校园相处的点点滴滴，收拾行囊准备出发。出发前，Rabbits小队当着全校学生的进行了一次模拟演习，让所有人对他们刮目相看。

将小行星上的敌军基地破坏后，GDF军料到敌人定会进行反击，就制定了获取谷神星基地大战。负责日常管理的山田peco在玫瑰星空间站给五人每人安排一个房间，可大家觉得太空荡反而总是凑在一起，因为暂时还没有任务就只能待命。格蒂尼昂按照作战计划刚发射就遭到乌尔加尔先的抢先进攻，Rabbits小队接到命令准备出发。

乌尔加尔军来势凶猛，GDF军的任何攻击都对他们无效，很快敌人突破了第一防线，这时，Doberman小队和Rabbits小队出现在战场上，两队都咄咄逼人重创敌人，乌尔加尔二皇子吉亚特出击直接攻向出，无暇顾及Rabbits小队的出把队长的责任暂时交给浅木，让他代为指挥乱作一团的小队，吉亚特和出不分上下，二人互相打破彼此的机体，出见到了神秘的乌尔加尔人。

乌尔加尔军虽全舰撤退，但GDF损失惨重，空间站所有人都惴惴不安，为GDF军的前景堪忧。出因接到凉风舰长不许透露见到乌尔加尔人的命令，更是心事重重，晚上，出见到了那个唯一存在于他印象中的女孩，上前追时却被阻拦。次日，西蒙召集Rabbits小队向他们透漏了一些关于乌尔加尔的信息，当问及情报来源时，那个出似曾相识的女孩出现了。

出现是人是从乌尔加尔流亡而来的缇欧莉娅和达尼尔，他们向Rabbits小队介绍了乌尔加尔的遗传基因播种计划，并且说明对其他种族的攻击实际上是一种狩猎，而之所以将这些告诉Rabbits小队是因为已被乌尔加尔盯上了，为了引诱乌尔加尔他们可能会被当做诱饵。另一方面，在乌尔加尔的会议上，特立独行的吉亚特将Rabbits小队作为自己的「猎物」拒绝汇报相关情报。

Rabbits小队接到新任务，他们将和达尼尔一起潜入坠落在火星上的乌尔加尔舰进行数据收集工作，可由于火星上气候恶劣，除了环以外大家都行动困难。浅木和出随达尼尔一起深入母舰内部时，看到原地待命而等死的乌尔加尔士兵百感交集，达尼尔正收集数据时，母舰坍塌，在环等人合作下Rabbits小队成功返回，但环的机体却因此受损严重。

难得有一日的休息，惠和环却因接到宣传任务而当一日偶像，在Peco的安排下两人忙的不亦乐乎，又是署长又是园长、护士，在不同的岗位上奔波传递正能量，虽然很累但二人乐在其中。浅木也没闲着，他被自己的小整备员安娜拉着逛了一天的街。趁此休息日，出完成了自己的英雄主义漫画，可拿给自己整备员看时，大家都是一头雾水。

空间站来了一架新型AHSMB机体BLACK6，凉风把这架机体的驾驶员黒木安树介绍给大家，为让安树更好的融入集体，出建议办一个欢迎会，可安树却希望和出进行一场模拟战，安树一上战场就将出打的毫无还手之力。在接下来的硫磺岛行动中，安树暴走，一人打跑乌尔加尔军的一个编队，众人吃惊之余更是对安树有了重新的认识。

出希望安树可以大家一起进行训练，可不论是跑步，模拟练习，对武器的研究还是做糕点，安树都是轻松完胜Rabbits小队五人。晚上，出见到了缇欧莉娅，两人短暂交流之后，出急忙前往救助Doberman小队的遇险补给舰，不料，吉亚特恭候已久，对出发动攻击，作战中出与机体的协调级别达到史上最高，但机体难以承受，幸好补给舰修补完成对出进行援救，吉亚特撤退。

出因过度疲劳住院休息，醒来后，大家发现出变的很有魅力并且就连漫画都很有趣。晋升为中佐的雨音派Doberman小队保卫基地，但敌军数量太多无暇应对便请求支援，凉风派Rabbits小队前去援救，由于机体修复未完成，出只能待命，可敌人只增不减，出接到命令后出驾驶内机打破僵局，敌军撤退。而乌尔加尔军也从基地解读出了格朗塞雷学园的所在。

大家重新给安树办了个欢迎会，会上大家对安树和出的实力大加赞赏，宴会结束后，出收到了和缇欧莉娅一起吃饭的邀请，过分紧张的出拉上环陪他同去。期间，西蒙找到浅木和环是否有当教官的意愿，但均被二人拒绝，郁闷的浅木找凉风倾吐烦恼，凉风告诉他要想做得好就要勇敢正视自己。与此同时，正在召开的GDF与各经济圈的会议接到了乌尔加尔进军绝对防卫圈的消息。

由于任务突然，出迫不得已中断和缇欧莉娅的约会。目前佩拉罗西亚，大中华联盟和MJP协约军与突破了绝对防御圈的乌尔加尔舰队交战，安树驾驶BLACK6前去援救。而Rabbits小队则需赶往地球，阻止一支以格朗塞雷学园为目标的乌尔加尔别动队，率领这支队伍的是与出曾经交过手的克莱因，双方在地球上空激战，骏河变更装备完成后将光学武器射向克莱因……

骏河射击失败，克莱因重新站立起来冲向学园但被出阻住去路，出明显处于下风，浅木和环前去支援，可大家能量都将耗尽，这时，骏河的武器能量补充完成，出三人合力将克莱因牵制，骏河集中精力发射武器，最终将敌人消灭，克莱因队全灭，此次战役虽然取胜，但是学园和机体都严重受损。另一边，乌尔加尔内部也出现内讧，拉达因偷听到鲁梅斯和吉亚特的谈话，被吉亚特杀害。

格朗塞雷学园防卫战之后，大家都进入到休息状态，兰迪和出等几人凑在一起看片聊天。在向缇欧莉娅确认了传送门的事后，西蒙向Doberman小队派下超强距离强行侦查传送门的秘密任务，而帕特里克也准备此次任务之后向环表白，在找到传送门数据收集完成后却遭到乌尔加尔军奇袭，为了确保数据能顺利带回，兰迪和帕特里克作掩护而牺牲，钱德勒返回格帝尼昂。

钱德勒将帕特里克未能送出的礼物交给了环，出也用自己的画笔纪念两位英雄。由于出在作画时突然昏厥，整备组拜托浅木测试修好的机体，没想到浅木居然也能启动Red5，他从凉风那里得知出的身上有缇欧莉娅的基因，而他和出的父系DNA是共通，这个人就是西蒙，浅木将自己和出是兄弟这件事告诉了出。另一方面，在缇欧莉娅的亲自说明下，经济圈的首脑同意加入破坏传送门的战斗。

经济圈各国紧锣密鼓的准备作战，GDF也让玫瑰星的居民全部撤回地球，期间，浅木被拜托劝说安娜回地球，可不愿在地球上一个人担心的安娜还是决定留在母舰上和爸爸爷爷在一起。遗憾的是由于身体原因，出不能出战只能留在舰桥待命，此次作战，西蒙担任总指挥将，他整个舰队到收容玫瑰星起航。乌尔加尔方面也准备发动对地球人的最后一次狩猎，大战即将打响。

在此次天堂之门的行动中，Rabbits小队的任务是将标识射进传送门，可传送门的方向突然涌出一大批乌尔加尔军，其中带头的是露迪艾尔，为给帕特里克报仇，环紧追不放，浅木趁此机会全速前进，眼看就要到射击范围，露迪艾尔冲出阻拦，但在环、骏河和安树的合作下，露迪艾尔被消灭。浅木达到传送门将标识射出后，母舰发出激光炮，可却被乌尔加尔军设置的高能量障壁挡下。

激光炮和亚光速诱导弹攻击失败后，抵抗敌军的Rabbits小队能源即将耗尽，正要返回母舰补给能源时，吉亚特为引诱Red5将Rabbits小队围堵，同时，乌尔加尔最强将领德尔加纳也出现支援，战局严峻，出驾驶Red5出击，为Rabbits小队补给进行掩护，战势愈演愈烈，缇欧莉娅现身战场命乌尔加尔军撤退，而再次攻击传送门失败后的西蒙，发出用玫瑰星撞击传送门的指示。

在西蒙司令的指示下，雨音大佐下令全舰保护玫瑰星。为了完成此次破坏传送门的目的，利用玫瑰星撞击传送门势在必行，尽管大家明白这么做的后果，但是没选择的余地。在战斗的过程中，出体内的战斗欲望被吉亚特激发出来，两人打得不可开交。可RED5机身的负荷已经太重了，是遵循体内战斗欲望的支配战斗到死，还是理智的判断保护玫瑰星呢？惠能否将失控的出成功带回来呢？

四名少年少女在电视上注视着地球军GDF和拉维茨队，以及乌尔加尔军的激烈战斗。塞、克里斯、结衣和安的“团队长”梦想着能像憧憬的队伍拉比茨一样活跃在战场上，并驱使新型的阿什，在格兰泽雷都市学园接受了严格的训练。GDF军攻打乌尔加尔军据点的决死攻势已决定。队方和学园的其他飞行员候补生一起，站在那个作战的分配对象发表会上。