国立半藏学院 是所位于东京浅草，就读人数众多的升学高中，但其实这间学校有着不为人知的一面。那就是国家专门培育被称为善忍的忍者秘密机关，通称忍者科。就读忍者科的飞鸟以及其他四名少女，在不被学院内的一般学生发觉的情况下，为了成为一流的忍者日夜努力修行着。某一天，飞鸟们为了修行而前往商店街去赶走不良少年。在这里飞鸟碰到了来浅草毕业旅行，却和朋友走散的少女。虽然仍在修行途中，飞鸟还是很热心地帮助那位少女寻找她的朋友。不料这名少女却暗中将短刀拿了出来…

飞鸟以及其他四名少女，正努力地修行忍者奥义的祕传忍法。藉由将心中想像的生物具体化，来发挥强大的力量。当其他的成员们都已经成功地召唤出龙、凤凰、或是乌贼时。唯独飞鸟一直无法顺利召唤出属于她的召唤兽。虽然飞鸟在大家的面前仍保持开朗的笑容，但心中却担心再这样下去会让爷爷的名声扫地而十分沮丧。隔天当飞鸟们修行回来后，忍者教室裏突然出现了寿司店的柜台。正当大家惊讶时，柜台後突然出现了一位和蔼可亲的老人。“爷爷！？”那名老人的名字就是半藏—没错，他就是飞鸟的爷爷，同时也是被人称作传说中的忍者的人。

出门采买飞鸟爷爷欢迎会的飞鸟以及斑鸠两人,在超市前被拿着武器的谜样少女袭击。少女针对着名门小姐的斑鸠而来,两人对充满敌意的少女的攻击毫无招架之力,但忍结界的解除后谜样少女也随之消失了。斑鸠回到学院后，从导师的雾夜口中得知哥哥村雨行踪不明。身为远房亲戚的斑鸠,为了代替了没有忍者才能的哥哥,继承忍者名门家系的传家之宝“飞燕”,而被接来当养女,和哥哥几乎没有讲过话。在欢迎会结束后,回房间的途中斑鸠思考着哥哥的行踪,没想到居然在房间碰见正要偷走“飞燕”的哥哥村雨。

为了进行临海修行，半藏学院的成员们来到的忍岛。但没想到住的地方，虽然听说是间有名的忍者都在这里进行修行，代代传承下来的忍者屋。但是比想像中的还要破旧，於是一开始的修行就变成打扫屋子了。云雀在打扫时，发现了梁柱上写了“超级忍者”几个字。虽然云雀向雾夜老师问了这是什么意思，却被老师含笑带过。隔天指导课程告一段落，正躺在沙滩上休息的雾夜听到了铃声，正要起身查看发生什么事时，突然旁边射来了一支箭文。另一方面，正在享受海水浴的自由时间的云雀一行人，蛇女子学园的成员们突然出现在她们的面前…

 秘立蛇女子学园―隐藏在黑暗只中的秘密教育机关，专门培育非法忍者，也就是恶忍。从蛇女中选拔出来的五人被派往潜入半藏学院，并偷取藏在半藏学院的超秘传忍法书。      
     另一方面，正在上课中的飞鸟等五人，在不知情的情况下听到了入侵者的警铃声。于是雾夜为了查看情形，到外面去看查情况后，发觉只有木偶倒在地上。此时教室突然发生异状，空间扭曲，被忍结界给包围住的整个学院中，蛇女子学园的成员们出现了。而且其中一人还是以前飞鸟在浅草帮助过的少女－焰。

蛇女子学园的五名恶忍，躲过监视网潜入半藏学院的旧校舍，并且展开了足以覆盖整个旧校舍的连动忍结界。飞鸟等五人在结界中被孤立，飞鸟vs焔、斑鸠vs咏、柳生vs未来、葛城vs日影、云雀vs春花 半藏学院的五人分别和蛇女子学院的五人互相对上，虽然飞鸟一行人使出了秘传忍法，但仍敌不过恶忍们强大的力量。另一方面，在忍结界外被调虎离山的雾夜，站在被巨大的连动忍结界覆盖的旧校舍上向远方眺望时想起了过去的往事。其实连动结界是由雾夜曾经教导过的学生，所研究出来的傀儡忍述的应用技巧…

飞鸟一行人，因半藏学院被蛇女子学园的学生潜入一事，於是雾夜提出了新的特训。这特训其名为“ハイ・キン・グ（这紧虞）”(日文同音远足)。为了增强生存技巧，必须只配备最低限度的装备，在极为严酷的环境存活两天整，同时达成被赋予的任务。是非常严峻的修行。飞鸟们为了赢得胜利，互相竞争前往抢夺放置在山顶上的卷轴。但路途上有著各式各样的难关正等着她们。通过各种难关，遍体鳞伤的飞鸟们，最后终于成功攻上山顶，没想到最后出现在眼前的敌人，居然是传说中的前辈―大道寺。

忍者教室的修行一日比一日来得严格，但云雀仍躲不过雾夜所射出的手里剑，于是柳生又忍不住保护了云雀。结果落得两人都被留下来加强修行。雾夜认为这五个学生，各自有着不同的特质，只要好好锻鍊的话都能有一番成就。回想三年前刚进入忍者科一年级的斑鸠和葛城，虽然起初互相厌恶对方，但现在却是比任何人都来的要好的拍档。两年前入学的飞鸟，虽然一开始也笨手笨脚的，但为了不负传说中忍者之孙的名号，也每日努力地修行着。另一方面，大道寺察觉到蛇女子学园的恶忍们，所使出的忍术都是当初一次也没赢过，同是忍者科的凛在忍者修行时所使用过的忍术。要做出了断的时刻也慢慢接近了。

自上次的奇袭以来，理当已经加强过警备的旧校舍，仍被不明人士入侵，将超秘传忍法书偷出。雾夜命令飞鸟们在自己的房间里待命，才察觉到不知何时云雀竟然不见了。蛇女子学园的恶忍操控了云雀，让她去偷出超秘传忍法书。为了夺回忍法书以弥补过错，云雀自己一人前往了蛇女子学园。另一方面，柳生觉得云雀消失不见的责任在自己身上，在还不清楚蛇女子学园位置的情况下就冲出房门要去寻找云雀。同时，转入蛇女子学园的云雀，出来迎接她的竟是春花们的教官，铃音…

雾夜被铃铛声诱导到四周无人的中庭，在那里等待他的人竟是铃音。雾夜从对方的刀法看破敌人为曾是自己学生的铃音。铃音表示会在蛇女子学园恭候对方大驾，同时留下蛇女的地图就消失了。飞鸟们听到雾夜知道蛇女位置后，不顾雾夜的反对坚决要深入敌阵救出云雀和夺回超秘传忍法书。另一方面，云雀得知飞鸟们要前来蛇女，决定要潜入蛇女子学园天守阁的最上层，夺回超秘传忍法书…

飞鸟一行人顺利潜入蛇女子学园后，为了救回云雀以及夺回忍法书，朝向天守阁前进。将警卫忍者都解决后，终于找到通往天守阁的隐藏门。但没想到里面居然有如迷宫般的复杂。而且咏和其他恶忍正准备好要埋伏她们。为了让其他同伴们往前进，斑鸠自己布下了忍结界，决定与咏一决高下。另一方面柳生、葛城和飞鸟也分别对上了未来、日影和焰。同一时间，被绑在牢房里的云雀，从春花口中得知：能解开施在蛇女子学园学生身上的“束颈之术”，这个只要失败就会死亡的邪术的人，就只有蛇女子学园的学园长，道元而已…

飞鸟一行人将焰等四人击倒后，继续赶往天守阁准备夺回超秘传忍法书。但没想到应该已经被打倒的焰等四人，又再度出现在飞鸟们的眼前。双方一阵激斗中，道元突然出现在她们的面前，布下忍结界将飞鸟及焰拉了进去。此时道元正准备利用，阴与阳的超秘传忍法书对她们两人产生反应，来完成他的野心。为了救出飞鸟和焰，善忍及恶忍们互相联手，准备要一起打倒道元…