在新翔龙市近郊的简易房里居住着的刘雷昂，与妹妹可依一起过着安稳的日子。作为量子反应堆研究者的雷昂，为了能够对抗由于“翔龙危机”而突然出现在世界各处的特异进化生物B.R.A.I，在持续着独自一人的研究。但是，一场意料不到的大型B.R.A.I的袭击，改变了雷昂他们的命运。

引发了机器的全新力量，从而打倒了大型B.R.A.I的雷昂。雷昂的这个研究成果甚至可能会毁灭新翔龙市。超级引擎（hyperdrive）——那是为了对抗日益持续着高速进化的B.R.A.I的最后手段。亲眼见识了这份力量的凯恩，对雷昂提出了某个建议。

超级引擎（hyperdrive）——那是雷昂想出来的人类对抗B.R.A.I的杀手锏。公主亲眼见识到了仅凭1台MOEV就打倒了大型B.R.A.I的力量后，马上下令对雷昂所使用的系统进行量产化。但是云杰对雷昂开发的系统抱有疑心。云杰提出了严格的条件，决定进行超级引擎的引入测试……

在几天前出现的大型B.R.A.I，对新翔龙市展开了侵入进攻。在接连突破了绝对防御战线的强大力量面前，发起了总体战后感到无计可施的新翔龙军。面对即将抵达新翔龙市的大型B.R.A.I，云杰决定使用超大型量子炮“无极炮”。但是，雷昂对这决策表示反对，不顾自己生死地坐上了MOEV，奔赴了战场。

新翔龙市的大型运输机不知道被谁给破坏了。雷昂看了机体的残骸后，推测了是在运输机上空的鸟型B.R.A.I的所为。虽然云杰以不符合现实为由否定了那个推测，但是雷昂反驳道B.R.A.I是以超越想象的速度在进化着的存在。就在这时，Mr.GOLD、西格、万昊、福4个人正在谋划对新翔龙市展开侵入进攻。

坤灵的仇人万昊，驾驶者飞行型B.R.A.I凤雏出现了。为了与之对抗，雷昂建议安装超级引擎以强化坤灵的机体。但是，坤灵以“我连自己体内的龙都还未能驯服”为由拒绝了。就在这时，凤雏自己切掉了受伤的翅膀，实现了进一步的进化。

为了某个事件，潘多拉小队的成员们潜入了新翔龙市区。虽然发生了可依也跟来了的意外事故，但是各自都展开了调查。然而，一位神秘少女正在暗中注视着他们。这时，雷昂察觉到了量子反应而开始追踪。没想到在到达的地点，那位少女——菲欧娜正在等待着他。

新翔龙市发生的一系列狙击枪袭事件。从能在人群中精确地击杀目标的技术、无法判明其狙击地点等可以推断出是个很厉害的狙击手所为。云杰猜测应该不是单纯的恐怖分子，可能是B.R.A.I，便向潘多拉小队发出了调查的指示。但是道格不知为何没什么干劲。

在潘多拉小队的成立典礼上，公主被击倒了。怀疑道格于这件事有关联的雷昂，在搜索着他的行踪。另一边，凯恩想起了以前让自己吃了不少苦头的百发百中暗杀者“虎眼”。然后，虽然确信了道格正是“虎眼”，但是按理说对公主的暗杀不会失手。究竟公主的命运会如何，而后道格的真意是……？

在背后操纵B.R.A.I一系列事件的是，Mr.GOLD。他曾经是在翔龙有着很高名气的家族，因为黑幕被公主曝光而失去了立足之地。因此他与公主结下了深仇大恨。然后，新的B.R.A.I的身影正在接近着新翔龙市。正在苦于迎战的潘多拉小队，在这其中有着以深邃的眼神盯着敌人的格伦……

黑暗引擎（darkdrive）引发了B.R.A.I更进一步的进化。能够创造出如此程度的系统的人物没有几个。但是雷昂却知道这个人物。他就是吴龙博士。作为量子反应堆的研究负责人的吴龙，是雷昂初次感到“绝对赢不了他”的天才科学家。然而吴龙应该在翔龙危机中就已经身亡了……

在新翔龙市的周边地区爆发了神秘疾病“赤死病”，难民们想进入新翔龙市。是选择避免疾病在市内的蔓延，还是选择接收这些难民……在无法得出结论的情况下，潘多拉小队在进行着救援行动。过程中，凯恩拿着一张照片到处询问着难民们。照片里的是，凯恩分散的妻子和儿子……

由于B.R.A.I反复的袭击，翔龙的反应堆陷入了不安定的状态。看到雷昂说道不安稳的原因在于反应堆中枢的核心，公主的表情突然变得暗淡。下定决心的公主，带着雷昂来到了自己的老家。公主的家族与翔龙世代共存，并一直在保护着某样东西。据说是连世界都能创造的，公主一族的秘密到底是……？

由于Mr.GOLD在远程操纵的巨型百足B.R.A.I，新翔龙市遭到了重创。这个B.R.A.I不仅是破坏街道，而且还留下了奇怪的抽象雕塑，也加深了谜团。公主决定使用无极炮，而雷昂为了将B.R.A.I引到轨道上而出击。然后无极炮瞄准了百足B.R.A.I。

输给了百足B.R.A.I的雷昂他们，好不容易成功逃脱。为了紧急处理MOEV，他们来到了雷昂和可依以前在郊外居住的简易房。然而，与一刻也想尽早回到战场的道格和坤灵相反，雷昂却对刚刚的败北无法忘怀。唤回了陷入了绝望深渊中的雷昂的是，他曾经与可依立下的“约定”……

由于雷昂、坤灵和道格三人的配合攻击，潘多拉小队总算是把Mr.GOLD的猛攻给击退了。就在新翔龙市恢复了短暂的和平的时候，只有雷昂至今还不见踪影。就在这时，雷昂在追踪微弱的量子反应的过程中，与GOLD一派的西格相遇了。原来是西格为了将雷昂引诱出来而故意放出微弱的量子反应。究竟西格的本意是什么……？

就在新翔龙市在进行着复兴工程的时候，人们却不见公主的身影。原来是云杰担心公主的身体状况而采取了绝对安静的休养措施。然而理应在指挥着的公主不在难免会引起市民们的恐慌。云杰决定自己来指挥复兴工作的同时，让坤灵扮成公主的样子，从而解决问题。坤灵为了演好公主，进行了严酷的特训……

由于B.R.A.I接二连三的袭击，新翔龙市陷入了严重的粮食危机。虽然在储备基地残留有剩下的些许粮食，但是运输部队在途中被人袭击了。就在潘多拉小队全员出动担任运输部队的护卫的时候，身份不明的敌人出现了。就在雷昂在解析敌人的攻击模式的时候，他捕捉到了神秘的量子反应。雷昂判断出这是西格所设下的陷阱后，以惊人的处理速度解析出了敌人的位置信息。

在与西格的战斗中，雷昂受了重伤。然而雷昂身体并没有出现大量出血，也没有发现任何的异常状况。虽然雷昂推测是多重给次元的自己为他抗了伤害，但后来还是住院检查了。对住院生活感到厌烦枯燥的他希望能早日出院，在某天的检查中经历了不可思议的事情。然后，异变也开始在道格和坤灵的身上发生……

就在新翔龙市持续着物资不足状况的时候，终于得到了其他防卫都市的补给。虽然潘多拉小队的成员都很令人放心，但是云杰一想到“如果B.R.A.I又出现的话就只能拜托了雷昂他们了”，露出了神情复杂的表情。由于经历了反复的hyper化，雷昂他们的身体会出现怎样的症状呢……就像是在嘲笑云杰的这般危机感一样，一座防卫都市突然消失了……

“告诉我，雏菊的花语是什么”神秘的B.R.A.I传达给道格的话语，唤醒了他无比宝贵的记忆。动摇的道格射出的一击偏离了卫星激光的炮身，导致无法造成致命伤害。就在潘多拉重整阵势准备再度展开反击的过程中，雷昂感觉到了道格身上细微的变化。道格在抚摸艾米丽娅的同时，回忆起了那段已经失去的过去……

在与B.R.A.I卫星和艾米丽娅B.R.A.I的战斗中，道格战死了。然而连悲伤的时间都只只能是短暂的，公主担忧起了新的危机。迄今为止一直在抑制着“混沌”的菲欧娜的气息从四面山消失了。然而菲欧娜所镇守的四面山，本身就是多重次元。因此，面对亲自前往去救援的公主，雷昂和坤灵提出了帮忙的请求。

大量B.R.A.I突然开始了对新翔龙市的侵略进攻。虽然格伦率领都市防卫军进行迎击，雷昂却提出停止攻击的请求。听从了这一发言而停止了攻击后，B.R.A.I开始了产卵。B.R.A.I的一切行动都是为了产卵的自卫行动。雷昂将卵回收并进行了分析后，亲眼目睹B.R.A.I那令人惊人的进化速度。

由于与P1过度的同步，雷昂的意识被多重次元所吞噬了。菲欧娜为了拯救雷昂而决定使用混沌之力进入雷昂的意识。与此同时，雷昂正在满月的海岸边目睹着螃蟹进化成B.R.A.I的光景。在那里站着的是，本应在翔龙危机中身亡的吴龙……雷昂在与吴龙的对话中，得知了“混沌”所带来的进化深渊。

在雷昂和坤灵的面前，本应战死了的道格出现了。但是这只是道格被艾米丽娅B.R.A.I夺取了身体而已。最终道格的hyperdrive和艾米丽娅的darkdrive发生了强烈的共鸣，光芒也逐渐变得耀眼。那个光芒让P1、P3的hyperdrive，甚至是“混沌”也产生了反应，西格那可怕的阴谋也终于浮出水面。

整个世界都被“黑色光芒”所笼罩，人类正在面临着前所未有的危机。B.R.A.I的尸骸组合而成的巨大B.R.A.I正在寻求着“混沌”发起了进攻，而西格则对雷昂如果打破这一绝境非常感兴趣。然而雷昂却以超乎想象的起死回生战术进行反击，终于到达了西格的面前。守护世界的最终作战到底是什么？然后遗留在世界上的最后希望又是什么？