凯恩和凯娜儿被受委托去找被盗一套杯碟来到犯罪组织宝联盟会秘书拍卖场刚巧米莉也场寻找联盟会犯罪证据，三人争持之下被守卫发现于双方展开激烈战斗后，凯恩用光明之剑将尊南打败并成功寻回被盗之杯碟。

凯恩和凯娜儿在某星球巧遇再次巧遇米莉，正诉苦之际雷尔来电要求凯恩去阻止失控的利安东号继续航行。米莉唯有一同前去去对付利安东号。之中米莉发现原来飞天一号便是传说中的遗失战舰，于是米莉自荐要加入凯恩的队伍。

雷尔探访凯恩目想委托凯恩保护一个证人出庭作证指证“黑龙会”头目首领凯恩拒绝之际米莉却私自签了合约凯恩无奈之下唯有瞒骗米莉要凯娜儿扮作证人把黑龙会余下成员引出来然后一网打尽完成。任务后米莉十分愤怒地将厨房破坏。

米莉来到新渣尼亚惑星为要参加斗快抢蟹比赛。凯恩陪米莉来到比赛场地。却被职业杀手卡莉三番两次袭击。后来凯恩与卡莉正面交手终于将卡莉击倒。但加莉声言不会罢休。

邪恶组织手下红莲翁察觉到了失落的遗失飞船之一，飞天一号的踪迹。为要对付飞天一号。于用计将凯恩和米莉骗到武器工场将二人困住。然后用障碍网将飞天一号困住凯恩施计脱险返回飞天一号且用意念能量将障碍网击破，飞天一号才得以脱险。

在宇宙中常年飘荡的护士训练战舰里，学生发生斗争。茱莉和罗艾两组学生首领在种种问题上互相争斗。原来们两人本来好朋友后来变成敌人。教官史蒂娜不知所措便叫凯恩来应付难题经凯恩指点下二人和好如初。

凯恩等人受罗生委托来到加碧惑星寻找波比，怎料凯恩和凯娜儿受到恶梦军团袭击。另一方面卡莉找到波比，可惜波比己死，卡兰准备带波比离开之时恶梦军团手下丹尼士想抢走磁碟。幸好凯恩及时赶到。最后凯恩才知道原来罗生和波比之间有场未完的棋局。

凯恩等人受雷尔委托护送杜尼宾国大使布兰高回国家。而雷尔派妮娜做委托负责人因为传统问题。布兰高以为信仰原因不愿乘坐没有“角”的飞天一号，于是凯恩等人与布兰高改坐别船。但中途遇到劫机匪徒将布兰高当人质。妮娜利用自己破坏机器的毛病令航班自动操作系统失灵。凯恩与米莉于是将凶徒制服。

凯恩等人收到救求信号于去宇宙坟场。米莉发现一件陨石。凯娜儿分析该石之时发现原来一件将空间转移位置武器该陨石令飞天一号内部间格全部转换位置。凯恩误入童年时自己住的房间，见到了童年的八音盒。凭着那勾起自己童年时光回忆的音乐将陨石击破。

凯恩等人奉命到移民船上阻止兰度将中性化物质非法贩卖予武器商船。凯恩认识了移民船上的孩子洛布斯丹和阿添。凯恩训练三人打篮球令三人篮球比赛中胜利。凯恩将兰度打败，在宇宙中流浪了许久的移民船也终于找到了新的家园。

阿ken与好友查以士刚巧都受到那高兰度公司委托护送运货船。查以士和凯恩醉酒之下承诺了交换货船护送。但航程中查以士受袭击，原来这红莲翁诡计查以士代替了凯恩作牺牲品令凯恩十分悲痛。并发誓一定要打败红莲翁。

海盗首领亚鲁沙度发现了遗失战舰狄斯加号就连宇宙军队亦被击沉凯恩用计找出狄斯加号位置将海盗一举剿灭替查以士报了仇，另一方面原来令亚鲁沙度发现狄斯加号也红莲翁诡计目想令两艘遗失战舰两败俱伤奸计没有得逞。

这天凯恩回乡，奥考贝斯拜祭凯恩的奶奶爱丽斯。米莉与爱丽斯好友知鲁闲谈中知道凯恩的往事。而凯恩拜祭时亦牵起无数回忆。怎料这时恶梦武士也来爱丽斯坟墓前咀咒，凯恩的手竟无法拿起光明之剑。

凯恩心情欠佳到酒吧散心，遇到前辈亚多拉斯，亚多拉斯因为三年前任务中遇爆炸受伤，对任务产生恐惧症。正与凯恩同病相怜。凯恩决意陪亚多拉斯回到令产生恐惧症废置设备以完成未完的任务。

杜亚鲁公司设计了物质传送装置传送物质时甚至可以穿透意念防卫网阿凯恩以防万一于设法去删改该公司装置程式怎料中途遇到卡莉袭击。另一方面飞天一号受到红莲翁袭击。凯娜儿施计破坏红莲翁复制品装置使红莲翁奸计不能得逞。

凯恩不想牵连米莉加入对抗恶梦军团战斗。于是施计让米粒回家。米莉回到家看到家中空空如也这时才发觉飞天一号已经飞走。米莉在伤心之余发誓一定要和找到凯恩，并和他一起对抗恶梦军团。与此同时，宇宙军部司令发现雷尔泄露宇宙军区情报的事情。

宇宙军队艾多娜发现了遗失战舰米沙基斯尼路故意将消息传开令恶梦军团和凯恩等人一起赶到。凯恩与卡莉交手之际雷尔趁机上了米沙基斯号。后来宇宙军队战舰追捕米沙基斯之际雷尔反攻令宇宙舰队全队覆没。不过凯恩等人被误会谋杀和造反罪名而成为头号通缉犯。

凯恩为要补给炮弹而将飞天一号驶进卫星港。再次遇见米莉。但由于米莉大意暴露了身份令飞天一号受到宇宙军队追捕。凯恩施计摆脱了追捕。后来遇到恶梦军团战舰袭击凯恩将敌人消灭了。另外红莲翁因为没有表现而被开除并且被黑暗武士抛进怪物之处令被怪物所吸食。

凯恩因为消灭舰队之时消耗了意念能量令黑暗武士乘机侵蚀凯恩潜意识令凯恩陷入昏迷状态另一方面恶梦军团向飞天一号大举进攻飞天一号因而大受损伤凯娜儿迫于无奈行险着逃离，凯恩苏醒之后为了不想连累米莉于将米莉放在一个别的星球。

米莉再次被飞天一号抛弃后十分失落，这期间她遇到妮娜。二人互相诉苦。米莉决定与莉娜去追寻雷尔下落。另一方面飞天一号仍然维修中。但遇到米沙基斯和哥伦诺华夹攻虽然凯恩心中不忿但由于不敌唯有逃离现场。

凯恩逃到了一颗被冰雪覆盖的星球。他把心一横要将飞天一号完全修理。维修期间凯恩施计引开基沙号袭击。

危急之际飞天一号已完全修理好，并来救凯恩。凯恩越战越勇终于将基沙号消灭。而另一边，米莉和妮娜发现了米沙基斯的下落。

黑暗武士将米沙基斯赐给卡莉驾驶。卡莉肆意破坏，，目的是引凯恩出现。凯恩去迎战卡莉。卡莉用毁灭惑星用导弹对付凯恩。但最后凯恩仍然安然无恙。正当卡莉灰心之际米沙基斯叫卡莉与它同化。另一方面米莉和妮娜偷了宇宙军队战舰去寻找凯恩。

飞天一号与米沙基斯对峙。飞天一号大受创伤。凯恩决定用意念开启最后密码系统，思想被飞天一号吞噬，已达到最终的能量。幸好米莉和妮娜及时赶到将系统终止。而凯恩凭着清纯意念能量将米沙基斯消灭。

黑暗武士是黑暗之星分身。黑暗武士认为史达基沙再没有利用价值于把杀死。凯娜儿知道米莉原来史达基沙孙女，黑暗武士与凯恩交手之际黑暗武士不敌便使用空间传送将米莉传送过来并且用意念操纵了米莉令米莉不能自制地向凯恩袭击。

最后的决战。凯娜儿为救凯恩开启了自毁式的攻击。凯恩来到黑暗之星，准备和黑暗武士展开最后的对决。米莉被黑暗武士控制，对着凯恩连开数枪，不过没有打中要害。凯恩对米莉进行最后的告别，并和黑暗武士展开了最后的决斗。凯恩看透黑暗武士的攻击模式，已横劈击败黑暗武士。雷尔和妮娜赶到，在雷尔的呐喊声中，凯恩走上了断送黑暗之星的路。凯娜儿受损严重，所有数据即将丢失。在凯娜儿化身为初始程序沃菲特后，凯恩和沃菲特走向了黑暗之星。