旅行艺人的殷以及宁，是感情很好的姐妹。姐姐一边照顾着失去双臂的妹妹，一边表演着剑舞从一个村落旅行到下一个村落。当两人来到一个废弃的村落时，发现了奇异的竹简。竹简一发光，就会从中出现一名不可思议的少女以及一柄剑。另一方面，在统一了神州大地的太白帝国，名为钊的少年做为奴隶做着苦工。独自修学着机关术的钊，某夜与一名少女邂逅。

三年前――在游牧民族的部落生活的姐妹，殷与宁。以及生活在同一个部落的少年，钊。三人是感情很好的青梅竹马。姐妹俩都将钊当做哥哥一样敬慕着，但那样的心情不知不觉变成了爱恋。一如往昔在草原戏耍着的三人发现了坏掉的机关兽。钊对那未知的机械装置所深深吸引。另一方面，在太白帝国，首席机关师墨衡开始了最强兵器，“征天”的设计。

从被称为天书的竹简中出现的，是用木甲术制作成的人偶，云。云将天书中出现的剑称之为传说之剑——轩辕剑。殷与宁，因为云的关系得到了新的力量。另一方面，因为皇帝澄的一句话成为机关师的钊开始了机关兽的开发。此时，投靠了反抗军的墨衡也开始制作新武器——黑火铠甲。

殷与宁在旅途中邂逅了两名青年，渊以及参狼。他们是对抗太白帝国的反抗军成员，并邀请姐妹俩加入反抗军，因为那是持有天书以及轩辕剑之人的天命。另一方面，升职的钊投入在机关兽的设计上，十分苦恼。为了犒劳那样的钊，皇帝澄希望让他去见识外面的世界来转换心情，进而给了钊机关部队的指挥权，让他到帝国四处去旅行。但……

殷与宁在旅行途中遭遇太白帝国的运输部队。追随着部队来到一个农产丰盛的村落。但是太白帝国的官员为了中饱私囊，课下重税使村民生活刻苦。想为了拯救村民而战的宁，担心着那样的宁的殷；在这样的殷面前，出现一名奇特的女性。另一方面，指挥着机关部队的钊来到那官员的宅邸。官员一面欢迎钊的到来，一面戒备着不要让他举发自己的贪污

殷宁两姐妹，与反抗军成员的越之及柔会合。宁被邀请加入反抗军，积极参与战斗，而殷则是担心宁的安全而反对。宁受不了姐姐的关怀而爆发。另一方面，钊对皇帝澄吐露自己的烦恼。自从三年前的惨剧以来，钊就再也无法入眠。同时，对于自己的所见也变成过目不忘。夜间，总是因为惨剧的回忆而痛苦。为了那样的钊，澄带他导览了宫殿中的密道。

殷与宁一行人，为了与开发着新武器的墨衡会合，朝着反抗军的据点踏上旅途。另一方面，在太白帝国，机关总帅蒙忌则武断地自行下令量产新型机关兽。钊虽反对量产试验作，蒙机关总帅却表示为了征服世界必须加快进度，而皇帝·澄听了后也下令量产。把机关宫交给部下的钊，为了找寻上次一战、会使用法术的叛乱分子，带着机关游击队出击。

钊开始追求更强大、且可以得到一切的力量，因而全心投入古代葵蚕文明遗迹中所发现的无限之力“黑火”的研究。什么都不知道的皇帝‧澄，则与热心的钊约定会升他为关内侯。另一方面，担忧着宁安全的殷；为了让殷打起精神，渊等人提出要结拜为义兄弟的想法，希望可以作为一个家族，齐心协力而战，但身为义父的项楚却不以为然。

黑火铠甲的战斗力让反抗军印象深刻，但铠甲因尚未完成仍有缺陷。醒来的殷受到黑火影响，完全失去战斗时的记忆；墨衡为了完善铠甲着手调整。另一方面，于太白帝国，蒙机关总帅因为突击队全灭而被咎责降级，因而迁怒于皇帝・澄以及钊。同时，钊正全心投入黑火的研究中。因为钊总是不在家而感到寂寞的宁转而向梨香发泄。此时，出现了谜样的敌人。

为了准备与太白帝国一战，墨衡将黑火铠甲调整完善；殷也穿上完成后的黑火铠甲练习法术。另一方面，在太白帝国被拿下的宁以及因藏匿反乱军之罪而被逮捕的钊，与皇帝澄对质，但二人的心意却错身而过。宁与钊各自受到了意想不到的惩罚。此时，想要让钊失足的蒙机关总帅，与企图夺走皇帝宝座的庞夫人接触，并向反叛军的据点派遣了讨伐部队。

因黑火铠甲的威力而战意激昂的反抗军，计划着要突击太白帝国。殷，下定决心要救出宁。另一方面，太白帝国正进行着机关要塞・征天的建造。钊担心宁的生命安全，为了让皇帝澄放过宁加快进度，自己也跟奴隶一起参与着劳力工作；但，宁已丧失心神，澄内心也受到创伤，把自己关在房间里。蒙机关总帅与庞夫人瞄准了这个好机会⋯⋯

太白帝国进行征天的主炮・黑火炮的试射，成果让蒙机关总帅非常的满意，皇帝・澄也赞赏钊的功绩给予赏赐。不过，虽说是皇帝的职责，要让心爱的钊与青梅竹马交战还是让澄心里受伤害。一个人烦恼着的澄遇上了庞夫人的女儿．涓。另一方面，听闻黑火炮的试射，墨衡察觉到征天的存在，反抗军开始检讨对抗征天的策略。殷则为了与钊、宁再会，决意赴上战场。

意图破坏建造中征天的反抗军，以及要击退他们的太白帝国，双方迎来了决战。终于知道事件真相的皇帝．澄，因罪恶感而内心备受苛责。钊将给澄的书简交给梨香后便催促她远离战场。得知庞夫人计划失败的蒙机关总帅，决定在自己的计划暴露前实行作战。那，是互相势力拿出全力碰撞的战场。丧失心神、憎恨姐姐的宁，意欲拯救妹妹的殷，再度相遇，刀刃相向⋯⋯。