一切都是由抽签决定的立桥院学园，这所学校的毕业生有钗h是政经界的名人，校内学生会的权力甚至凌驾了任何国家的公权力。原本平凡的榎本千寻莫名其妙的考进了这所学园，甚至还抽中了下一届学生会会长候补的签！他的好运似乎也传到了其他人身上。个性天真浪漫，同时是千寻儿时玩伴的秋山时乃抽中了副会长候补的签，再加上抽中书记候补的天才疯狂科学家‧上石神井莲子，三人将以入选下一届学生会成员为目标，展开他们的校园生活。

千寻等人终于见到了现任的学生会成员。珊珊来迟的学生会会长，居然是千寻与时乃的儿时玩伴「律子‧邱贝尔‧克坦科拉特」。虽然是睽违10年的重逢，但律子却丝毫没有露出开心的表情，让千寻与时乃感到相当纳闷。此时，学生会为了考验千寻等人的能耐，命令他们去执行强制驱离恶质同好会的任务；没想到在这些恶质同好会之中，某些人居然打算对学生会长不利…。

早上起床后，总是会有个黑影往千寻扑来，这个黑影正是千寻的姐姐同时也是立桥院学园的老师‧忍。最喜欢千寻的忍，每天早上都会靠过来想跟千寻亲近，但千寻却总是不予理会。他以要去参加学生会的工作为由，甩掉忍独自前往学校；忍看到千寻总是跟下一届学生会成员候补的女孩子在一起，这让忍感到气愤难耐。最后终于忍受不住的忍，请她的同事楠木老师做出了一种药，希望能让千寻对她回心转意；就在此时，千寻等人也即将面临了一项严苛的考验。

千寻对于小时候的律子，以及现在身为学生会长的律子之间的差异感到困惑。在某个星期天，千寻被时乃一起带到学校去，当两人在宽广的校内探险时，居然迷路闯进了学生会室；此时，学生会长律子正在教室内拉着小提琴。由于教室内的三个人都是儿时玩伴，时乃也很开心的想去找律子说话，但律子依旧不肯开启心扉，坚持以会长身份与两人相处。当律子打算开始她的学生会工作时，千寻与时乃主动表示想要帮忙…。

发生许多事的第一学期也终于结束了，千寻等人即将开始放暑假。就在此时，时乃与莲子因为一点误会而发生争吵，4个人本来约好要出去玩的计划也因此泡汤。千寻只好瞒着莲子，私下找时乃、小雪一起到立桥院学园研修中心所在的海边玩；没想到他们在那里却遇到了…。

暑假结束，立桥院学园开始了第二学期的课程。就读初等部的小雪，有个不敢告诉大家的秘密，也因此引来大家的误会，遭到班上同学欺负。即使如此，小雪还是不敢找千寻他们商量，独自烦恼着这件事；此时，千寻等人被叫到了学生会室，并奉命接受新的考验，这项考验就是要他们挽救发行数量直直落的立桥院学园报…。

由于诸多国家机密都集中于立桥院学园内，因此据说校内存在着100名以上的间谍。千寻等人所被赋予的新考验，就是把间谍抓出来；千寻等人对于要怀疑自己的同学感到相当排斥，现任学生会也派了一名支援人员帮助千寻，没想到她竟是时乃的同班同学‧橘泉。

今天是律子的生日，千寻与时乃各自带着自己准备的礼物来到了律子家。此刻克坦科拉特家正举办着盛大的生日派对，没有收到正式招待函的千寻跟时乃因此被赶了回去。就在此时，一名自称织部的男子刚好经过，并让千寻和时乃进入了派对会场。千寻与时乃虽然对会场的气氛感到相当不习惯，但仍努力的寻找着律子；律子的父亲在会场的致词内容，更是令千寻感到惊讶…。

时乃对于自己对千寻的感情感到困惑，即便去找泉商量，但仍找不到解决的方法。此时，现任学生会成员把千寻等人叫来了学生会室，但却没有看到莲子。千寻等人接到的指令是保护和招待前来参加今天的烟火大会的VIP贵宾，千寻还被告知如果全员没有到齐就视同放弃任务。他们离开学生会室后马上打电话到莲子的手机，但还是无法和莲子取得联系。

某天，当小雪一个人独处时突然被一名围着诡异围巾的男子袭击。泉虽然赶往了现场，最后仍被该名男子狠狠的挥了一拳，当场昏了过去。当她听到时乃的呼唤而醒来时，自己已经是躺在保健室的床上了。泉告诉千寻等人小雪被抓走的事，千寻等人也随即前往学生会室表达抗议，但学生会却不予回应，要求他们靠自己解决这件事。

在千寻等次期学生会候补成员的活跃下，最后终于顺利救出小雪，并保护了学园的安全。但是现任学生会却以他们让学园陷入危险为由，对他们处以停学处分。即使如此，香澄仍认为处分太轻了，对律子表现出相当不满的态度。此事也让律子产生了动摇，丽莎也在事后劝告律子「绝对不可以动摇」。此时，香澄独自来到如月家的能乐舞台，并回想起当初与律子和丽莎刚认识时的往事。

“我打算放弃资格”－听到千寻突然这么表示后，次期学生会候补成员无不感到震惊。千寻和时乃原本就已产生龟裂的关系也继续恶化，时乃也因此无法开口阻止千寻离开。两人的这种关系，让莲子和小雪觉得很不能接受。为了让自己彻底断绝对千寻的思念，时乃独自去找律子，并哭着要求她“救救千寻”…。