Gracefield农庄是一群没有父母的孩子的居所。尽管没有血缘关系，但和妈妈还有38位兄弟姐妹一起度过的每一天都充满了幸福。11岁的艾玛，诺曼和雷是孤儿院中最年长的孩子，他们三个人都非常优秀，每天早上的考试都能够考取满分。某天晚上，被人收养的柯妮将要离开孤儿院，孩子们纷纷为她送别，但是诺曼和艾玛发现她忘带了东西，于是便前往了被禁止靠近的大门那边。在那里，他们俩亲眼目睹了令人震撼的真相……

被精心抚养的孩子们原来是提供给鬼享用的食物。他们最喜欢的孤儿院是一座农场。那位温柔的妈妈是他们的敌人。艾玛和诺曼得知了孤儿院中所隐藏的真相，并开始计划越狱。但是，伊莎贝拉似乎发现了柯妮出货的那天晚上，有两个孩子来到了门附近……

新的大人，修女・克洛涅出现了，House中监视的人增多了。雷也加入了，3人摸索着越狱的方法。艾玛确定了自己身体里所埋的发信器的位置。为了进行全体人员的越狱训练，开始全力的“捉迷藏”。不过，克洛涅作为鬼角色参加了捉迷藏。

孩子们当中有内奸存在。为了弄清楚是谁，艾玛等人开始留意孩子们的动向。为了确定内奸者，诺曼开始偷偷行动。另一方面，考虑到外出之后的事情，决定向冬和吉尔达说明情况。过于残酷的真实。虽然无法将这一切如实说出来，但也依然成功地引入了两位新的协助者，并且越狱计划也在进行中。

诺曼发现了内奸是雷，向雷提议成为双重间谍。雷表示因为了越狱做准备而自愿成为了内奸，提出骗艾玛并放弃全体人员越狱作为合作的条件。第二天，艾玛得知雷是内奸后，依然决定全体越狱。艾玛告诉了大伙关于伊莎贝拉的隐藏房间的事，冬和吉尔达未告知艾玛等人、偷偷侵入了那个房间。

威廉·密涅瓦送往孤儿院的书籍上用摩斯电码隐藏着对孩子们的信息，艾玛等人认为房子外面可能有伙伴。而另一方面，成功侵入伊莎贝拉隐藏房间的冬和吉尔达，注意到了艾玛等人的谎言。面对说出了真相的艾玛等人，冬愤怒了，但是只能哀叹于自己的弱小，艾玛也打算重新相信兄弟们。但是第二天，看到了五个人的对话的克洛涅提议一起合作？

为了夺取伊莎贝拉的妈妈的宝座，艾玛们从克洛涅那里听到了关于House管理系统的事情，并决定和她联手。当晚，艾玛和诺曼为了收集情报来到了克洛涅的房间，但是却反被克洛涅了解到、艾玛等人已经知道了发信器的地方和坏掉的方法。为了向本部控告孩子们的越狱计划，克洛涅开始寻找破坏发信器的工具。而此时，伊莎贝拉却向克洛涅发布了来自本部的通知。

被伊莎贝拉送行的克洛涅向祖母控诉了伊莎贝拉的失误。可是祖母完全不介意那个事，最终克洛涅被鬼杀害。当天下午，雷让艾玛和诺曼探寻围墙外面的世界，并向伊莎贝拉传达假情报以转移她的注意。但是察觉到这一点的伊莎贝拉把雷关在了房间里。随后，面对着艾玛和诺曼，伊莎贝拉告诉诺曼明天决定将他出货。

为了阻止诺曼的出货，艾玛和雷建议诺曼装作逃跑的样子、隐藏在House内。诺曼却因为担心自己的逃跑会致使艾玛等人越狱失败而拒绝了，但面对两人的拼命劝说，诺曼还是接受了这一提议。到了第二天出货当天，本应该为了逃跑而奔向围墙的诺曼，却与计划相反，傍晚回到了孤儿院。归来的诺曼说出了墙外的真相，艾玛和雷听闻后非常震惊。

诺曼从围墙上看到的景象使得整个农场的结构明朗了。但诺曼已经做好了出货的觉悟，并不打算逃跑。尽管艾玛和雷拼命挽留，但是诺曼依然将纸杯提线电话装进行李箱出发了。艾玛和雷因为失去了诺曼而绝望，看起来他们终于放弃了越狱计划？

艾玛和雷一边装作放弃，一边进行着越狱的准备。雷在出货前夜，提议用准备的工具发生火灾，趁着那个空隙逃跑，但那也包含了把雷自己留在火里的计划。但是在最后，艾玛阻止了雷的行动，是诺曼寄来的信件。并表明了和小屋的孩子们一起进行的准备。拔出伊莎贝拉，背对着被火焰包围的房屋和围墙的艾玛们.越狱会成功吗-！

艾玛答应一定会来接她，并决定留下4岁以下的孩子们。然后5岁以上的孩子们发挥训练的成果，一个接一个地越过悬崖。另一方面，伊莎贝拉报案总部，试图阻止越狱，但是看到悬崖对面的艾玛他们，终于放弃了追捕的念头。自己曾经也是在家中长大的孩子伊莎贝拉，静静地目送着离家远去的孩子们的背影-.越狱成功越过悬崖的艾玛他们跑过对岸的森林。艾玛怀揣着获得自由的喜悦和决心今后活下去的决心，穿过森林，那里闪耀着祝福他们般的朝阳。