新一收到了来自世界知名建筑家——森谷教授于其宅邸举行的晚会的请帖。柯南、小兰和小五郎应邀出席。此即为事件的开端。此后发生了作为特殊火药的塑胶炸弹大量失窃的案件。那个自称凶手的男子打来预告电话，与柯南展开博弈。犯人再次向那里打电话。随后，凶手连续发来炸弹预告。城市陷入了恐慌。

柯南身边的人，目暮警官、小兰的母亲妃英理、阿笠博士接连遭遇行凶。有着神秘关键字的扑克牌，被留在了犯罪现场。追查案件真相的柯南等人，奔向海上餐厅，在那里等着他们的，是新的杀人大戏。

1999年。在世纪末的这年，于世间引发大骚动的大怪盗。其名为“怪盗基德”。基德发出了要偷取帝国彩蛋的预告函。柯南去大阪追逐基德。那里除基德外还有一个人瞄准了蛋。基德用魔术玩弄警察于股掌之间。基德在解开预告函的柯南和平次两个人面前，悠然地偷走了彩蛋。就在柯南追击基德之时，响起了枪声。柯南在一探究竟前，发现了映出的古堡。可是，当晚，发生了杀人案件。柯南等人来到古堡。但在城堡中发生了新的杀人案件。少年侦探团秘密潜入城中。

发生了警察官被接连杀害的案件。被杀的两人，都紧握警察手册。柯南偶然和该案件遭遇。小五郎试图共同解决案件，而白鸟刑警却说出了一句“Need not to know”（没有知道的必要）。这是警察内部用语，表明案件与警察内部相关。从警视厅得到的情报中得知，小兰的性命也会被盯上。

柯南与少年侦探团，来到西多摩市临近完工的日本第一高的双子塔大厦。这是最先进的高科技建筑，而在建设过程中，有可疑人物暗中活动。其后，在大楼内发生了第一起杀人案。在那附近，柯南目击到难以置信的东西。黑色的保时捷356A。并且灰原也开始与什么人秘密联系。

柯南等人闯入夏洛克·福尔摩斯活跃的100年前的伦敦。世界最先进的虚拟体感游戏“茧”操纵着50个人的生命。柯南和父亲工藤优作一同挑战人工智能“诺亚方舟”。

春天，樱花的季节。东京、大阪、京都的5名男子遭到杀害。5人是屡次盗窃佛像、美术品的“盗贼团·源氏萤”的成员，相互以义经和他的随从的名字称呼。警视厅的目暮警部一行人、大阪府警大泷警部、京都府警绫小路警部开始联合调查。与此同时，小五郎接到某个寺院的委托，与柯南等人一同到达了京都。东、西名侦探柯南、平次，齐心协力化解挑战。

东京的最新景点。那里某栋大楼的屋顶上，与柯南对峙的是他的宿敌怪盗基德。柯南、小兰、小五郎和牧树里收到了怪盗基德的预告函。“Romeo……Juliet……Victor……Bravo!在这26个字母飞舞交错中，我将会前去拿取那颗命运的宝石。怪盗基德上。”以及一张将黑桃2纵向撕开的扑克牌的画。小五郎得知牧树里在舞台剧《约瑟芬》上使用蓝宝石戒指“命运的宝石”，做出了当晚基德会前来抢走宝石的推理。在柯南等人的注视下，舞台的幕布升起。

在太平洋航行的阿佛洛狄忒号。柯南小兰、小五郎，还有少年侦探团和阿笠、园子等一行人，参加了它的处女航。靠八代财团的威信建造的那艘船上，邀请了许多政界和演艺界的名人。在船上，有个可疑人影在行动。最终，发生了杀人案。在其背后，15年前，于北大西洋沉没的货轮——第一八代号的事故和八代集团的设计师因心脏病引起的交通事故有所关联。在海上，柯南等人被卷入一场无处可逃的阴谋之中。

小五郎接到了侦探委托。委托人将ID交给了少年侦探团和小兰，他们兴高采烈地去乘坐超人气过山车·超级大蛇。可是，那个ID设置了炸弹。如果不能解决委托，就打开开关令其爆炸。时限为截至闭园的12个小时。不断提供提示的神秘男子，将柯南称为“工藤新一”。同样和叶也被当作人质。在与服部平次会合的同时，柯南全力向真相逼近。那里有令人意外的人物关系。曾经在怪盗基德于美术馆夺走宝石的那天，发生了某件事。柯南发现案件背后隐藏的阴谋的影子。可是，时间的流逝毫不留情。

柯南一行人在太平洋小岛“神海岛”上度假。神海岛有着被称为“海底宫殿”的古代遗迹，传说中沉睡着300年前真实存在的两个女海盗安娜·邦妮和玛丽·里德留下的财宝，因此吸引了很多宝物猎人。这时，在海底宫殿附近潜水的小兰等人面前，猎人之一被鲨鱼袭击身亡。但柯南推理这不是意外。在海底沉睡的传说，悄然开始行动的阴谋。

不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件。而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。

以东京为中心发生了6起连环杀人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。“那辆车……难道是，琴酒的？”“黑衣组织”中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了。危机一触即发。如果让琴酒知道工藤新一还活着的话，不仅会危及新一，还有柯南身边的人。意识到事情危险性的柯南独自开始调查。

针对以全世界珍贵宝石为目标的怪盗基德，燃烧着对决的执念的大富豪·铃木次郎吉发出了挑战书：有本事就来盗取世界上最大的飞艇铃木号中收藏的宝石“天空的贵妇”吧。时间限制为东京⇔大阪间的6个小时。被次郎吉招待的小五郎、小兰、柯南、少年侦探团的孩子们也乘上飞艇。以天空为舞台的头脑战就此揭幕。就在此时，神秘组织“红色暹罗猫”袭击了飞艇。

“针对你这4年傲慢无礼的执政期，在此施下天诛的警告！”12月某天，朝仓东都知事收到一封恐吓信。第二天，刚开通的都营地铁隧道被炸毁。不过，多亏了从小五郎那里得知恐吓信的柯南，才避免了惨剧。柯南等人到建好水坝的新潟县去。迎接搬迁5周年纪念仪式的北之泽村，很多人在一起围观。柯南刚开始调查，却在雪原上发现了死因不明的遗体。“悲剧”相互交错，如今灾难正向人们袭来。

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了。“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”若不能根据犯人寄来的挑战书解读神秘暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。而正当柯南与灰原哀和少年侦探团一起、沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中的时候，得知了威胁电话的事情，为了解读暗号柯南独自一人离开了球场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实。

映着朝霞的海面上，漂浮着装有炸弹的神秘可疑船只。那艘船是一切的开端。京都舞鹤港海域。海上自卫队举行宝贵的宙斯盾舰航海体验。柯南、小兰、小五郎、少年侦探团一行人享受着用电子武装的高科技军舰施展的大震撼力。然而突然，响起轰鸣声，舰内空气流动不稳。不久，发现了没有左臂的遗体。那里，留下了一些疑点。着手调查的柯南，得知舰上乘上了某国的间谍“X”。这次航海中，隐藏着远超想象的足以颠覆整个日本的巨大阴谋。

以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。“从那么远的距离进行狙击，难道说……”柯南马上与女高中生侦探世良真纯乘坐摩托车追赶逃走的狙击手，意想不到的是狙击手居然连警察的巡逻车都打算一起炸掉，整个追踪过程都被其玩弄于股掌之中。结果，这场激烈的追踪将FBI（美国联邦调查局）也卷入其中，犯人以及狙击事件的谜团都消失在了大海里。于是柯南和世良协力，而警察和FBI合作调查此案，终于查出了美国海军特种部队“海豹突击队”的存在。其实这起狙击事件不过是接下来将发生的大混乱的第一步。与此同时，住在工藤新一家的神秘研究生冲矢昴也不动声色地秘密行动起来。

曾经在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》在聚集了大富豪的纽约拍卖会场中标。铃木次郎吉以3亿美元的史上最高金额得到了这幅名画，他的目的是收集散布在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大规模展会在以拥有铁壁般的安全系统著称的日本美术馆雷克洛克举办，这一梦幻般的新闻发布至全世界，柯南和小兰也关注了新闻转播。次郎吉打算召集通称为“七武士”的专家来保护《向日葵》，但此时怪盗基德突然现身，在发出宣战布告声称自己必定要夺取这幅名画之后便离去。在下一个瞬间，高中生侦探工藤新一的身影在骚动的会场中现身了，他自称是由于听说了基德的传闻才前来的。而在数日之后，搭载着《向日葵》的客机飞行在前往日本的高空中时，再次遭到白色影子的袭击。围绕着独一无二的至宝，谎言与真实纷繁交错的艺术之谜开幕。

某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入。英国的MI6（军情六处）、德国的BND（德国联邦情报局）、美国的CIA（美国中央情报局）等各国情报机关，甚至FBI的机密数据都被窃取。千钧一发之际，安室透率领公安警察及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐，就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一的步枪子弹击中，从公路上坠下。第二天，柯南一行人到东都水族馆游玩。刚刚翻新的水族馆盛况空前。在其特色卖点巨大摩天轮之下，柯南发现了一名独自站在那里的外表端庄秀丽的受伤女子。定睛一看，她左右眼虹膜的颜色是不同的，即俗称的“双色瞳”。可是，女子已是连自己的名字也不记得的失忆状态，所带的手机也已损坏。柯南等人商定帮助她找回记忆，就这样与她一同行动。而这被贝尔摩德在暗中从头至尾监视着。随后贝尔摩德拿出了消音器，对着身上的通信器说道，“计划很顺利哦，琴酒。”

大阪的地标——日卖电视台突然发生了爆炸案。此时，台内正进行由日本百人一首协会带头的“皋月会”举办的皋月杯的发布会的录制。突发的事态引发了大恐慌。从轰隆作响的即将崩塌的大楼中，关西名侦探服部平次和他的青梅竹马·远山和叶两人被千钧一发之际赶到的柯南平安救出。案件如恐怖袭击一般，然而犯人的目的无人知晓，甚至连犯罪声明都没有出现的无法理解的状况令柯南和平次不禁感到蹊跷。在此番骚动中，柯南等人与坚称是平次的未婚妻的女子相遇。她的名字是大冈红叶。声称“平次是年幼时向她求婚的命中注定之人”的红叶，竟然是百人一首的高中生冠军，是被称为未来的女王的存在。与此同时，在京都岚山的日式住宅内，发生了皋月杯冠军遭杀害的案件。那时，在杀人现场的显示器中映现的，是红叶的身影。

东京湾的新设施“海洋边缘”成为东京峰会召开地。在峰会召开的5月1日，会有2万2千名警察出动。这样的超巨大设施，某天突然发生了大规模爆炸案！那里，有从属于暗中掌控全国公安警察、俗称为“零”的警察厅秘密组织的安室透的身影。在峰会当天没有发生，而是在事前发生的爆炸案，以及秘密暗中出动的安室的无法理解的行动令柯南不禁感到蹊跷。现场留下的作为证据的指纹，与曾在警视厅就职的毛利小五郎的指纹一致！这是什么样的阴谋。柯南与安室围绕小五郎的逮捕开始敌对。神秘的存在——安室透，究竟是敌人，还是伙伴？“绝密任务”的倒计时，已经开始向“那个时候”转动起来了……

在19世纪末与海盗船一同沉入新加坡近海的世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”。在当地的富豪将其回收，于舞台上展现其真容时，在滨海湾金沙酒店发生了杀人案。现场留下了怪盗基德沾有血迹的预告函。另一边，为了观看在新加坡举办的空手道锦标赛，小兰和园子来到了当地。由于没有护照所以无法出国的柯南本来应当在看家，但他被试图利用他的基德以魔术般的方法，强行带到了新加坡。若不服从基德就连回日本都做不到的柯南，眼镜、手表、衣服等全被夺走进行了变装。被没有注意到其真实身份的小兰问及名字，情急之下化名亚瑟·平井。不久，基德得到了在某个宅邸的地下金库中沉睡着蓝宝石的情报。他以为很简单就可入侵成功，但无比危险的陷阱等待着基德。挡在他面前的，是400战无败绩的最强空手道家——京极真。基德的命运是……在那之后，就如预兆着什么不祥之物一般，从新加坡的象征——鱼尾狮中喷出了被染为鲜红的水！

日本迎来了世界最大的体育盛典“WSG-世界运动大会-”在东京的举行。配合开幕式，发表了集成日本技术的、以最高时速1000千米为傲的世界首个“真空超导磁悬浮列车”在新名古屋站与东京新设的芝滨站间发车的消息。世界瞩目之下，知名赞助商云集的聚会会场发生突发案件，陷入了企业高层陆续被绑架的异常事态。在其背后有着监视案件的赤井秀一的身影，以及等待来自赤井的指令的FBI的身影。根据柯南的推理，案件和15年前在美国波士顿发生的令人忌讳的WSG连续绑架案的关联性浮现出来，当时的案件也确定是FBI管辖的。这真的是偶然吗？聚集了来自世界各地人群的日本，究竟会发生什么？

正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？

故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……