小智和皮卡丘前往阿罗拉地区旅行，自然资源丰富的阿罗拉地区也极具魅力。在那里，小智与新的宝可梦们相遇，并且了解到了宝可梦学校。兴奋不已的小智在夜晚被一个不可思议的声音所引导...

因为被阿罗拉地区所吸引，小智和皮卡丘选择留宿在库库伊博士家，并且进入宝可梦学校学习。有一天，小智的同班同学为小智举办了一场秘密欢迎会。在热闹的欢迎会上，阿罗拉地区的守护神卡璞・鸣鸣来访了...？

小智从库库伊博士那儿得到了一只被称为“洛托姆图鉴”的会说话的宝可梦图鉴，拿到图鉴后，小智带着皮卡丘和洛托姆图鉴与他的同学们一起兴高采烈地前往森林捕捉野生宝可梦。另一方面，火箭队三人组收到坂木的指令，也来到了阿罗拉。

小智一边在宝可梦学校上学，一边见识着阿罗拉地区的宝可梦。一天，小智遇到了一只饿着肚子的木木枭，为了收服木木枭而前往森林的小智一行人，在森林深处发现了小笃儿的巢穴！正当他们在观察木木枭与小笃儿的时候，火箭队突然出现了。

小智在宝可梦学校上学，这次课的内容是了解海洋中的宝可梦。库库伊博士作为特别讲师，宣布上课内容是钓鱼，可是小智没有钓竿。这时水莲提出可以到家里拿一支鱼竿借给小智，于是小智就跟着她走了。半路上，水莲突然在一个地方停了下来。

周末到了，库库伊博士要出门一趟，让小智一个人在家。因为木木枭害得小智的衣服被打湿了，小智试图顺便帮博士洗衣服，可是却弄得一团糟，自己做出来的料理也黑暗得吃不下。把冰箱的食物都用完的小智决定买点东西回去，于是小智来到了购物街，偶然看见了马玛内与托戈德玛尔。

在前往宝可梦学校上学的途中，小智遇到了野生的火猫宝可梦的火斑喵。这只火斑喵在抢走了小智的便当后逃走了。前去寻找火斑喵的小智，碰巧看到了火斑喵在与阿罗拉宝可梦猫老大冲突后伤痕累累的样子并立即决定将火斑喵带回家处理伤口。然而，这只不亲近人类的火斑喵再一次逃了出去。小智紧随其后追了过去，这时...

小智等宝可梦学校的学生从大木校长那里接到了，照顾并观察在拉纳基拉山发现的宝可梦蛋的课题。夜间照顾蛋的任务被交由无法接触宝可梦的同学莉莉艾担当，小智决定到莉莉艾家里陪她一起照顾宝可梦蛋。原来莉莉艾的家居然是连对战场地都有的大豪宅。非常兴奋的小智与莉莉艾的管家进行了宝可梦对战。

阿罗拉地区流传着，要想成为独当一面的宝可梦训练家孩子们就要进行“诸岛巡礼”，小智也想要挑战诸岛巡礼。岛上的田地发生了因拉达和小拉达而荒芜的事件，小智因此前去与岛上颇有声望，同时也是自己将要挑战的诸岛巡礼的关键人物——哈拉见面。小智很快向哈拉提出了挑战诸岛巡礼的请求，却被哈拉回绝道：“在此之前需要试试看是否有挑战诸岛巡礼的资格。

小智迎来了与岛屿之王哈拉的大考验。擅长使用格斗属性宝可梦的哈拉，其充满力量的战斗风格让小智感到棘手。另一方面，小智派出了皮卡丘和木木枭的组合迎战。在对战中，哈拉与铁掌力士使出了Z招式，小智也用Z招式还击。战斗的结果是？

宝可梦学校放假的日子来临了，小智一大早就和库库伊博士一起努力地进行Z招式的特训。之后偶然遇到了在父母家的牧场帮忙的卡奇，于是，小智为了与卡奇进行对战，决定去卡奇家帮忙，在那里遇到了各式各样的宝可梦！

在阿罗拉地区过着懒散又沉长的生活的火箭队，一天突然接到了本部的来电，被问到如今在阿罗拉地区的活动是否顺利。虽然勉强蒙混过关，但他们也深感如此下去不妙，于是决定要去捕捉新的宝可梦。于是火箭队来到了海边，而小智一行人恰好因为上课也来到了海边...

小智从同学玛奥那里得知附近将要举行宝可梦松饼竞速大赛，这是训练家与宝可梦协力在不弄倒的前提下以最快速度搬运堆积在盘子上的松饼的赛跑。颇有兴趣的小智与皮卡丘一同参加了比赛。可是，卫冕冠军诺雅的雷丘却似乎和皮卡丘较上了劲，处处挑衅皮卡丘，加上火箭队三人组前来捣乱，小智能顺利完成比赛么？

在大家的悉心照料之下，宝可梦蛋终于孵化了。小智等人非常兴奋。作为管理人一直努力至今的莉莉艾更是感动。但由于自己无法接触宝可梦，莉莉艾很快又消沉了下来。这天放学回家路上，火箭队盯上了带着白晃晃的莉莉艾...

一天晚上，回到家中的小智发现看家的岩狗狗居然受了伤。小智和库库伊博士对此十分吃惊，无人在家的时候岩狗狗是怎样行动的呢？为了找出它受伤的原因，小智在家中安装了监控，秘密监视着岩狗狗的动向。监控中的岩狗狗居然跑到了外面。慌忙追赶的小智，亲眼目睹了意外的景象。

这天，小智一行人与宝可梦们在海边玩耍。正当小智的木木枭与水莲的球球海狮一起进入水气球里玩闹时，突然一阵狂风吹来，木木枭与球球海狮连同气球一起被吹向了远方。两只宝可梦正因迷路困惑不已，这时野生的火斑喵出现了。看样子，火斑喵似乎能把两只带回原来的地方，只是这个时候火箭队出现了...

有一天，小智去了宝可梦学校后，发现了很麻烦的事情，贵重的电Z突然不见了，就在小智慌忙的寻找时，看到侦探剧阿罗拉侦探拉奇的洛托姆决定化身成侦探去寻找小智的电Z，然而电Z却出现在了...

小智等人受到了同班同学玛奥德邀请，去玛奥家里品尝玛奥家里所经营的餐厅的新菜单。然而，玛奥却为制作炖菜的特殊材料感到为难。在小智一行人的帮助下，玛奥找到了金黄色花蜜作为炖菜的材料，成功做出了新的菜品。

放学后，小智去了马玛内的家里。在听取马玛内意见的特训起到效果后，授予Z手环的不可思议的宝可梦再次出现了！为了测试小智的能力，第二次的对战马上就要开始了，小智的复仇即将开始。

有一天，小智听说了附近有一个俗称“宝岛”的小岛后，便和皮卡丘一起前往小岛探险。难得拥有了和皮卡丘两人共处的时间，小智和皮卡丘的牵绊也进一步加深了。在黄昏的时候，出现了悬浮在空中闪耀着光芒的宝可梦！？

又有一天，小智在路上和曾经遇见过的火斑喵再会了，在火斑喵的住处见到了和火斑喵共同生活的长毛狗的身影。与此同时，火斑喵向小智寻求帮助，长毛狗的身体状况似乎越来越差了...

小智在河边与同班同学卡奇进行了特训，发现了在沙子上移动的不可思议的铁锹。卡奇猜测了铁锹的主人。此时不可思议的事情发生了，铁锹竟然飞走了･･･！？

小智、库库伊博士以及小智的同班同学们一起去看演唱会，目标是DJ雷欧和他的阿罗拉三地鼠组合。通过偶然的事件，小智认识了这个组合。然而令人意想不到的是，第二天这个组合竟然宣布要解散!?

有一天休息日，小智很是烦恼。最近在宝可梦学校要举行开放日活动。意想不到的客人小智的妈妈花子也将到来，而小智将在活动上作为代表发言！这该如何是好？

火箭队依然追逐着小智的皮卡丘。有一天在宝可梦学校窥探宝可梦课程的火箭队，对小智使用的Z招式感到惊叹。为了能够尽快学习Z招式，火箭队前往寻找C纯晶。这时，同样看上纯晶的骷髅队出现了･･･火箭队和骷髅队，恶恶相碰!!

小智的同学马玛内的父母商议着搬家。一定要和学校的同学分手吗？郁闷的马玛内连上课也没了心思。对马玛内的状态感到担忧的小智等人展开了行动･･･？

小智在宝可梦学校休息的时间里，听到了在街巷中所出现的一个超强训练家的传言。小智决心一定要与他一战，传说中的训练家出现了！立即打算与之战斗的小智，莉莉艾却突然迎来･･･？

阿罗拉地区大受欢迎的体育活动宝可梦棒球赛，小智和皮卡丘对这一比赛大为兴奋！第二天，宝可梦学校的授课老师库库伊博士惊喜发表！今天的课程学习宝可梦棒球，而且是有名的职业选手奥鲁奥鲁来传授！白热化的比赛开幕了！谁能赢!!

小智和宝可梦学校的同学们利用休息日的时间前往森林中露营。他们烹饪料理、在河边玩耍、尽情享受露营。然而接下来，他们一个又一个接连倒地･･･这个森林有着这样的传说，有着不明物体会吸走人身上的能量･･･

小智如同往日一样前往宝可梦学校上学，库库伊博士提出了突然的发表，作为授课的一环，希望同学们将各自的宝可梦互换，以便能够对自己的伙伴之外的宝可梦也有所了解。皮卡丘前往了莉莉艾家，不过，莉莉艾却不敢触碰皮卡丘…

作为上课的一环，小智和他的同学们前往阿卡拉岛。这时一位皮肤黝黑的女性出现了，她的名字叫做丽姿，是岛屿的女王。小智和丽姿在一起前往岛屿的途中遇到了困难…!?

小智等人终于登上了阿卡拉岛。今日的课程是与宝可梦长毛狗一起寻找宝物。他们各自选好了作为搭档的长毛狗后开始寻找宝物，但是水莲选择的长毛狗却不愿听从她的话，陷入苦战的水莲能顺利找到宝物吗？

小智等人继续在阿卡拉岛享受时光。今天是自由活动的日子，小智和水莲去附近的池塘钓鱼。重量级的物品上钩了！但是太大了实在太难钓上来，加油！

小指等人参加了阿卡拉岛上的祭典活动。活动的主要内容是为宝可梦戴上维拉之冠。小智在即将为自己的宝可梦戴上维拉之冠的时候，突然出现的一个球状宝可梦将维拉之冠夺走了！

作为课外活动的一环，小智等人尝试了岛的传统料理，开始积极地收集料理所需要的食材。虽然面临着种种困难。但小智最终依然收集到了食材。这时，小智却收到了挑战!!

小智终于迎来了岛屿女王丽姿的大考验终于到来。丽姿的考验是2VS2的双打比赛，丽姿用巧妙的战术以及宝可梦压倒性的力量和速度压制着小智。这该如何是好？

丽姿的大考验结束之后，阿卡拉岛的课外授课也即将结束。一天晚上，小智的岩狗狗失踪了。小智慌张地寻找，当晚却没有找到。第二天，小智等人继续寻找岩狗狗，这时，某只宝可梦出现了!!

今天火箭队也依然以得到皮卡丘为目标，向小智发起了挑战。在战斗的时候，武藏与谜拟Q和同伴走散了。更为糟糕的是，谜拟Q的画皮破了。为难的武藏所采取的行动是･･･！？

玛奥的父亲经营的餐馆竟然迎来了电视节目的专访！采访过程中，开来了很多汽车，也迎来了很多位客人，餐厅陷入了繁忙的状态。这时，因为一点小事，玛奥和她的父亲争吵了起来，并离家出走了！

有一天，小智和水莲遇到了在海边进行精彩表演的花漾海狮和它的训练家。据说他们是在海洋上周游世界的旅人，为了寻找一只沉没的旧船而来。对此很感兴趣的智和水莲，决定和他们一起去找那只船。但是，火箭队出现了･･･

汽车拉力赛大受欢迎，其中有利用虫电宝作为汽车动力的拉力赛。小智和马玛内一起组队参加了比赛！但是，马玛内的虫电宝却始终跑不动･･･最后能够获胜吗？

宝可梦学校开展了成立20周年纪念典礼，小智久违地回到了关都地方。在那里，小智看到了怀念的宝可梦，也看到了小刚、小霞和大木博士，很是高兴。。然而意想不到的是，宝可梦们竟然在大木研究所里迷路了･･･。

课外授课依然在继续。今天是体验道馆挑战的课业，小刚和小霞作为特别的讲师。喜欢对战的小智和卡奇，向小刚和小霞提出了认真进行道观对战。小智、卡奇、小刚和小霞的对战开始了！

一天晚上，小智有个不可思议的梦。第二天早上上学时，小智遇到了一个从未实际见过的宝可梦！这是小智在梦中照顾过并立下约定的宝可梦。捡到的这个宝可梦是在洛托姆图鉴中完全没有记载的谜之宝可梦。小智并不知道该如何照顾这只宝可梦，因此和宝可梦学校的同学们陷入了苦恼中。

小智和宝可梦学校的同学们费尽心思地照顾着捡到的宝可梦小星云，非常辛苦。令人惊讶的是，小星云竟然能够瞬间移动！令小智等人更加辛苦的是，小星云将他们瞬间移动了･･･

小智等人收到邀请，来到了收纳受伤宝可梦的保护设施以太乐园，对于遇到保护设施内的众多宝可梦而感到兴奋。然而在那里却发生了意外，一只百变怪逃走了。小智等人努力寻找，但却没有找到･･･

有一天的午后，发生了意想不到的事情，小智与莉莉艾的哥哥格拉吉欧再次相遇了。格拉吉欧身边带着一只陌生的宝可梦，但是这只宝可梦却不太想见生人。这其中的原因竟然与格拉吉欧的过去有关？

今天是开心快乐的住宿会的日子，宝可梦学校的同学们来到了库库伊博士的家里。大家一起打游戏、吃饭，住宿会的场面很是热闹。在大家都入睡后，意想不到的事情发生了。

莉莉艾想要找回过去的记忆，以知道自己不敢触碰宝可梦的原因。小星云使用了瞬间移动，将莉莉艾和小智传送到记忆中的地点。莉莉艾开始逐渐克服了内心的恐惧･･･。

恢复了过去记忆的莉莉艾，生活很是充实。但在这背后，扎奥博因为工作失败被暴露而处于不利的状态。为了逆转这一局面，扎奥博划诱拐小星云实行他的秘密计划!!

在以太基金会事件之后，小星云不再移动了。这时更大的问题发生了！莉莉艾和他的哥哥格拉吉欧一样离家出走了。面对接踵而来的问题，小智决定与岛屿之王哈拉商谈。

为了见到传说中的宝可梦索尔迦雷欧，小智等人前往波尼岛的日轮祭坛。在那里，索尔迦雷欧并没有出现，等待着小智等人的竟然是阿罗拉地区的四位岛屿守护神。在惊讶的小智等人面前，守护神们采取了行动･･･!?

借助了索尔迦雷欧的力量，小智等人穿越了究极之洞，到达的是究极异兽所居住的世界！小智等人试图救出露莎米奈，但是挡在他们面前的是被究极异兽操控的宝可梦们！

为了将露莎米奈救出，小智等人继续战斗，一直没有放弃。然而，本应倒下的露莎米奈的宝可梦们再次复活，小智等人陷入了大危机！结果到底会如何呢？

宝可梦学校的大家终于解决了究极异兽的事件，生活又回到了安宁。直到有一天，库库伊博士告诉了小智一件重要的事情･･･。

宝可梦学校的同学们进行着战斗的练习，这时大木博士来到了宝可梦学校。这次，大木博士带来了树枕尾熊，树枕尾熊和胖丁发生了一段很有趣而又意想不到的故事。

今天是宝可梦学校的休息日，库库伊博士、芭内特博士与小智一起出门，将看家的任务留给了洛托姆。不过，因为意想不到的事情，洛托姆的形态改变了，变成了清洗状态，随后又变成了旋转状态和加热状态…。洛托姆最后能平安无事地回到原来的样子吗!?

火箭队与好坏星的初恋对象超坏星见面了！知道这一情况的小次郎打算成全超坏星与好坏星的恋情。这段恋情最终的去向是!?

有一天，在森林里迷路的诗婷和诗涵被神秘的宝可梦所解救。玛奥和水莲回忆起了他们也曾被称作“森林中的老爷爷”的同一只宝可梦所解救过。于是，小智等人为了表示感谢而前往森林，他们能够成功见到“森林中的老爷爷”吗…!?

在拉纳基拉山，小智等人看到了一片广阔无垠的世界，因而感到十分兴奋。小智等人与雪上运动专家莎拉相遇了。受到莎拉的邀请，小智等人参加了宝可雪橇跳跃大会！到底谁能够获得大会的冠军呢？

花园上突然出现了究极异兽！在露莎米奈的指示下，小智等人出动了。目的自然不必说，捕获究极异兽，并将它们送回原来的世界！果然第一次出动的结果是…!?

因为武藏吃了它特意留存的重要冰淇淋，喵喵一气之下从秘密基地跑了出去。在那里，喵喵偶然遇到了阿罗拉・喵喵。阿罗拉・喵喵很机灵，因此武藏和小次郎想把它也纳入火箭队。但是喵喵却是竭力大反对…!?

阿罗拉地区有着传统的四人对战，名曰皇家对战，在电视上看到这一战斗形式的小智很是兴奋，想前往会场参加。于是，小智与皇家队战中曾获得全胜的蒙面训练家皇家蒙面人发起了挑战。最终获得胜利的会是谁！

小智和皮卡丘在进入市场时，与始终在争夺的宝可梦投掷猴相遇了。投掷猴看起来像是在不同的岛屿上争斗着以决定谁才是老大。小智觉得不能对输掉战斗的投掷猴视而不见，向其他投掷猴展示力量吧…

有一天，小智等人在宝可梦学校进行着对战练习，毕业生伊利马到访了。据认识他的玛奥等人说，伊利马是宝可梦学校开办以来的秀才，有着种种传说。为了确认传说的真实性，小智等人与伊利马见面了。到底是什么样的传说呢!?

今天宝可梦学校的授课内容是，学生们去参观宝可梦乒乓大会！在特别讲师伊利马的鼓励下，小智等人也尝试了这一运动。在前次比赛中伊利马失败了。在这次比赛中，伊利马会获得冠军吗??

在宝可梦妖怪学校的课堂上，皮卡丘的前面出现了一个神奇的宝可梦!?这只宝可梦似乎很在意皮卡丘，就带上皮卡丘去了宝可梦学校的外面。发现皮卡丘失踪了的小智慌慌张张地寻找，但是与此同时火箭队也出现了…

今天宝可梦学校的大家迎来了宝可梦中心的职业体验日。然而，在宝可梦中心工作的乔伊小姐感冒了。小智等人决定代替乔伊小姐努力工作！在那里，骷髅队突然出现了…

有一天马玛内在与家人露营时，在竹林里发现了被埋没了的神秘的银色金属（？）。马玛内和托戈德玛尔一起挖出来一看，发现了如同脸一般的东西。马玛内认为，这或许是在自己喜欢的故事“星船辉夜”中登场的辉夜…

在卡奇的牧场里出现了一个自称是布尔甘的男人，其自称要买下牧场并建造一家度假酒店。卡奇们拒绝了这个男人的邀请，随后这个男人便以各种手段骚扰卡奇的牧场。愤怒的卡奇们开始向这个男人宣战…

在美乐美乐岛的某个森林中。野生的滴蛛开始了它的旅程，动身去寻找水源。滴蛛在旅行中有着各种各样的经历，如在外面的世界第一次看到大海，又如在和其他滴蛛在争夺水源的战斗中败北。在那样的情况下，滴蛛和偶然的水莲恋爱了！？

在进行着料理修行之旅的玛奥的哥哥乌鲁，突然回到了老家的艾纳餐馆。乌鲁，是为了参加在阿罗拉地区举办的一年一度的“阿罗拉・面包节”而回来的，但是在这背后似乎有着什么隐情…。你预感会在艾纳餐馆发生什么事？

有一天，小次郎的好坏星学会了拍落这一恶属性的招式。因为先前已经获得了恶Z，所以火箭队一直在商议着得到Z手环的办法。火箭队从坂木那里听说去乌拉乌拉岛的岛屿之王那里，可能可以得到Z手环。火箭队、Z手环!?

小智等人继续挑战下一个岛屿，但是却没有找到任何前去的交通工具。在少女阿塞萝拉的帮助下，小智等人好不容易才到达岛上，这难道是对小智等人的考验吗？？

为了让宝可梦更强大，小智想请乌拉乌拉岛岛屿的守护神卡璞・哞哞协助特训。多亏了阿塞萝拉的指引，小智顺利地到达了卡璞・哞哞的身边，但是卡璞・哞哞却很难对付…

终于学会了Z招式的武藏，今天又来抓获皮卡丘了。面对从未遇到过的考验，小智和皮卡丘也通过训练变得更加强大。习得了Z招式的武藏和小智之间认真的战斗开始了！

最终，小智终于迎来了默丹的考验。乌拉乌拉岛的大考验是，用一只宝可梦连续打败三只宝可梦。小智和鬃岩狼人经历了特训后，能够在实战中发挥出特训的成果赢得考验吗！？

小智等人去了美乐美乐岛观赏烟花大会。偶然的情况下，看到了在节目中原本并未设置的谜一般的烟花（？）。第二天，小智等人在学校讨论这件事的时候，究极防卫队突然发出了紧急行动的指令。这似乎与谜一般的的烟花有关系、果然…

今天是宝可梦学校的学生们留宿学习的日子。在辉克拉尼天文台，观察着流星宝可梦小陨星。之后，小智等人遇到了一颗偶然陨落到地面的小陨星。这是一只能和小智等人友好相处的小陨星，实际上小陨星宝可梦有着一个秘密…

想要回到美乐美乐岛的小智等人，在一个自认为是捷径的洞窟中迷路，莉莉艾和大伙们走散了。在那里，莉莉艾遇到了阿罗拉穿山鼠。听说阿罗拉穿山鼠们似乎有想赢的人，莉莉艾想成为帮助它们的力量…。最终，小智等人能成功从洞窟中走出来吗!?

从电视上看到在阿罗拉地区大流行、在皇家对战中活跃的皇家蒙面人而兴奋的小智，和库库伊博士等人一同去会场看比赛。皇家蒙面人的对战对手使用了卑鄙的手段，无法忍受的小智和炎热喵一起上了擂台!?

某一天的宝可梦学校。同学们在库库伊博士的提议下举行了“宝可舞蹈”比赛。现在大家都在想和自己的搭档宝可梦合作的舞蹈，那到底会是怎样的展示会呢！？

今天宝可梦学校的课程上，以太乐园的扎奥博作为特别讲师。为了让同学们对科学感兴趣，扎奥博准备了无论是多大的机器启动开关后都能变小的机器。当扎奥博进行现场展示时，机器却不动了。刚想着机器终于发动了，小智却变小了…

有一天的傍晚。来到集市的小智、遇到了一位擅长画画的少女。她的名字叫茉莉，并且似乎能够通过绘画感受到宝可梦的心。当她第一眼看到毒贝比的时候，就知道毒贝比很喜欢画画。茉莉在毒贝比那里，还感受到了什么…。毒贝比的心情究竟是如何的？？

在宝可梦学校的操场上，出现了如同巨大跳箱一样的东西。小智等人原以为这是为了上课而准备的道具，于是立刻跳了起来…。这时收到了究极防卫队紧急出动请求！现场到底发生了什么事…！？

小智和他的宝可梦学校的伙伴们来到了宝可梦的度假温泉“宝可梦天堂度假村”。正当大家准备休息时，在那里瞄准了宝可梦的火箭队出现了…。

有一天早上，小智发现库库伊博士和芭内特博士一直没有精神。阿罗拉地区少有的阴天下，小智来到了宝可梦学校，在和同学们交谈时，听闻大家的父母也都没有精神。为了调查这个谜团，究极防卫队出动了。那里有新的成员出现！？

突然出现在究极防卫队面前的是露奈雅拉和另一个神秘的宝可梦。露奈雅拉与它展开了激烈的战斗，此时火箭队的特殊部队也登场了！另外，索尔迦雷欧也出现了…！露奈雅拉最终的命运会如何呢！？

为了拯救阿罗拉的危机，小智等人朝着究极之洞的另一面出发了。在那之前，等待着小智等人的是…。另外，火箭队的真正目的到底是什么呢？？围绕着阿罗拉的异变，各自的想法交错！！

究极防卫队终于找到了“光辉大神”的传说。但是，却不知道怎样才能拯救阿拉拉的危机…。小智们在烦恼的时候，卡璞・鸣鸣行动了！需要配合大家的力量，找回阿罗拉的和平！去吧！去吧，究极防卫队！！

小智等人来到了遍布着皮卡丘的“皮卡丘山谷”。在那里，小智等人遇到了一位非常喜欢皮卡丘的不可思议的女性皮卡菈。当小智被皮卡菈和山谷中的皮卡丘所欢迎时，瞄准皮卡丘的火箭队出现了…。

皇家对战最强的英雄皇家蒙面人要在美乐美乐岛举办握手会了！知道了这一消息的小智和库库伊博士商量着前往握手会。库库伊博士不希望别人知道皇家蒙面人的真实身份就是自己，这个问题怎么办！？

今天宝可梦学校的日程是、在体育馆进行舞台剧发表会。小智和宝可梦学校的伙伴们在紧张的同时在大家的家人面前表演了戏剧。在那里，捡到小智掉落的戏剧剧本的火箭队闯入了…。发表会到底会变成什么样呢！？

某一日的水莲家。诗婷和诗涵告诉水莲她们想去鬼屋。在宝可梦学校里，水莲向大家提到了此事，偶然从乌拉乌拉岛来的阿塞萝拉提出了一个想法，在宝可梦学校建立一座破旧的宅邸！到底能做什么样的鬼屋呢！？

以维拉火山为中心产生了强烈的磁异常！因为可能会对侦测究极异兽出现的系统产生影响，究极防卫队前往调查原因。最终，小智等人能够查明磁异常的原因吗！？

小智等人来到了以太乐园。正好在同一时候，火箭队也偶然来到了以太乐园。火箭队的目的是把乐园中被保护的宝可梦们全部窃取过来。在那样的情况下，却不知为何出现了一只死缠不放的童偶熊…！？

在森林中，小智偶然遇到了国王·哈拉的孙子·哈乌。哈乌知道了小智是为了迎接考验而前往森林进行特训后，决定和小智展开对战。木木枭和投羽枭，到底赢的是哪一方！

小智等人来到了人气电视剧《阿罗拉侦探拉奇》的拍摄现场，在那里他们偶然获得了节目制作人的喜爱，就这样被邀请出演节目的新角色，洛托姆很高兴…。

标题伊布要去哪里呢？为了见那孩子哪里都能去！ 在海边独自吃果实的伊布。好像谁在大街上看见了它。但是正在被坏心眼的猫老大追赶！伊布的命运究竟是！？

一天，小智在前往宝可梦学校的途中与阿罗拉的守护神——卡璞・鸣鸣再会。小智立刻向卡璞・鸣鸣提出挑战。在战斗中皮卡丘和卡璞・鸣鸣的电击激烈碰撞的那个瞬间，醒来后的小智和皮卡丘在一个陌生的地方…。在那里，他们遇见的是一个青年，和那个青年在一起的宝可梦捷拉奥拉！

以某件事为契机，小智和皮卡丘被放飞到了一个陌生的地方。那个地方没有人影，街道也荒废了…。小智和皮卡丘得知其原因是被某位强大的宝可梦破坏了，小智决心与迪亚共同战斗！小智与孤独作战的迪亚能拯救吗！？

宝可梦学校上完课后，小刚和小霞带着惊喜来到了学校。为了第一次来到阿罗拉地区的2人，学校的大家决定做观光向导。到底会是怎样的观光呢？

阿罗拉迎来了小刚和小霞。今天小刚怀着希望，去阿卡拉岛见岛屿女王丽姿。丽姿知道小刚原来是道馆馆主，就向小刚挑战！热烈战斗的结局到底是…。

小智一行人前往波尼岛。马玛内准备让虫电宝进化。小智从旁人口中得知目前波尼岛没有岛屿之王而无法进行大考验，因为前任岛屿之王在不久前告老退休了。小智首次遇见了哈普乌，被误以为是偷萝卜的小偷。并与她对战，最终败给她。

当哈普乌在进行的研究项目的时候，来到波尼岛游玩的莉莉艾观察着生活在那里的各种各样的宝可梦。突然，她的哥哥格拉吉欧出现在她的面前。莉莉艾非常开心能够跟她许久不见的哥哥团聚，但是之后小智和格拉吉欧就用各自的鬃岩狼人展开了一场对战！

马玛内想要让他的蓄电池宝可梦虫电宝进化成锹农炮虫。在发现波尼大峡谷里存在一种神秘的力量后，他就带着虫电宝去了峡谷。与此同时，水莲和她的海狮宝可梦球球海狮异乎寻常地热衷于学习她的师父伊雅和她的独唱者宝可梦西狮海壬的招式。

据说波尼岛的守护神卡璞・鳍鳍出现在岛上的圣地彼岸遗迹里。不出所料，当小智在这片神圣的土地上和卡奇进行对战时，小智引起了卡璞・鳍鳍的愤怒，最终小智被抓走。为了解救他，卡奇必须在一个限定时间内奔跑，并从阿卡拉岛的守护神卡璞・蝶蝶手中拿回鳞粉。

格拉吉欧来到波尼岛的理由是因卡璞・鳍鳍拥有能够让他们见到已经过世的人的不可思议的力量，然后听到了这个的玛奥…

哈普乌成为了波尼岛的岛屿女王，然后小智在她那里接受了大考验，到底小智能不能突破大考验呢？

在美乐美乐岛森林里的智挥猩的店里，玛奥因为要去拿大蘑菇来到了这里，又送给智挥猩一个波尼萝卜，但这时又遇见了一些宝可梦客人……

小智一行人去参加阿罗拉地区很受欢迎的和宝可梦一起玩的宝可高尔夫。

小智一行人在结束了波尼岛的自由研究之后乘船返回了美乐美乐岛。然而却有一个不明的生命体(美录坦)跟着他们上了船。等到他们抵达港口的时候，那些美录坦就开始恶作剧。最终连小次郎放在火箭队的秘密基地的收藏品、学生们的工具还有宝可梦学校都被它吃掉。

小智一行人请求大木博士进行调查。博士调查后的结果证明这个不可思议的生命形态是命名为"美录坦"的新种宝可梦。然而，当火箭队快要接近捕获美录坦时，麻烦出现了。

为了支持并参加猜谜阿罗拉宝可梦（日文︰クイズ　ポケモンdeアローラ），小智一行人来到了电视台。在这时，小智发现有一只叫做小鲤的天才童星鲤鱼王的样子很奇怪。

拥有Z纯晶的训练家们被叫做费洛美螂的究极异兽袭击，目击了那个现场的喵喵爱上了费洛美螂。

由于库库伊博士在发表会上宣布建立阿罗拉宝可梦联盟，导致在电视上看到实况转播的骷髅队老大古兹马来到了宝可梦学校。据说库库伊博士和古兹马之间有仇，而古兹马的来袭也令小智强烈要求与其进行对战。

莉莉艾和格拉吉欧正在追查听说已经去世的父亲莫恩的记录。看到这一幕的母亲把两人带去了莫恩的房间…

小智一行人去拜访马利埃静市。在拜访期间，谢米，美录坦和小渚因为追着被风吹走的玛奥的发夹而消失了。

标题目标是前往最高层！爆音的龙之道馆!! 小智一行人来到了位于马利埃静市的关都之道馆，在那里，他们见到了一群穿着忍者服的道馆训练家。

为了得到第一名的奖品虫Z，马玛内参加了锹农炮虫竞跑。但是到了竞跑的那一天，火箭队出现并想抓住锹农炮虫。

在海边玩耍的小智一行人面前，出现了传说的宝可梦盖欧卡，它不知为何没有精神，发现它被宝可梦猎人盯上的小智一行人展开了帮助…

又在阳光明媚的一天，火箭队总部给武藏他们发来了联络，要求立马将在阿罗拉地区收服的穿着熊上交总部。小智一行人也要去操场上特训……

为了阿罗拉宝可梦联盟，小智一行人前往卡奇家进行Z招式的特训。卡奇的搭档爆焰龟兽和锹农炮虫进行特训并安抚调皮的嘎啦嘎啦，把大家当作亲兄弟一般，然后小智和马玛内终于知道卡奇和爆焰龟兽相遇的过去。

在阿罗拉发生了几起物品被切成碎片的事件。确认这些罪行是究极异兽纸御剑所为之后，小智一行人所在的究极防卫队出动了。

有一天，芭内特博士发现拿着“宝可梦超级招式图鉴”的库库伊博士和炎热喵一起的照片。那个时候，在森林特训的小智他们遇到了时拉比。然后小智和炎热喵被时拉比的“时空穿越”而回到过去所震撼！

当小智和炎热喵从过去回来的时候，他们看到皮卡丘它们都充满伤痕和十分疲惫。在他们去的这段期间到底发生什么事了?

为了进行Z招式的特训，小智一行人来到了莉莉艾的家。在那里，莉莉艾向大家介绍了由于某种原因而不能移动的幻之宝可梦玛机雅娜。

小智一行人来到了阿罗拉宝可梦联盟的举办地—玛纳罗竞技场，不料骷髅队也来了，而且还在会场搞破坏，另外库库伊博士与古兹马之间的关系、恩怨也即将揭晓。

预选皇家对战开始。这是一场151组的宝可梦与训练家的对战中，取得胜利的16组的可以晋级决赛的生存赛。当强大的选手出场时，小智他们是否能进入决赛呢？

宝可梦训练家的实力者聚集，阿罗拉宝可梦联盟的决胜比赛开始。第1回战的第一回合是小智对扎奥博。小智要如何接招扎奥博的战略？第二回合是伊利马与古兹马的激战，第三回合是哈乌对大木校长。然后第四回合，玛奥与水莲的超越友情的火热对战也开始了。

决胜比赛的1回战的第五回合是马玛内VS茉莉。接着第六回合竟然是武莎吉娜VS德小次朗的火箭队之间对决。

为了准备岛屿之王哈拉的孙子哈乌的第二回决战，小智与木木枭在进行特训。在那边的铳嘴大鸟与小笃儿决定教授小智们“羽毛舞”。对上哈乌的宝可梦狙射树枭非常不利的木木枭，能发挥出羽毛舞吗？

小智与哈乌的战斗持续中。两人都已经使出了Z招式，那么，接下来这场战斗会如何发展呢？还有，下一场的马玛内对决卡奇，又会是谁胜谁负呢⋯⋯？

卡奇对马玛内的比赛即将结束，第二轮的第四场比赛——水莲对古兹马即将开始！

卡奇的妹妹星儿被骷髅队袭击，而拯救她的正是卡奇的对手格拉吉欧！

卡奇VS格拉吉欧的比赛即将结束，下一场是打算破坏宝可梦联盟的古兹马和小智之间的比赛！

企图破坏联盟的古兹马以及一直以来都支持联盟的小智，这两个人，在联盟大会上对上了。这场为联盟而打的仗，究竟会是联盟捍卫成功呢？还是⋯⋯？

经过一番激战，最终站在战斗场地上的是小智和格拉吉欧两人。这对劲敌，即将在宝可梦联盟上擦出最激烈的火花。这场最终决战，究竟是谁赢谁输呢⋯⋯？

小智与格拉吉欧的对战即将进入尾声。究竟胜利的女神最后会对谁微笑呢⋯⋯？

在颁奖典礼即将进行的时候，究极异兽恶食大王突然现身。面对着大肆破坏会场的恶食大王，小智与皇家蒙面人以及四大岛屿之王将要如何迎战呢？

成为阿罗拉宝可梦联盟初代冠军的小智。接下来终于轮到与皇家蒙面人库库伊博士进行表演赛了！阿罗拉历史上第一位的宝可梦联盟冠军小智VS不仅是博士，还是众所周知的连战连胜之强者宝可梦训练家的库库伊博士，瞩目的对战现今，就要开始了！！

库库伊博士和小智的战斗进入白热化状态。阿罗拉史上第一位冠军的小智，要与库库伊博士派出的强力宝可梦们战斗，用普通的策略是行不通的。小智的鬃岩狼人VS库库伊博士的勇士雄鹰。接着，库库伊博士新的宝可梦妙蛙花登场！激烈对战中，小智派出变强的木木枭应战！

小智对库库伊博士的对战，演变成了炎热喵和炽焰咆哮虎的对战。到底炎热喵能否战胜炽焰咆哮虎呢？

作为库库伊博士的搭档，突然参加对战的卡璞・鸣鸣，与之对战的是小智的皮卡丘。双方的Z招式激烈碰撞!

阿罗拉联盟玛纳罗大会闭幕后，大家都回归日常生活。在宝可梦学校，大家听闻了库库伊博士即将休长假的计划。小智听了大家的梦想和对未来的规划之后，下定了某个决心。 在联盟中没有看到的小智VS卡奇的战斗也将实现！在联盟中磨练了本领提高了水平后，竞争对手之间的这场战斗引人注目，谁将是胜利者？

小智为了自己的将来做出了重大决断。他决定要回去真新镇了，但是他还没想好怎么和其他人说这件事……就在这个时候，在小智面前出现了一只令人怀念的宝可梦…另一方面，火箭队也接到了来自总部的联络，令他们感到很苦恼。他们和穿着熊母子分别的日子也即将到来。而莉莉艾的目标也有很大的进展！到底各自迈向未来的的道路是什么！？