高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国，他帮助警方解决了很多棘手案件。某日，他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件，其中，有两名黑衣人引起了工藤的注意，工藤暗中跟踪却被发现，黑衣给他灌下毒药后离开，当被警察发现时，工藤已变成了小孩儿的模样。

趁警察不注意工藤逃到阿笠博士那里寻求帮助，这时担心工藤的小兰找也找到这里，为保护小兰安全，工藤隐瞒身份并在情急之下取名江户川柯南，阿笠博士将柯南托付给小兰照顾，回家后他们碰到了急匆匆出门办案的毛利小五郎，听说有黑衣人，柯南也跟着一起去。原来是董事长女儿谷晶子被绑架，在管家承认了自己是犯人且没有同伙后，却再次有人打来威胁电话……

身体变小后柯南转入帝丹小学，并结识了步美、光彦和元太。某日，明星洋子来到毛利侦探事务所，说总感觉有人暗中监视她，为了更进一步了解真相，毛利一行人来到洋子住处，可开门后居然有具死尸横在门口，期间柯南发现了另一名演员优子的耳环并且还注意到洋子的经纪人山岸神态怪异，洋子、山岸、优子到底谁才是真正的凶手。

柯南和伙伴们去美术馆时捡到了一张画有奇怪符号的纸，大家自行成立少年侦探团去调查这些暗号，按照符号的指示先到达东京塔，在周围展开侦查却一无所获，休息的时候步美的新发现为柯南找到破解暗号的出口，大家一路寻找从东京铁塔到南部水族馆的标记，然而，事情并非那样顺利，柯南能破解暗号吗？暗中跟踪少年侦探团的黑衣人又是谁？

小五郎带着小兰等人去京都参朋友的婚礼，在新干线上柯南看见了两名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼镜窃听到了不得了的事情——这辆新干线上有炸弹并且即将爆炸，眼看黑衣人离开新干线，柯南只能凭自己找到那只装有炸弹的黑皮箱，锁定了炸弹所在的车厢后，柯南对车厢里的四人进行试探，却毫无头绪，关键时刻元太的一句话提醒了他。

园子和小兰被邀请去皆川家参加情人节派对，柯南悄悄尾随却被发现。皆川的母亲热情招待各位，但皆川却是一副不耐烦的样子，他拒绝了青梅竹马关谷香的巧克力，又对直道和若松冷嘲热讽，状态不佳的他决定外出透气，他的心仪对象好美也一起跟去，突然一声尖叫，皆川倒在了草坪上，到底是谁在情人节制造了惨剧？

小川医生这两年来不断收到未署名的钱和玩具，实在是不知道来历，于是前往毛利侦探事务所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其实是中古品，而小兰也因此开始怀疑起柯南的身份。在前往小川医生工作的医院调查过程中看到柯南翻阅病例的小兰对柯南的怀疑也进一步加深。最终柯南在千钧一发之际成功解救了小川医生的孩子。而柯南也成功化解了小兰的怀疑。

城中美术馆冒出中世纪盔甲会自己走路的传闻，引起了小兰浓厚的兴趣打算一探究竟，没想到却意外地发现美术馆在一周后即将关闭。而购买美术馆的购买者真中计划将这里改造成酒店。小兰一行在参观地狱馆的过程中发现真中被钉在墙上，而在回放录像的时候发现竟然是展览的盔甲将真中杀害！但在回放了录影带和勘察现场之后柯南发现了犯人的犯罪手法并找出了真凶。

柯南和小兰在参加天下第一夜祭时碰到了作家世井，他让小兰帮忙拍了几张照片，这时，横沟警官找到世井说他的朋友今竹被杀，大家一起赶往犯罪现场，期间，世井用自己的文稿代替今竹的交给了《文艺时代》的记者，种种迹象表明世井就是凶手，可让人棘手的是此人有不在场证明——相机里那些照片，仔细推敲后柯南发现了其中的破绽。

某天一个自称是新一女朋友的量子前往毛利侦探事务所，此举引起了小兰极大的反感。其实量子被拜托看护着名足球运动员赤木英雄的弟弟赤木守，而小守竟遭绑架！迫于绑匪的压力量子不敢惊动警察才出此下策。在小兰拜访量子的时候柯南发觉了量子的难言之隐以新一的身份打来了询问电话。在柯南的推理帮助下终于找到被绑架的小守而英雄也在得知弟弟被找到后完美的赢得了比赛。

钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件(上集)麻生圭二的人邀请来到月影岛，打听之后得知此人十二年前就在贝多芬的《月光》曲中诡异死去，至今岛上还流传着关于钢琴诅咒的流言，因为前任村长就是死在钢琴旁。柯南等人来的当天，正赶上前任村长的法事，突然钢琴声响起，大家冲进琴房后，看到的是资产家川岛先生的尸体。暮目警官到达的当晚，现任村长也被人刺死，身旁还留下了音符的暗号。

柯南注意到这些音符并将其解读，这时，当地的老警察说仓库里有麻生圭二留下来的乐谱，这种重要线索柯南自然不会放过，他和警察一起去找乐谱，而这期间，一直精神怪异的西本上吊死亡，脚下还留有遗书，柯南推断出这是他杀，当在看到麻生圭二留下来的乐谱后，柯南断定出了凶手，他利用变声领结和广播室说出真相。

柯南和步美他们一起玩捉迷藏的游戏，步美躲在一辆车的后车厢中，没想到竟然睡着。元太一直都找不到步美，最后柯南终于用无线电和她联络上了步美，但步美却在车的后备箱中发现了一个人头！刚好此时有件连续绑架少女杀人事件，柯南怀疑那辆车的两个男人就是那个事件的歹徒。为了救出步美柯南通过步美的描述利用滑板开始追踪步美。最终柯南成功追上了步美但所谓的连续杀人犯却是误会一场。

阿笠博士送给柯南一幅追踪犯人眼镜，柯南本想把发信器粘在小兰身上，却阴错阳差的粘在了来侦探事务所找爸爸的雅美手表上，根据女孩提供的信息柯南在赛马场找到了女孩的爸爸健三，事情本应就此结束，可第二天传来的却是健三的死讯，担心雅美有危险，柯南利用追踪器找到了一个高大的男人并非雅美，从柯南另一个参与此事的侦探口中得知此事并非寻人那么简单，深入调查过程中，又出现了一桩命案。

柯南和小伙伴们在河里抓鱼时，发现对面的楼顶有人在射击河上的气球，并看到狙击手像是被人胁迫了一样，待那些人离开之后，柯南和伙伴们在对面的楼顶找到了留有3135134162数字的计算器，之后柯南便对着这些数字苦思冥想，认为求救者留下的162就是指162国道，找到相应的路段后，警察布好埋伏，却不见犯人身影，焦急等待的柯南突然意识到了暗号的真正含义。

少年侦探团帮隔壁班浩树找猫的时候，无意中在一户人家的浴室里发现尸体，柯南赶紧叫来警察调查，开门的是一个脾气很差的大叔，柯南冲进浴室却发现尸体不见了，而这个大叔却表示什么都不知道，自己则回二楼去睡觉让警察随便找，这时，臭脾气大叔的弟弟回家并帮忙一起寻找，经过一天的搜查，警察无获而返，但是不甘心的侦探团在夜里继续调查，柯南一人潜入，却遇到了危险……

毛利小五郎受古董收藏家丸传次郎之托，调查他太太丸稻子是否有外遇。结果遇到传次郎有客人来拜访。但是两三个小时过去后仍然不见传次郎的踪影，在进入的房间后发现传次郎已经被杀害！而房间的墙壁上也不满了剑痕。经过调查后犯罪嫌疑人锁定在了在小五郎之前来拜访传次郎的客人中。最终通过勘察现场柯南发现了死者留下了死亡讯息并最终找出了犯人。

少年侦探团到商场看假面超人秀。在回去的路上，元太为了拿回忘在商场里的假面超人签名被关在了已经打烊的店里。谁知外表看似寂静的百货公司实际上却一点也不安静。戴着面具的人偶挟持了警卫和工作人员！看似单纯的强盗事件幕後竟还有共犯。遇上了强盗集团的少年侦探团正陷入极度的危险之中！最终少年侦探团的孩子们成功的化解了百货公司的危机。

柯南和小兰受邀请一起去参加初中老师松本的婚礼，没想到婚礼还没有开始老师就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老师有一个习惯，就是非常喜欢喝柠檬茶，因为那是她小时候的初恋情人最常拿给她喝的饮料。而犯人正是在柠檬茶里下毒来毒害松本的。在观看了录像之后柯南发现了犯人的目的，最后柯南让凶手现出原形，但是却也道出了一段令人心酸的往事。

户屋英子是服装界的名设计师，但是她所设计的服装却抢先被其它的厂商发表上市。明明知道是她的秘书盗取商业机秘图利转售却又无可奈何。这天小兰被选为英子的模特和柯南，小五郎一起来到英子的公司。而就在这时突然发现英子的秘书美香被刺身亡。在勘察现场之后柯南最终发现了英子杀人的手法，而在铁证面前，户屋英子也承认了自己的罪行。

步美某日经过传说中的鬼屋，而且还看到屋内有鬼火！为了一探究竟柯南，步美，光彦还有元太一起出动来到这个传说中的鬼屋。因为屋主被杀后家里的其他人就突然间不知去向，于是许多闹鬼的传说就此传开。但在柯南和少年侦探团的各位探查之后发现了鬼屋中真的有人居住着！在调查了屋子之后柯南终于发现背后真正的秘密。最终杀害房子主人的凶手也自首承认罪行。

小五郎作为顾问加入了洋子拍戏的剧组，拍摄结束后，小兰找男主角那智签名时却看到了他被摄影师安西威胁场景。晚上大家其乐融融的回旅馆聚餐，期间妙子曾回家取东西，她的未婚夫岛崎外出卖烟，回到旅馆后的妙子看到外出的安西神情充满恐惧。小兰和洋子外出买东西的路上，发现了死在神社的安西，柯南再次展现推理头脑，找出真凶。

小五郎三人阴错阳差的搭上了簱本家的豪华游轮，并遇到新婚夫妇夏江和小武，这时，簱本当家豪藏找孙女婿小武谈话，他识破了小武是自己害死的对头财诚勇夫的儿子。当大家都在餐厅用餐时，突然传来管家铃木的惨叫，豪藏遇害，大家把矛头指向小武并将他关进仓库，可是到了晚上，柯南又在夹板上发现了长孙女秋江丈夫的尸体，被禁足的小武也不见了踪影。

簱本家族的人聚在餐厅断定凶手就是小武 ，就在长女麻理子担心去厕所迟迟未归的儿子一郎时，游轮突然停电，随之而来的是一郎的惨叫，在黑暗中他被凶手刺伤了腿，小五郎在电源室发现这是有人蓄意的断电，他立刻命所有人留在餐厅，自己和柯南，小兰寻找线索，迷雾渐渐拨开，凶手真的是突然消失的小武吗？

柯南、小兰和小五郎碰带了一个深情恍惚的少女，送去医院检查后，医生说少女暂时失去记忆，几人从仅有的信息中找到了她所住的饭店，柯南不停的询问让少女头疼而跑出酒店，突然有一辆汽车迎面开来，但少女灵敏被避开，调查过程中柯南发现这名女子身手矫健总能避开危险，她到底是什么人？为什么总遭到袭击？

小兰的同学直子被绑架，当歹徒发现有警察时，便放弃交易开车冲进海里，直子再次下落不明，直子父亲的秘书花井很是担心。某日，小五郎突然接到不要在调查此事的要求，柯南察觉事有蹊跷，暗暗潜入直子家后听到了花井和直子爸爸的谈话，原来直子的爸爸再次接到歹徒电话，但他却不愿花五亿保女儿的性命，这让花井很生气，柯南躲在后备箱里，跟着他们来到交易场所，见到了所谓的「歹徒」。

某天，小五郎，小兰和柯南三人走到坂口家时，讨论起了他的爱狗约翰和他八年前自杀的儿子，这是，突然冲出一名女子大喊小刚被约翰杀死，原来是坂口先生拜托小刚在他出差的时候照顾约翰，可没想到能酿成这样的悲剧，柯南在调查坂口儿子正人自杀的事时，发现正人的自杀和小刚有关，坂口成为最大的嫌犯，可他到底下了什么命令让约翰袭击小刚？

小五郎和他的大学同学在弁庆温泉旅馆举办柔道社同学会，参见的人都是小五郎的死党，大家一时兴起决定在烟火大会开始前打桌球消磨时间，只有由美一人回房休息，烟火大会开始前朋友们考虑到由美的脾气，便没去打搅她休息，结束后，大家一起去由美的房间，发现的却是由美举枪自尽的尸体，经过检查发现由美死于下午三点左右，也就是大家一起打桌球的时候。

经过小五郎和警察和志的勘查，推断出由美并非自杀而是他杀，小五郎也下定决心要为由美报仇亲手揪出犯人，并将目标锁定在阿淳、和志、行雄和纪子剩下的朋友中，这时，阿淳说自己曾在五点的时候看到过由美，案件出现了矛盾，死于下午三点的由美怎会在五点的时候出现，这到底是鬼魂还是凶手为了蒙蔽大家采取的手段？

某天小五郎偶遇了大木田社长并把自己的名片给了他。之后的晚上大木田突发心脏病身亡，而小五郎和小兰，柯南为了配合调查也来到大木田的家里。在调查了现场之后柯南发现了大木田大量出汗的事实，而从现场外面的花和点心处发现了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社长和司机之间的矛盾后推理的方向也越加明确最终柯南以新一的身份告诉了暮目警官犯人的真实身份并抓获了犯人。

大名鼎鼎的巽律师找小五郎来酒店谈事情，他希望小五郎可以找到自己妻子外遇的证据。晚上，小五郎等人经过巽律师家时，看到有好多警察，原来是巽太太被人谋杀，柯南在现场发现了订书针，而嫌犯最大的就是巽律师，可是凶案发生时他正和小五郎在一起，拥有完美的不在场证明，柯南决定重回酒店开始调查，洗衣输送管，酒店闹铃声还有订书针，将这些串在一起，真相只有一个。

小五郎录制全日本侦探社的录制节目时，制作人诹访被射杀，主持人松尾的嫌疑最大，因为他是射击高手，并且他曾在播放侦探短片的四分钟内离开过摄影棚，但柯南怎么也想不明白，他是如何在这么短的时间内往返于九楼和四楼之间，在了解了大楼构造后，柯南终于明白了凶手的伎俩，他麻醉了小五郎并借来摄像机，向全国实况转播了小五郎的推理秀。

得知小兰要去约会，柯南死缠烂打的跟着一起去了咖啡店，为哄柯南回家，小兰外出给他买蛋糕。小兰离开后，咖啡店里依次来了几位客人，有凶巴巴的女人、花花公子、美女律师、大学生和大块头男士，正在柯南猜测哪位是小兰的约会对象时，厕所传来惨叫，原来是凶巴巴的女人在厕所被人杀掉，但在柯南和美女律师的推断下，凶手浮出水面，之后柯南才知道小兰的约会对象居然是……

阿笠博士带少年侦探团来到野外，并交给他们一张地图让他们去寻找宝藏，路上困难重重，但大家不畏艰险互相扶持，终于接近终点，柯南解开天之水与天之石的暗语，顺利找到了藏有宝物的底下通道，这里有两大袋珠宝，然而在途中碰到过的两个行迹可疑的男人突然出现，柯南采用智斗将他们打到后，又发现了一个大木箱，这才是阿笠博士想让他们找到的宝藏。

小兰受邀来到园子家的别墅，参加园子的姐姐绫子大学电影社的社员的聚会。被太田邀请在雨中散步小兰，突然遭到神秘绷带男的袭击，还好柯南等人赶到小兰才免遭伤害，大家决定报警可电话却打不通，而门外的吊桥也被人砍断，接着大家看到绷带怪人掳走知佳子，并森林里找了知佳子被肢解的尸体，深夜，绷带怪人潜入小兰房间，想要置小兰于死地。

柯南为保护小兰扭伤了脚，为安全考虑，大家决定集中到餐厅等待天亮。突然屋内停电，黑暗中，绷带怪人再次出现攻击小兰，但被小兰躲开。柯南根据目前找到的线索，确定凶手就是电影社部员中的其中一人，在想通了凶手为何多次袭击小兰的原因后，他将园子麻醉，借助园子之口，道出真相和凶手。

柯南要陪步美拔牙时，被叶子医生婉拒。而当晚七点半不动产老板中本被杀，发现尸体的人就是叶子和管理员，虽然叶子有杀人的动机，但由于步美的证词，叶子有不在场的证明，因为她那时正在陪步美看七点半开始的假面超人。柯南一人在叶子家附近调查，看到叶子家和诊所一样的窗帘，柯南便知道了叶子的手法，并且那副假面超人的扑克也成了重要的证据。

毛利侦探事务所来个叫典子的女人，她拜托小五郎帮她调查一个叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿丧服去扫墓的典子，便暗中跟踪，她离开后，柯南从典子的朋友那里得知，原来此人是典子的男友，但在六月份遇车祸而死，察觉到典子找北川是想复仇，他赶紧打电话给小五郎，当大家赶北川住处时，典子已至，柯南利用她死去男友最爱的虾蛄仙人掌让她放弃复仇。

就在小五郎因跟踪一个男人三天而大赚一笔高兴时，电视上播报出一个名叫根岸的人在红鬼村火祭被烧焦的消息，谁想此人正是小五郎跟踪了三天的人，而嫌疑最大的就是继承了根岸五亿财产的阿部丰，可根岸被杀的时候，阿部丰在外旅行，因此他有充分的不在场证明，可这些没能瞒过柯南的眼睛，他还是解开了阿部丰的「不在场证明」。

小五郎带柯南和小兰为四井集团董事长千金丽花庆生，宴会结束后，大家的车都遭到不明人士的破坏，丽花决定住在别墅，一班追求者也表示留下来陪她。当晚，丽花莫名失踪，大家在寻找丽花时，二阶堂被溺死在喷泉旁边，之后，小兰也遭到同样手法的袭击，被柯南所救，凶手利用空调致使停电，因此可以确定犯人就是别墅里的人，这时，丽花浸在水里的尸体被发现。

丽花身上有被捆绑的痕迹，柯南在调查中扭开水龙头的时候，发现水居然是从莲蓬头流出，确定了凶手之后，接下来就是找证据，柯南麻醉小五郎，借助小五郎的声音让三船、五条、六田、一枝脱下外套，更加确定了自己的推测，在黑暗的别墅中，柯南指出凶手，而凶手的杀人动机则源于两年前。

柯南小兰等人在修好高中看棒球赛时，理事长室的优胜锦旗被人割破，就在大家议论谁是犯人时，棒球队主投小伟自首说这件事是自己做的，而他的母亲却说是她做的，柯南认为事情不会那么简单，便和园子偷偷溜到理事长室，仔细观察了锦旗后，他知道了犯人是谁，并利用变声领结将大家叫到理事长室揭露了凶手。

园子、小兰和柯南三人一起参加摇滚乐团雷克斯的庆功宴，卡拉OK包厢内，大家都因雷克斯乐团将要解散而面露悲伤，在主唱达也演唱完《血红的维纳斯》后，中毒猝死，在场的人都有作案的嫌疑，柯南无意看到达也以前的乐团照片后，便明白了凶手是谁，他躲在暗处以工藤新一的身份将凶手揭露，而因这场凶案牵扯出的爱恨情仇也无疑让所有人扼腕叹息。

某日，一个自称柯南妈妈的陌生女人来接他，柯南第一反应就是她可能是黑衣组织的人，因为她清楚柯南家的底细以及他的真实身份，期间，柯南虽趁机逃脱，但去找阿笠博士的时再次候被抓，他听到了那个女人和一个面具男讨论交易药物的事情，待他们离开后柯南按照那伙人留下了线索找到交易地点，可不幸的是他行迹暴露，面具人对他枪口相向……

小五郎开车的时候帮助了车子出故障的堀田耕作，为表谢意，耕作留小五郎三人参加他的庆生聚会，期间耕作因儿女们的争吵以及女儿文子的到来大发雷霆而离席，之后，他的房间发生大爆炸，柯南在现场发现了儿子良二送给耕作的威士忌盒子，本以为良二是凶手，没想到他莫名失踪，大家又将矛头指向文子，可文子却说自己虽恨父亲，可凶手不是她，这时，柯南看到了室外的化肥……

女性实业家儿岛郁子在家中被杀，死的时候她身着睡衣脸敷面膜，在这个案件中有三名嫌疑人，TM证券营业所的警卫泉、死者的女儿千寻以及尸体发现者吉冈，他们都曾在死者生前与她见面，泉可以暂时排除嫌疑，因为案发时他正好碰见小五郎，可千寻却说他有杀人动机，三名嫌疑人陷入了互相揭露动机之中，「凶手的指针」在他们三人徘徊，可真相只有一个。

大家一起去滑雪的时候，小五郎弄丢了别墅的钥匙，三人正愁没地儿住的时候，医科大学的大山教授认出小五郎并邀请他们去自己的别墅，并正巧碰上了大山教授学子们的聚会，期间，中原驱车下山买下酒菜，趁这个机会大家也都各自活动，可中原回来后，却发现大山教授被杀，柯南在现场根据教授留下的线索找到凶手。

柯南去体育俱乐部馆参观时，正巧看到水上运动的西条、成濑和木岛发生争执的一幕，而体育俱乐部负责人佐伯和跳水代表西条也存在着某些不愉快。当晚，小五郎接到目暮警官的电话说西条死亡，因为没找到什么有用的线索，警方准备以意外死亡结案，可是柯南注意到这是件谋杀案，柯南找到目击证人并从他的绘画中看透事情的真相，凶手一定就是那个人。

某日，侦探事务所来了一名不速之客，关西高中生侦探服部平次，他此次前来是要找工藤一较高下，这时，达村外交官的夫人前来拜托小五郎调查她儿子的女友幸子，跟着夫人一起来到府邸时没想到正好碰上达村外交官被人毒杀的现场，而且这是一件密室杀人，服部找到破案线索并成功破解了密室杀人的手法，而柯南却因感冒喝下服部给他的白干酒发高烧昏倒身体异常痛苦。

小兰找来医生时，却发现柯南不见了，她四处寻找来到了犯罪现场，而服部已经开始了对凶手的指认，凶手就是死者的父亲利光，他本人也主动承认，这时，工藤新一出现，他推翻了服部的推测，并对凶手重新指认，服部甘愿认输，警方带走凶手后，工藤因心痛难耐顾不上和小兰说句话就躲了起来变回柯南，休息了三天后，他意识到老白干是让他恢复原形的方法。

柯南在朋友们去图书馆做读书报告时，警察突然来询问图书馆职员玉田失踪一事，馆长津川表示自己也不清楚，警察做了简单的搜寻后离开。但少年侦探团留到夜晚做深入调查，期间馆长曾鬼鬼祟祟的来过一次，等他离开后，大家发现馆长在利用图书馆进行贩毒交易，当他们找到被馆长杀害的玉田的尸体时，没想到馆长也发现了他们，少年侦探团能否顺利脱险？

因洋子推荐慈善高尔夫大会，小五郎抓紧练习，而在高尔夫球场还有其他一行人打球，分别是某开发部的经理橘、课长安井、主任大久保和社员南，橘和安井的技术非常好，安井将球打完后，休息了一会儿便离开了，这时，球场突然发生爆炸，橘死亡，除离开的安井外，其他两人均受伤，小五郎顺利的推理出凶手就是安井，但柯南确认为真凶另有其人……

小五郎带小兰和柯南看上山看樱花时，因为迷路和爆胎被困在山上，这时又下起了雨，他们找到了一家寺院投宿，这里除了主持以外还有四个修行僧宽念、屯念、木念、秀念，在交谈中，柯南等人模糊的知道了下雨天雾天狗杀人的传说。第二天，宽念在修行的房间发现了主持被吊在房梁上的尸体，而同样的事情曾在两年前也发生过。

暮目警官赶来寺院展开调查，就在大家一筹莫展准备离开时，独自调查的柯南从被强大力量打破的墙壁、切口变形的走廊木板、被丢在树林里的角窗碎片和胶带中洞察到了凶手的犯案手法，以及凶手就在四个修行僧当中，他用阿笠博士给他的纽扣扩音器道出真相，而两年前以同样手法杀死修行僧忠念的居然另有其人。

柯南、小兰和小五郎散步的时候，听到附近大楼传出女声的尖叫，闻声赶到的柯南等人发现不动产社长井本被杀，经过排查，犯人锁定在了曾经卖渔具的寺沢、来借钱的土桥和协商离婚的妻子贵子三人身上，柯南发现了凶手的法案手法后，利用简单的道具，提醒小五郎，最终犯人难逃法网。

柯南随小五郎参加「名侦探小五郎推理公馆」电玩游戏的发布会时，碰到了游戏制作公司满天堂的三名员工中岛、上田和竹下，三人慌乱的存放行李后，赶往会场，期间，柯南偶然听到一高大黑衣男子的通话，并从中得知此人和黑衣组织有关，可还没能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南发现这是意料之外的杀人事件，柯南能否得到更多的关于黑衣组织的线索？

委托人为表示感谢，招待小五郎三人温泉旅行，他们在搭乘汤之山县的列车上，遇到了两名争吵的医生佐藤、伊达，期间伊达曾生气离开。换乘休息的途中，警察在与汤之山线列车路线基本相同的花之街线列车上发现尸体，柯南洞察到伊达神情怪异有犯罪嫌疑，可他是怎么样在两趟不一样的列车上游走杀人的？

清洁公司的董事藤井被楼上掉下的重物砸死，警察在尸体旁边发现了一个没有指纹的口风琴，柯南认为这并不是简单的意外事件而是谋杀，警察去清洁公司社长中山的办公室进行调查时，这里的监视器引起了柯南的兴趣，在对监视器进行了简单的操作后和摄影内容简单回查后，凶手浮出水面。

柯南、小兰和小五郎参加了福尔摩斯旅行团，但此次旅行的主办人旅店的老板金谷，被人锁在车里推下山崖还引发的爆炸，而被孤立无法与外界联系的旅客，因为不希望再出现死者，都集合在旅店房间里，说自己已经知道凶手是谁的绫子，在车库里爆炸身亡，就在大家讨论谁是凶手时，突然停电，藤泽被某人用碎冰锥刺伤。

凶手看似打破窗户逃了出去，但柯南和服部发现凶手就在屋内，并且否定了凶手是老板的猜测，而刚才的停电也是人为的。期间，服部一直很在意柯南的种种反应，对柯南产生了怀疑。事件渐渐明晰，服部和柯南知晓了凶手是谁以及他杀死老板和绫子的手法。为了保护自己是工藤的秘密，柯南将服部麻醉说出真相，可让他没想到的是，就是这个举动让服部肯定了柯南就是工藤。

少年侦探团在儿童跑腿活动中，充当活动记录。一行人跟在儿童小宏后面摄影，可是小宏总是乱跑，期间还曾跑进过，一幢将要拆掉的废弃大楼里，小宏在躲过了两次人为制造的意外后，被人掳走，柯南从记录的中发现了蛛丝马迹，他们来到废弃大楼，并在地下室找到了小宏和一具尸体，这时，凶手将少年侦探团关到楼中，而外面拆除大楼已经开始，少年侦探团能否逃过一劫？

小五郎应画家花冈之邀前来谈话，可是等了许久仍没见到花冈的身影，就在小五郎生气要离开时花冈出现，与此同时，另一位住在对面的女插画家蝶野打来电话说要自杀，柯南等人亲眼看到蝶野从楼下坠落，赶到现场时蝶野已死，而这个看似自杀的案件其实是他人谋杀，凶手就是花冈，可蝶野从楼上跳下时，花冈正和大家在一起，他到底是怎么做到的？

七年前载满相当于十亿日元金子的竜神号，突然出现在敷岛海面。以幽灵船为噱头的村长三上邀请小五郎来演讲，而他的真正目的是拜托小五郎找到金子的所在。演讲时，小五郎差点丧命讲台，凶手很有可能是岛上的守卫浜田，和旅行社职员上原，两人也似乎是旧识。当晚小五郎一路追踪袭击他的武士，却被人打晕掉入了凶手的陷阱，成了杀害浜田的凶手。

就在警察要强行带走小五郎时，柯南在机械室和浜田的尸体上发现的有力证据帮他洗清了嫌疑，而目前最有可能杀人的就是上原，当大家要暗中逮捕上原时，木下出面说自己去劝他自首，五分钟后，屋内响起枪声，上原射伤木下逃跑。柯南重新回到竜神号调查并和铃一起进入海军山洞，却在这里发现上原的尸体……

这天，少年侦探团跟阿笠博士一起来到电影“哥美拉”的拍摄现场由博士的朋友三上导演带着参观。但这是电影的制片人龟井却说出了电影要在今年终结的事实。突然从休息室传出了松井的哀嚎声，原来松井竟然被人刺杀！当少年侦探团的各位赶到片场时看到了哥美拉刺杀龟井的现场！在追踪哥美拉后只找到被焚烧的哥美拉服。看似毫无头绪的现场在柯南缜密的勘察下最终发现了犯人的身份。

小五郎的学长寺冈请他们吃烤肉的时候，突然接到一个名叫松山的人的电话，为劝说此人回归正道，寺冈匆忙赶去约见的码头，小五郎也要求一同前往，小兰和柯南尾随其后，到达码头后，寺冈单独去见松山，可不一会儿，大家就听到了枪声，松山因手枪走火意外死亡。暮目警官说手枪上除了寺冈和松山还有第三个人的指纹，柯南仔细思考之后，断定这枚指纹就是让犯人认罪的完美证据。

在酒店吃饭时，一个神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟踪并进一步询问得知，此人名叫远藤，他的儿子被人绑架，为保儿子安全而没有报警，小五郎决定帮他。次日，犯人打来电话要钱，远藤听到了儿子说有螃蟹和鲸鱼，这是找到犯人据点的唯一线索，小兰、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鲸鱼的地方，柯南想起了漏掉的线索，顺利找到有「螃蟹和鲸鱼」的地方，将人质解救。

这天小五郎带着小兰和柯南到外面吃完饭时巧遇大学时代的同学大村。因为有事商量他们一同到了大村的公寓。在屋里喝茶说话时，窗户玻璃突然碎了而在楼下的马路上突然有个男人倒地身亡。在警方调查下发现死者生田是在和同学聚会的途中出去后死亡的。而在勘察了现场之后柯南发现了犯人使尸体自动摔下的手法并以小五郎的声音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最终承认了罪行并坦白了自己杀人的原因。

小五郎的师傅塩田，在剧院找到了处理威胁事件的小五郎，而此时，他们正赶上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戏码，可祥子却在演戏中被真正的毒杀，当所有的嫌疑都指向和水杯有关系的馆冈和中山时，塩田却摇头否认，期间小五郎意外受伤而离开。思考陷入瓶颈的柯南，从塩田突然谈起的芥川龙之介的《蜘蛛丝》得到启示，找出了凶手。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆参加推理之旅。活动规定，如果能够找出推理之旅的主办人就可以免费住宿并可获得一个包含某种病毒程序的磁盘。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南从栏杆上推了下去！之后柯南打电话询问阿笠博士关于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房间时柯南和小兰偶遇和明子发生口角的前田并被前田邀请却观看夜景。就在这时暗夜公爵却坠楼生亡！

这个从天而降死亡的人是江源，但从领结和皮带等细节可以看出暗夜公爵并不是江源，警察去江源房间搜查时，发现房门居然上有防盗锁，凶手把江源推下后是怎么逃脱的？在警察对其他人侦讯时，暗夜公爵将看守江源尸体的空手道高手打昏，还出现在了柯南、小兰和佐山面前，并完全躲开了小兰攻击，难道说凶手就是……

看到防盗锁上胶带的痕迹，又通过试验证实自己的推测，柯南轻松破解密室难题。在调查过程中，柯南在铜像附近找到了自己掉落的钢笔，他注意到酒店下的风，询问得知这叫「公主风」，将「公主风」和其他七位旅客的房间位置结合，柯南断定凶手就是那个人，这时，小兰急匆匆跑来说找到可以洗清前田嫌疑的证据，柯南利用小五郎展开了一场精彩的推理和实验。

柯南三人在去郊游的路上听到一声惨叫，赶到现场的时候发现一名男子痛苦的躺在地上垂死挣扎，不一会就气绝身亡，在他的旁边有一瓶卡滋曼，化验结果显示，这名男子是中毒而死，有名警员说这个人是米花之狼，曾跟踪一个女孩子。警方找到这个叫西谷的女孩，询问后并未发现异常，但柯南认为案件定有蹊跷，经过反复调查和设想，他终于明白了犯人的作案手法。

园子邀请柯南和小兰到家中别墅度假而富泽财阀的别墅也建在旁边。当晚别墅突然停电而向外看时，柯南众人正好目击到富泽的父亲被杀害的现场，凌子看到凶手的样子，犯人竟然是死者的儿子熊三！在警方逮捕熊三时发现刚刚到达的老大和老二和熊三面貌竟然一模一样。但在柯南的调查下最终锁定了犯人并已园子的身份揭露了犯人的身份。

少年侦探团在海滩度假的时候，偶然认识了春日财团的大少爷和他的女朋友小忍。元太玩球时捡到了小忍发出的SOS求救漂流瓶，顺着漂流瓶的方向，他们在一个洞窟找到小忍，原来这都是春日的安排，眼看海水满潮，无法原路返回，大家在柯南的指挥下顺利从洞穴另一边逃出，看到小忍还活着，春日露出丑恶嘴脸以步美为人质，关键时候小兰赶来，将春日制服。

小五郎参加电影《死神阵内》试映会时，主演南条的太太拜托他帮忙处理最近收到的恐吓信，但南条却不以为然。夜晚各家媒体守在南条公司下等待死神阵内的出现，可没想到死神真的出现了，在大家追死神的时候，南条被杀，警方在凶案现场发现了许多黑色绝缘胶带，一波未平一波又起，去六楼的南条经理人吉野遭到枪袭，大家都认为电台导演大野嫌疑最大，但大野却说有一个人比他更有杀人动机。

这天小五郎把打同样喜欢麻将的肥田叫出来打麻将，可左等右等肥田都没出现，于是决定到肥田的金融公司去看个究竟。当他们到达肥田的住所时却发现肥田已经死亡！在询问死者习惯的时得知肥田有把钱弄成扇形并舔手指数钱的习惯，而小五郎根据这个判断凶手就是饭野。但在勘察现场之后柯南推理出犯人并不是饭野而是另有其人。最终在铁证面前凶手承认了自己的罪行。

米花博物馆将要举办珠宝展，园子家的「黑暗星辰」也要参展，可在此之前，园子家收到了一封来自怪盗基德的盗取通知信，柯南解开通知信的暗号后来到杯户市立饭店屋顶，基德在月色中凭空到来，将警方内部搞的一团糟后，顺利逃跑，并留下通知信说他定会盗走「黑暗星辰」。宴会当天，园子的母亲给上船的每个人都发了一颗黑珍珠，混淆视听，可基德手法更高一筹，他伪装成了铃木会长登上船只。

茶木警官让所有宾客互相做暗号，防止基德混入其中，这时，船内突然暗了下来，光束中基德出现，铃木夫人毫不犹豫开枪射向他，一片混乱中，铃木夫人解释这是她请来的真田魔术师，小兰在纸牌魔术中抽到了基德的留言，而这时一颗颗散落的珍珠在地上爆炸，宾客们躁动不安，戴在铃木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉着小兰来到机房说他已知道谁是基德……

一群人为长门会长庆祝生日的时候，他的女婿光明不知被何人袭击发出惨叫，此时大家在楼下的阳台上看到长子秀臣口中含刀，当大家赶到时，光明已被推到铁栏杆外面气断身亡，案发之后的第二天，警方在池塘底部发现秀臣，看似自杀的尸体留下一封遗书，而且他违背常理的衣服，透露出秀臣是在案发前就被人毒害投入池塘中。

为找到更多的线索，柯南和服部对长门家的门卫和厨师等人逐一进行询问，并且在对个个房间的搜查中，找到了女仆口中的床单，而且根据秀臣房间的电话留言，两人重新推断出了秀臣的死亡时间，一切准备就绪，服部叫来目暮警官，重现当时犯案的场景，凶手就是那个人，但逼死凶手绝不是一个侦探想要的结果。

小兰和园子去东都银行取钱的时候，碰上了抢银行的歹徒，他用枪威胁银行职员谷口将现金装入背包，趁歹徒放松警惕，苏醒过来的银行职员前岛正要从背后攻击的时候，电话铃声突然想起，前岛被射伤，此时，银行一片惶恐，谷口冲上去扑倒歹徒将他击毙。当警察赶到时，柯南注意到了电话铃声，他认为此事并非单纯的抢劫案，而是另有内幕。

打棒球时，元太不小心伤到一名流浪画家，送到医院检查才知道他失去了记忆，后来画家悄悄离开。几日后，画家的尸体被发现，为调查真相，少年侦探团出动，他们按照画家的素描找到了一户叫早濑的家中，主人热情招待这群孩子，柯南留意到这位夫人丈夫的遗像和死者很相像，进一步调查后，他将银杏、窗户、烧焦的痕迹、带眼镜的被害者、墙壁上的画串联起来，没错！凶手就是她。

少年侦探团，在机缘巧合下和最受欢迎组合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃饭，高山为找搭档永野椎菜，一人跑出了演唱会的会场。后来在餐厅外，歹徒当着柯南的面将高山推入车中绑架，他们要求少年侦探团拿着TWO-MIX最新的歌曲练习带去交换人质，歹徒在电话里让少年侦探团把警察甩掉并让步美一人前去，于是柯南和步美调换身份。

柯南离开时虽交代元太他们把追踪眼镜交给警方，但想要立功的侦探团却私自行动，并利用眼镜找到柯南的位置，正要打电话报警的时候被歹徒发现。眼看就能将TWO-MIX解救，柯南却因元太等人的绑架，再度落入敌人手中，他戳穿歹徒想要练习带的目的后，歹徒恼羞成怒点燃屋内的汽油，柯南等人能否成功逃脱？

小五郎骨折住院，某天夜晚他看到对面的房间有杀人的黑影，匆忙赶去后，却发现屋里什么都没有，接下来的几天，发生了同样的事情，主治医师白井说可能是因为疲劳而产生的幻觉，但柯南却认为事件没那么简单，他陪夜的当晚也看到了杀人场景，两人一起跑出去，当他赶到小五郎身边时，却发现小五郎已昏倒，旁边还躺着已经死去的江藤医生，小五郎就这样糊里糊涂的成了「杀人凶手」……

小兰、园子和柯南三人滑雪时，意外的碰到小兰的小学老师米原等人，并在他们的邀请下住进了滑雪别墅里，当晚，园子和米原被人袭击，之后还发现了迟到的杉山被人勒死的尸体，他们三个人手上分别写着「美」「奈」「子」三个字，看到这些字下田回到自己房间躲起来，柯南和阿笠博士联系后得知三年前杯户小学发生过自杀案件，当时自杀的学生就叫望月美奈子。

这时，二楼传来老师们的惨叫，柯南和小兰跑上去发现下田被人勒死，柯南立即开始找凶器，但并未找到，唯一能确定的是，凶手就在中村、米原和坂井之间，接下来的搜寻中，柯南在下田脖子上发现了头发，凶手就是那个人！可是该通过谁之口揭穿凶手呢，园子昏睡不了解案情，正值苦恼之时，他想到以工藤的的身份让小兰用便携电话说出真相，而小兰却在得知真相后痛哭不已。

放学后，光彦一伙儿聚在一起研究宽波段接受器时，无意中接听到了一个绑架恐吓电话，大家都很担心这个被绑架的女孩性命，便决定根据这通电话找到女孩，柯南根据歹徒陆续打给女孩爸爸的电话，和伙伴们一步步找到了被害人和歹徒的位置，成功解救人质。

柯南、小五郎和小兰驱车去北海道看丹顶鹤，偶然认识了饲养丹顶鹤的大伯，他邀请柯南他们去自己家入住，大伯的弟弟阿保热情招待他们，就在这个时候大伯的儿子阿浩和女儿则子为财产的事儿而来。之后，柯南等人一起去泡了温泉，回到屋子的时候发现大伯被人用十字弓射杀，而阿浩则跑去警局自首，但柯南依据自己对现场的勘查认为凶手另有其人。

柯南与毛利小五郎等人受名小说家虎昌先生委托调查其妻子的外遇事件，于是小五郎带着小兰和柯南来到被称为吸血鬼山庄的虎昌家。当天晚上在书房看电影的虎昌先生却被人杀害！而凶案现场的门被从内部反锁，屋外的积雪已深，却未留下任何脚印，是真正的密室杀人案件。加之因为大雪警方也无法前来使得案情疑云重重。

当晚发生杀人案件的书房是完全的密室，而屋外的雪地上也没有脚印。犯人是怎样到书房的呢？在大家都将凶嫌箭头指向搞外遇的妻子和情夫时，柯南却看出破绽。一桩多年前的恩怨所埋下了愤恨的杀机的事实渐渐浮出了水面。最终柯南发现了凶手的犯罪手法并将其公之于众，而凶手也最终承认了因为妹妹的去世而起杀念的事实。

在插花艺术家冈野利香的个人纪念发表会上，酒店的经理白木突然离奇死亡，柯南注意到白木胸前的花，在偷偷潜入冈野利香的房间后，成功找到氟化氯和氢酸硅化物，看来凶手还要继续杀人，当柯南看到舞台冈野利香用以表演的花朵时，便急忙阻止它们绽放，因为白木死亡的秘密就藏在这些花朵之中。

小五郎因赶着去看洋子演唱会，从楼上摔下而骨折，和他同病房的有一个老人和因车祸受伤的年轻人。某天，柯南和朋友们去医院看望小五郎时，碰见老人的儿子关口，当大家讨论起近期发生的银行抢劫案时，关口和同病房的年轻人都神色怪异，注意到这点的柯南，暗中观察得知关口被那伙银行强盗威胁，但最终在柯南和少年侦探团的帮助下，关口的女儿得以解救。

半年前银狐在完成了一件不露痕迹的暗杀后，消失匿迹。某日，一个叫潮文造的房屋中介公司社长，来事务所委托小五郎找出银狐，接受了他的委托后，柯南和小兰也随他们一起来到丹原山，进行登山活动，同行的还有五个登山者高梨恒、平井健一，能势新吾、三枝恭子和河边晃，而银狐很可能就在其中，第一条命案很快就发生了，当晚，小五郎也遭到袭击……

次日，山岳庄内发出小兰的惨叫，柯南等人赶到后发现恭子被人刺杀，就在大家推测出谁是凶手时，河边晃、潮文造和管理员都不见了踪影，小五郎认为潮文造有危险便急忙跑入山中，不想却碰上地震，他们救了河边晃后返回山岳庄，河边晃承认了自己的罪行，但却否认自己是银狐，那么银狐到底是谁？潮文造又是出于什么样的目的委托小五郎？

柯南、小兰和小五郎去滑雪的时候，和扮演雪女的明子以及她的替身住在了同一家旅社，期间，小兰曾看到雪山上有雪女出没。大家在愉快的滑雪回来后，柯南注意到一同出去的明子和洋子却并没有一起回来，当晚洋子邀请大家一起喝酒，明子因为咳嗽并未参加，次日，洋子跑来找小五郎说明子留下遗书自杀了，找到尸体后，柯南发现这根本就不是自杀，而是被人谋杀，凶手就是那个人！

小五郎和朋友分开，一个人醉醺醺的在街上游荡时，碰到了有过几面之缘的佐知子，她邀请小五郎和她一起兜风，之后，小五郎在送佐知子回到家时，发现她的室友和美被杀，最有可能的人就是佐知子，但是她当时和小五郎在一起，有充分的不在场证明，那么到底是时间的错乱？还是凶手另有其人？

九十九七惠通过妃英理的介绍来到毛利侦探事务所，她拜托小五郎帮她重新调查丈夫着名魔术师九十九元康的死因，一行人来到九十九家中，见到了元康的三个学生真田一三 、三好麻子和白地裕士，简单的照面之后，他们来到元康的死亡现场——地下室，柯南仔细进行现场勘查，发现了电话上一串奇怪的数字，期间，小兰对柯南起了疑心，而暗中观察他，但柯南毫无意识。

破解密码后，元康留下的线索居然是……案件解决之后，小兰找借口把柯南带到了工藤家，并戳穿柯南就是新一的身份，这时，工藤的母亲有希子从美国回来，在她的帮助下，柯南逃过了小兰的质问。 次日，有希子带柯南来到乡下，原来她是受儿时朋友广美所托，来鉴别刚从巴西回来的叔父义房的「真假」，晚上，义房说他早就知道大家的怀疑，并从身上拿出一封恐吓信。

柯南用自己的方式证实了义房身份并未伪造，经过院子的时候，广美和有希子谈起了15年前自己母亲从这里落井死亡的事，突然，柯南看到了木门那边有个可疑人影。当晚，大家轮流洗澡时，去外面加柴的广美发出叫声，她看到了可疑人影，并在古井发现了二妈真知子的尸体，而家里的汽车也莫名被停到了森林。这时，薮内家的律师赶来宣读遗嘱，期间，义房差点被人蓄意设计的十字弓杀死。

柯南向大家分析凶手是有目的的要杀某个人，这时，警察说他们在木柴那里找到了一盒磁带和包有雨衣的凶器，听过磁带之后，柯南揭穿了想要杀死义房的凶手敬子，但当问及真知子的死亡时，敬子却矢口否认，柯南说凶手确实不是敬子而是另有其人，还没待他讲完案件，那个鬼鬼祟祟的墨镜男出现了，他居然是……

收到市川产业的会长的委托而且参加了在会长家开的party的小五郎他们，为了确定公司的继承人调查了会长的女儿们。在柯南跟踪一重小姐时却不慎被人晕倒，当他起来赶往会场的时候市川却因为突发心脏病倒地身亡。但市川真的是因为突发心脏病死亡却引发了市川的女儿们的争论。而从包里搜出的注射器的一重也成为了头号嫌疑犯。但在柯南推理下最终发现了真凶的身份。

小五郎他们接到了陶艺家的菊右卫门说的电话邀请他们到自己的家里来。原来菊右卫门是让小五郎来看他的新作“风水丸”。就在媳妇土屋益子去仓库拿新作的时候竟然不小心把“风水丸”打破了！而在晚上的宴会中土屋益子也因为醉酒不起而被抱回了房间中。但在第二天早上，从仓库里传出了陶器的破碎声，当大家跑过去的时候发现益子竟然上吊身亡。

土屋益子虽然被认为是因为打破了菊右卫门的新作“风水丸”而内疚自尽的，但柯南在看到现场的血迹时发现了不正常的地方，最终确定这是一起杀人事件并推理出了犯人的犯罪手法和凶手的身份。而在铁证面前凶手也最终承认了罪行，坦白了因不愿意益子继续将自己的作品作为师父的作品来欺骗他人而杀人的事实。

柯南等人参加了麻美这个自称是新一的初恋情人，在别墅举办的生日聚会，因为她睡着了大家就留她一个人在别墅，剩下一群人则上街去唱卡拉OK，这时，沢井发现别墅方向发生了火灾，可麻美还在屋里睡觉，所幸小兰将门踢开救出了麻美。

在医院醒过来的小兰看到麻美平安无事便和园子一起出去买东西，但等她们回来之后却发现麻美不见了。另一边，柯南还在为找出事故原因向消防员询问现场状况，并下山去沢井等人去的便利商店询问当时他们买东西的场景，在老板指出有一人行动奇怪后，柯南便知道了放火就是那个人！

小五郎收到古装剧演员土方幸三郎的邀请后被带到公寓里，大家在这个五楼的屋子阳台欣赏风景的时候，竟然看到土方的太太永仓永美的尸体，在隔壁演员冲田家的阳台上倒下来，冲田否认自己杀人，但警方和小五郎都认为他是唯一有可能犯案的人，但柯南却在土方原本悲痛的脸上看到一丝恐怖的笑容，便对冲田犯案的说法产生怀疑，最后柯南找到足以推翻整个案子的有力证据。

大楼下面已经被记者围堵，目暮警官让小五郎暂时引开记者的注意，自己好带土方幸三郎和冲田离开，就在小五郎对记者透漏凶手是冲田时，柯南将他麻醉重新进行了推理，并指出凶手另有其人，而这个人就是正在警方掩护下准备离开的……柯南当着所有媒体的面揭穿了凶手并用找到的有力证据让他认罪。

某天，小五郎收到一封请求信，一个叫中村操的人说他搬进继承的别墅之后，就碰到很多诡异的事情，到达后，柯南发现这个别墅确实充满谜团，大门扶手缺少的雕像，别墅里随处可见动物时钟，所有数字型时钟相同的刮痕，在屋顶的阁楼里好像有人，跟十年前疾风窃盗集团有关的新闻资料，高尔球袋上的DEMON字样，另外，还有从鸽子时钟里出来的恐怖妖怪，解开这些谜团的钥匙在哪里呢？

柯南注意到恐怖妖怪的头上分别有「R」「L」「N」三个字母，并将数字时钟上被划痕分开的11：0结合起来，解开了屋内的谜题，在他的提醒下，小五郎也逐渐的明白了这些暗号的含义，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗号，再次回到了鸽子时钟下面，让他们惊讶的是这次从时钟里出现的不是妖怪而是……

在某颁奖典礼上，摄影师柳濑因抓拍到火灾现场而获奖，但记者中井突然说了一些莫名其妙的话，还往柳濑身上撒了石灰粉。之后，中井给事务所打来电话，说自己将要被杀但话还没说完就被迫中断，柯南匆忙赶到时，中井的家中已经失火，巧合的是，柳濑就在对面拍照片，柯南知道这是有人蓄意为之，他请阿笠博士帮忙找到证据后，在节目的录制现场借小五郎之口揭露真相。

少年侦探团不小心将棒球打到隔壁别墅的院子里，捡棒球的时候却被别墅的主人绵贯义一赶了出来，在回到侦探事务所的路上，大家碰到一个跟假面超人里鼹鼠星人很像幸田正夫先生，他说他妹妹一个月前突然下落不明，一定是被绵贯杀掉埋在院子里，待他离开后。少年侦探团偷偷溜进院子挖尸体，这时，珠宝店发生抢劫案，凶手正是幸田正夫，他的目的到底是什么。

原来幸田把从宝石店里偷来的宝石分散埋在了绵贯家的院子里，而警察追过来时幸田称宝石被埋到了院子里而警方则不得不挖开整个院子。但警察在挖掘后并没有发现尸体。少年侦探团的各位在调查了绵贯家附近之后发现了绵贯杀害早苗的事实和藏尸的地点。在少年侦探团们的的指引下警方最终找到了早苗的遗体，而遗落的大波斯菊的种子最终说明了早苗锁在的地点。

少年侦探团因成功抓捕强盗而大出风头，某日，大家一起外出的时候，步美被一辆急驶而过的红色轿车撞伤，柯南用滑板载着光彦和元太一起去追肇事车辆，奇怪的是，每到转角车子都会停下来，好像故意等他们一样，当柯南等人追到石仓工厂时，车子不见踪影，之后，车子有突然出现并一路驶向警察局，没过得多久，柯南等人得知石仓工厂发生了命案……

小兰到上森老师的烹饪教室去上课，菜做到一半屋里突然停电，这时，烹饪老师上森美智却不知道被什么人刺伤了背部之后身亡，这名凶手利用绳子和冰块早就事先制造了一个会自动断电的装置，调查结果还发现，凶手从外部进入屋内行凶的可能并不成立，那么凶手就是屋内除去柯南三人的其他几名学生。

找到凶器成了破案的关键，小五郎发现抽屉里的冰镐少了一根，加之对大家物品的检查认定矢代就是凶手，可是柯南却发现消失的冰镐被用来固定植物了，继而小五郎又认定上森的儿媳熏凶手，熏指出这里的每个人都有杀人动机并否定自己是凶手，到底谁是凶手呢？这时，柯南从目暮警官和小五郎的谈话中得到启示，找到凶器之后，没错，凶手就是那个人！

学校里最近发生了很多诡异的事情，而且教导主任在没请假的情况下也消失了好几天，当柯南向老师和校长问及此事时，大家也都避而不语，为调查真相少年侦探团夜探帝丹小学，附有学生名字的娃娃，移动的人体模型，窗户后面的黑影，楼梯上的烟雾和扶手上的红色颜料，以及自己班级里突然出现的十几个黑影，虽然这一切看似扑朔迷离，但是真相只有一个。

小兰和柯南潜水的时候，发现了一名女子的尸体，镇上的验尸医生田中认为这是一起自杀事件，但被害人的朋友却口口声声说一定是田中杀的，原来田中为和院长女儿订婚而抛弃了死者，虽然田中的嫌疑最大，但是他却有不在场证明，小五郎干着急没办法，而柯南则从捡垃圾的爷爷那里找到了一个破洞的游泳圈，并用空瓶子做了个简单试验，犯人的手法他已完全明白。

小兰为了让她父母亲之间的感情有机会复合，便策划了一场海滩之旅，大家在这里认识了几名大学生，但其中一个叫贵和子的女生在潜水的时候被海蛇咬到而有生命危险，之后，小兰回想起自己看到的海蛇身上有两个小翅膀一样的东西，然而这个看似意外的事件，其实是有人蓄意操作。

贵和子的未婚夫雅彦打来电话希望朋友们可以把保险证送到医院，于是，一群人便驱车赶往医院，途中柯南从小兰和她妈妈妃英理的谈话中得到启示，赶到医院时贵和子还没有脱离危险，柯南麻醉小五郎后，让大家来到院长室将整个案件的来龙去脉详细分析，并找出了蓄意谋害贵和子的凶手。

某天，小说家任太朗的女儿香保里来到小五郎的事务所，拜托他找两个月前留下纸条就突然失踪的父母，可奇怪的是任太朗每个星期连载的小说却会按时传真到出版社，于是，柯南一行人赶到出版社，看到任太朗的原稿后，大家找到了几点难以理解的部分，然而这些就是拯救任太朗的主要线索，柯南从小说中读出了任太朗留下的消息，但歹徒的目的到底是什么？

就在警方焦头烂额的想暗号含义时，远在大阪的服部给出版社打来电话说自己已经破解暗号即就是「请快点救我」，但接下来的信息却难以用同样的方法读取。柯南看着这些文字也无计可施，然而别人的对话却突然点醒了他，他以另外一种方法解读出作者的所在和目前的状态后，便引导警方和小五郎发现了其中隐藏的信息，但当大家赶到任太朗的所在地时，却并没有发现任何歹徒……

服部平次邀请柯南与毛利和小兰来大阪参观旅行，一行人在旅行途中遇上一件离奇坠楼死亡事件。而这与之前的杀人案有着惊人的相似，疑似连续杀人案件。在柯南与平次对案情细心的推敲下发现整个案情指向一位女关系人，而就在这时她却惨遭灭口，案情越趋险。

柯南和服部发现所有的被害者都有开车的记录，深入调查后服部等人察觉到事情可以追溯到20年前，因为所有的被害者都毕业于同一所驾校，并且毕业那天，他们的教练因酒驾而丧生，案情刚有进展小兰就接走了柯南，途中他们逮捕了和此事相关的通缉犯沼渊，而另一边，服部则前去找和被害者们同一届毕业的乡司议员，在等待的过程中，服部从20年前那张驾校的毕业照上发现了事情的真相。

柯南等人受邀参加假面超人影迷俱乐部的派对，派对还没开始多久，突然冲出一名叫三岛的男子将假扮成突击警察的本田先生射杀，继而自己又举枪自尽。所幸的是本田穿了件防弹衣，只是轻微受伤，并无生命危险。眼见不一定为实，在大家都以为三岛是自杀的时候，柯南察觉到这其实是件蓄意谋杀案。

小五郎被山崎社长邀请去拍摄宣传广告。在吃饭的时候听到玻璃破碎的声音，跑过去看的时候发现山崎社长从窗户里掉出来摔到悬崖下死，而房间竟然是密室状态！调查后发现死因是因被大量蜜蜂追赶而不慎掉入山谷，但柯南在调查现场之后发现事实并非如此，黏在门把手上的奇怪东西最终让柯南发现了凶手的身份和犯罪手法。

前往洋子演唱会的途中，小五郎弄丢了门票，这时，碰巧遇到了一个叫青岛全代的小姐，她表示如果能接她妹妹听演唱会，就愿意把多余的门票让给小五郎。当大伙儿到全代的家时发现她的妹妹美菜在一个密闭的浴室中状似自杀死亡多时，这个浴室的门窗缝隙全部从内部用胶带贴住，经过鉴识胶带上只有美菜一个人的指纹，虽然警方认为这是自杀案件，但种种疑点表明这绝对是谋杀。

柯南和从便利商店调查回来的高木警官交谈的时候，注意到了门上的血，这时，美菜的未婚夫也带病赶来，他说自己曾来找过美菜，但在门外等了半天也没人开门，根据这些信息柯南知道了凶手谁以及她所谓的密室手法。但案件还未查清，小五郎就急着要去看演唱会，柯南看准时机将他麻醉，用变声领结说出真相。

少年侦探团从事务所的答录机上听到天气播报员浅野亚纪的留言，便私自决定代替小五郎去处理事件，来到电视台后，亚纪热情招待大家，还记下了柯南的call机的号码，期间，亚纪接到了一通电话匆匆离去。在等待的过程中，柯南的call机收到了亚纪发来的留言，根据这些陆续发来的数字，大家推断出亚纪一定是遇到了危险，经过反复推敲和琢磨，柯南终于明白了其中的含义，并按照这个讯息找到了被绑架的亚纪。

在一个相扑类派对上小五郎接到了石本诚二的委托，因为他收到了一封不明来路的恐吓信，威胁要将他杀害，当会场灯光转暗，来宾致词时，高田议员经过石本的后面，居然有一发从控制照明室射出的子弹略过石本的肩膀，直接贯穿了高田议员的胸部，混乱中，柯南发现一可疑男子，但第二天，这名男子平冈治郎却陈尸在一栋废弃大楼里，原来大家都被真正的歹徒玩弄股掌。

次日，暮目警官来到石本的公司询问案件，石本说出了自己曾被平冈威胁的事，本以为案子就以认定平冈为凶手了结的时候，躲在社长室的柯南发现曾与幸子见面的男子从屋子里拿走了一个遥控器，而这名可疑男子其实是幸子的男朋友柴田健一。小五郎让所有案件相关人员来到派对现场并说柴田就是凶手，可由于他的错误判断，柯南只好再次将他麻痹以找出真凶。

小兰的班上转来了一个叫伊东玉之助学生，受到他的邀请小兰和柯南一行人来到他的剧团参观排练过程，柯南发现成员之间似乎有什么问题，没过多久一桩杀人案件发生了，案发时所有人正好都在舞台排练，而且柯南等人就坐在观众席，那个逃过柯南和剧团人视线犯案的凶手应该就在其中。

玉之助半夜悄悄出门，妹妹小惠和柯南暗中跟踪到了剧团，两人刚进剧团就在舞台上发现了被人打昏了玉之助和剧团经理系江的尸体，而她的身边有一张纸条和许多木屑。虽然玉之助昏迷但是他却被认定为重要嫌犯，当柯南再次来舞台调查时，他突然想到了什么便匆忙赶往医院，并通知警方好好保护玉之助，犯人果真去了医院，但他身手灵敏，躲过了警察的追捕，没错，这个人就是半年前消失的江户小子！

某天，柯南发现有人正在抢劫运钞车，虽然奋力追赶，但还是让抢匪驱车逃跑，之后，警方发现抢匪的车并认定这是一起单纯地抢劫事件。可事情并未就此结束，参与抢劫的两名抢匪被杀，并在凶案现场发现了银行职员广田亚美的口红，虽然亚美嫌疑最大但案件还有许多疑点，这时，柯南意识到她有危险，用发信器追踪到达后亚美已死，而这件事的幕后黑手居然是……

柯南的班级转来了一个叫灰原哀的女生，而同一天少年侦探队也收到了同校俊野帮忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家进行调查，发现了一张夏目漱石的肖像画，俊野说曾有一个黑衣女人很赏识这幅画，听到这些，柯南马上联想到了黑衣组织，便急忙带领侦探队走街串巷的寻找线索，期间，在便利店遇到的一个使用假钱的男子引起他的注意，于是，一路尾随，推理出了这名男子的去向。

柯南没想到元太等人也悄悄的跟着他，这时，俊野提起哥哥曾打来电说自己和夏目漱石一样的小说家在一起，柯南仔细想了想便明白哥哥想要传达的信息。一家在警局旁边的报社引起了少年侦探团的注意，柯南断定这就是俊野哥哥被囚禁的地方，但警察却不相信他们的话，无奈之下，柯南用变声领结给暮目警官打电话，于此同时，元太等人却私自潜入了报社……

虽然少年侦探团被发现且命悬一线，不过幸好柯南及时赶到，大家得以解救，至于这个黑衣女人根本不是组织里的人。回家的路上，灰原识破柯南的身份并说自己是黑衣组织的人，而阿笠博士现在已经……，听到这些，柯南匆忙赶去博士家却发现博士安然无恙，而这时灰原也回到家，原来她因为姐姐的事情已经背叛了组织并且服用了和柯南一样的药让身体变小，走投无路之下来到工藤家，被博士发现而收留。

为了找寻灰原存有药物资料的磁盘，柯南一行找到了她姐姐明美的老师广田教授，赶到时却发现教授死在一个密封的室内，经过鉴识认定是后脑勺遭到重物撞击而死，但这其实是一件蓄意杀人案，可疑人物锁定在白仓、细矢和盛冈三人身上，就在柯南的推理遇到瓶颈时，灰原的一句话点醒了他，他用阿笠博士的声音道出真相。

元旦当天，少年侦探团一起到国立竞技场看足球决赛，却看到l了足球被枪射中，这时，正在为天皇杯决赛进行转播的日卖电视台，接到了歹徒索要五千万元的恐吓电话，如果让他发现比赛中止让观众撤离的状况，他将立刻对场内的观众进行扫射，电视台依照歹徒的指示将钱袋准备好之后就在周围埋伏了带待命的警官，然而警察只抓到了歹徒同伙，歹徒通过电话说因为日卖电视台的报警所以要杀鸡儆猴，情况愈发危机。

因为以全场观众为人质，歹徒更加猖狂，在带走了五千万元之后，又要求在比赛结束前追加十亿元，否则就射杀观众，他还揭露出了隐藏在人群中的警察并让他们撤离。虽然暮目警官趁着歹徒打电话的机会让在现场的警察搜寻可疑人士，但却一无所获，歹徒到底是怎么打电话且同时观察观众席上的动静呢？又是如何避开大家的耳目呢？

柯南随小五郎送园子和小兰到山里的别墅，参加在网上认识的魔术爱好者见面会，在回家途中，柯南从收音机中听到魔术爱好者的西山务在家被杀，而且还留下杀人将继续的留言，之后小五郎和柯南急忙赶回去却看到与山外唯一连接的桥正在燃烧，身患发烧的柯南冲入大火一个人到达别墅，很快第二个受害者滨野的尸体在雪地中被发现， 但周围却一个脚印都没有。

滨野是被凶手勒死放置在雪地中间的，他是怎么完成这种不可能的犯罪？在须镰的提醒下，大家想起了没有来参加的会员影法师，并认为他最有嫌疑，期间，田中说要上楼披件衣服，但突然从外面射入一支箭，与此同时浴室也遭遇同样的情况，冲出屋外后，大伙在树林了发现了十字弓和一些箭，柯南一边询问大家滨野遇害时的情况，一边对别墅进行检查，并在浴室窗户下发现了订书针，之后又受酒瓶上图案的启发，他知道了事情的真相！

柯南找来订书机、剪刀和绳子后，就突然不见了踪影，就在大家忙着找他时，一声尖叫把所有人引到了再次被箭射穿窗户的房间，继而，柯南又不顾大家阻挠跑到树林里，趁园子不注意的时候将她麻醉，借她之口指挥小兰把凶手的杀人方法再现，将一切解释清楚之后，就是揭穿凶手了，他就是……

少年侦探团碰到了绿美容馆的店长绿和店员美香发生争执，因从中听到美香要辞职的信息，步美表示很遗憾，但美香说可以帮步美剪次头发。次日，大家陪步美去美香公寓时，却发现她横尸家中，之后警方介入调查并从死者的指甲缝中发现蓝色塑胶碎屑，这时店长绿也赶来确认尸体，柯南从她的表情和怪异的举止断定她就是凶手，可是凶器到底是什么？在灰原的提醒下，柯南把目标转向垃圾，一番搜查后却一无所获，柯南这次真的判断错误吗?

阿笠博士带少年侦探团到野外去露营，可却在回程的途中在森林里迷路，误打误撞来到了一个被森林环绕的古堡，所幸主人很热情的邀请大家入住古堡，然而住在里面的间宫家族好像隐藏这什么秘密，之后，柯南在房间的密室里发现一具骷髅，就在这时，有人从背后将他打晕。

柯南一直到吃晚饭的时候都还不见踪影，博士去找他时也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人决定在古堡进行搜索，然而他们却没有发现凶手正悄悄跟在他们后面，大家跟着灰原来到柯南消失的密室，并发现了血迹和石头上的留言，古堡越来越诡异，之后，光彦和元太也不知了去向，步美和灰原进一步深入古堡，就在她们也发现那具骷髅时，凶手出现。

帝丹小学校庆这一天，少年侦探团拿着阿笠博士送给大家的电影折价券一起去看电影，大家争执之后决定去看哥美拉的三部片子，没想到今天是这家电影院最后一天营业，柯南等人成了最后一批观众，就在欣赏电影之际，荧幕上却出现了一个黑影，原来这个黑影就是迫使电影院关门的张田的遗体，在警方要以自杀确定这件案子的时候，光彦却说一句让大家惊讶的话！

光彦说他看到友里百合子在厕所前拼命擦眼泪，这虽然让大家大吃一惊，但是百合子说自己只是去厕所调整隐形眼镜而已，这说法合情合理，可柯南总觉得还有疑点，之后灰原一句无意的话语让柯南终于明白了事情的真相，于是，他急忙的跑去作案现场找到了证据，正巧阿笠博士也赶来接他们，柯南就借阿笠博士之口并重演凶手在放映室的杀人手法，将凶手绳之以法。

步美生病一人在家休息，就连有电话打进来她也因熟睡也没有接听，但过了一会儿，步美听到有人撬门的声音，不禁想起了前些日子歹徒入室杀人的事情，可她还没来得及报警，歹徒就破门而入了，她慌忙躲在床下，用少年侦探的徽章联系柯南，因为不能说话她就用假面超人闹钟声音代替自己传达求救讯息，可元太光彦确认为步美在恶作剧，柯南会弃之不理还是解开暗号呢？步美又会展开怎样的自救？

平次与和叶为代替母亲参加朋友的婚礼而来到东京，就在大家一起游览东京的时候，与即将举行婚礼的森园家的管家重松相遇，在他的要请下，柯南一行人来到森园家，不幸的是，重松当晚不知被何人在密室所杀，事情还没有一个结果，大批媒体却蜂拥而至，警方也赶来介入调查，这时，和叶发现片桐风和樱庭带着同样的坠子。

警方看到落地窗的锁上有血迹，并在玻璃碎片上了发现了一个小洞，柯南和平次作出大胆推测，期间，柯南因看到远处树上挂着的不明物体差点坠落阳台，而当时在旁边的菊人却因为惧高症，没有伸出援手，所幸有惊无险。在树上找到凶器之后，两人将所有的线索串联起来，没错，凶手就是那个人！他们将所有人都叫到案发现场，说樱庭就是凶手，可事实真是如此吗？

柯南、小兰和园子一起在天台上等待看流星，和他们一起的还有三个东都大学研究所的学生，期间，野中和秋本去对面的电视转播塔进行摄影，临走前秋本告诉他们会有人造卫星经过，让他们注意观测。过了一会，秋本从转播塔那边回来，留下野中一人摄影，就在大家看向对面的时候，野中从塔上坠落，赶到现场后，他已气绝身亡，这到底是意外事故还是有人蓄意谋杀？

柯南，小兰和小五郎一行三人搭乘开往北海道的特快列车北斗星三号，在通过隧道的时候珠宝商人出云被人枪杀，凶手将车窗射穿跳出车外逃跑，之后警方又在隧道之中发现了疑似歹徒的男人，这宗命案的过程简直跟柯南的爸爸工藤优作一篇未发表的推理小说一模一样，期间一个言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的谎言后，她终于暴露了身份。

原来这名行迹可疑的女士是柯南的妈妈有希子，她将此行的目的告诉柯南后，大家就一起聚到休息室听小五郎的推理，期间，警察在隧道里浅间的尸体上发现了胶带碎片，突然灵光一现，柯南知道了谁是凶手以及他的犯案手法，却苦于没有证据，按照小说的剧情，柯南还有被杀的可能，苦恼之时，有希子提议干脆将计就计让凶手自己现身，于是一场揪出凶手的好戏上演。

作为青色古堡的探险事件的参考人，阿笠博士和少年侦探团的各位被叫到了警视厅。随后2亿元抢劫事件的受害人东都银行的增尾行长也来了。增尾在给家里的妻子打电话时，电话的那头传来了惨叫声。当警方赶到增尾家时发现妻子加代已被人刺死！虽然看起来是外部的入室杀人，但在柯南的推理下最终发现了凶手杀人的事实。

马上赶到增尾家的众人发现增尾的妻子已经被杀害了。看似是强盗杀人的事件中柯南却从中发现了疑点，经过推理最终发现了犯人的犯罪手法在。在柯南的提醒下高木警官揭露了犯人的骗局。另一方面佐藤警官拒绝了白鸟警部的邀请转而邀请高木警官一同吃饭就在这时出现的暮目警官却让高木产生了误会。

少年侦探团一大早搭乘开往米花乐园的电车，当柯南以为没人和他们一样时，就来了三个大学生也上了这趟电车，他们是铁道研究社的，来这里是为了拍摄地上电车的照片，期间，川崎下车去前方拍摄行驶的电车，可就在电车急速向前时，他突然从梯子坠落到铁轨上，幸亏司机及时刹车，他才得以保住一命，然而大家刚松了一口气，却发现堀井横尸车厢……

小五郎带小兰和柯南去日卖乐园游玩，正好碰上剧场演出，假面超人的表演横跨整个乐园，可就在他表演从高空弹跳的动作时，脚踝的橡皮突然断裂，假面超人的表演者西野掉落河中而死，这起案件乍一看是意外，但柯南注意到橡皮有灼烧的痕迹并非自然断裂，于是推断出这是谋杀，在对案发现场进行调查和相关人员的侦讯后，凶手浮出水面！

小五郎曾教过的学生崎园惠在自己的娘家碰到了一起车子被人安装炸弹而被引爆的案件，在爆炸中丧命的人是小惠的妹妹宽美，她在代替不会倒车的姐姐小惠倒车出库的时候惨遭意外，警方一开始怀疑嫌犯是个叫高桥的人，认为这个人和小惠的先生和夫共同筹划了交换杀人计划，原本企图杀害小惠，没想到却误杀了宽美，就在他们俯首认罪，事情告一段落的时候，柯南注意到了小惠。

发生了这种不幸的事，小五郎带着柯南、小兰来到小惠家看望她，期间，柯南借上厕所之名跑到二楼的书房进行调查，他发现在电话线和墙壁连接的地方有胶带的痕迹，之后又跑去案发时的车库，看到车库的上方的窗子，更加确定了自己的推测——这起汽车爆炸事件另有隐情，数日后，小五郎再次来到小惠家，然而此次前来的目的却是……

园子和小兰购物结束坐公交的时候，有一位自称是设乐的老人坐在了小兰旁边，他说自己认识小兰并打算去趟毛利侦探事务所，聊着聊着小兰睡着了，醒来的时候老人已经离去，可是小兰却很担心老人的安危，执意要去公车站找老人，这时，柯南发现小兰的包里多了一张磁片，这张机密磁片的内容到底是什么？老人又到底去了哪里？

在盛夏到伊豆去做海水浴时，有一个叫道胁的男子主动和园子搭讪，并邀请三人一起吃饭，期间，道胁谈起了当地有名的男子杀害褐色头发女生的事，就在这时，有人匆忙跑来说有一名褐发女子在小树林遇害。晚上，柯南三人在等待道胁接他们共进晚餐时，园子却遭到了不明人士的攻击。

次日，大家来到传说有幽灵的饭店，园子因没有休息好而一人留在车上休息 ，用餐结束的时候，柯南看到车子居然开始沿路向悬崖的方向下滑，柯南和小兰急忙跑去追车子，所幸在坠落之前将园子救出。因为有了阴影，园子要走了去警察局，可是路上却被不明人士跟踪，道胁提议兵分两路，小兰和柯南将跟踪狂制服，没想到这个人居然是……而柯南突然意识到园子有危险，当他们赶到时，园子已经被歹徒持刀相向……

小五郎受学生时代认识的房东太太宗田光江之托，开导她最近不知为何事而消沉的孙子阿真，数次敲门无人回应，光江用备份钥匙把门打开，却发现屋内一片狼藉，而且墙壁上还涂满了用红色蜡笔画的线，大家在浴室发现了割腕而死的阿真，光江让柯南找来医科大学的房客城户，但已经为时已晚，小五郎断定这是自杀案件，但光江和柯南却认为是被人抹杀，这时，大家注意到了在建筑模型里的钥匙，也就是说这是密室杀人事件！

少年侦探团在废弃大楼为园游会练习的时候，逃逸的嫌犯在佐藤和高木两位警官的追击下闯了进来，嫌犯从屋顶逃到隔壁的美术馆，但佐藤警官还是在厕所将他逮捕，但由于操作失误，她将自己和歹徒都用手铐铐住无法自由活动，嫌犯东田声称他是无辜的，逃跑完全是为了参加女儿的婚礼，最后佐藤警官决定让高木和少年侦探团在一定的时限中找到真凶。

柯南在死者村西真美家发现了四处疑点，在少年侦探队的提醒和暗示下，高木终于知道了案件的真相，大家找到真凶用证据让他承认罪行。而另一边，杯户美术馆则即将在市民的瞩目和阿笠博士的热带彩虹炸弹中爆破，可佐藤警官和东田还在美术馆内，情况危急，佐藤警官真的会葬身美术馆吗？

柯南等人搭乘环形电车的时候，突然从二号车厢里传来惨叫，一名女子横尸车厢，发现尸体的是死者的三名同事，柯南注意到死者耳朵发黑并且有被针状物刺过的痕迹，由此推断是被人毒死的，警察赶到后对死者的三名同事进行侦讯并检查了他们的物品，柯南发现其中一人物品很是可疑，没错，凶手就是她！柯南已将谜底已经解开。

柯南等人来到一所盖有五重塔的乡间寺庙，因为这里要开发观光而导致寺方和观光公司产生了争执，次日，观光公司的社长小田英明被人发现尸体吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的传说一样，凡是破坏寺庙戒律，都会尝到恶果。在对尸体及其周围调查后，柯南找到了真正的案发现场。

就在警察找不到任何线索想要以自杀结案时，柯南把在案发第一现场找到的领带别针交给警方，这就推翻了自杀的说法，但想要抓到凶手，还需要找到更加有决定性的证据。这时，柯南注意到了在案发现场发现的绳子，他突然想到什么，就跑到旁边的枯井，一切不出他所料，凶手就是那个人，他再次将小五郎麻醉，揭秘流传至今的五重塔传说以及凶手！

在流水亭吃饭的时候，柯南再次遇到谋杀案件，死者是绳文大学的新井副教授，同行的两人金田和岩间表示他们是为了庆祝新井晋升才来流水亭，调查后并没有发现可疑人物出现在新井遇害的八号房，而当时金田和岩间也都有不在场证明。但一切瞒不过柯南的眼睛，在查看了金田和岩间所在的三号房和送饭用的船只后，找到了凶犯难以逃脱的铁证。

小兰在去冲绳旅行的飞机上想起了一年前新一在飞机上首次处理命案的事情，当时正值深夜，飞机上所有的人都在睡觉，突然传来一声尖叫，一名叫大鹰的男子在厕所被人杀害，碰巧目暮警官也在飞机上，于是新一和目暮警官一起对机舱上所有可疑的人进行了调查，在寻找凶器无果后，新一想到凶器一定就在凶手身上。

新一要求在次对嫌犯的物品进行搜查，可依旧没有发现可疑物品，之后，新一在鹭沼的座位上发现了底片的碎片，并将所有人的证词、座位上的底片、墙壁上的血渍和被害人口袋被弄湿都串成了一线，虽然鹭沼的嫌疑最大，但新一却说凶手不是他，因为他被真凶所利用，推理一步步接近真相，让大家出乎意料的是凶手居然是……

阿笠博士以少年侦探团为对象进行了一场寻宝之旅，舞台就是阿笠博士的叔叔住的一个别墅，但在他叔叔过世的50年来，这栋本不该有人进出的别墅却发现有人来过的痕迹，他们还找到了一系列由月亮、星星和太阳组成的古怪暗号，连博士事先藏好的玩具也被人用刀划坏，这幢别墅一定暗藏玄机。

对暗号进行仔细研究后，柯南将其破解，顺着暗号的指引，他们找到了暖炉下新的图案，只是这个暗号指向了盘子，一切又回到了原点，柯南百思不得其解，之后，他注意到这些带有暗号物品的摆设位置，将他们连成一线，没错，机关就是天花板上的吊灯，将吊灯旋转后，二楼的密室被打开，然而这个阁楼上居然有一堆白骨！

少年侦探队为准备儿童大会要表演的布偶戏，随一个叫海部大学生去雾之丘高原进行特训，可是当晚柯南发现同他们一起来的小朋友和相应的布偶都不见了，就在柯南和光彦去二楼进行调查的时候，元太和步美也突然失去了踪影，因为电话线被不明人士割断，两人跑到离这里最近的另一家民宿，却看到……

服部和女友和叶受人委托前往鸟取县傀儡岭的武田家，但却在途中迷路，还遇到了一位叫罗伯泰勒的外国人，这时，同样受到武田家的邀请，为他们解开傀儡岭蜘蛛之家谜团的柯南等人刚好从旁边经过，在他们到达的当天晚上，武田家的长子信一在木偶仓库的二楼吊死，接着和叶的身后出现了可疑的人影。

和叶被人带走不知去向，与此同时，柯南、服部和小五郎三人正对信一的死亡现场进行调查，期间，女佣盐谷给他们送来宵并讲述了三年前所发生的事情。当得知和叶被人掳走消息后，大家分头寻找，最终在仓库里找到了缠满细线的和叶，所幸生命没有受到威胁。之后，柯南和服部又发现了袭击和叶用的电击棒和BB弹，再次返回案发现场又找了新的线索，凶手就是那个人没错！

服部把武田家的人和罗伯叫到发生凶案现场的二楼仓库，柯南将小五郎麻醉，在黑暗之中道出凶手所使用的手法，当被问及凶手是如何在这个形如密室中的仓库作案时，柯南的回答却是凶手根本没有出现在凶案现场，那么凶手到底如何作案？信一为何会虐待自己的女儿美纱？美纱自杀的真正原因到底什么？是怎么样的误会导致武田家频频出现惨案？

小五郎受推理迷林雅人之邀去米花町水族馆观看表演，没想到在表演现场却发生了命案，死者是女演员大沢美智子，警方在调查中发现大沢的膝盖处有贴布，询问了同事后得知，她的腿偶尔会疼痛，并且在检查了控制室和蚌壳装置没发现异样后，推断出大沢死于意外，然而，跟着警方一起调查的柯南还是发现了蛛丝马迹，认为这是一件有预谋的杀人案件。

当新出医生得知来取健康检查结果的小五郎，就是传说中的大侦探之后，便邀请小五郎，小兰和柯南留在他家里吃便饭，但在饭前却突然停电，来电之后，大家在浴室里发现新出医生的尸体，同时，在浴缸里还发现了一把刮胡刀，乍一看像是因为触电而死的意外事件，但在柯南看来却是一场有预谋的杀人案件。

智明发现自己外婆的脚受了伤，因为警察要对阳子进行侦讯，所以小兰就主动提出帮助智明，自从小兰见到智明就总是一副很中意的样子，不是黑暗中紧抱智明的胳膊就是和他拉手，而且在她的脸上总是出现一片绯红，这些全部让柯南看在眼里，心里不禁大吃飞醋，难道小兰变心了吗？柯南在房间的二楼发现了碎片，并在房间中发现了可以解释小光为何会花费一分钟的时间去打开总开关证物，接下来，就是揭穿真相的时间。

小兰，园子和柯南在溜冰场认识了五个自称是陶土射击爱好者的朋友，就在大家等待看烟火的时候，洗手间却传来园子的尖叫，大家慌忙赶到现场时，看到的却是千寻遭人用散弹枪击中胸部倒坐在洗手间的惨状，她的尸体旁边留下了一个用血写成的S状文字，于是小五郎推断这个英文字母代表着「凶手就是佐野泉」的信息，但高木和目暮警官却推翻了他的猜测，之后，警方在死者的携带行动电话上发现了KIX的字样。

虽然现在清楚了凶手的犯案手法，但还是不能将犯人锁定在一个人身上，这四名一同前来的朋友都有犯案的嫌疑，柯南在厕所外面和内部都发现了地上带有血迹的线条，并且他还从四人的交谈中得知半年前因散弹枪走火而死亡的成田，经过推断，他已经知道了真相，就在这时，小五郎却叫来所有人，说他已经知道了谁是真凶！

因为柯南猜对了海豚旅行团所出的谜题，于是，为三人赢得了一次免费乘坐交响乐号去小笠原的机会，能登上这艘船的只有十名乘客，在登记途中，小五郎碰见了老警察鲛崎，但听乘务员说这艘船上还有第三名侦探，小兰和柯南也无意中发现了这次活动的组织古川，夜晚，大家聚在一起讨论此次前来的乘客，当听到叶才三这个名字时，每个人都面露惊讶之色。

原来这个叫叶才三的人，就是二十年前「四亿元强盗杀人案」的主谋，鲛崎和小武郎急忙赶到叶才三所在的101号房却发现屋内空无一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交响乐号也没有发现叶才三的身影，如果挨过今晚，法律将不再追诉他们二十年前所犯下的罪行，叶才三和他的同伙也将恢复自由之身。十二点之后，甲板上传出枪声旗子也被人点燃，柯南发现了一张写有奇怪语句的纸钞，这时，船尾发生爆炸，而在这熊熊大火之中，隐约可见一具尸体。

尸体被烧焦，根本无法辨识他的身份，只能从穿着姑且判断是蟹江，柯南发现这具尸体整过容，并推断出龟田和鲸井也是叶才三抢劫杀人案的同伙，当大伙赶到龟田的房间时，却发现他也消失不见了，柯南和服部推理出现分歧两人决定各自行动，可在调查期间服部遭遇危险，没过一会儿，甲板上再次响起枪声，心虚的鲸井决定交代一切，这时，鲸井突然被不明人士射伤，鲛崎赶到甲板时却看到……

在甲板船头的尸体不是别人，正是让大家误认为已经死亡的蟹江，之后，柯南又在船的外围发现绳索梯子，这说明蟹江一直藏身于此伺机而动，并且柯南还在船头栏杆上发现了剥落的油漆和烧焦的痕迹，将所有的线索串联起来，凶手渐渐浮出水面，这时，柯南接到一通电话，原本很担心平次的他却突然对小兰调侃起了服部，服部是否真的平安？这件与二十年前案件相关的凶案真相到底是什么？

静冈县的横沟警官特地找到小五郎拜托他调查一起怪异的案件，此次案件的受害者是演员小宫山，虽然被害者只有一名，但是前来自首说自己是凶手的却有三人并且这几人都有理有据的说出了自己的动机和行凶方式，由于事情紧急，横沟希望小五郎可以尽快做出推理。赶到案发现场时，柯南再次对证人进行询问，并得知了事情的真相，凶手是自首三人中的一人？还是另有神秘四人？

在放学回家的路上，柯南和灰原发现了黑衣组织中金恩的车子，柯南在车上装了发信器和窃听器进行跟踪，但被金恩发现，他也因此察觉到灰原的存在。柯南和灰原根据窃听器听到的地址，来到金恩和匹斯可等人要进行杀人计划的杯户饭店，这里正举行电影导演的追悼会，在放映幻灯片期间，政客吞口重彦被杀。

在吞口重彦被杀的瞬间柯南捡到了一条紫色的手帕，之后又发现了一个破碎的美术灯吊环，根据这两条线索柯南展开了调查，可没想到调查期间灰原却被不明人士带走，柯南以眼镜为媒介联系到灰原，得知她被关在了饭店内的一个酒窖里，柯南让灰原喝下老白干，这时，在饭店外面的柯南却看到了金恩，而在酒窖的灰原身体也正在发生变化。

金恩离开酒窖后，躲在烟囱中的灰原则依靠她变大的身体，爬到屋顶，然而刚给博士报完平安，她的身后就响起了枪声，原来在酒窖里的时候金恩就发现了她。而另一边，柯南也得知了杀害吞口重彦的凶手，也就是代号匹斯可的真实身份，在调查清楚灰原所在的位置后，柯南飞速赶到，就在金恩准备射杀灰原时，柯南向金恩发射了一枚麻醉针，灰原趁机从烟囱返回酒窖，岂料待她苏醒过来匹斯可已出现在她的面前……

博士请大家在一个叫Peach Sunny的咖啡店吃甜点，期间，在靠窗位置有两个正在争吵的人引起柯南的注意，就在博士刚赶到咖啡店时，突然冲进了一辆卡车，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方赶来后，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企画的社长大原，意外发生时，大原正好去了厕所，所以才保住性命，这场看似意外的案件其实是有人蓄意杀害，那么，凶手是谁？他又采用了什么样手法？

柯南、小兰和小五郎一行三人受到加那娱乐集团的会长加纳善则之托，保护他近来频频被人骚扰的妻子美咲出席晚会，然而晚会中途突然发生停电，美咲在自己房间里被不明人士袭击，所有人都怀疑犯人就是今天晚会的主角杰拉尔天马，可是紧接着杰拉尔天马就被人杀害了。

晚到的杰拉尔·天马被剑杀死，和天马有过争吵的加那善成为了头号嫌疑人。柯南则在勘察现场的时候发现窗台上不自然的痕迹，而钢琴上奇怪的东西也吸引了柯南的注意，最终柯南揭穿了像谜一样的人物的真面目同时也解开了杀害天马的凶手所用的犯罪手法。在铁证面前凶手最终承认了自己的罪行并说出了杀人动机。

少年侦探团在放学的途中发现勾在S形钩子上的结婚戒指。光彦说这是某个人的SOS的求救信号，少年侦探团的成员们开始搜索现场正在建的公寓。虽然中途误会了岛明夫妇，但是在大家的搜查下，柯南最终发现戒指的真真含义和“上原美里”的疑点。独自面对犯人的柯南再次使用麻醉针逃离危险并救出被囚禁的上原美里。

少年侦探团在超市里玩从收银条上的物品名称猜晚饭的菜名的游戏。其中发现了可疑的收银条，柯南她们开始寻找买这些东西的人，想要阻止他。通过分头寻找自行车灯少年侦探团的成员们最终找到了犯人，但中途却失去了犯人的行踪。在元太无意的提醒下，柯南他们抓到犯人现行。最终柯南用脚力增强鞋制服了犯人。

小五郎他们去参加为了交通事故的孤儿们的慈善活动，被邀请到发起者的社长家里。社长的苏芳红子在收集面具。连被称作被诅咒的假面的面具也用来装饰。为了不让这些面具出来作怪，晚上0点就会把这件假面之屋锁掉。当天晚上苏芳红子在自己的卧室被杀害，卧室上了两道锁，处于密室状态。同时在苏芳红子的尸体周围被诅咒的假面散落了一地。这真的是诅咒吗？

目暮警官在现场调查时发现，不管是气窗还是屋内被封锁上的门，都没办法通过，能够进出的只有被苏芳上了两道锁的门，并且还在每个面具的嘴边都发现了被害者的血，由于没有在雪地上找到凶手出入的脚印，所以有可能犯案的就是屋子里的七个人，警方对他们逐一进行侦讯，在他们的口供中，柯南发现有一人很可疑，虽然柯南曾掉入凶手的陷阱，但在想明白了事情的始末后，真相却只有一个！

小五郎和兰和柯南住进了建在山里的山庄。在那里住宿的客人中有“城市猎人”节目的演员砂冈和工作人员。小五郎和大家一起去烧烤，不久听到了枪声，砂冈被杀害了。经过调查每个人都有很充足的不在场证明，而调查证据也显示凶手竟是从对面的悬崖开的枪。柯南经过分析后将凶手锁定在三人之中。

砂冈被枪杀了，来福枪在山里被发现所以认为是外部的人干的。但是有疑点，柯南在询问了小五郎之前与砂冈的电话内容之后明白了明白山庄里的人物也可以杀人后，柯南发现了散落的玻璃碎片，明白了犯罪的手法。再一次的借毛利小五郎的身份指出了犯人。而犯人的计划也因为鞋子上粘到的玻璃碎片宣告失败。

小五郎接受电视节目制作公司社长古川悦子的委托去保护他的母亲。然后在古川家等待悦子回来的时候知道了家属和女佣之间发生了很多金钱上的纠纷。悦子回来后去母亲的房间叫母亲时从母亲的房间传来了枪声。悦子的母亲被击中头部死亡。经过调查，柯南发现了凶手残留下来的证据正是遥控器上指纹的漏洞。最终凶手承认了自己的罪行。

少年侦探队本来是跟着阿笠博士一起出来露营，没想到居然在森林中发现了一个钟乳石洞穴，柯南四人立刻进洞探险，却在这里碰到了一伙儿搬运尸体的歹徒，而柯南为了掩护大家逃跑中弹受伤，之后，便血流不止，元太背着柯南寻找出口，可身后的歹徒也循着声音疾步追来，失去了柯南的指引，少年侦探团剩下的三人会采取什么样的行动？

看着奄奄一息的柯南，步美建议大家自己想办法，三人按照石头上的文字推断出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。紧接着柯南被立刻送到医院进行治疗，又在小兰碰巧知道血型的情况下给他输了血，小兰最近的奇怪反应让柯南意识到自己的身份或许已经在小兰面前暴露，就在他打算向小兰坦白时，灰原拿枪对准柯南。

灰原这么做的目的是要叮咛柯南坦白有风险，让他谨慎考虑，并在他面前摆出三个选择，柯南会如何抉择？另一边，帝丹高中园游会的当天，话剧在体育场上演的时候，观众席竟然出现了谋杀案件，这时，突然出现了一位迷之少年，当他摘掉隐藏身份的帽子时，在场的所有人都惊呆了，许久未露面的工藤新一居然会出现在这里，然而，和叶却揭穿了这个家伙的真实身份。

虽然对现场进行了调查，但警方无论如何都找不到决定性的证据，束手无策之时，小五郎提出了他的自杀论，并且得到了目暮警官的认同，就在警方准备以自杀结案时，话剧中的黑衣骑士突然出现，在否定了自杀论之后，他摘掉面具，而面具下面正是那张让小兰朝思暮想的面容，没错，真正的工藤新一登场，在进行了一番精彩绝伦的推理后，他却再次昏倒……

没想到灰原调配的解毒剂能够长久的维持这具变大的身体，而与新一能同时出现在小兰面前的柯南其实也灰原伪装的，这样就完全解除了小兰的怀疑，之后，新一将小兰约到米花中央大楼的了望餐厅吃饭，并想乘此机会表明心迹，然而却在这时发生了命案，新一暂时抛下小兰去解决案件，并且成功推断出了凶手就是大场先生。

虽然可以确定凶手就是大场先生，但是还有两个疑点未能破解，就在新一深入调查的时候，他的身体突然一阵疼痛，药物正在渐渐失效，他强忍住即将变小的身体所带来的痛苦，坚持将案件的真相公诸于众，案件完美解决之后，新一又变回了柯南，再次的突然离开，他将如何向小兰解释？

小五郎的事务所里来了一个叫春菜的大学生，委托小五郎找他的寻呼机朋友。春菜保存了秋悟先生的寻呼机和音乐盒，那以后，春菜的寻呼机上出现了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，却发现秋悟在给春菜送出寻呼机之前就已经死了，而走廊上还出现了奇怪的人影。接着众人就发现已经被击晕的阿稔。

小五郎询问阿稔有关邮票的事情却得到邮票已经不见了的回答，柯南也明白了小兰看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴殴打的真相。而柯南也指出春菜收到的音乐盒其实是秋悟托付给他人送出的。闹鬼的屋子的真实原因其实是有人背后操作。而秋悟先生的音乐盒其实也只是一般的旅游纪念品而已，真正贵重的是隐藏在音乐盒里暗语所指示出的邮票。

园子和小兰差点被车撞了，由此认识了那个司机吉野千惠。千惠抱怨最近老是头昏，头痛。而她的丈夫却没有提醒小心路上断层的事情才导致了之前的惊险。小兰总觉得千惠丈夫的态度有些奇怪。在拜访千惠家的时候小兰她们得知千惠的丈夫为她购买了一千万日元的保险，疑团逐渐增多。经过调查，千惠丈夫的意图最终暴露出来。

因为抽奖时抽到了一等奖，小五郎带着小兰和柯南来到位于深山的旅馆。宾馆的主人寺泉是爱车一族收藏了非常多的名车。在房间柯南无意中听到了奇怪的对话，此时寺泉找到小五郎说明自己最近突然到了恐吓信，希望小五郎能够保护他一直到名车展示场的开业仪式。突然，出现了三位不速之客。原来寺泉通过不光彩的手段收购了他们的爱车。在车展的当天却发现寺院死在了车上！

雾之峰宾馆的主人寺院晚上开车出去兜风，第二天在停车场发现坐在车子里的寺院已经死了。在调查的过程中发现每个人和寺院似乎都有过节。柯南发现车罩上裂痕的疑点，而停车场看守的证词又增加了疑团。最终柯南发现了犯人的犯罪手法并当场演示给众人，而残留的焦油也暴露了凶手的身份。

柯南，小兰和小五郎一行三人到饭店避暑，正巧在这里碰到了和其他律师一起来这里度假的妃英理，当晚为了找寻酒醉未归的小五郎，竟然发现了死在密室里的律师律子，然而糟糕的是，小五郎竟然就睡在这个房间里，于是小五郎就以案件重要关系人的身份被带回了群马县警局，佐久作为辩护律师一同前去，而柯南和妃英理等人则留在现场进行调查。

柯南在垃圾桶里发现了被丢掉的便签纸，客房服务员也说自己曾在门外发现了一张写有奇怪内容的字条，这时，警方说在凶器电话线上发现了小五郎的指纹，案件的侦破进入了死胡同，凶手到底是谁呢？妃英理随意的一句话提醒了柯南，没错凶手就是那个人！得知了真相以后，柯南、妃英理和警方联手将凶手引入到他们设下的陷阱之中。

小五郎等人乘坐BONNET公交车，来到一个叫“影秋村”的地方，中途上同车的村民奥村喝了自己带的茶后死亡了。小五郎和柯南自动在“影秋村”展开搜查。村民们就是否交给警察调查与警方发生了冲突。原来村民就是否将卡扭车作为观光车分成了两派而奥村作为反对派的代表同村长为代表的赞成派一直有冲突。此时村长船木出现并提出委托费为100万日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾随塔子的柯南却听到为了找他而进入神社的兰的尖叫声！？

小兰发现“影秋村”的村长船木也被杀害。柯南发现矢部账户每月固定打入的汇款，在询问了驹井关于7年的事故之后确定了这次的杀人事件与七年前BONNET公交车发生的事故有关。在拜托教授调查了事故之后柯南发现凶手的身份并发现凶手欲重演悲剧，他独自登上观光车与犯人对峙阻止了悲剧的发生。

小五郎等人为了品尝当地出产的优良啤酒，便来到了有森旅馆。在那里碰到了前来视察娱乐场所企业家城完英彦跟他的妻子演员备前千鹤。但夫妻的气氛却有些意外的尴尬。备前千鹤对饭店里的料理百般挑剔，态度非常恶劣。次日小兰和柯南众人去郊外烧烤。夜间，众人回到旅馆之后丈夫英彦发现千鹤一直锁在房间里不出来，进去之后发现千鹤竟已经死亡！

备前千鹤在饭店房间里上吊，因而被众人认为是自杀。在柯南的启发下小五郎发现千鹤是他杀的肯能性。在警方的询问下众人都有杀害千鹤的肯能。在调查饭店的屋顶之后柯南发现了犯人飞翔一般的作案手法和留下的证据。在证据面前凶手最终承认了罪行，同时道出了和千鹤和自己弟弟的过往以及杀害她的原因。

步美无意中看到了连续纵火的犯人，便前去警局做相关的供词，之后，少年侦探队与高木和佐藤警官开始展开调查，然而没想到当天居然是佐藤父亲的殉职忌日，大家也不禁谈起了这件“愁思郎案件”，佐藤警官还碰到了父亲高中时的老友，这时，目暮警官打来电话让白鸟和高木前去抓捕纵火犯嫌犯，期间高木想通了十八年前所发生的案件的真相，可当他打电话给佐藤时，却没有注意到凶手就在身后。

高木刚说完十八年的抢匪就在佐藤正义警官的四位老友之中后，便突然失去了音讯，按照柯南的建议，佐藤警官急忙赶到他们四人所去的酒屋，却发现他们早已离开，根据老板的供词柯南推理出了谁是当年的歹徒，他告诉佐藤后，让她自己去了结这宗案件。另一边，步美等人私自跟踪纵火犯遇到危险，幸亏柯南及时赶到才得以获救，而这名纵火犯也被警方逮捕。

柯南、小兰和小五郎回家的路上，看到一间公寓里有人发生了争吵，正准备上前阻止时，一位老人说这种争吵已成家常便饭，不用理会。然而，第二天居然在这间公寓里发现了尸体，就在小五郎懊悔没能救人时，事务所突然冲进了一位叫中本的年轻人，他声称自己是无辜的，虽然昨晚看似自己和死者在一起发生了争吵，可这根本就是死者所演的独角戏，随后小五郎又找到了能证明他清白的录音带，本以为一切尘埃落定，柯南却发现了其中的蹊跷。

小五郎受堂本观光社长堂本荣造之邀，来到天部山参加空中缆车的开幕典礼，虽然有传言说只要靠近天女像就会遭到诅咒，可堂本观光却执意在神像的附近开通了观光缆车。开幕会结束之后，所有来宾都试搭乘缆车，当缆车行驶到神像内部的隧道时，车内突然停电漆黑一片，只能听到荣造的惨叫，待缆车驶出隧道，大家发现荣造居然在这间密室般的缆车中消失了，之后他的女儿里菜在神像的手掌上发现了他的尸体。

当大家赶到神像处时，荣造早已气绝身亡，闻讯赶来的警察也迅速介入调查，当前唯一可以确定的是，凶手就在当时搭乘缆车的人之中，柯南注意到了山下的工人休息室便趁大家不注意的时候跑去调查，却在这里发现……有了这样东西，一切谜题迎刃而解，他提出让大家再次搭乘缆车以场景重演的建议，并麻醉小五郎说出了事情的真相。

正当少年侦探团在西多摩郡龙神山游玩之时，突然从山上坠落一辆汽车。虽然看似事故，在柯南的提示下警方判断这个事件不是事故而是谋杀。光彦偷偷的从事故现场拿到写着暗语的纸条。从写着暗号的纸片入手，光彦，步美，元太3人一起来到了暗号所指示的地点，在这里他们发现了大量被盗的车辆和先前谋杀案的凶手。

小五郎等人代替园子的父亲铃木史郎出席茶会。茶会举办的公馆里有着可以变化五种颜色的池塘，池子正中建有由渡廊连接的茶室五彩庵。在等待的过程中众人听说了魔物的传说。终于见到宗师青野木之后却意外听到这是他泡的最后一壶茶的宣言。在第二天众人再次来到在这个有五彩传说的茶室的时候却意外发现青野木家的一家之长上吊身亡。

青野木亮藏是在形成密室的茶室中被杀的，横沟警官开始询问时却发现没有人到过茶室,所有人都有不在场证明。在调查茶室外围的时候柯南发现了凶手的犯罪手法和证据。“沉睡的小五郎”召集大家道出了凶手利用一根绳子的作案手法和犯人的身份。在铁证下凶手终于承认自己的罪行并道出了原因。

为了采集蘑菇少年侦探队一行人全部进了山里，忙着采菇的时候，元太竟然误入狩猎区。无奈之下，大家只好兵分两路分头寻找，没想到灰原和光彦居然发现被人猎杀的尸体，害他们自己反成了射杀的目标。另一边，找到元太之后，大伙儿便和三名猎人一起沿着山区的小路寻找灰原和光彦的踪影。

柯南等人循着灰原留下的记号一路寻找，因为凶手就在同行的三名猎人之中，灰原和光彦就在大树下面留下一些散落的蘑菇作为暗号，躲在丛林里期望柯南能有所行动制服凶手。柯南果然不负众望，破解了灰原留下的暗号，正准备麻醉凶手时，却又有所犹豫，并大声喊出了灰原和光彦，柯南到底有何用意？

小五郎等人在去海豚乐园的路上，遇到了几位正在进行大学同学聚会的女子。为了接另一位大学同学，他们一起前往海豚乐园饭店却意外发现她们等待已久的藤村直美被杀害了。经过调查之后柯南确认了凶手的身份并向大家演示了凶手利用雪糕的犯罪手法。再自己留下的证据面前，凶手最终承认了罪行。

小五郎的车子出了故障，求助于偶尔路过的橘律师。因为车子一时之间修不好，便到了橘律师的别墅。橘律师因为贪污事件相当出名。突然小兰发现出海的橘律师的船翻船，橘律师死亡，而柯南也发现原本橘律师身上的救身衣不翼而飞。而橘律师最近收到一个化名“T.K”的恐吓信。名字缩写为T.K的熊田达也的嫌疑剧增。

柯南在调查橘律师钓鱼的小船之后发现可疑的痕迹和莫名遗失的船锚。之后衫村小姐说出熊田达也事情的真相。在看到约翰的狗屋的牌子之后柯南发现了凶手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向众人阐述了凶手利用潮水涨落的犯罪手法和杀害熊田达也的发法。而凶手也主动承认了罪行并道出了杀人的理由。

为陪园子买东西，柯南和小兰来到一家百货公司，可小五郎却莫名奇妙的被牵扯进目暮警官等人为引诱歹徒现身而设下的圈套，之后，目暮警官表示他们正在调查一起连续的殴打妇女案，柯南在这些受害人的照片中发现她们都是这家百货公司客人的这一共同点，这时，小兰却在百货公司的地下停车场发现了一名女性的尸体，虽然目暮警官立刻进行办案，但柯南却发现他与平常有所不同。

警方从案件相关人的口中得知，一年前被害者曾在这个停车场撞死过一个小男孩，之所以出现车祸就是因为当时被害者穿着厚底鞋而无法及时刹车，一番追查后，柯南发现凶手就是……与此同时，只身在百货公司内的园子遭到了凶手追杀，在黑暗的百货大楼里很难锁定园子的位置，危机时候，目暮警官及时出现挡住了凶手的袭击，但他却因此受伤。数日后，大家一起去医院看望目暮警官时，从松本那里得知了目暮警官的秘密。

打算盗取铃木财阀家的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件，那是工藤新一和怪盗基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事务所里收到一封附有支票的不明发信人的信函，并且在其上方还有一行奇怪的话语。

小五郎带着小兰和柯南来到“黄昏别馆”，途中还偶遇了同是侦探的千间降代，当他们到达之后才发现，此次受邀前来的茂木遥史、大上祝善、枪田郁美和白马探都是名侦探，而在这栋别墅内随处可见陈年的血迹。在晚宴上，本以为能一睹这位别墅主人尊容的各位侦探却扫兴的发现，他居然头戴面罩，并且还阻断了所有道路，要求侦探们在这栋孤立无援的别墅内帮他寻找宝藏。

大家小心翼翼的吃完晚餐后，这具代替主人的假人偶再次开口并讲述了四十年前在这栋别墅中所发生的惨案，而他的目的则是让悲剧重演，这时，大上祝善当着大家的面中毒死亡，而和小五郎、茂木一起开车去察看吊桥状况的千间也因车子爆炸而生死未卜，返回别墅之后，柯南、小五郎和茂木在钢琴房中发现了很多线索，然而却突然响起了枪声，三人赶到时，白马探已经死亡，随后，枪田郁美的尸体也在电脑房被发现。

茂木认为小五郎是凶手而开枪将他射伤，当前来“黄昏别馆”的所有名侦探都命丧黄泉时，电脑上居然出现了一行关于宝藏的信息，一直躲在监视器操控室的神秘幕后黑手终于按捺不住露出了真面目，没想到这个人居然是……柯南引导她说出了整件事的真相，而这时，本应死去的侦探们居然都出现在门口，可到底是怎么回事？这栋别墅的宝藏又是什么？

某天突然神秘女子池波来到事务所说要寻找中学同学柴田。通过池波提供的照片小五郎很快就找到了柴田，他们一行人立刻去了柴田家。就在进入池田家的时候却发现池田已经被杀害而死时手里捏着的正式池波年轻时的照片！而柯南对这位委托人不够完美的说词充满了疑问。在不断的调查中柯南发现神秘女子的疑团不断增多，池波究竟是何方神圣？

神秘女子池波女士寻找的中学同学柴田手里握着照片被杀，小五郎等开始向相关者讯问而柯南也弄明白了柴田手握照片的含义。“沉睡的小五郎”当众点破了池波女士的众多谎言但却判断凶手另有其人。而凶手留下的铁证就留在罪犯的手上，铁证面前犯人最终承认了罪行，但在犯人准备自我了结的时候被池波拦下，而池波女士的身份也最终揭晓。

服部收到了一封古怪的委托信，于是，他们一行人便来到了美国岛，没想到这封信的寄件人纱织却在三天前失去了踪影，当晚，岛上热烈的庆祝一年一度的儒艮庆典活动，传说有位吃过人鱼肉的长寿婆，任何人只要拿到她念过咒的儒艮之箭，就能实现长生不老的美梦，但就在庆典进行期间，沙织的朋友寿美竟然被人发现勒死在瀑布上，服部和柯南认为这是一起杀人事件并着手进行调查，然而在为寿美守灵的晚上又发生了一件惨案。

死者是奈绪子，柯南和服部在案发现场发现了鱼鳞和脚印，然而脚印的方向却通向大海，只靠这些零星的线索，根本无法抓到凶手。这时，君惠说她有今年祭典购买号码牌的名册，于是柯南一行人前往神社，悲剧再次发生，君惠为找名册死在仓库的大火之中。之后，柯南和服部分头行动，服部发现了新的线索，正巧此时柯南打来电话，他到底推理出了怎样的真相而让服部吃惊不已？上山找门胁时，和叶为救服部坠落悬崖，她能否化险为夷？

柯南将小五郎麻醉并召集岛上的所有人，准备将真相公之于众，但迟迟未见和叶和服部的身影，在警察的催促中，柯南只好开始对整个案件进行推理，虽然门胁和禄郎最有可能犯案但柯南却首先排除了他们二人的嫌疑，而当他指出真凶时，在座之人无一不感到震惊，这时，自救成功的服部及时赶到推理现场，更是说出了一个让凶手都意外的事实。

伦太郎家的餐厅来了一个叫龟仓雄二的人，在他以报恩为目的来到这里之后，伦太郎家原本的冷清的餐厅因龟仓的努力而渐渐生意兴隆起来，可伦太郎总觉得事情没那么简单，便拜托少年侦探队进行调查。龟仓以想菜单为由总把自己关在屋子里，这让柯南等人觉得很可疑，这时，光彦想到了福尔摩斯里的红番联盟案件，于是大家便以这个案件为参考展开了调查，柯南认为光彦等人的推理都不可靠，然而事情的真相却将柯南狠狠打击了一番。

柯南和小兰到电玩城拍摄大头贴的时候，却在这里遇到了一位专注于射击游戏任职帝丹高中的英文老师茱蒂，小兰在她的建议下向一个格斗游戏机挑战，最后却败在一个游戏玩家尾藤贤吾的手下，没有想到在与下个对手对决的途中，这个尾藤竟然意外的死在座椅上，调查之后排除了自杀的可能，那么，凶手一定就在那四嫌犯当中。

柯南将园子麻痹，借用变声器将四个嫌疑犯中的其他三名排除，那么，剩下的那一个人就是凶手，之后柯南又拜托高木警官和小兰将案发时尾藤仍在进行格斗的场景重现，戳穿了凶手混淆大家视听的手法，至于凶手所使用的凶器虽然很早就被丢弃，但还是被柯南发现，凶器就在……

小兰抽空和园子一起去上陶艺课，柯南暗中尾随但被人发现，之后便和小兰她们一起做陶艺，这间陶艺教室除了担任讲师的美浓先生还有他的助手笠间菊代，这时，美浓的女婿素夫刚好回来，没有想到在他回来没有多久竟然不见了，最后大家在仓库内发现了被人用领带勒死的素夫的尸体。

柯南一开始就知道凶手是谁，但他却苦于找不到证据，然而当他无意间看到勒在素夫脖子上的领带，没错，证据就是这个！另一边，目暮警官发现素夫死前所买保险的受益人是菊代，而且在素夫消失的这段时间她也曾来过仓库以及根据美浓所提供的证词，这一切线索不得不让警方怀疑杀死素夫的凶手就是菊代，而菊代也是百口莫辩。这时，柯南将园子麻醉，借助变声器将事情的真相一一道出！

为了在春天享受滑雪之乐，阿笠博士带着少年侦探队搭公车前去滑雪，没想到在新出老师和茱蒂老师上公车之后，灰原居然开始全身发抖，就在这个时候，穿着一身滑雪装的两个男人将公车劫持，柯南以座位为掩护，本打算偷偷利用行动电话通知警方，然而却被歹徒识破并拿走了电话，歹徒是怎么准确的洞察到柯南的行动？坐在最后的三名乘客到底谁是歹徒的同伙？他们又是通过什么来传递信号?

柯南本想找坐在旁边的灰原商量，可是灰原依旧浑身发抖，并在茱蒂老师询问灰原身份时，对柯南发出暗示，柯南突然意识到可能有黑衣组织的人在车上，然而当务之急是找出歹徒的同伙，当公车驶入隧道时，歹徒让咳嗽的乘客和新出老师换上他们的衣服并准备带走一名人质以方便逃脱，所幸柯南看穿了他们的计划，他指挥少年侦探队做好准备，在公车出隧道的一瞬间采取行动……

某日，一个叫上田丈二的医师找到小五郎，拜托他调查自己的朋友吉村遭到不明人士恐吓的事情，当他们来到吉村所在的公寓刚准备上楼时，突然听到有东西坠落的声音，柯南急忙跑去，却发现吉村的尸体，目暮警官赶来之后，对吉村的公寓进行了仔细的调查，而柯南却将注意转移到了住在六楼的上田身上。

阿笠博士的朋友加纳照也由于近日就要搬家的缘故，所以计划将用不到的东西送给朋友，柯南等人在这里遇到了加纳在爱犬协会的朋友纲岛吉雄、土佐林和莲木志乃，就在大家思考要带什么东西回家作纪念的时候，加纳家饲养的一只小狗道尔不见了，后来大家在焚化炉里找到道尔脖子上的项圈，但幸运的是焚化炉里并未发现狗的骨骸，那么，道尔到底被歹徒藏在哪里了？他又打算怎么带走道尔呢？

光彦建议让亚瑟闻道尔的味道帮忙找道尔，可亚瑟却从和式里叼出一个坐垫，柯南发现和式里的坐垫比之前多了一个，他又将道尔听到时钟之后发生的事情全部梳理了一遍，并且还在客厅的走廊上找到了曾经出现在焚化炉里的玻璃棉，有了这些线索一切谜题迎刃而解，找到道尔之后，少年侦探分工合作，将它失踪时的场景重演一遍，揪出了藏匿道尔的歹徒。

小五郎带着小兰、柯南应邀去参加精通葡萄酒的日下的宴会，那里还邀请了众多葡萄酒爱好者。但是去酒窖里取珍藏已久的葡萄酒的日下却始终没有回来。小五郎和日向夫人前往酒窖看看状况时才发现日向已经被杀害。柯南无意发现了地上的刻意痕迹推理出凶手的犯罪手法。另一方面警官调查后门确认无法盗用钥匙进入。而在高木警官的亲身试验后“沉睡的小五郎”道出了凶手的犯罪手法并指出了手绢上酒渍的证据。

小五郎因为中了彩票带着小兰和柯南一起享受可以在南纪白滨住上一晚的旅行，并在那里结识了写生旅行的医科大学学生新庄真纪，由良达彦，宫原加奈子，藤浩太，三井元，五人之间似乎有着复杂的关系。第二天毛利他们偶然遇见了藤浩。正巧慌张的三井给藤浩的手机打来了电话说三段壁的树林里发现真纪胸口中刀被杀。而柯南发现散落在现场钥匙的疑点。

被害的真纪的因为钱包不见了，被疑为是强盗杀人。乍看之下虽然像是强盗杀人，柯南却肯定凶手是这些大学生一行人中的某人。虽然怀疑藤浩的不在场证明是否可以确立，这时这一行人中复杂的人际关系一点一点浮现出来。这次的杀人事件中，隐藏着另外一个邪恶的计划。在“沉睡的小五郎”的解说下凶手最终浮出水面来。

受到服部的邀请，小五郎、小兰和柯南前往大阪参加一个名为3K餐厅的开幕酒会，餐厅老板是前职业拳击手里卡巴雷、美国职棒投手迈克诺德和柯南的偶像职业足球选手雷卡迪斯三人，没有想到就在柯南等人协助他们进行一场秘密计划的时候，枪声突然响起，柯南和服部匆忙赶到发出枪声的房间，发现美国报社记者埃德麦肯竟然被人枪杀横尸屋内，警方立刻对所有来宾进行排查，另一边服部发现柯南的表现很反常。

在收集线索时，柯南并没有像以前一样提出很多的质疑，反而竭尽全力的反驳服部的推测，之后他们在某个房间里发现了本不该出现在这里的拖把，有了这样东西，凶手的犯案手法就完全被破解了，但柯南仍然不甘心自己的这种猜测，于是他想要找到能推翻自己想法的证据，然而，事与愿违，越是深究事情就越是向自己不愿承认的方向发展，面对如此不可置信的真相，柯南又该作何选择？

柯南在从大阪回来的新干线中遇上了佐藤警官、高木警官。两人正在押送毒品的秘密贩卖者小仓。途中车内发现可疑的炸弹包裹。就在佐藤前去查看之时留下高木警官的时候，犯人小仓要求去厕所，却在厕所中用刀刺自己的腹部身亡。而在调查的过程中佐藤发现小仓血迹的疑点，并推断出这是他杀时间而非自杀。

佐藤警官推理出小仓原本逃脱的计划，柯南指认出进入厕所的关键的三人。在调查了三名嫌疑犯以及携带物品之后柯南解析出犯人的犯罪手法和遗留的证据。在“沉睡小五郎”的推理下指出了刀子方向的不自然方向套出了犯人的口误。虽然凶手一再否认，但随声携带的报纸成为了逃不掉的铁证。在罪犯逃跑的过程中被高木警官一罐子击晕，案子最终成功告破。

柯南和少年侦探团几天来一直觉得元太的举止怪怪的，便追问元太，元太说他因为目击了连续抢劫案的罪犯而正被追杀，这时从商场顶楼有铁材向元太落下来让原本以为只是元太想多了的柯南众人也认真起来了。元太声称见到连续强盗犯却忘记在哪里看到的。在不断的回忆前几天的事情之后少年侦探团的各位终于找到元太看到盗贼犯。

柯南他们接受了委托，决定去解开似乎与穿红色夹克衫的自杀者有关联的公文包之谜，在去葵屋旅馆的途中，遇见了山村刑警于是一起前往。小五郎等人到达旅馆后，却听说已经有个自称“毛利小五郎”的人先到了旅馆，不久之后却发现假冒的小五郎在自己的屋子里上吊死亡了。而在死者的随身物品中有一份过期的报纸和夹在其中的头发，在柯南的提示下小五郎解开头发的秘密慢慢接近真相。

在解开头发的假象之后警方开始全面调查旅馆。柯南推理出了犯人的犯罪手法之后提示小五郎和山村刑警发现报纸里登载的相扑战绩的秘密。之后在众人的设计中凶手露出马脚被抓现行。而犯案的动机也是因为五年前抢劫案后劫匪之间的分在不均所引起的。虽然犯人一再的否认但遗留在灯上被压在灰尘之下的指纹却说明了一切，罪犯最终承认罪行。

金泽氏由于被迷样的狙击者所威胁，委托小五郎调查。小五郎等人到了建筑师金泽氏的别墅。大家在巴比0时突然听到枪声，循声去看时金泽氏已经被杀害。毛利和警官发现了凶手杀人的机关推测犯人可能是外部人员但在柯南的调查下发现了凶手就是在岛上的内部人员。在罪证面前凶手最终承认了罪行同时道出了因为金泽偷盗自己设计而最终走上不归路的事情。

阿笠博士带柯南和少年侦探团去伊豆的海水浴场游玩，无意中听到了当地的渔夫下条和吉泽与新加入的渔夫荒卷的争吵，双方还约定晚上8点餐厅里见。但荒卷却迟迟没有出现最后被发现死在了沙滩上。在现场调查之时柯南发现船上留下的纽扣的疑点，而死者满是划痕的手机使柯南发现了犯人的真实名目，但是犯人的杀人动机又是什么呢？

柯南等也到同一个餐厅吃饭，听说与这几个渔夫相约的人在海边溺死了。伊豆海边发生了杀人事件。柯南已经确认了犯人的真实身份并利用因为泡到海水里无法确定死亡时间这个baga套出了犯人的话，面对现实，犯人最终承认了自己的罪行。因为杀死了自己的父亲而怀恨在心，最终痛下杀手。但自己的这番行为却得不到同伴的赞同发怒的凶手最终在小兰的话语中认识到自己的错误。

旅馆主人紫郎和弟弟金次迎接了来到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他们遇到了兄弟俩的父亲龙藏，龙藏的蛮不讲理让柯南他们吃惊不小，但因牛奶投递员蓝子的出现，气氛缓和许多。但就在几小时后，龙藏在自己家被人杀害了。在调查现场后柯南找出了杀害龙藏的凶手，其实就是自己的亲人，因为得不到父亲赞同和支持而疼下杀手。

柯南他们应洋子之邀去出席冲野洋子原本所属的偶像团体“地球少女”的另一位成员――草野薰和演员剑崎的订婚party。大家建议观看完薰和剑崎共同出演的电视剧后再祝福，害羞的薰就独自一人去洗澡了。但是去寻找一直没从浴室回来的薰的柯南和剑崎却发现了颈部流血、倒在了浴盆里的薰。警方也介入调查现场。

倒在浴室的薰被送到医院。因为找不到杀害她时所使用的凶器而被认为是外部人所为，柯南从写着祝福话语的彩色信纸上发现是内部人所为。在独自调查现场的时候柯南注意到大家送上祝福的祝福版上的不自然并推理出了犯人和犯人的犯罪手法。柯南单独面对犯人说出自己的推理，犯人在证据面前承认了自己的罪行，因为愧疚之前便已经决定自杀的犯人在柯南的救助下活了下来而熏也抢救成功渡过危险。

柯南和小兰被小五郎带到OK牧场在途中迷路，巧遇恰好路过的牧场工作人员后一行人终于到达牧场。。小五郎因为要看马术，到了马场便参观了起来。但是马场的装蹄师杉山突然死亡！虽然看起来是被事故但在柯南的调查下发现这其实是一起有预谋的谋杀案！虽然大楠给马喂了巧克力使马异常兴奋，但真正杀死杉山的另有其人。

少年侦探团在公园看到了可疑的男人。他们知道那个男人是为了向绑架燕秋夫的犯人交赎金的之后，来到了燕宅。原来燕财阀的孙子秋夫被人绑架了。在看了秋夫的画之后柯南发现秋夫有留下画画地方特征的习惯，寻找秋夫画里留下的讯息成了关键所在。在少年侦探团的各位的齐心协力下终于找到绑架秋夫的嫌疑犯的地方并成功救出了秋夫。

受不住母亲一再的唠叨佐藤警官决定去相亲，来到相亲地点出现的竟是白鸟警部！得知这一情况的由美让暗恋佐藤已久的高木去找佐藤。本来是准备相亲中途借口逃走的佐藤警官被激与白鸟警部约定，如果日没之前高木还没来就与白鸟结婚！将就在高木急急忙忙前来的过程中居然遇到了便利店强盗。不愿看到有情人擦肩而过的柯南决定出手帮助高木！

巧遇上新出老师的三人继续关注事态发展。在隔壁房间偷看的柯南一边看一边以新一的声音联系高木。而以日落前为约定的誓言之吻让大家更替高木担心。在柯南的帮助下，高木推理出了犯人。但在追捕犯人之后，日落也就在眼前了。垂头丧气的高木欲放弃但最终决定坚持下去。时间到，佐藤警官遵守预定但关键时刻，“高木”警官竟然出现了？

柯南，小兰与小五郎秋季去松江旅行时结识了大阪来的和歌团的5名成员。5人分别是文学家，牙医，和果子店主，图书管职员，投资家。这是一个连句爱好者的聚会。连句爱好者的各位因为抽签决定了每人所要吟咏的地方而分头行动。第二天，投资家被杀害的尸体在松江城发现，而剩下的成员全对投资家心怀恨意。

小五郎继续参加预定开始的连句会。句会中八木泽因现场遗落的自己的物品而作为嫌疑犯被捕。联句中柯南发现连句中隐藏的信息，推理出犯人但最终“沉睡的小五郎”揭穿犯人的不在场证明。原来犯人在连句的时候变写下了挑衅的“自白”连句。而不在场证据也因为隐藏在灌木丛下的摄像机而失效。而证据便是犯人的鞋子。

深夜大地震，帝丹神社的秦钱被落下的钟压下而死亡。次日早晨开始调查，但是事情好象并不那么简单。柯南他们开始在镇子内搜索。发现死者房间中头部留出的血沾染的竹杆。可能是地震之后回房时遭遇不测。在高木警官即将放弃的时刻受到柯南假扮的暮目警官的鼓励重新振作起来查案。经过分下调查高木警官揭开了事情的真相。

柯南，阿笠博士与少年侦探团在看马戏的归途中，遇上被媒体错认为霍克的的外国老人詹姆斯。柯南巧妙的解围。作为报答，詹姆斯请柯南他们吃东西，然而他去停车场却长时间没有回来。原来詹姆斯被冒充警察的一伙绑架，而这群人也把詹姆斯误认为霍克，詹姆斯陷入危机之中。另一方面詹姆斯留下了自己被绑架的信息P&D柯南是否能够解开呢？

为了救被绑架的詹姆斯，少年侦探团努力推理他留下的“P&A”的意思。步美把自己的侦探徽章留在了詹姆斯那里使众人得到了詹姆斯的锁在位置。他们还得到了佐藤警官等的帮助，向犯人发起追击。而经过推理，柯南领会到詹姆斯信息原来指的是自己被绑架到假冒的警车之中。而为了确保詹姆斯的安全，柯南众人采取了非常的营救手段。

柯南，小兰与小五郎去花乱亭餐厅用餐。邻近餐厅的大厦正好在进行拆卸，所以感觉的到震动。然而，店主花冈与妻子礼子之间不对劲的气氛。柯南他们又看见花冈为炊事与和田在争论。当晚，喜欢钓鱼的花冈在制作钓鱼工具的时候死亡。经过调查柯南推理出了凶手的真实身份。同时告诉罪犯花冈其实从来没有忘记过爱这样一个残忍的事实。

柯南，小兰与小五郎向着温泉的途中，在遭苛政君主杀害的战国武将冲滑秀友的墓前祭祀时。正巧结识了住在这里的一户人家。还听说了关于秀友铠甲的诅咒的传闻。接着那天夜里。也正是秀友500年祭日的那晚，还知道了当天也是这家人家中的父亲因工厂倒闭即而自杀，即这个铠甲原来的主人的祭日。

柯南，小兰与小五郎遇上悲剧而死的战国武将冲滑秀友传说诅咒的密室杀人事件。大门工业的社长大门源一郎与长子一树在各自的房间遇害。雪上还残留着武将的足迹。一树的遗体还穿着冲滑秀友的铠甲。小五郎在对一树与源一郎自杀推理的同时，柯南则在思考真正的凶手。在查看了炉子里残留品之后确定了凶手的身份！

服部在参加剑道比赛的时候，竟然发生了命案，死者是大学生剑道选手垂见，然而奇怪的是，尸体不知道被什么人从第二会馆仓库搬到了游泳池的更衣室，为了赶在柯南等人到达大阪之前破案，服部匆忙离开比赛会场展开调查，虽然与垂见同队的面谷、胴口、小手川和袴田嫌疑最大，但却找不到有力的证据也无法解释尸体如何移动，就在服部着急破案之时，服部的劲敌冲田上场连连击败他的队友。

为找寻更多的线索，服部向胴口询问起袴田与垂见之间的恩怨，不想他却避而不答反而找来袴田教训服部，之后他又遇到了当时在二馆外的学生，据目击人说所，案发时他们曾看到一个头戴面具，身背护具袋的人进出这里，听到这些证词之后，服部终于知道了凶手是谁以及他所使用的手法，而此时，柯南等人也赶到了比赛会场，听了警察对案情的描述之后，柯南急忙赶往服部所在的二馆仓库，却发现服部早已将凶手制服。

和叶与服部带小兰他们游大阪的时候遇到了一个特殊的旅行团，他们都是丰臣秀吉的崇拜者，因此在团队中大家都扮演不同的角色，但柯南等人却惟独没有见到“丰臣秀吉”。然而没过多久，有个人满身是火的从天守阁上坠落死亡，而此人正是旅行团中的“丰臣秀吉”，服部和柯南在尸体周围找到了碎片和一个卷轴，这时，和叶说这和十三年前发生的焦尸案一样，虽然没有什么头绪，但柯南和服部断定这一定和丰臣秀吉的宝藏有关。

就在柯南和服部调查时，小兰与和叶又亲眼目睹了一起命案的发生，死者是旅行团中的片桐，服部刚想要仔细调查，就被自己的老爸教训一番，可这反而激起了服部想要调查真相的欲望，柯南和服部根据手头的线索和嫌疑人的供词，推断出了凶手，于是两人暗中尾随糟屋到一个破旧的工厂，然而螳螂捕蝉黄雀在后，柯南被不明人士挟持，这些人到底是谁？服部能顺利找到凶手吗？

小兰的母亲妃英理为一起杀人事件的被告作辩护。担当公诉人的女士是把英理视为对手的九条玲子。宇佐美坚持杀人事件发生时什么都不记得了。英理等人到宇佐美前妻经营的酒店去调查。小五郎说事件发生时宇佐美也在店里，但英里以醉酒为理由对此抱有怀疑的态度。而在柯南的分析下英里发现40分钟的空白时间。最终小五郎是否会出庭作证呢？

宇佐美过去曾杀害过被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美对事件记忆不清，这样为案件辩护的英理看来没有胜望。小五郎虽是想证明宇佐美的不在场证明，却作为检察官方面的证人出庭。对疑点怀有疑问的柯南让小五郎作为辩护方证人再次出庭，进行了新的推理最终指出了犯人的真实身份。美真治的嫌疑终被洗清。

柯南和小兰一行人受到园子的邀请，来到山里的度假小屋吹度山庄制作巧克力，正巧碰到了准备进入森林寻找日本野狼的新闻记者二垣，但到了飘雪的时候他还没有回来，柯南和旅店的其他客人一起进入森林去寻找，然而找到的却是陈尸雪地的二垣的尸体，他脸上的血迹被人擦掉，太阳眼镜也被调整过，更奇怪的是在他的身旁还放置了亚子的巧克力。

返回旅店后，小五郎立马给警方打电话，可是雪崩将隧道掩埋，警方无法及时赶来，因此旅店里的所有人都参与到了推理当中，店里有旅客说自己曾在树林里看到了一个头戴针织帽的可疑男子，之后，实果从二垣的相机中洗出了一张带有黑影的照片，大家又一起观看了二垣死亡前一天所拍的视频，却并未发现任何古怪，这时，柯南注意到了旅店里的小狗三郎并从它的身上发现了线索。

柯南得知了整个案件的真相之后，将小五郎麻醉并把旅店的所有人都叫到厨房，他首先请出了这起案件的关键——三郎，就在大家疑惑时，屋子里又出现了一只和三郎一样的狗，柯南道出了连老板娘都不知道的隐情……解释清楚三郎的事情后，接下来就是戳穿凶手，揭示真相的时刻，凶手根本就不是森林里带黑色针织帽子的男子，相反的她就在这间旅店中，没错，凶手就是……

一个名叫护田的男子来到毛利侦探事务所。说是要找亡妻的手表，但当他听到毛利小五郎的名字时又打算逃走，此时少年侦探团的各位自告奋勇接受委托。在寻找亡妻的手表的过程中护田的房东出月在房间里看电影。突然在那个房间传来有东西破碎的声音后出月竟然被花瓶砸死！看似是外部作案的现场却遗留了众多的疑点。

柯南众人手表虽然找到了，但在护田家看MP4电影的出月被杀害了。柯南确信护田就是凶手，在调查了录影带机附近之后终于找到犯人利用录影带机而用花瓶砸晕出月的事实。而与此同时警局内有关毛利的卷宗全部被翻阅过的事实让柯南惊觉自己是不是被黑衣人组织再次盯上了。在解决时间之后柯南匆忙回到事务所发现屋内空无一人原来只是虚惊一场。

小兰在英语课上开小差后被老师朱蒂发现，看到了『×』的标记，但却不知其意。放学后，园子同朱蒂与柯南一起去咖啡店。突然大厦内停电，咖啡店边的电梯发现男性的尸体。是谁被杀了，而在死者随身带着的资料带上有用血书写的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示吗，柯南发现死亡信息的不同之处，是否解开了死亡信息的谜题？

在电梯边被杀的中条写下暗号『○×△』。还有一个文字是在杀害现场的电梯踏板边的『□』。柯南从英语老师朱蒂的话中得到启发，在调查死者的工作场所之后发现碎纸机的存在从而推理出死亡信息的真实意义。原来死亡信息很像是文字的部分，像记号般的文字。而在对照目暮警官拿着嫌疑犯的名单之后很快找到了凶手！

在公园与照顾猫的老奶奶大森静结识的柯南他们，次日按约定来帮忙。但是，静没有出现，好象从前天起就没回过公寓的样子。为此担心的柯南他们由于静打理家务的女仆人的阻扰而没能进静的家得到线索。就在一愁莫展之时，带着老婆婆丝巾的猫布鲁斯出现在柯南他们面前。柯南推断出婆婆肯能被他人绑架，少年侦探团开始解救婆婆的任务！

柯南在新出医院遇到的老先生说了一段让人匪夷所思的鬼怪理论，为了探求真相，柯南等人来到了这栋有鬼出没的公寓，在其旁边还有一栋因人自杀而停工的公寓，正前方的公园也曾现过一具女性的焦尸，这些传闻听着就叫人毛骨悚然。当晚，大家在老先生的房中等鬼出现时，却不知不觉都睡着了，恍惚中，电视自己打开并出现了恐怖画面，而马桶的水也突然变成红色，窗外还出现了鬼影，难道这栋公寓真的有鬼？如果这一切都是人为，那么他又有什么目的呢？？

为调查鬼屋真相搜集更多的线索，柯南和小五郎一起对这栋公寓的其他三位住户进行询问，四谷和番町的房间里都摆满了各种恐怖碟片以及会发光的鬼怪塑像，而另一位叫牡丹的研究生则是名绝对的无神论者，调查期间，总有飞蛾围绕在他们身边，这让柯南灵光一现，没错，这些恐怖现象确实是人为的，并且这还与四年前那具死在公园里的女性焦尸相关，而凶手就是他！

柯南他们与正在公园找寻东西的高木刑事相遇。原来他在这里调解吵架后，不小心把遗失了警察手册。高木刑事调解的当事人之一是无名的歌手半崎，好象就住在公园附近。柯南他们分头找寻半崎，却不见他人影。正要放弃时半崎在公园里出现。柯南众人发现半崎的疑点，在侦查推理之后众人救下了显遭杀害的杉山。高木也找回了自己的警察手册。

警察局的小五郎案件调查被盗。迷般的黑色神秘组织也许就在附近。柯南怀疑杯户市酒店也许还有皮斯克的同伴，收集情报的美国女演员克丽丝。同时柯南与平次为刺探可疑的外国女性、英语教师朱蒂的情报，一起去朱蒂的家里。就在这时从公寓上有名男性坠楼。就在暮目警官准备以自杀事件结案的时候平次指出了他杀的证据。

怀疑小兰的高中英语教师朱蒂是黑衣组织的成员而拜访公寓的服部平次与柯南，遇上朱蒂隔壁房间的主人高井坠楼摔死的案件。确信密室状态的卧室从窗户坠落的高井不是自杀而是他杀的两人，在卧室调查中的平次接到和叶从大版打来的电话而明白犯罪手段的平次加上高井留下的证据。两人向目暮警官建议在卧室重现案发。

柯南与少年侦探团与阿笠博士去看足球比赛。在归途中，遇见在看电视转播其他比赛的赤野，他毒骂比赛中转会而遭观众嘘声的选手。赤野是上了看球黑名单恶名昭着的狂热不良分子。然而这个赤野在支持者混杂的电车内被杀害了。在柯南等各位少年侦探团的帮助下警察很快排查出了主要的嫌疑人。而就在此时灰原却默默的走离人群？

在柯南与少年侦探团的孩子们及阿笠博士看比赛归途的电车内，支持者赤野被杀。犯人确定在3个人之中。却没有决定性的线索。柯南从哀收看的比赛转播中得到提示，看穿了犯人的谎言。并揭穿了犯人其实没有看比赛只是通过广播收听比赛过程的谎言。而犯人也道出了为被赤野杀掉的弟弟报仇的动机。而此时柯南发现灰原远离人群，追过去后只看到列车奔驰而去？

元太、光彦、步美目击杀人事件。3人看见犯人要乘坐轻型卡车逃走，便潜入卡车跟踪并听见挖掘洞穴及埋东西的声音。次日，柯南与小五郎造访卡车的所有方的仓田运输，开始调查。在调查之后众人并没有找到可疑的地方，之后柯南提议首先找到凶手隐藏尸体的地方，在不断的寻找之后少年侦探团的各位终于找到藏尸的地方而正在这时凶手出现，在众人的齐心努力下，凶手终于被制服。

柯南、小兰与小五郎因车子没油了，得到木山家具社长马岛的款待。社长家的宅院每天会流三次水的组合石庭。在去客厅的途中众人偶遇马岛与下属发生冲突的一面。这天木山家具为了纪念1号店，聚集了众多相关者开宴会。而从设计石庭的前社长的儿子、木山智则开始，出席者仿佛都记恨马岛。清晨突然发现马岛社长死在了石庭的中央！

在木山家具社长马鸟宅留宿的柯南他们，在他自傲的石庭中部发现横躺着的被绞杀的马岛社长。犯人恐怕在出席晚餐的4人中。但是，如何不留足迹将尸体运到庭院中部？此时小五郎说他已经明白了，但实验失败，理论不成立。在调查了摄影展招待卷后柯南推理出犯人的正式身份和犯罪手法来。在不容质疑的证据面前凶手最终坦白了罪行。

带着小兰抽到的一张餐饮招待券，柯南一行人来到中华街的一家餐厅，并在那里与刚结识的几名电影相关人士同一桌吃饭，只是没有想到坐在柯南旁边的川端突然毒发身亡，之后，警方介入调查但并未从川端的衣物上检查出毒物反应，反而从他使用的盘子和毛巾上测出毒物，警官便因此怀疑坐在死者身边的小五郎。而另一边，身体不适的小兰也不知所为何事而心事重重。

就在警方和小五郎集中精力思考凶手是如何调换毛巾时，柯南却重返饭桌，回忆当时自己为拿酱油和辣油转旋转桌面时的场景，这时他突然想到或许凶手根本就不是用有毒毛巾杀人的可能，在向鉴识人员确认了自己的想法后，凶手浮出水面，他让所有人都按照案发时的位置做好，并重现当时的场景，而凶手却在不知不觉间自己露出了马脚。

解决了横滨中华街的命案之后，小兰突然倒地不起，在发高烧的情况下想起过去碰到的命案。那是与新一去纽约时发生的事情，有希子带他们两人一起去看话剧，在剧场门口与明星莎朗汇合后，大家一起去参观开演前的舞台陈设，不想这时却发生了意外，盔甲服装从天花板上坠落，而其中一名女演员却无法躲避，危机时刻，小兰挺身而出。

幸运的是两人都没有受伤，演出也能顺利进行。然而，就在大家惊讶于华丽的舞台和逼真的场景时，烟雾缭绕剧场内却发生了命案，死者是话剧的男主角，案发时，新一立刻跑到舞台上并在那里发现了手枪和空弹壳，之后又想起了出现在舞台上的红色瞄准线，但他却不认为凶手是从观众席杀人，反而肯定凶手当时就在舞台上，而嫌疑最大的就是和男主角纠缠不清的四名女演员。

之后，新一又对舞台重新进行调查，并注意到了舞台的活动机关，如果利用这个的话凶手及其犯案手法都不难推断，他将事情的真相告诉有希子，由她揭穿凶手，然而，在凶手被警方带走前却说了一句让小兰很介意的话。案子结束后，小兰不小心弄丢了莎朗送给她的手帕，没想到两人找手帕的时候遇到了……

光彦暑假没有来做广播体操，柯南他们造访光彦家，得知光彦一早就出去一个人去野营。实在没有理由来解释光彦的单独行动。柯南他们一路上问过去，才知道光彦搭乘巴士与电车来到群马县的一个小站。而且似乎是进入了森林。柯南他们用追踪眼镜开路，却遇到了群马县的警察他们。柯南他们得知之前连续杀人犯沼渊己一郎也逃到这个森林中，不由得为光彦担心起来！

追踪光彦而来到群马县山中的柯南他们，得知一名连续杀人犯逃入了同一森林中。沿着小河走的光彦与推理中的柯南用侦探徽章呼叫他时，光彦被杀人犯逮着。哀告诉柯南沼渊原来是组织的成员。柯南正要告诉哀光彦来此的目的时，光彦的徽章声音迫近了。终于在众人找到光彦的时候惊讶的发现他和光彦在一起！原来两人都只是为了来看萤火虫。

电视台为了举办一场东西推理大对决，便邀请小五郎和服部一起来冲绳岛。之后大家与电视台的工作人员事先搭船到发现不明男尸与诡异文字的无人岛，考察完毕准备返回时，却在海滩上发现了被不明人士杀害的工作人员之一平良小姐，而在她的身旁还留下了一行让人不快的字句，就在服部和柯南进行推理时，送他们来的船只和船长也消失了踪影。

无法渡海，大家只能暂时待在镇长家的废弃别墅里，然而干坐在这里等救援还不如对这栋房子进行一番调查，于是 ，大家就分组行动，柯南和服部等人在一楼的房间里发现了镇长和他女儿的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然间，二楼传来惨叫，久米不知为何在看到镇长女儿的肖像油画后就变的很反常，这时，救援船赶来，可船上却只有一具船长的尸体和一行字句，事情变得越来越奇怪了。

和叶与小兰在厨房找食物的时候，柯南和服部也出现在那里，并且两人又在椅子下面发现了奇怪的名字，绞尽脑汁想要破解这些文字含义的柯南与服部两人却因为和叶无意中的一句话而茅塞顿开，虽然知道了凶手是谁，但却找不到决定性的证据，于是二人设下圈套让凶手自投罗网，一切都按计划进行，凶手果然有所行动，可他却不知道等待他的是两名侦探！

参加网球比赛的柯南他们来到熊本县。市内观光的途中，园子捡到一部手机。手机的画面上是“想要遇见那个孩子”的短信。园子与小兰得到与园子同名女子的恋人的帮助，带着手机出现在咖啡店。小兰无意中听到两人的危险谈话被绑架，而在小兰打来的电话中柯南他们开始进行调查决心已定要组织这场谋杀！

出席熊本网球大会的柯南他们，大会当日小兰被诱拐。柯南回想小兰电话中内容判断出小兰现在咋横滨并在获悉园子所拾到的手机中接收到的两条短信的内容后，知道内容来自仓库。在救出小兰之后众人发现立川的目的。颁奖典礼上立川果然当中刺杀成增先生。在来苑子的说服下，最终立川放下手中的刀，放弃了这种极端的复仇之路。

小五郎、柯南和小兰接受工务店社长河井的款待，来到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外一位客人山崎后，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他们一边欣赏着对岸的夜景与焰火，一边品尝美味佳肴；而河井与山崎则在船头钓鱼。热衷于钓鱼的山崎脱去衬衫，摆出跑步的姿势，赤脚握着钓鱼竿。。烟火大会第一部结束，夜空变黑的时候发现倒下的河井与山崎。河井尚有意识站起，而山崎则触电死亡。

妃英理律师与号称美女检察官的九条对簿公堂，本案的被告入室盗窃被屋主发现，当他们扭打的时候，被告人不慎失手将屋主杀死，但九条却认为被告是蓄意谋杀，甚至想以强盗杀人的罪名让被告入罪，面对咄咄逼人的检察官，妃英理势必会陷入一场硬战。为帮助妃英理，柯南和小五郎前往案发现场重新调查，他们竟然在这里发现了一条关键线索。

从现场调查回来以后，柯南已经知道了凶手的犯案手法并且还找到了决定性的证据，万事俱备，柯南用花言巧语让小五郎做了特别辩护人，开庭前柯南还在妃英理面前重现杀人手法。妃英理和九条的对战再度打响，柯南本想让小五郎自己发挥，可他却越帮越忙，于是，柯南以惯用手法将他麻醉，在法庭上揭露真凶。

柯南和小兰跟着小五郎来到关门海峡，还在这里认识四个高中时代就是同学的年轻人，没想到第二天，他们的另外一名高中同学真尾被人发现横尸关门桥下，起初警方怀疑凶手就在与死者见过面的那四名同学中，然而他们都有不在场证明，侦讯过后四个人都摆脱了嫌疑，但柯南却发现了破绽。

虽然他们四人都有不在场的证明，但警方和小五郎仍然对他们保持怀疑态度，并前去他们当时所在的唐户市场、唐户栈桥和海响馆逐一进行确认，就在小五郎自认为推理出整个案件时，野岛荣子却跑去警局自首，她将自己杀人的过程和动机一五一十的坦白，随后她的三位朋友赶到，为了友情他们又曾有何行动？真正杀死真尾的人真的是野岛荣子吗？

少年侦探队这次在阿笠博士的带领下欣赏精神队的游行队伍，没想到巧遇便衣执行任务的佐藤警官，因为警政厅收到一封反精神队球迷的警告传真，预言这场游行将有意外发生，所以警局才会派警员混进游行队伍进行调查，首先出事的是高木警官的车，之后，大家一起查看光彦在炸弹附近拍摄的影像，就在这时，又发生了一起爆炸事件。

爆炸接二连三的发生，必须要快点抓住歹徒，于是少年侦探队又仔细看了一遍录影带，然而依然没有任何收获，柯南不得不重新思考并试图去揣摩歹徒的心理，这时，他好像突然想到了什么便冲出警局直奔光彦当时拍摄时所站的邮筒，确定了自己的推测后，柯南让少年侦探队找到附近其他的邮筒，这起爆炸案到底和邮筒有什么关系？

少年侦探队在调查连续闯空门事件的时候，一幢公寓里突然传出女声尖叫，原来这名叫细野的小姐在买回来的二手沙发里发现了一具女尸，警方怀疑是她就是凶手，但细野却有不在场的证明，这时，她的邻居德永先生刚好回来，他说昨天听到细野房中有争执的声音，为搜集更多线索，高木去了那家二手家具店调查，得知那个沙发其实是从细野家附近的垃圾堆捡到的，一切又回到原点，就在大家一筹莫展时，光彦说他知道谁是凶手……

震撼警视厅 1200万人质 (之一)佐藤警官回忆起了三年前发生的事情，当时她所在的搜查科来了一位叫松田阵平的警官，在目暮警官的要求下，她便常常和松田一起行动。某日，警局再次收到了连续三年都在这一天发来的传真，看过内容后，松田不由分说的赶去摩天轮，并在那里发现了炸弹，为给四年前因炸弹而死的朋友荻原研二报仇，他只身犯险，却不幸殉职。这时，柯南他们的声音打断了佐藤的回忆，一起吃饭的路上又遇到了高木和白鸟警官，岂料悲剧再度发生。

白鸟警官的车突然发生爆炸，所幸他并没有当场死亡而是被立马送去了医院，在他的手中，佐藤警官还发现一封和三年前相似风格的挑战书，为了寻找炸弹，警察在慌乱中展开调查，柯南也从佐藤警官那里得知了，这个爆炸狂与警察的渊源，七年前警察和两名歹徒产生了误会，而导致其中一人出车祸死亡，于是这名活下来的歹徒便安放炸弹报复警察。

少年侦探队为帮白鸟警官报仇，坚持留下来和警察一起进行破案，根据歹徒留下来的警告信，警方认为炸弹就安在红色的电车上，可是费尽力气找到的全都是用来混淆视听的假炸弹，如果找不到炸弹,住在东京区的1200万居民都将成为人质，柯南再次仔细琢磨这封警告信，发现歹徒所指的地方就是东都塔，并且那里也已经发生了一次小型爆炸。高木警官和柯南冲入东都塔，成功将困在电梯的女孩解救，但他们两人就没有那么幸运了，柯南发现装在炸弹上的水银汞柱已经启动！

因为歹徒在炸弹上装了窃听器，可以听到他们的一举一动，只要他们一逃走，歹徒就会马上引爆炸弹，于是，柯南建议将炸弹拆除，期间，他突然想起了关于另外一枚炸弹的线索，便和高木警官稍作商量，为正在窃听他们的歹徒演上一出戏，眼看炸弹上的时间一点点流逝，柯南和高木警官能否瞒过歹徒安全逃脱？而另一边，目暮警官在天桥上将爆炸狂逮捕，他是如何得知歹徒的位置，又是根据什么推断出另外一枚炸弹的位置呢？

小五郎受到一出推理剧的邀请负责前言部分的讲解，巧合的是他在这里与他的国中同学，当前的大明星雨城瑠璃再度重逢。片场的侦探演员风见良辉，总是恶语伤人，把每一个人都搞的很不愉快，于是，导演建议大家先休息三十分钟，此时正好下起了大雪，瑠璃邀请大家外出赏雪，可是没过一会儿，别墅内传出了瑠璃惊恐的尖叫，柯南等人急忙赶去，看到的却是倒在血泊里的风见，警方赶来后对波原霞、南云晓、南云伸晴和雨城瑠璃这四名最有嫌疑的人进行了搜查，然而却并未发现凶器。

为了找到凶器柯南再次返回案发现场进行调查，并要求重新查看嫌疑人的证物，这时，他注意到了贴在地板上的走位标记，并在这些胶带下面发现了棉花，这些线索无疑让他知道了凶器的位置以及凶手的犯案手法，正当他准备麻醉小五郎时，却发现麻醉针已经没有了，他只能直接给小五郎提供线索，没想到小五郎竟然单独找瑠璃谈话，难道他怀疑瑠璃，所以要劝她自首？

毛利侦探事务所来了三个委托人。要求调查失踪的着名的系统工程师板仓，三人是不同游戏公司的职员，受板仓委托开发各自不同的软件。小五郎根据三人发来的邮件里的画像，找到了宾馆的房间，但是，和委托人一起去的时候发现板仓已经死亡。在柯南的提示之下暮目警官发现了板仓被绑的真相并判断此次事件为他杀事件！

小五郎受委托调查游戏软件工程师板仓死亡。目暮警官断定是心脏病发作的杀人事件。小五郎怀疑三名委托人是嫌疑犯，但没有证据。柯南为了得到记录着黑色组织线索的被害者日记磁片，急于解决事件。但一直没有机会。而在案件调查方面最终在看到不自然的围棋盘之后柯南得知死者留下的死前讯息并指出了凶手的所在。

柯南和阿笠博士从板仓的日记磁片中果然找到了他与黑暗组织接触过的线索，这让柯南兴奋不已，于是两人立马赶往板仓的别墅，企图找到板仓所开发的系统软体和黑衣组织发来的邮件，然而，让他们没想到的是，邮件竟然有密码，如果在一定时间内没有打开，邮件将自动删除，而这将引起黑衣组织的怀疑，这时，屋内的电话响起，从另一边传来沃克质疑的声音，柯南和阿笠博士该如何应对？

如果电话一直没人接，黑暗组织必将有所行动，于是柯南拿起电话利用变声领结和沃克商量交易的时间和地点，将交易时间提前之后，阿笠博士和柯南立刻开车返回东京，不料车子居然爆胎，就在这时，路上驶来一辆车，搭上顺车的柯南发现车里的一男一女很是古怪，疑似新闻里所说的珠宝大盗，途中，他们还遇到了群马县警察临时检查，不过柯南并没有揭穿他们，难道柯南就这样让他们逃脱警方的追捕逍遥法外？

眼看车子马上到达贤桥车站，但与黑色组织接触之前，柯南还要先处理一件事情，那就是揭穿车上的这两名珠宝大盗，将他们制服以后，柯南让阿笠博士报警，而自己则只身犯险进入车站，他将碟片和支票都放在储物柜里，自己躲在一边暗中观察，当沃克拆除碟片时，今恩出现，他看出了柯南想要收集他们指纹的目的并推断出他就在附近，于是便开始寻找，只听两人脚步渐渐逼近……

步美有个朋友答应送给她豪华的七段装饰人偶，因此步美约柯南等人来到此人家中。正巧同幢公寓里住的津曲水贵与古董鉴定师三重芳春也来到这户人家，希望主人能转让一幅价值数千万的壁画。女主人观野节子和继母弥生拒绝了2人的请求，但就在主人外出后，那幅壁画失窃了。在警方的调查下少年侦探团的各位发现了现场的些许的不自然的地方!

在听取了观野家主妇节子与她的婆婆弥生、以及事件前刚刚到访的津曲水贵和三重仿春4人的供词之后。柯南从女儿节人偶的排列方式上发现了事件的真相。在柯南的解说之下大家终于找到消失掉的卷轴。而藏起这个卷轴的正是老婆婆。她告诉众人这幅卷轴的由来以及自己为了孩子卖掉卷轴的事情。而诅咒的卷轴的谣言也最终不攻自破了。

柯南、小兰、小五郎等到小天狗山远足，目击了在山顶管理事务所工作的平井高也从山崖上掉下来。他们急忙到崖下去看时，平井已经死亡。同事务所工作的近藤英一郎说本来应该是自己去的，为此泣不成声，警方打算按照事故处理，柯南却发现这不是突发事故而是一起杀人事件！而在调查之后柯南也发现了凶手的真实面目以及犯罪手法！

小五郎受邀带着柯南与小兰造访知名画家早河静山的别墅。他的地址黑木次郎拜托小五郎激励自杀未遂的静山。次日，小五郎等留下静山和黑木去海边钓鱼，而佣人山本典子联系他们说静山留下手书失踪了。很快，在竹林中发现了静山的遗体。发觉自杀有可疑之处的柯南剖析事件真相发现他杀的证据和犯人的真实身份！

小五郎带着柯南和小兰到东都国技馆观看无敌假面角斗士狼人的竞技表演。之后柯南他们在会场上遇到的大神敬晴知道狼人的实际身份。但是，就在比赛开始前，突然发现了狼人的对手永濑豹太被刺杀后的尸体。而在凶案现场发现了隐形录像里录下了凶手的样子！戴着面具的凶手的通过体型的判断被确定为四个人人之中。

但是覆面角斗士狼人的对手永濑豹太在休息室被发现。从犯罪时拍摄下来的录像带里目暮警部判定以狼人、牛込严、佐熊浩之、野狼4名角斗士为嫌疑犯进行询问。另一方面，柯南看到录像带里拍到的犯人的后脑，注意到不自然的地方并由此推断出了凶手的真实身份。而正因为对于面具的不适应暴露了凶手的真实身份。录影带里的证据面前凶手最终承认自己的罪行。

在从伊豆回来的路上，因为小五郎的车子出了故障，柯南等人借住KURON健康器具公司的山庄。而此时，山庄里的3人正在新制品药物社内研究的关键时刻。第三开发部部长平松正树的制品马上就要被采用了，然而社长梅谷四郎被刀刺伤，并平松也遭遇车祸身亡。看似事故的现场柯南却有着不一样的看法。

平松正树刺杀了社长梅谷四朗，在乘车逃走的中途坠下悬崖死亡。警方判断为事故，柯南却确信此为杀人事件。看到梅谷被平松刺杀时的录像带后的柯南发觉了某种奇妙的违和感，在调查停车场后发现了一些奇怪的痕迹后解明了事件真相。在“沉睡的小五郎”的推理中犯人最终承认了罪行。

古装剧小说家月形龙太郎的弟子久坂雄一绞死的尸体在公园被发现。以前接受过月形的取材采访的毛利小五郎怀疑跟久坂争夺弟子之位的猿桥胜。但是很快猿桥的不在场证明就得以证实。在柯南拼命思考的时候，月形的着作上“逆转接着逆转”的文字跳入眼帘。这时终于注意到不在场证明的柯南将有关者聚集起来解明真相。

柯南去看望同学片冈纯，结果被人误认为是纯而遭到绑架。很快，绑架犯吉泽正向纯的父亲片冈茂电话要求赎金3千万圆。并且指名交付赎金的必须是片冈的再婚的对方江崎幸子。吉泽在公园得到放有幸子送去的赎金的蜂蜜便当，乘轻四轮车逃走。但是，在警察的追踪中，车子突然消失在隧道里！

被误认为同学片冈纯而遭到绑架的柯南成功的从废弃建筑的地下室逃脱回来。在不断的观看录像带之后高木警官发现了车辆忽然消失的手法。很快绑架犯吉泽正发现被绞死在停在停车场的轻型四轮车中，在搜寻同伙的时候江崎幸子成为了重要嫌疑人。而在柯南的推理下真正的绑架同伙浮出水面。在佐藤和高木警官的协助下犯人终于被捕。

平次和和叶子预定来找柯南，但到了预定时间还没有出现柯南他们很担心。小兰突然想起了服部说过要和一个叫楠川的侦探见面。不久柯南他们在楠川的公寓找到线索后来到律师伊藤美沙里的家里。但是伊藤却声称平次他们的事自己完全不知情。但此时服部和和叶正被关在他家的房顶里，原来伊藤的目的是为了逼迫平次解开放有自己偷税证据的银行保险箱的密码，平次和叶子是否能够脱险？

平次和合叶被恶毒的律师美里沙关了起来，并强迫服部来解开楠川侦探留下的一句暗号。另一方面柯南虽然在掌握了平次他们的行踪，但因为找不到只好找了家饭店吃午饭。突然平次打了一通电话过来，要求帮忙解暗号密码，但柯南发现了暗号密码的异常。此时，服部也为美里沙解开了暗号的谜题，而柯南也成功解除谜题并报警解救出平次和叶子。

平次，叶子终于安全到达小五郎的事务所，五人在吃饭的时候说道最近都内发生了连续发火事件，现场总会留下红色的马的人偶。次日，柯南等人造访委托他们的诸角宅邸后亮子也以可能是自己多疑了为由放弃了委托。而在柯南他们监视的过程中遇到了风水师曾我和亮子的冲突。就在柯南众人回去之后又再次发生了火灾而地点正是亮子的住处。

柯南等人在警视厅鉴证连续发火现场遗留的红马现场照片，发现其中1张红马上有“兔”字，由此推出“红马”是三国志中出现的赤兔马。另一方面，古董品店长玄田隆德到访诸角宅，由于他打算送给诸角亮子的塑像是骑乘着赤兔马的关羽，玄田的名字引起了搜查线上的注意。在一系列的推理调查之后玄田被捕了，但柯南和平次却发觉了这其中的异样。最终在柯南和平次的联手调查下犯人的真面目慢慢浮出水面。

玄田宅招供自己就是犯人。柯南、平次和弓长警部在玄田家里发现了窃听器。而且从诸角亮子手上紧紧抓住的坐垫上找到了更有力的物证。在向诸角明和曾我操夫、权藤系子报告了搜查的结果之后的晚上，玄田家里出现了三个人神秘的身影，而凶手和纵火犯的真面目也终于揭晓。而凶手利用连锁纵火案来杀害亮子的手法也水落石出。

为了庆祝由贵的朋友泽口圭子的生日和留学而召开了庆祝派对，小兰，柯南和小五郎也被邀请参加。除此之外参加者还有圭子，还有富坚顺司和野中一树。但是在派对开始不久，喝下葡萄酒的圭子却突然倒下！警方在检查圭子的酒杯后发现毒药，而下毒的方法却成了谜题。柯南在充分调查之后最终发现了犯人下毒的手法。

柯南他们少年侦探团坐阿笠博士的车去野营。在那里认识了4个户外同好会的大学生。晚上他们中间的泰美却不见了。柯南他们为了寻找泰美而来到放烟花的高台，但在途中撞飞了落下的栏杆。到达高台后仍然不见泰美的踪影，在回来的路上，却发现了倒在路边的泰美遗体出现在街上。虽然看似事故的现场但在高木警官的提醒下警方最终确定是他杀事件！

警察在调查玲治、拓人、晴华的时候，柯南发现野营车的敞篷车顶黏着血迹，之后柯南在现场附近找到了带血的塑料布，虽然查明杀人的诡计却没有办法确定犯人是谁。而在观察三名嫌疑人之后柯南最终确定了犯人。而在确凿的证据面前，凶手最终承认了罪行，并道出了因为不满以金钱玷污了友情的泰美而最终杀害她的事实。

受园子的邀请，柯南、兰、小五郎到轻井泽游玩。因为在森林中迷了路，所以决定在山里的一轩家借宿。在那里，遇见了白天见到的网球教练明石宽人。但是，夜里，却发现了宽人的父亲岩夫上吊的尸首。在柯南的提示下，警官也发现从尸体嘴里留下的不正常血迹。之后众人还得知了石明三年前妻子去世的事情。而明石身上的疑团也越来越多。

警察虽然推断岩夫是自杀，但柯南却发现了众多的疑点。而从尸体嘴里流血的事实，灯绳上可疑的绳结和小兰的叙述中柯南最终推理出了犯人的犯罪手法。但是，就在柯南要揭露凶手的关键时刻却因为感冒不能发声了！没有其他办法，柯南通过不断的比划的猜谜来引导众人来寻找凶手的线索，最终犯人的身份揭晓。而凶手也承认因为妻子的遇害而杀死被害者的事实。

藤枝干雄收到暗杀的威胁，为了阻止暗杀找来了小五郎，而委托的酬劳竟然是1千万日元！但在事件解决之前小五郎居然用掉了五百万日元，之后因为无力阻止暗杀，最终分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同时到达那里的还有柯南的母亲工藤有希子！而此时通过监视器众人发现独自在房间里的藤枝竟然倒地不起！冲过去之后发现藤枝干雄已经死亡。

藤枝干雄被杀，虽然家中每个人的反应有着微妙的差别，但却都有不在场证据。在警方的调查之后，在妃英理和有希子的推理下判定为内部作案。而在有希子询问了园丁土肥之后众人又发现了新的疑点。在父亲工藤优作的暗示基础上，柯南了解了凶手作案的手法，而最终有希子在柯南的帮助下揭开了事件的谜底。

少年侦探队为了看电影假面剑客的试映会，在有希子的带领下来到东都现象所，可是由于某些原因，预定的试映时间必须向后延长，而有希子又要赶搭飞机先行离开，因此柯南等人就暂时留宿穗岛先生家，没想到的是在客厅沙发上睡觉的古村先生被不明人士用刀子刺向了心脏，当场身亡。

这件凶案的最大疑点就是，凶手从这个乱七八糟的黑暗房间逃跑的时候，居然没有发出任何声响，而且门锁也没有被破坏的痕迹，由此看来，睡在死者身边的穗岛嫌疑最大，可穗岛却说唐田和根上也都有这间屋子的钥匙，于是，警方找来这二人进行侦讯，得知案发时两人都没有不在场证明，既然如此，嫌疑犯就有三人，这时，警方发现死者身上少了一颗纽扣以及地上的摄影机，查看过影像大家仍未发现有何异常，而那颗不翼而飞的纽扣就成了破案的关键。

柯南、小兰、小五郎在吃完法国料理后回家的路上，碰巧看到了在西须三田车站的吵架现场。而之后那个中年男子在争斗中从站台掉下下去当场死亡。根据目击者以及当事人的证词警方都认定是意外，但只有柯南注意到了隐藏在意外背后的不自然的地方，而在调查了犯罪现场后柯南终于揭开了案件的真相。而凶手也承认了因为女朋友遇到车祸而报复杀人的事实。

柯南和阿笠博士带着发着高烧的哀去了在东都百货里的医疗室。在那里的地下停车场里柯南认识了四辆保时捷的主人们。四人同乘了一辆车来打高尔夫球，但是其中一个人喝得烂醉，于是其余的人就把他留下去了进了百货商店。不久却发现了醉酒男人被勒死的尸体。而柯南也因为偶遇电视采访而陷入暴露身份的危机之中。

为了送灰原去看病的柯南和阿笠博士，在东都百货商店的地下停车场里遇到了杀人事件。被害者是和另三位拥有保时捷车的朋友打完高尔夫回去途中遇害的。目暮警官对这三个人进行了询问后发现三个人在案发时侯都有不在场证明。但是看到三个人的保时捷车内的照片后的柯南发现了事情的真相。借助园子，柯南向众人揭露了事件的真相。而两名神秘也似乎找到了灰原所在之处？！

发烧的小哀醒过来发现阿笠博士倒在了电脑之前，正当小哀以为教授被黑衣人杀害的时候发现只是误会。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜访了哀的父亲宫野博士的朋友出岛。他们认为他可能多少知道一点黑暗组织的以及哀父亲的行踪，但是出岛也已经30多年没和宫野博士碰头了。但是就是最近宫野博士女儿明美曾来拜访过，正当柯南，小哀寻找明美留在这里的物品时出岛却意外死亡！

阿笠博士带着柯南和哀拜访了哀父亲的儿时的玩伴出岛。但就在这时出岛却被毒死！小哀担心可能是暗黑组织发现了姐姐留下的东西而杀人灭口，但柯南予以否定并道出了凶手利用厕所的抽纸而实行的杀人计划，而凶手正是设计所的设计员。案件解决后小哀终于拿到了姐姐留下的妈妈的遗物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行动。

受园子的邀请，柯南和小兰为出席大贺财团继承人大贺真哉的结婚酒宴乘新干线来到了豪斯登堡。在途中柯南一行人遇上了做玻璃小酒杯的员工高桥纯一。但是在第二天的结婚仪式前，放在新娘的化装间里大贺家传家宝红宝石戒指却失踪了！而新娘香取茜草也不知道被谁绑架，在一系列侦查之后柯南终于发现了犯人的真正目的。

小兰去找新娘香取茜草时，却发现休息室内空无一人，于是柯南和小兰等人分头行动。根据那张绣球花的照片，柯南在喷泉的雕像上找到了丢失的红宝石戒指，可是茜草依旧不见踪影，小兰和园子在风车木屋附近找到了茜草的一只高跟鞋，便断定她一定是被人绑架了，这时，时钟响起柯南听出了其中的怪异，便循着声音找到了茜草，可茜草却说真正有危险的是阿妙婆婆……

朱蒂准备辞去学校英语老师工作回美国。小兰和园子为朱蒂举办了送别晚会，在去找中学同学七川的时候却发现她正被打工的便利店里的训斥。为了洗清朋友小偷的嫌疑，小兰她们开始寻找没有留下一点痕迹的小偷。但是从监控录像和店长的证词中都没有小偷的踪影，而店长也准备把七川送到警察局！

正当小兰她们陷入困境的时候新一却打来了电话，小兰在电话里说明了现场的情况并指出有三个奇怪的客人借用过便利店的厕所。但是，货物不见的那天，按规定只有七川值班。在新一的引导下小兰确定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店长以偿还偷盗物品为由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

与黑色组织面对面 满月之夜的两起神秘事件(之一)小五郎收到了一个署名Vermouth寄来的万圣节宴会邀请函，其中还附有一封奇怪的信件，而另一边，工藤新一也受到了同样的邀请，可其中的信件却是寄给柯南的，这或许与黑暗组织相关，虽然灰原极力阻止，但柯南依旧坚持前往。宴会当晚，各种“鬼怪”齐聚一堂，小五郎，园子以及木乃伊、美杜莎、狼人、钟楼怪人被分为一组，自称是工藤新一的隐形人也加入了他们，在幽灵船船长的主持下，疯狂的恐怖宴会正式开始！

与黑色组织面对面 满月之夜的两起神秘事件(之二)灰原一人在家等新出医生接她看病的时候，茱蒂老师居然出现在门外。另一边，幽灵船上的宴会刚开始，船长就被不明人士用十字弓射杀，而在他的胸前还出现了一张恶魔牌，在对工作人员进行询问之后，小五郎认为凶手就是与自己一组的但将恶魔牌遗失的木乃伊，以此同时，和小五郎同组的隐形人独自一人展开了调查，并且还发现了不少线索，他利用广播将船舱内的客人叫的甲板，在揭秘凶手及其犯案手法之前，他拆掉了自己的伪装……

与黑色组织面对面 满月之夜的两起神秘事件(之三)卸掉伪装后，工藤新一出现在满月之下，在众宾客吃惊之余，他也开始了对整件案子的推理。他首先排除了木乃伊的嫌疑，并利用搜集来的线索一步步的将真凶以及他的手法公之于众，没错，凶手确实与小五郎一组，他就是……另一方面，看到灰原被茱蒂带走，新出医生便尾随其后，车子一直开到码头，茱蒂下车揭露出他的真实身份，而这个人就是寄信给柯南和小五郎同时也是她杀父仇人的蓓摩特。

与黑色组织面对面 满月之夜的两起神秘事件(之四)真相大白之后，凶手却说都是蓓摩特逼他杀的人，然而不论何种理由都不能洗刷他杀人的事实，当大家都还沉浸在推理中，工藤新一却再次揭掉了面具，此人的真正身份竟然是服部平次！而还在码头对峙的茱蒂与蓓摩特也都采取了行动，原本处在上风的茱蒂却被身在暗处的蓓摩特的同伙射伤，局势发生了扭转，就在蓓摩特举枪灭口时，柯南出现……

与黑色组织面对面 满月之夜的两起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受伤，蓓摩特的枪口指向灰原，千钧一发之刻，一直躲在后车厢的小兰突然冲出来，紧紧抱着灰原，面对这种意想之外的状况，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的时候，与茱蒂同属FBI的赤井秀一出现，虽然保护了无辜的人，但蓓摩特却以柯南为人质成功逃脱。途中柯南从昏睡中苏醒，接下来就是柯南与蓓摩特的单独对峙，他能否根据蓓摩特的电话找出黑暗组织的boss？

朱蒂向小兰和园子坦白了自己FBI的身份，而朱蒂还向小哀提议加入证人保护计划。另一方面从学校回来的路上步美与柯南他们分手后径自往家走。突然她和一个穿雨衣的男人撞在一起并仓皇离去，而这个人却是杀人嫌疑犯！在警方的调查中步美说出手上发现了一个类似"5"似的记号，而这个记号究竟又是什么意思呢？

步美偶然撞上的杀人魔在逃。根据在她手上留下的痕迹，柯南和佐藤警官确定了犯人所乘车辆的车种，之后紧急拘捕了3名嫌疑者。因为犯人可能持有沾血的钥匙，柯南推测钥匙孔里会有血便请求测试荧光反应，但是竟然都没有检测出反应！就在这时柯南发现了犯人躲避检测的发法，在柯南的协助下警方终于逮捕了犯人。

小五郎带着小兰和少年侦探团的孩子们来到被称为地球遗产的人造木屋的集落·鬼泽乡去观光。这个村庄里最近流传着小孩幽灵的传言。而到了夜里，柯南他们为了确认幽灵而出去散步的时候，步美却和少女幽灵相遇了晕了过去！而对于步美的发现村子里的人却极力否认，到底是幽灵少女还是真有其人？

此次幽灵恐慌的第二天，柯南他们下榻的民宅的主人—永仓先生被人袭击了。永仓先生虽然没有生命危险，但是犯人是谁却不得而知。警察以重要参照人为理由带走了从在进行地球遗产登陆委员会那里派来的缺德调查官川治，但柯南却发觉这其中不自然的地方，最终少年侦探团的各位找到了真正的犯人并将找出了幽灵少女的真相。

某个星期日，柯南和小五郎在楼下喝咖啡的时候，从店员阿紫那里听到了一件奇怪的事情，一位客人用完餐之后将手机落在了店里，期间，阿紫曾接到过三通电话，最奇怪的就是最后一次，柯南和小五郎查看手机，发现这里面所存的号码和名字全部都是虚假的，就在二人毫无头绪的时候，由美拿着这家店的发票找到这里，而这些发票的持有者正是手机的主人，由美说这个人已经出车祸死亡，为了调查事情的真相，柯南建议给电讯公司打电话查询。

柯南等人通过电讯公司查到了三个可疑人士，之后，他们又分别向当时不明人打电话的出处进行确认，最终将目标锁定在一家以推理家命名的店，店主说当时打电话的是一个带着墨镜常来光顾的客人，于是，柯南等人迅速赶往此处，正巧遇到了这名客人，就在小五郎要上前询问时，柯南将他麻醉，把事情的来龙去脉说的一清二楚，并利用小孩子的身份，从墨镜男口中骗取了这个手机的号码，警方顺藤摸瓜，找到了手机主人的住处，还发现了有关贿赂的账簿。

在园子的邀请下，小兰和少年侦探队来到奥谷湖举办的钓鱼大赛，还在这里认识了有夺冠资格的鲇川沙织、鳟渕拓也以及担任自由作家的船木敏彦一行人，在第一天比赛结束后的夜晚，鳟渕和船木似乎为了什么事情在澡堂发生了争吵，没想到第二天上午，就在园子等人钓鱼的附近，发现了船木的尸体，警方立刻介入调查，水井说半年前也曾有人死在那里，柯南认为这绝不是巧合，而凶手恐怕就是鲇川和鳟渕其中之一。

警方对鳟渕进行侦讯，而当时他却并没有不在场证明并且之前他曾与船木发生过争吵，所以警方认定他就是凶手。另一边，少年侦探队也展开了调查，柯南注意到来往这里火车，认为发现尸体的地方并不是案发的第一现场，于是大家顺着轨道，找到了船木的照相机，并且从附近警卫的口中得知鲇川也曾来过大桥，可是，如果凶手真的是她，那她杀害船木的动机以及她的手法到底是什么？

某日，童星绢川和辉来到毛利侦探事务，委托小五郎根据他妈妈寄来的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍热海的旅店进行询问，最终找到了有这张明信片的旅店，店里除了三名女店员，还有一位叫下鸭的客人，当晚，小兰去给下鸭送镜头盖时，却发现他被人勒死在浴室中，赶到案发现场的警察从下鸭当时拍摄的照片中发现，凶手是一个胸口有痣的女人，绢川得知后很难过，因为他母亲的胸口就有一颗痣。

在警方调查的过程中，他们还在下鸭的房间发现了一盘由绢川和辉主演的录影带，本来想看看其中有什么线索，不想小五郎和横沟警官还很入戏的看完了，但柯南却注意到了被他们所忽略的细节，这时，有鉴识人员说凶手在勒死下鸭之前曾用蓬莲头敲打他的头部，柯南根据这些判断出凶手是谁以及她所使用的凶器，之后，他又使用老方法将小五郎麻醉，在指示了横沟警官做好相应准备后，一场精彩的推理就要开始了！

园子的大伯次郎吉因为怪盗基德曾经抢了他大出风头的机会，而一直耿耿于怀，便不惜人力物力发誓抓住基德，他以“蓝色奇迹”为诱饵高调的在报纸上向基德下战书，不想基德居然回应了他的挑战，并说自己会走着去盗取“蓝色奇迹”，在正式盗取之前，基德先前往博物馆查看地形，面对层层包围的警察和直升机，他就这样突然悬浮在空中出现在众人面前，不但如此，他还在没有任何设备的状况下，泰然自若的在空中漫步。

终于到了正式盗取“蓝色奇迹”这一天，铃木博物馆附近被人围的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升机，柯南在楼顶等待基德出现的时候发现楼上有两道新的刮痕，这时，基德如约而至，虽然突降大雨但这丝毫没有造成任何影响，看着基德一步步接近宝石，次郎吉却淡定的说自己早有防备，他到底有何计划？基德能否成功盗取宝石并顺利脱身？柯南又会有什么样的行动？

柯南和小兰准备食材的时候遇到了旧识西村佐知子，她也正在为自己男朋友的到来而满心期待的做准备，只是没想到第二天，佐知子居然被人用铜质装饰品击中后脑勺而丧命，警方认为她男朋友杀人的可能性最大，但小兰却无论如何都不愿相信这是事实，于是，她在柯南的暗中提醒下展开了调查，在询问了佐知子同事之后，小兰得知了一个惊人的秘密！

高木警官和佐藤警官瞒着警局里的同事们，偷偷在热带乐园的水世界见面，为了阻挠他们的约会，警局的同事们暗中捣鬼，安排柯南，光彦等人出现在他们面前，就在这个时候，高木警官原本装有求婚戒指的包居然出现毒品，之后，他意识到这一定是在搭乘“海地五万里列车”时被人调了包，柯南根据这个包包的肩带判断出他的主人是个左撇子，并根据当时所拍摄的照片和游客所填写的信息表，将目标锁定在一个叫高城登的人身上。

见到高城登之后大家就否定了之前的想法，因为没有人会带着自己的孩子进行毒品交易，那么，只有那三个没有填写信息表的人最有嫌疑，柯南通过包包中的手帕推断出进行毒品交易的就是那个做棒球动作的人，于是，大家分头寻找，与此同时，听到他们零星对话就断章取义的警局同事也忙着找高木的包包，面对这种突如其来的状况，高木能够找回戒指向佐藤求婚吗？

元太带朋友们来到一家宠物店，没想到居然发现了老板白井的尸体，奇怪的是在他的店里居然出现了本不该在这个季节出现的甲虫，为了进一步进行调查，他们从宠物店里拿了一张群马县甲虫博物馆的宣传单，与偶遇的高木一起驱车赶往群马，在这里他们认识了博物馆职员荒木、甲虫研究家榛名和杂志社编辑石田，当得知白井被杀的消息后，每个人都连忙推卸，但根据目前掌握的线索，凶手一定就在他们三人之中。

帝丹高中最近发生了不可思议的灵异事件，小兰本想拜托小五郎调查却被拒绝，所以由柯南出马破解校园灵异事件之谜。期间，小兰他们还遇到新出医生，于是一行人在园子的带领下首先来到了体育馆，这里曾莫名的出现了两年前就已死去的保坂的书桌，接着又来到了诡异的图书馆和导致保坂死去的楼梯，经过一圈查看，柯南已大致明白，就在这时，操场中间突然出现了保坂的书桌……

大家找到校长询问他下雨的时候是否出现在操场，没想到却得到了否定的回答，为了证实校长的说法，柯南又来找了在保健室休息的世古国繁，因为他与保坂从小一起长大，所以又了解了更多关于保坂的事情，这时，小兰在走廊的木板上发现污渍，柯南将这些污渍与操场上出现的刮痕相联系，没错，制造灵异事件的就是那个人!

柯南和光彦等人在放学的路上遇到了警察办案，询问得知，一个叫江上的婆婆被自己家阳台的花盆意外砸死，邻居们都把江上称为“乌鸦婆婆”，她曾偶然在垃圾堆里翻出中奖券，于是便常常去翻垃圾窥探邻居的隐私，而招致大家的反感，就在警方想以意外事件结案时，柯南察觉到从楼顶掉下来的花盆很奇怪，经过调查，他认定这是一起蓄意杀人事件。

小五郎一直暗地里跟踪的人见松一郎，突然在米花饭店坠楼身亡，出现在案发现场的还有一个叫南里熏的女人，但她却十分肯定自己从不认识死者。与此同时，他的双胞胎弟弟人见竹彦，也在杯户镇的家中被人杀害，并且案发时他的妻子加奈子为了调和兄弟二人的关系，外出与松一郎会面。兄弟两人在同一时间死在不同的地方，难道这真的是传说中的心灵相通？

当小五郎准备再度去询问南里薰，却在门外听到她的惨叫，还不等小五郎冲进去，就从屋子里匆忙跑出了一个男子，幸运的是南里薰并没有被杀害，醒来之后，南里薰说起了自己突然消失的男朋友安西，从小五郎的照片上可以看出，这个人也曾出现在米花饭店，这些原本不相识的人，因为这件古怪的命案被联系了起来，柯南将安西、南里薰和美奈子一起找来，这两起经过完美设计的命案，即将真相大白！

阿笠博士带着柯南等人一起来到丸见码头钓鱼，还在这里结识了钓客白根、金谷和江尻 ，之后，大家各自寻找钓鱼的位置，唯独江尻一人在防波块上钓鱼，经过了漫长的等待，除了光彦钓上了一条竹荚鱼，其余人均无所获，就在大伙儿准备离开时，却发现江尻中毒昏倒。

情况危急，柯南立刻给江尻做人工呼吸，并让阿笠博士带着他搭乘渔夫井田的船赶往医院，当白根和金谷想要一同前往时，柯南却出口阻挠，因为这起案件是蓄意谋害，而在这条防波堤上的所有人都有犯案的可能，现在能做的就保护犯案现场等待警察的到来。期间柯南对现场进行调查发现了一些线索，并在阿笠博士打来电话报告情况后，排除了井田犯案的嫌疑，那么制造这起案件的就是白根和金谷中的一人。

园子拉着小兰和柯南去蛋糕博物馆吃半价蛋糕，在这里每个师傅都有自己的厨房，参加比赛百战百胜的前田、蛋糕王子藤野以及糖果魔术师森本都忙着为客人准备甜点，期间，柯南还在藤野那里尝试了做木头蛋糕，就在藤野修饰好蛋糕拿给柯南吃的时候，店里却发生了凶案，死者是蛋糕店长桥垣，而嫌疑最大的就是这三个蛋糕师傅，但警方却苦于找不到凶器，随后柯南对每个人的厨房进行调查却发现……

元太在抽奖的时候谈起了最近运势极旺的大和田医生，他不但买彩券中奖，有奖竞答被抽中就连摸彩也得到大奖，但柯南却看出了事有蹊跷，于是大家找到负责摸彩的工作人员，他说在大和田抽奖的时候他确实做了手脚，但这都是受他的太太所托，之后，柯南等人找到大和田的太太确认此事，没想到她却说根本没有此事，这两个人的说法相悖，到底谁说了谎话？期间出现的神秘女人又是谁？

少年侦探队放学去游戏软体公司询问第二天新游戏发售的事情，没想到元太因为着急想上厕所而冲进了董事长的办公室，慌乱之中还拿走了新游戏的碟片，这让董事长很是紧张，因为碟片里是他杀人的影像，柯南碰巧看到董事长追元太等人的时候身上带了手枪，意识到元太他们有危险，便在董事长身上装了窃听器，他听到董事长让一个叫BEE的人追杀元太，这个BEE到底是谁？元太他们又能否成功脱险？

因接到电视台的邀请，小五郎便带着柯南和小兰飞到冲绳，参加一个与职棒选手能势和主持人本山对谈的节目录制。在机场与本山会合之后，一行人打算去能势下榻的酒店接他，没想到却在半路发现了能势的尸体，期间，本山的一句话让柯南认定他就是凶手，可能势死亡的时候，他正在飞机上，因此有充分的不在场证明，那么，他到底是如何往返于两个地方犯案的？

警方调查期间本山总是鬼鬼祟祟的像是在谋划着什么，他提议大家一起去吃饭，然后又谎称自己有东西落在了车上，返回座位偷偷拿走了小兰装在包里的网球，然而暗自庆幸计划成功的本山还不知道，这时的警方和小五郎早在柯南的提醒下，知道了他就是凶手以及他的作案手法，于是，大家暗中尾随他来到机场，在他企图逃逸之前将他的罪行揭穿！

柯南和元太等人在外玩耍时，遇到了三个对蜘蛛很有研究的人，于是大家兴致勃勃的观看浦崎所饲养的毒蜘蛛，这时，系川打电话给新野教授，可对面却传来一声惨叫。待大家到达研究所时，教授已经身亡，虽然柯南在现场发现了毒蜘蛛，却并没有找到相应的血清，并且他还发现有人对电话动了手脚，由此判断教授并非死于意外，这是一起谋杀案件，与教授相识的这三名蜘蛛爱好者都有杀人的动机，凶手一定就在他们之中。

为了做天体观测，阿笠博士带着少年侦探队来到一个坐落在深山里的旅馆，期间结识了旅馆老板天土，以及应邀而来的野之宫悦子、二川和御上。就在大家准备上山看星星的时候，居然发现了一具已经化为白骨的尸体，死者还故意留下了死亡讯息——六根烟头，当晚，二川的尸体被少年侦探队发现，并且他的手中也握着烟头。

除了发现烟头，柯南还发现二川身上多处沾有血迹，博士等人也在悬崖上找到了写有遗书的手机，回到旅馆后柯南将这件命案告诉了其他人，就在大家根据二川留下的遗书认为他是自杀时，柯南却说他是被人用钢管击中头部坠落山崖而死，于是少年侦探队便对其他三个可疑人的房间进行检查，虽然一无所获，但柯南还是发现了蛛丝马迹，他让灰原配合他演戏，没想到真的有人上钩，这个人就是真凶吗？

阿笠博士和小兰带少年侦探队去露营的时候，正巧碰到了一对因帐篷而发生口角的情侣，他们离开之后，柯南等人占领了他们原先准备搭建帐篷的树荫，不料这时，正在帐篷里熟睡的小兰被不明人士绑走，之后，警方在一个悬崖下发现了歹徒的车子，根据歹徒遗留下来的手机，小兰很有可能在15点之前被人杀害，到底是谁绑架了小兰？柯南他们能否在15点之前找到小兰呢？

阿笠博士带着少年侦探队来到冈山县仓敷市展开了一场古代史之旅，他们在这里结识了因同学会而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照捡来的暗号进行寻宝时，却发现那五人中的一人突然死亡，另外一个则被当做重要关系人接受调查，根据少年侦探队所找到的时光保存罐以及死者留下的死亡讯息，柯南断定凶手就在剩下的四人中，但要抓住真凶，就必须要找到其他两个时光保存罐。

少年侦探队按照暗号分别找到了剩下的两个时光保存罐，却发现在此之前有人曾将它们挖出来过而且最后一个发现的时光保存罐里面竟然有一封信，将所有的字条摆在一起，真相也愈发明晰，柯南在阿笠博士的帮助下揭露了真凶，没想到事情的症结可以追溯的十五年前……

小五郎带柯南和小兰去琴屋旅馆泡温泉，碰到了来这里商讨拍摄新戏的电视台和出版社代表，四处闲逛的时候，小兰发现这里到处都是长袖和服和腰带，打听之后，得知了和服袖般若的传说。当晚，旅馆就发生了命案，模特柴崎明日香和画家安西绘麻都被刺死，诡异的是现场竟然呈现出如传说中的场景一样，难道真是鬼神所为？

警方在露天澡堂里找到了杀死两人的凶器神刀以及一条沾有血迹的浴巾，随后警察又对旅馆里有犯案嫌疑的人逐一进行侦讯，柯南也独自展开了调查，他虽然发现了安西绘麻死亡现场雪的深度有所不同，但还是不能解开为何只留下了一串脚印的谜题，就在这时电视上的滑雪大赛给了他启发，如果凶手采用那种手法，那么，这一切谜题也就迎刃而解。

服部平次和远山和叶特地赶到东京，邀约柯南和小兰一起去大阪看甲子园球赛和宝塚歌舞，不巧的是这两个节目居然在同一天举行，为了决定看什么，服部和和叶争论不休，这时小五郎提议进行一场推理赛来决定去哪里，他将警方委托他调查一起杀人事件交给了平次和和叶。这起案件的死者是玩具公司的社长，在案发现场服部准确的说出了死亡方式以及凶器，并且还发现了死者用积木留下的死亡讯息，和叶心有不甘也认真投入到暗号的破解之中，这两个人到底谁更胜一筹呢？

不忍看到和叶为解死亡讯息焦急流泪，于是，服部在与柯南的对话中有意的透露一些提示，所幸和叶一点就通明白了其中的奥秘。另一边，警方叫来最先发现尸体的四人，并一一做了侦讯发现每个人都心怀鬼胎有杀人的动机，而柯南和服部也没有停止寻找真凶，就在二人找到新的线索时，和叶突然大呼自己知道谁是凶手。

由于服部赢得了推理比赛，所以和叶不得不妥协去和柯南、小兰等人一起去甲子园球场观看全日本高中棒球赛，这里不仅因聚集了来自全国的各地的棒球精英而名声大噪，还有四百三十颗翠绿的常春藤也让人赏心悦目。比赛刚开始就让全场的观众热血沸腾，然而就在这样热情的氛围之下，似乎有着什么不可知的危机正慢慢靠近……

大金和港南高中的比赛如火如荼的进行着，坐在一旁的大龙警官看着这些在赛场上挥洒汗水的年轻人不禁怀念起了曾经为棒球而努力的自己，然而这个地方有人爱自然也有人恨，这时，被人遗落在服部脚边的手机响起，没想到这竟然是一通恐吓电话，这个自称甲子园恶魔的人让服部在比赛结束前，找到他在观众席留下的三支写有线索的手机以及他自己的的位置，否则后果不堪设想，情况危急，服部，柯南和大龙警官便在这茫茫几万人的球场中展开了搜查。

紧张的气氛不仅围绕在赛场上，在场下寻找另一支写有其他线索手机的柯南、服部和大龙警官也正在绞尽脑汁的破解暗号，柯南还特意借来小五郎的收音机以方便了解赛场上的情况，所幸在第二支手机响起之时被服部顺利找到，可接下来等待他们的却是另外一组费解的数字，经过商量，三人决定分头行动，虽然最终还是找到了第三只手机，但里面的所留下的线索只有一个括号和数字13，柯南和服部能否解开这个不同于前两次的数字暗号？

柯南和服部必须在第九局下半场前解开暗号，可是时间已经不多，这个空白暗号到底代表着什么，这时，柯南灵光一现想起了看台上所缺少的17和22号门，但情况危急，必须争分夺秒，之后服部和柯南推断出了暗号所指的位子，没到竟然就在小兰她们附近，三人紧忙跑去，果然找到了第三支手机，根据手机上的数字，柯南很容易就找到了这个甲子园恶魔的位置，而他又有什么样的苦衷？

深夜从酒馆醉醺醺出来的小五郎在回家的路上差点被建筑钢条砸死，回到家后又收到了一条恐吓他的短信，就在他回想与谁结仇的时候，小兰发现这根本不是小五郎的手机，外套也是一个叫木村的，虽然被威胁的人不是自己的爸爸，但小兰还是很担心，在第二天调查的时候突然有一辆卡车冲向他们，所幸躲得快才没有受伤，调查不断深入，柯南察觉到了其中的端倪……

应社乐莲希小姐的邀请，柯南等人来到音乐世家社乐调一郎的公馆，莲希拜托小五郎调查因名琴——斯托拉地巴力殴斯所引起了一连串诡异事件，然而，就在他们谈论此事时，旁边的别馆火舌缭绕，在那里小憩的弦三郎也因此丧生火海，大家又重回原来的房间，柯南却发现了奇怪的烟蒂，在与火楼里的烟蒂对比以后，柯南认定这并不是意外而是故意杀人，并且还将会出现下一个被害者。

按照惯例，家里如果有人死去就要演奏安魂曲，于是，羽贺开始了他的演奏，就在大家沉浸于琴声之中时，莲希的奶奶突然从楼上坠落，警方在案发的房间里发现了被摔坏的仿品斯托拉地巴力殴斯以及窗边的椅子，于是认为，莲希奶奶很有可能是自杀，但是一夜之间发生两起命案，并且死者都是在密室中死亡，难道是小提琴的诅咒再次应验？

为调查真相，柯南又重返两个案发现场，没想到会有新的发现，他从鉴识人员那里得到了小提琴琴桥以及指挥棒的尖端，只要有这两个东西，莲希奶奶自杀的结论就可以被推翻，柯南依旧利用老方法把小五郎麻醉，将四名最有嫌疑的人叫道莲希奶奶死时所在的房间，将两年前以及今天所发生的惨案真相一一道出……

柯南和小兰跟着小五郎一起来到鹿儿岛，随后三人就立即就去拜访一个叫高隈的制酒厂，酒厂老板娘白石扶美子带着这三人四处参观的时候，却不幸发生了意外，大家在董事辰村慎介的家中发现地上留有一滩血，而他本人也知了去向，经过两天的寻找辰村的尸体在公园里被人发现，而酒厂的所有人都成了此次案件的嫌疑人。

警方对酒厂的所有人一一进行侦讯后，却并没有发现时什么异常，但柯南却提出了两个疑点，即凶手为什么要把尸体搬走，又为什么在两天之后暗中告诉警方尸体的位置。为了思考这两个问题，柯南想破了脑袋，直到他从换班休息的酒厂老员工哲田那里得知了以前的事情，随后他冒充小五郎打电话给警方，让他们调查一件事情，结果正好证实了他的想法，凶手一定就是那个人！

听到自己将要被分派到鸟取县警局进行联合搜查时，高木警官慌了手脚，然而，佐藤警官得知此事后竟然面不改色，与此同时，柯南等人在上学的路上遇到了一个神色匆匆的人，命案发生以后，这个人就成了重要嫌疑人，但让大家没想到的是千叶警官和这个叫加藤的嫌疑犯居然住在一起，千叶警官作证案发当时，加藤正与他一起看电视，难道凶手另有其人？

警方并没有找到柯南等人看到的当时那名男子所穿的灰色外套和背包，就在高木和佐藤准备离开的时候，已经知道凶手手法的柯南有意向他们做出暗示，根据柯南的提示警方破解了凶手制造不在场证明的手法，因此，加藤终究难逃法网。破案之后，高木警官决定在离开之前向佐藤警官表白，可是话刚到嘴边，目暮警官就突然出现并告诉他……

柯南和小兰遇到了正在办案的高木警官，对于命案异常敏感的柯南立刻就进入了推理状态，死者是工厂社长北村，他被人用刀刺向了胸口，警方很快就抓捕了嫌疑人南田，虽然案发当天他来找过北村，但凶器上并没有发现他的指纹，更奇怪的是，凶器刺入的角度不符合常理，即便如此，警方认定他就是凶手，可是他到底采取了什么犯案手法？

中午，昏昏欲睡的柯南和小五郎被楼下的一声巨响惊醒，赶到现场后发现一名驾驶摩托车的年轻人出车祸而死，他的旁边散落着大量现金，柯南还发现了一封信和一盒装有注射药物的盒子，根据信的内容推断出这是为赎一个叫堂本的人而准备的现金，警方顺藤摸瓜到了堂本家，家人也都肯定了堂本被绑架的事实，柯南从女仆那里了解到堂本家的内部关系后，认定这并不是一起简单的绑架案。

阿笠博士带少年侦探队一起去露营，就在柯南和灰原讨论黑暗组织的事时，原本捡木材的元太等人气喘吁吁的跑回来说发现了一个刻有字的石灯笼，于是柯南等人随他们来到发现石灯笼的大宅院，没想到他们又在这里发现了一具被人勒死的尸体，这里到底发生过什么？柯南将石灯笼暗号破解，居然是关于宝藏的信息。

根据死者笔记的记载，怪盗基德也很有可能混在这次寻宝活动中，突然天降大雨，少年侦探队进入了大宅院内机关重重的房子，元太认为宝物一定就在房屋的最高层，便急着前往，不想刚踏上楼梯就踩中了机关，所幸被屋子里的一位寻宝猎人所救，之后柯南等人与他一起行动，期间还碰到了另外两位寻宝猎人，因为元太的粗心，大家掉落屋子的最底层，没想到这里居然白骨遍地。

如果想要找到大宝石就必须先寻得与琼曲玉 八咫镜齐名的第三件神器——草雉剑，离开了骷髅遍地之所，一伙人来到了一处地下温泉，元太无意中按中的按钮让温泉向外流出，这时，眼前出现了一个洞穴，不出柯南所料，草雉剑就在这里，上面还刻有“龙”字，根据三件神器所刻的“永”“炎”“龙”，柯南推断出了大宝石的所在，然而，取出宝石之后，却发生了……

柯南和小五郎看到和果子店老板娘相川与警察发生争吵，询问得知，住在这栋公寓的小泽死亡，相川说她曾看到一名男子出入小泽家，因此认为小泽是他杀，然而从对现场的勘察来说，警察认为是自杀，于是，小五郎和柯南介入调查，并且警方还叫来了相川口中的杀人犯清水，虽然清水有足够的不在场证明，但相川却坚持认为凶手就是清水，这两人之中，一定有人在说谎！

小五郎受狩谷伴子太太所托来到狩谷家帮她找被弄丢的手机，随后大家分别对可能拿走手机的大策、嗣贵和滋英进行询问，却并未找到，反而在小五郎等人离开的时候，伴子找到了手机。本以为一切就此结束，谁也没想到伴子当晚就遭人杀害，警方对狩谷家的人一一进行侦讯，却发现每个人都有不在场证明，期间，家里的仆人提起了12年前所发生的事情……

在案件调查过程中小兰对柯南的身份起疑，于是，她紧盯柯南的一举一动，就在她向新一的手机发送信息想要证实自己的想法时，狩谷家的门铃再次响起，可门口却没有人，仆人说这种恶作剧时常发生。之后，警方又对家中的三个嫌疑人进行侦讯，并在柯南的引导下推理出了事情的真相，没想到凶手竟然与12年前的案件有关联。

小兰开始怀疑柯南的身份就是新一，拾到柯南遗落的手机的小兰，想用发送手机邮件的方法来确认真相。当小兰按下了电源开关,却出现手机解锁的画面。正当她为解除4位密码冥思苦想时，小兰回想起半年前与新一的约会并解出了密码。但发送给新一的邮件却并没有发送到柯南的手机上，而这时新一也打来了询问的电话，最终小兰打消了对柯南的怀疑。

在放学回家的路上，柯南、步美等人碰到了进出珠宝店的高木警官，便一起跟了进去，想不到在这里碰上了珠宝抢匪，于是，高木警官带着柯南等人展开了追捕，可追到屋顶时，抢匪竟然毫不犹豫的跳了下去，摔在了楼下的搬家货车上而身亡。巧合的是这辆货车的雇主猫田正是死者后村的老板，柯南根据搬家公司员工的说法以及目击者提供的零星线索断定这是一起谋杀案件。

随着调查的深入，柯南知道了抢劫珠宝的并不是死者后村，而另有其人，这个人不仅是抢匪还是杀人凶手，为了让凶手老实认罪，柯南重现了当时抢匪跳楼的场景，并找到了足以证明他就是凶手的证据。案件结束之后，佐藤警官找了高木原本打算送给她的胸针，可没想到佐藤警官竟然对珠宝没有兴趣，这时，高木警官才意识到这一切都是由美的“阴谋”。

隔壁班的女生百合子找到少年侦探团，拜托他们解开她从未谋面的曾祖父所留下的谜题，于是，大家在一位身份不明自称是时钟的男人的带领下来到了谜题的所在——天使之馆，当晚九点，解谜游戏正式开始，元太和光彦、步美和灰原都在别馆的不同地方发现了谜题中的无角牛，可是却没有更进一步的发现。次日，柯南从另外一个角度思考谜面，并成功找到了第一个线索，没想到这时却……

柯南等人掉落屋低之后，发现这个别馆的地下居然是一个巨大的迷宫，大家团结一致将衣服拆开，利用毛线引导道路，虽然走了很多冤枉路，但还是找到了出口。而此刻距离解谜的结束时间只有三个小时，这时，窗外的一束光给了柯南提示，他跑出东之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相应的位置，宝藏的所在也显现出来，这时，时钟不顾一切的冲向宝藏，他到底是什么人？

搞笑艺人广松晨跑的时候发现了一具尸体，惊慌失措的他便匆忙报警，不想他这个第一发现者却成了最大的嫌疑犯，因为尸体摆出的剪刀手正好与广松的艺名一样，高木警官了解案情之后，认为自己的朋友绝对不会杀人。另一方面，柯南从死者的朋友那里得知了一些关键信息，于是在他的引导下，一心想要帮朋友洗清冤屈的高木警官推理出了这个让人心酸的真相。

小兰、柯南、服部以及和叶一行四人去看魔术师星河童吾的奇幻魔术秀，在表演水中脱逃的时候，和叶和小兰以为魔术失败，便冲向舞台准备救人，却没想到这只是为了营造舞台效果而做的表演。为表歉意，和叶和小兰来到后台，并在这里遇到范田和姬宫，原来他们都是十年前失踪的魔术师正影的弟子，之后，他们四人受邀来到了正影家，可就在这短短的时间内竟然发生了命案。

正影的三弟子之一姬宫遇害后，警方匆忙赶来调查并对屋内所有人一一进行侦讯，正影的妻子满里太太说，被翻乱的资料室内有记载正影自创魔术的笔记本，而且在五年前曾有一个戴着帽子和墨镜的男人找过正影，于是，大家正影的房间希望能从他的相册中找到这个可疑男人，柯南和服部也在这里有了新发现，就在这时，和叶和小兰回想起了看到尸体时的怪异场景。

和叶和小兰说在停电之前与来电以后，她们所看到的花瓶影子大有不同，在这么的短的时间内，月亮的移动速度真会如此之快？随后，目暮警官又对范田当时休息的房间进行了调查却并未发现可疑之处，就在他关上窗户准备离开时，柯南和服部看到窗户上反映出的影子，不禁恍然大悟，没错，凶手就在这栋房间内。

巡回剧团伊东玉之助一座再度来到米花镇，这次演出的戏码是《竹取物语》，然而饰演主角辉夜姬的片冈莲华却在公演当天被人绑架，警察也展开了紧密的搜查，柯南从歹徒传来的影像中发现，这一切全都是莲华一手导演，可是待柯南等人赶到囚禁室时却没有找到莲华，反而看到斑斑血迹，看来在这之后她真的被人绑架了，与此同时，舞台上的大幕也拉开了。

公演不能终止，可是主演莲华却还是没有下落，情况紧急，小兰自告奋勇决定暂时担任辉夜姬一角。于是，少年侦探队出动，他们和玉之助一起帮忙找人，期间还遇到为给歹徒送钱而被打昏的片冈秘书大贯，面对人财两空的状况，柯南能否找到莲华？《竹取物语》又能否完美谢幕？

某个炎热的夏日，博士带少年侦探队来到山里采集昆虫，期间，博士出了一道暗号让他们进行寻宝，内容是“丸虫、家、帐篷”没想到这个暗号居然难住了柯南。另一方面，在海滩度假的小兰，打电话给柯南说她们那里发生了命案，死者是与小兰住一家旅馆的见山，之后，她和园子还遭到了攻击，而唯一的线索就只有死者留下的一串字母。

没过一会儿，柯南就收到了园子被人抢走的手机传来的简讯，虽然还不知道传简讯人的意图，但柯南却察觉到事有蹊跷，他立刻打电话给小兰让她注意安全。与此同时，他还解开了博士留下的暗号，根据这个暗号的设计原理，他突然想起了死者见山所留下来数字的含义，然而，此刻远离柯南的园子和小兰就在凶手的车子上……

小五郎受邀去电视台参加一个与侦探编剧探讨剧本的活动，没想到在开始之前，居然发生了命案，死者是编剧八神，他因喝了有毒咖啡而死，这些咖啡是由香田所冲泡，因此他的嫌疑最大，可是还有一个问题说不通，那就是凶手如何让八神准确的拿到有毒咖啡？

放学后，大家一起去由香家看鹦鹉，可是屋子里竟然出现了一个陌生男子，他说自己是由香妈妈的同事，可以看出由香非常讨厌这个男人，之后，她又发现自己鹦鹉和之前有所不同，元太等人认为鹦鹉一定被这个男人调了包，便瞒着柯南在暗中展开了调查，没想到事实真如他们料想一般，那么，他到底有何目的？由香又是否会有生命危险？

小五郎因为受国友家的执事赤冢的委托，帮助他们解开恶灵的诅咒而来到国友家的公馆。随后，柯南他们面对的是公馆收到的谜样的卡片和在4号多次发生的奇怪事件。主人国友淳大再次请求他们在公馆内重复调查。晚饭后，呆在2层房间的柯南他们，却发现了在3楼的阳台上吊着的安全公司经理关口先生的尸体。

13年前，发生过的国友淳大的沉船海难事件和公馆全体工作人员的家属死亡事件渐渐的浮上水面。柯南认为有恐高症的波花不会接近关口被杀的3层的阳台，所以很难行凶。同样茂子，绵引，赤冢也有奇怪的习惯和病症，都不太可能是杀害关口的犯人。而在药瓶上检测出来的未知的指纹更使凶手的身份疑团加深，但是在柯南的推理下最终确定了凶手的身份。

警方在绳子和药瓶上发现的指纹居然不是屋子里任何一个人的，那么就排除了他们犯案的可能，再休息之前柯南建议警察再次对他们每个人的怪癖进行调查确认，然而，却并没有发现有何异常，案件一度遭遇瓶颈，到底是忽略了哪里的线索？这时，小兰无意中的一句话提醒了柯南，原来犯案的不止一人。

柯南们去参观步美发现的可爱的新房子。从阁楼的天窗可以看到毛利侦探事务所的一部分。2天后柯南们从步美那听说，那个房屋卖掉了。据说买主是一对70多岁的老夫妇。而在柯南他们认识那个房屋里的老太太之后，偷拍在事务所吃晚饭的柯南们的人物也出现了，竟然是住在阁楼的家的老夫妇！而柯南也最终发现了老夫妇的真实身份。

柯南、小五郎和小兰一起到神话故乡出云旅游，并在这里认识了两情相悦却无法在一起的江角荣子和福间良介，次日，警察在猪目洞窟发现了江角的未婚夫鳄渊的尸体，经过筛选，具有杀人动机的有四个人，除去江角、福间还有藤江和石飞，有目击者说曾见过福间出现在案发现场，可福间却对此沉默不语像是在保护什么人，而江角也和福间出现相同的情况，为证明二人的清白，柯南能找到什么样的证据？

柯南在旧大社车站找到了可以证明江角案发时不在场的目击证人，帮江角洗清嫌疑之后，福间也不在隐瞒而说出了事情的真相，其实在他到达现场的时候，鳄渊已经死亡，在尸体身边他发现了江角的项链，于是，就出现了两人互相包庇的戏码。既然鳄渊并非这对情侣所杀，那么凶手就在藤江和石飞之间，即使他们两人都有不在场证明，真相也永远只有一个！

柯南、步美等人从博士家里找到了一封四十年前来自博士初恋情人的信，信上除了说每十年在回忆的地点见面之外，还留下了一串像是暗示地点的数字，而今天刚好是四十年后的相约之日。经过推理，他们一行人来到动物园，将信上的数字与动物入园的顺序相结合，他们找到了飞鼠馆，而正巧在他们的面前站着一位女性，她会是阿笠博士的初恋吗？

当阿笠博士满怀期待得走向那位女性时，却发现这个人竟然是男扮女装而且还是自己的旧识，再次认错人不禁让这群孩子们大失所望，于是大家决定利用动物园的广播站寻人，可依旧没有回应，难道博士又要与自己的初恋情人擦肩而过？这时，博士的回忆隐约浮现，柯南根据博士的说辞，破解暗号，来到了相约之地……

某日清晨，柯南等人正在观察4只青虫时看到有警车在附近停靠。为打探消息柯南他们随即赶往现场。根据高木刑警的叙述得知，独自生活的一位老人被杀。利用午休时间，高木等人来到学校。据说昨晚，有个少年刚巧目击了犯罪经过警方随即来寻找那名少年。高木虽然找到了那名目击者圭一，但是圭一却不承认看到过犯人。

小五郎和柯南在租赁衣服的地方遇到了三个准备参加化妆派对的年轻人，在他们盛装打扮准备去主办人主编那里之前，还收到了一封主编打扮成小丑模样的mail。只是谁也没想到，当他们到达主编家后，却发现主编横尸家中，最可疑的就是曾来这里偷盗的小偷，可他却说自己来的时候，人就已经死掉了，柯南认为还有一些地方无法合理解释，于是他独自调查，并在阳台发现了人造毛发，这么说，凶手应该就是那个人。

女主播水无怜奈拜托小五郎调查一件奇怪的事情，她家的门铃连续两个月无故响起，但却从未发现有任何人出现在附近的迹象，并且门口还曾出现过一瓶安眠药，更离奇的是隔壁空了半年的房子竟然在某天夜里出现了声响，听完水无的描述，柯南在她家门口的墙上粘了发信器，企图窃听门外的动静，之后，又独自来到隔壁房间调查并在玻璃门上发现了“木、美、和”三个字。

小五郎和柯南一起推断这三个字的含义却毫无头绪，水无一句无意的话提醒了柯南，于是他打电话给警局确认，不想事情真如他想的一样，原来这是高木警官在这里执行任务无聊时写的，接下来就是门铃之谜，翌日门铃再次响起，不过这个按门铃的人却被柯南抓个正着，没想到居然是……本以为一切都结束了，柯南却从无意中粘在水无鞋上的窃听器得知，她居然是黑衣组织的人。

在这期间柯南还遇到了茱蒂老师，他将自己窃听到黑衣组织计划在IDP的地方杀一个叫DJ的人的事告诉了她，茱蒂说今天下午水无将采访三个首次参加众议院选举的人，DJ一定就是其中之一，就在柯南焦头烂额的推理IDP在哪里时，茱蒂一句话提醒了他，于是他让博士驱车前往杯户公园，此时，水无已经开始了采访，柯南和茱蒂火速赶往现场，他们能阻止暗杀事件的发生吗？

茱蒂用枪破坏了附近的洒水器，随意喷洒的水让所有人都以为下起了雨，大家纷纷拿伞遮雨，这无疑让躲在楼顶的狙击手无法射击，此次计划也只好暂时取消。之后，柯南让阿笠博士和灰原先离开并让他们保护好小兰和小五郎，他和茱蒂坐上了詹姆斯的车继续进行追踪，并得知今恩他们将在VaneB进行暗杀，柯南推断Vane B就是鸟矢大桥。

在赶来支援的FBI的帮助下，柯南他们将独自驾驶摩托的水无包围，然而，马路上却出现了一个捡球的小男孩，为不伤害小孩，水无出车祸受伤。另一边，今恩在水无换下的衣物里发现了粘在鞋底的发信器和窃听器，便临时决定变更目标向米花镇驶去，柯南察觉到他们的行动，意识到小五郎性命堪忧，也匆匆赶往米花镇，而此时黑衣组织已经瞄准了小五郎……

放学后，小兰在鞋柜里发现了一封情书，正当她为此而烦恼时，遇到了曾在帝丹高中上学的学姐，她说家里遭到了不明人士的入侵，可奇怪的是小偷不仅没偷钱，反而还给她死去的丈夫上了一炷香，并且自己的日记也有被人查看过的迹象，期间学姐还谈起了高中时期被自己拒绝过的男生，看过照片后，小兰说她今天见过这个男生，之后，园子将整个事件的来龙去脉推理出来，这时，学姐说她还有一件事瞒着大家……

与黑衣组织的战斗告一段落，又回到了平静的生活。某天，少年侦探队获知同样就读帝丹小学的雨宫翔子突然消失，据说她和灰原十分相像，莫非黑衣组织的魔爪已经深入学校？为找到翔子，放学后大家展开了调查，期间还遇到神色可疑的老师，之后一行人找到了翔子失踪前来过的便利店，并得知她在这里买了饮料、牛奶和小刀片，就在柯南他们百思不得解时，由美出现……

由美说今天并没发生交通意外什么的，这可让柯南犯了难，就在这时，便利店店长的一句话给了柯南提示，为证实自己的想法他还去翻垃圾桶，所幸一切如他料想一般，于是，大家一起乘由美的车来到一座旧仓库，可遗憾的是他们并没有找到翔子，反而看到了两只小猫，知道了翔子的秘密后，柯南又在仓库外发现了出车祸的痕迹，难道说翔子有危险？

小兰班上转来了一个与水无很相像的男孩子本堂瑛佑，这不禁让柯南提高了警惕，见面之后，柯南发现他只是一个极度迷糊的少年，也放下了心来，这时，事务所来了一个叫三角笃的男人，他委托小五郎找和自己吵架而消失的伴侣， 在柯南的提醒下，大家来到了他们初次相识的群马滑雪场，没想到他的伴侣居然在密闭的车内死亡，虽然状似自杀，但柯南认为这是他杀案件，而凶手就是……

柯南在车上发现了一封信后，就更加肯定凶手是这个叫三角的人，可他到底使用了什么样的犯案手法？就在柯南百思不得其解时，瑛佑突然大叫，原来他的手被挡风玻璃的碎片划伤，小兰拿出OK绷给他包扎，这时，柯南灵光一现，知道了凶手的犯案手法，他利用老方法将小五郎麻醉，沉睡的小五郎再次出马。

柯南他们在一家新开的饭店吃饭时，碰巧遇到了参加联谊的高木和佐藤警官，然而，在联谊进行的同时，参加者江本彩的五岁表弟浩太被人绑架，根据彩和她弟弟将史的说法，警察将目标锁定在将史的三个朋友之中，可是，经过一一调查却并没有发现有何异样，难道犯人不在他们之中？

为了谨慎起见，佐藤拜托目暮警官分别派人监视这三个可疑人士，就在大家担心浩太，而不知如何是好时，浩太居然从外面回来了，看着平安无事的浩太，大伙儿悬着心终于放下了，可是人质虽然回来，还是不知道犯人是谁，佐藤主张一查到底，可将史却不愿再追究下去，这时，高木警官注意到了脚底湿漉漉的浩太，询问之后，他便一人冲了出去……

小五郎和柯南去拜访人气作家梅津修时，撞见了他的儿子与他发生争吵的画面，为了避嫌他们就暂时离开，可是到了傍晚，梅津修却被人毒死家中，他的手中还拿着一个颠倒的笏，就在他们解谜死亡讯息时，目暮警官和两个关系人也匆忙赶来，警方还在死者儿子是的身上搜到了毒药，本以为一切就此结束，柯南却发现了新的线索，他将小五郎麻醉，说出了事情的真相。

柯南和小兰在公园遇到了带狗玩耍的八木沢夫妇和堤夫妇，两只小狗武藏和克尔更是赢得他们的喜爱，然而，没过几日，就发生了一起恶狗伤人事件，攻击者正是武藏，它咬伤了隔壁中谷太太的婆婆，导致其失血过多而死，虽然小五郎和柯南等人认为是中谷太太命令武藏进行袭击，可却没有确凿的证据，直到克尔在案发的院子里找到……

某天，一个自称杉森政人的作家找到小林老师，说想要采访少年侦探团，得知这个消息后，元太、步美和光彦三人盛装打扮，大家在小林老师的带领下来到了杉森家，却发现他的头部遭人重击，已死于家中，警方经过调查将嫌疑人士锁定于在答录机中留言的四人，而在这期间，让柯南头大的不止有案情还有一脸疑惑看着柯南推理的小林老师。

警方听过答录机里的留言后，分别向留言的蓬田、桧垣和稻叶打电话确认，发现每个人都有不在场证明，虽然警察没有头绪，但柯南却早已知道凶手是谁，可介于小林老师的暗中观察，柯南不能表现的太过明显，于是，他将自己的推理简单告诉元太他们，让他们分担必要的说辞，提醒警察逐一排除其他两名嫌疑人犯案的可能，那么，最有可能犯案的就是他！

小兰、园子和柯南在打扫工藤家的房子时，门铃突然响起，这个人正是出演女高中生侦探小雪的上户彩，她急匆匆跑来是想要拜托新一找一位关系要好但如今不知去向的老奶奶，柯南在不暴露身份的情况下详细询问了奶奶离家出走时的情况，这时，园子说她知道老奶奶的所在，于是，一行人来到了社乐纪念馆，遗憾的是柯南等人赶到时，老奶奶已再次离去，他们能找到老奶奶吗？

小五郎在楼下喝咖啡时，看服务员祥子心事重重的样子，询问得知，一个一直给她发MAIL的小男孩小满，今天突然给她发了四封奇怪的讯息，想到小满可能遇到危险，大家都十分担心，可当务之急是确定小满的位置，根据祥子提供的线索，柯南把目标锁定在中洗、久更津和枯前崎三个地方，但打电话过去询问却并未查到他们的踪迹，小满到底出了什么事情？

笹本安太郎和神尾总是遭到大学时期同在推理研究会的日影的袭击，因为实在无法忍受这种恐惧，在笹本的提议下他们找到了小五郎，神尾说日影曾寄给他一份小说的原稿，而里面的内容完全是如何杀人，而且他们的另一位同伴就死于小说中的手法，调查期间，神尾遭到炸弹袭击， 笹本则差点被车撞伤，就在警察将注意力都放在搜索日影时，柯南却认为凶手另有其人。

柯南、步美等人在阿笠博士的带领下，来到假面超人的拍摄现场，不巧正好碰上摄制组休息，在这期间不时能听到阵阵的争吵声，剧组工作人员深町坚决反对特效演员力石表演危险动作，可是力石却倔强的想要证实自己的实力，结果在表演中发生了意外，他的车子冲破栅栏从楼顶摔了下来，力石当场死亡，当所有人都为这场意外感到惋惜时，柯南却看出了这是巧妙布局的杀人事件。

新田太太在路上偶遇买蛋糕的柯南和小五郎，于是，她急忙将小五郎拉到自己邻居山本的住所，拜托他处理山本自杀的案件。从现场来看，死者山本是坐在沙发上，嘴巴大张用自己的改装手枪结束生命，同时在扣动扳机的瞬间也打破了装有蝴蝶的恒温箱，柯南认为这是一起谋杀案，但是凶手是如何让死者嘴巴大张，从而营造出自杀状态？

一个男子走路的时候差点被意外坠落的钢筋砸到，虽然捡回了一命但也因此而昏迷，所幸他被少年侦探团发现，为确认身份，大家打开了他随身携带的包，却发现里面有绳子、手套和遗书，难道他准备自杀？这时，这个叫真中的男子醒了过来，可他却失去了记忆，光彦认为他一定是遇到困难所以才想不开，便决定帮助他，但随着调查的深入，柯南却发现了一个阴谋……

去赶海的柯南和小哀，阿笠博士和少年侦探团的各位，在那儿结识了闷闷不乐的大学生牛込嗣夫。后来，牛込迂的社团成员三濑隆、八岛光枝、久津梢子买东西回来。路上4人的神情十分奇怪、一吃完午饭便回去了。之后，柯南留意到牛込忘了拿耙子，当元太等人吧耙子送去给牛込赶到停车场时时却发现了牛込已经死在车内！

牛迂的死因是喝了掺进氰化钾的绿茶后中毒身亡。神奈川县的横沟警官发现装着氰化钾的瓶子翻倒在尸体下。然而牛迂打开了绿茶的瓶盖后没人再碰过，因而他断定这是自杀案件。但柯南却对此很怀疑。之后柯南发觉元太的举止很古怪，于是调查三濑等人的车内垃圾，找到了决定牛迂绝他杀的证据。犯人也最终承认了自己的罪行。

这天小五郎回到事务所后小兰告诉他说说英理前来拜托希望在她出门的这段时间里可以把这只名叫五郎的俄罗斯蓝猫寄养在事务所。小兰把猫咪五郎托给小五郎照料后便去上学了。在她走后，有一个自称为桐下的男人来到了事务所。桐下拜托小五郎帮忙解读自己女儿误发来的手机短信。因为短信的内容像是什么暗号，桐下无法破解其中的含义。而在猫咪的提示之下小五郎也发现了暗号的意义。

柯南，小兰和园子与本堂瑛佑来到园子的别墅。但路上却发现必经的吊桥塌了。小兰等人决定在有人来接他们前先前往附近的别墅休息。屋主槇野纯，天堂享，仓本耀治说他们的别墅被诅咒了。这栋别墅最初是一对富翁兄弟建造的，哥哥说有妖怪从窗外潜入了别墅后便封印了窗户而次年，哥哥和妻子就相继去世。之后瑛佑发现窗子上奇怪的影子，之后众人发现了在屋里上吊身亡的伦子！

伦子在密室中上吊死了。群马县的山村警官认为这是一起伪装成自杀的密室杀人案而展开了搜查，并向纯，享，耀治等人询问情况。而三人案发时看起来也没有什么异常。之后柯南留意到只有书架上的百科辞典没有按卷数依次摆放的细节并找到了隐藏在书架里的密道并已毛利小五郎的省份给山村警官发送了提示短信最终将犯人抓获。

小五郎要去参加米花街业余文艺会演，于是便与柯南，目暮警官和街道主管上岛长郎一同前往会场。途中，小五郎等人顺路去了目黑美弥开的饭馆。大会结束后，只剩下了有人找的市松留了下来。小五郎，上岛等人则去咖啡馆“meruhenn”继续第二摊。不久后目暮警官却接到电话报告说市松被刺！最终在柯南的推理下终于揭开了事件的真相。

小五郎，柯南，小兰出席完婚礼后，在走廊碰见新郎打扮的高木刑警和新娘打扮的由美。其实，两人是被强盗当作目标的新娘和新郎的替身。据说半年前，强盗潜入新娘的娘家，被新郎赶走的强盗在逃跑时留下了绝对不能忘记这份仇恨的恐吓。从被留下的菜刀验出的指纹与连夺6条人命的连续盗窃杀人案罪犯的指纹相吻合，而在前天充满恐吓意思的威胁信被人放入了新娘家的信箱里。

当前可以确定的是，歹徒已经以宾客的身份潜入了婚礼会场，于是，警方让新娘躲在门后观察可疑宾客，最终将目标锁定在三个可疑人身上，就在警方想要采集这三个的指纹时，新郎却不耐烦的拉着新娘尽快完婚，而这时，柯南已经知道了歹徒的身份，他借小五郎之口指出歹徒，那么，得知真相的警方会有何行动？由美和佐藤警官又有什么秘密计划？

小五郎受魔术师的冬城幻阳邀请，带着柯南，小兰前往举行表演的米花会馆。冬城告诉毛利说团员中的某人打算加害自己。据说最近，在练习中曾2次发生，由于悬挂的器材脱落而险些送命的事情。团员有身为助手的上原美佐和中川千明，影像人员石田一马，演出家庄司真吾，起重机人员的长谷川实5人。除石田外，其余4人都有所谓加害冬城的动机，而最终在演出时冬城还是发生了意外！

水中逃脱魔术失败的冬城在水槽内明显是筋疲力尽而小五郎，柯南，目暮警长等人则在录像中确认了当时的情况。冬城的死因确定是溺死，但到底这是事故，还是谁事先策划的谋杀却不得而知，这时小五郎却发表了自己的推理，但很快被推翻。而在调查了现场之后柯南最终确定了犯人的身份，“沉睡的小五郎”也最终在众人面前揭露了犯人的真面目。

小五郎，柯南，兰，园子为了看伊东玉之助的剧团的戏剧表演，而前往了有名的剧院金丸座。这次，剧团上演的是以《歌剧院的怪人》为蓝本改变的《金比罗剧院的怪人》的时代剧，玉之助饰演怪人，女演员轻部芦美饰演女主角歌手。之后，在彩排中大吊灯突然落下，由于芦美额头受了小伤，玉之助不得不在剧院公开了被实际存在的怪人要求更换女主角的事情。

玉之助因为手握凶器带着怪人面具昏倒在犯案现场而被警察抓走，另一边接受调查的赞助商罗臼却说是玉之助将他邀约出来，这就造成两人的证词相互矛盾。柯南在屋顶发现了扩音器，真相渐渐明晰，这时，警局又传来消息说确定罗臼就是凶手，因为在拐杖上发现了他的指纹，并还发现了投影机之类可以帮助犯案的东西，虽然如此但柯南却肯定凶手并非罗臼。

柯南，小哀，步美等人与阿笠博士一同去了SFMP4电影《星剑战记Ⅵ》的试映会。开场前，排着队的柯南等人结识了摄影师建井文吾。原来，建井是这部电影的忠实影迷，他和女友亚美就是在这部电影的试映会上相识的。而这时建井却突然接到电话走开，他不自然的行为引起了柯南的注意，最终柯南让俺们阻止了建井的复仇行为并解开了建井的心结。

小说家万田年久在旅馆里赶写小说，在编辑岛木催稿离开房间后，万田化装成服务生，带着猫咪诺贝尔离开了旅馆。万田路过柯南等人打简易棒球的场地，进入了弟子原本高平的家。万田从代理作者原本那里得到原稿后，将其杀害了。而偶然将球打入的柯南一行进入房间后发现了被杀的原本。柯南则发现了万田的不自然。

少年侦探团、灰原与柯南等人发现小说家万田年久的弟子原本高平在家中遇害。目暮调查了死亡推定时间内的不在场证明。万田说他从昨晚起一直把自己关在旅馆的房间内、案发时也没出过房间。高木发现旅馆和原本家确实很近。可是，岛木说自己确实在旅馆的候梯厅等万田，而万田的猫最终暴露了他犯罪的事实。而最终万田也承认了自己的罪行。

这天小五郎和柯南看到警车驶过，便和目暮警官一同赶往杀人现场。原来是公寓的某屋内发现了小说家齐川村子的尸体。死因是头部被物品打击致死。发现尸体的是迷宫出版社的编辑远野舜一和公寓管理员村田启三。远野说齐川之前收到了恐吓的明信片。而在警方的调查下柯南最终发现了犯人的真面目。

园子邀约柯南和小兰一起来赏枫，可她的真正目的却是想要将红色手帕系在《冬季枫红》拍摄地点的树枝上，以此为暗号与京极碰面，然而旁晚时候，当她们再次返回树林却看见了一具尸体，而此人正是曾与她们偶遇的电视剧人员，天色越来越暗，柯南察觉到有不止一个人在监视着他们。

在尸体旁边的笔记本上死者留下了一个晦涩的死亡讯息，不论怎么想也理不出头绪，之后，山村警官也赶来介入调查，他们将目标锁定在山下旅馆投宿的三位客人当中，就在这时，柯南像是想到了什么，他独自一人返回山里并在一棵树下挖出了白骨，于是他就在这里等待凶手自投罗网，然而，让他没想到的是对方居然带领了一大波人……

少年侦探团听同学说她们家的房客中有一个十分刻板且循规蹈矩的男人，尤其是遇上乱扔垃圾的人就会对他们训斥一番，出于好奇，柯南他们便前去见这个叫岩田的先生。没想到三天之后，岩田居然去警局自首说自己失手杀人，虽然是正当防卫不予追究，但警察还是对岩田的生活以及他的朋友等人进行了调查，却发现事情并不像他描述的那么简单。

放课后，小林老师神神秘秘的让同学们都离开教室，待大家午餐完毕返回教室，却发现黑板上留有一张“怪人二百面相”的字条，柯南一眼就看穿了这个江户川乱步迷老师的意图，之后，同学们又纷纷从自己的抽屉里找到了数字和筛子的图纸，柯南轻松看出暗号的所指，就在他要揭秘时却被广播叫走，解谜的重任就交给了1年B班所有同学，没有柯南的帮助，他们能否解开暗号找到老师呢？

步美发现图书馆的书被人撕掉了一页，气愤的她决定找出“元凶”，根据借书卡的记载，柯南和步美找到了内藤司，可他今天却没上课，与此同时，学校的岩石标本也人被偷偷走，柯南认为这可能是司所为，于是找到了他家，在查看了司的房间后，他们发现了一张写有暗号的字条，少年侦探团集结智慧，终于在大滨海滩找到了想要唤回逝去母亲的司。

本堂瑛佑再次造访毛利事务所，就在大家聚在一起讨论许久未露面的歌手板垣时，来了一对父子，孩子说他曾在一座大桥上目击到头发像锯子一般的板垣的尸体，还看到处理尸体的人身上有钉子纹身并且在他们的周围还有锤子形状的物体，小五郎认为这不过是小孩子撒谎的把戏，然而本堂通过摸他脖子上的脉搏判断真假，这一幕让柯南想起的水无，不禁开始怀疑本堂。之后，为了找寻更多线索，大家决定寻找这个小目击者所说的大桥。

小五郎一行人驾车来到杯户中央桥却并没有任何发现，这时，园子突然打来电话，小兰从园子那里得知了板垣乐队的标志正是钉子，于是一行人又来到了附近的纹身店，并从顾客所留的照片中将嫌疑锁定在三个身上，如今有关锯子和钉子的线索都得到了解释，那目击者所看到的锤子又是什么呢？注意到对面的大楼后，柯南知道所谓的锤子，在他的提示下小五郎找到了凶手。回家路上，柯南洞察到了本堂瑛佑的意图，他到底是什么人？

没过多久本堂瑛佑再次找到小五郎说他在网上发现了一件有趣的事情，于是就把他们带到了鸟矢町，没想到竟然在这里遇见了高木和目暮警官，他们正在调查一起凶杀案，死者是住在附近的船本太太，就在大家询问案情的期间，船本家的儿子透司说凶手是一个穿着黑衣服的外国女人，难道是黑衣组织？这时，柯南突然想起这个小男孩就是曾出现在水无怜奈车祸现场的人。

简单问过案情之后，小五郎随警方来到案发的二楼进行查看，根据死者头部的枪伤，推断出凶手的身高应该在在180cm左右，虽然船本先生有嫌疑但却低于死者，种种推断都否决了船本杀人的可能，然而，柯南却在他轮椅上发现了葱，没错，凶手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠项链又被如何处理了？

柯南等人和阿笠博士一起来雪山玩，元太堆雪人的时候，结识了正在为美术大学做毕业展作品的四名大学生，可没过多久其中一名叫小仓朔子的女生竟然不见了身影，于是，大家在茫茫风雪中分头寻找，却意外的发现朔子竟然死在滑雪场悬崖下的池塘里，警察也立刻赶来介入调查，并分别对死者的其他三名朋友进行侦讯，但没有发现任何可疑之处。

为搜集线索，警方决定去死者摔下来的悬崖一探究竟，然而除了雪人什么也没有，突然刮起一阵大风，元太为拿回被风吹走的手套跌倒在雪地上，他说自己闻到了一股咸咸的味道，这无疑给柯南提供了一条重要的线索。就在警察要以意外事件了解此案时，阿笠博士叫所有人来到堆放雪人的地方，柯南将警察山村麻醉，躲在雪人身后将凶手使用的手法一一道来。

柯南等人急匆匆的跑去米花公园的池塘里看被人丢弃的咬人龟，期间，他们遇见一个冒牌饲主二本松，虽被识破但他还是用花言巧语骗过了光彦等人，可让他没想到的是池塘里居然会冒出四只咬人龟，不知出于什么目的，他决定全部收养，柯南觉得二本松的行为很可疑，于是就暗中进行调查，发现他与一起抢劫案有关，可他为什么要领养咬人龟？

着名画家及川武赖四部曲作品当中的最后一幅《青岚》被怪盗基德盯上，柯南、小五郎也因此被请到了及川府，然而那幅画竟然在设有监视器的画室里瞬间消失不见，与此同时，及川的岳父风景画大师神原也被发现死在这个房间内，难道凶手是从不杀人的基德？之后及川在柯南的后衣口袋中发现了基德留下的卡片，但柯南一眼就看穿了他的把戏，并推断出基德就在四名警察之中。

就在媒体哄作一团采访及川的时候，柯南独自展开了调查，他从守画室的门卫那里得知了及川在案发前的小动作，之后又在屋后发现了钓鱼线，受到高木警官魔术的启示，柯南破解了凶手的作案手法同时也得知了《青岚》的所在，他利用老方法将小五郎麻醉并重现案发时的场景，最终将犯人绳之以法。案件了结以后，柯南虽戳破基德的伪装，但这次他能抓到基德吗？

小五郎载柯南和小兰去泡温泉的时候，目暮警官突然打来电话，说他们租来的这辆车子上被人安装的炸弹而且时速必须保持在20公里以上，否则就会引起爆炸，面对这种突发状况，小五郎只能继续开车等待警察前来救援，但是即使打破玻璃救走小兰和柯南，却依旧无法保证小五郎的安全，如何让车子在保持时速的情况下停止？犯人到底与小五郎又有何恩怨？

小林老师在图书馆里发现了一个牛皮钱包，那里放了小学一年级时小兰留的字条。事情追溯到十年前，为证实谣言的真假，小兰和新一夜访校园，不想却在学校图书馆遇到了一个自称是新一弟弟的神秘男子，他向新一发出挑战并在留下了一个装有暗号的牛皮钱包后离开。于是，新一和小兰二人就在阿笠博士的帮助下展开了解谜暗号的寻宝之旅！

新一、小兰和阿笠博士依照暗号的指示一路来到了米花办事处，并在楼顶找到了最后一个暗号，这个写有s→w的暗号到底是何含义？阿笠博士说这或许代表方向，而此时出现在西南方的竟是泛红的夕阳，新一认为这都是爸爸想让自己看到落日才出的暗号。讲完这个十年前的故事后，柯南突然发觉有哪里不对，便重新将这个事件重新梳理，惊奇发现这个谜题其实是……

小兰兴致勃勃的来到妃英理的律师事务所，试图帮父母庆祝他们第一次约会纪念日，可妃英理却在接了一通电话后匆匆离去，之后小兰在一个大花瓶里发现了自己妈妈和陌生男人在一起的合照以及结婚戒指，气愤的小兰一路跟踪到了一家咖啡馆，却看见妃英理正在和照片上的男人一起喝咖啡，就在小兰想要挥舞拳头冲向这个“外遇男”时，柯南的一句话打消了她的念头。

在去往餐馆的路上，柯南和小五郎目睹了一起车祸，所幸受害者立松新三郎和小此木清隆都没有生命危险，本以为这是场单纯的车祸，但有目击者表示那辆肇事车并非偶然经过，如此看来这是一起杀人未遂案件。随后警察找来了小此木的外甥和她未婚妻一仓分别进行了侦讯却并未发现异常，这时，“日本第一倒霉的男人”立松说歹徒的目的是置他于死地，事情的真相果真如立松所说吗？

阿笠博士和少年侦探团一起去看sprite的球赛，然而在最后关头sprite却输掉了比赛，于是，一行人带着低落的心情前往百货公司，元太因为难以接受事实而独自一人留下，可在踢球的时候因摔倒而短暂晕厥过去，待他醒来捡球的时，却发现了之前在停车场结识的德国人满头是血，让人疑惑的是他在陷入昏迷之前一直指着元太，所幸柯南破解了他留下来的讯息并将嫌疑人锁定在三人之中。

警方将这三人都带到了地下停车场，他们分别是儿岛、稻垣和玄田，根据受害者指着元太说“L”的信息，步美和光彦就认为歹徒是与元太名字相近的家伙，便分别对他们提出质疑，但都被柯南否定。与此同时，柯南也已经知道了歹徒的身份，他躲在阿笠博士身后，用变声领结说出了真相！

柯南、小兰和小五郎一起去逛商场，没想到书店附近传来了一声尖叫，只见一名男子浑身是血昏倒在地，接到电话的警方火速赶到并立刻封锁现场，期间柯南和偶遇的灰原从一名小偷那里得知了歹徒的些许信息，之后，二人又对楼上的牙科诊所进行了调查，根据搜集到的信息，他们锁定了目标，就在歹徒企图再次伤人时，警察及时赶到。

服部、和叶来到东京与柯南他们赏樱的时候，一名来自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他调查一件古怪的事情，他说几天前寺里来的一个女施主腹部刺伤血流遍地的倒在别馆里，但当他叫师父和警察来时，屋内却空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往调查，除了在屋内发现耳环固定夹再没有别的线索，就在他们离开之前小和尚传久说屋里又有女尸，待柯南赶到时，却什么也没有，难道这都是传久的幻觉？

和叶的风车给了服部提示，同时柯南也知道了房屋血迹和尸体消失的手法，在否定小五郎异想天开的推测后，服部说出了真相并且指出在背后操作的人正是住持传久的师父，然而他这么做的目的到底是什么？了结了升岳寺案件后，小五郎连夜驱车返回住处，次日，服部要去参加日卖电视台在一座无人岛举办的高中生推理大赛，柯南也随他一同前往，没想竟然在这里遇见了白马探！

东西南北四个代表简单做了自我介绍以后，就各自回房休息，吃饭的时候却发现导播被人绑在形如密室的房间内，所幸生命没有受到威胁，就在大伙儿忙着寻找线索时，照顾他们起居的甲谷突然说这是比赛的第一题，北部代表越水七规承诺一小时之后就能重现密室手法，等待期间南部代表时津润哉说起了一年前的薰衣草杀人事件。时间一点点过去，越水迟迟不现身，待大家赶到时，他已死在了密室中。

凶器是房间工具箱里的锤头，并且柯南还发现每个人的房间都有薰衣草和工具箱，到底是谁做出这种安排？又是出于什么目的呢？既然是无人岛，那么凶手一定就是这栋房子中的一人，之后柯南他们又对供电的小房子进行了调查，然而根据所找的线索，柯南，服部和白马探每个人锁定的嫌犯都不相同，即便如真相也只有一个！

小五郎的朋友向日葵酒吧的老板井上弘子意外被人杀害，当他和柯南赶到案发现场时，弘子的男朋友高冈明已守在尸体旁边，目暮警官等也展开了调查，据周围人所说，在案发期间并没有人出入死者所在的公寓，并且嫌疑人高冈明当时也有充分的不在场证明，就在警方断定这是起入室抢劫杀人事件时，柯南发现了关键线索，他重新推断死亡时间，并断言这里并非案发的第一现场。

少年侦探团和阿笠博士一起去露营，没想到不但迷了路就连车子也爆了胎，大家只好到深山里只住着一位老婆婆的房子借宿，随后，又来了三个同样因迷路而赶来过夜的三个年轻人。然而就在光彦半夜目击到老婆婆磨刀后，三名男女中的大庭茜被人用利刃刺伤脖颈，失血过多而死，警方立刻介入调查，并在这件屋内发现了多把刀具。

在找到的众多刀具中，并没有发现婆婆半夜所打磨的刀，并且阿笠博士发现自己带来露营用的锤子也不见了踪迹，就在柯南思考凶手为何拿走锤子时，步美正准备向鱼缸里倒水，他也由此而注意到了水位的下降，断定凶器就在鱼缸中，那么凶手就一定是他！期间，柯南还发现了婆婆几十年前就离家的孙子翔太，许久未见，孙子又会以什么样的表情面对婆婆呢？

少年侦探团在米花公园附近遇到了步美以前的邻居秋本小姐，她正准备去附近的警局找每晚都能遇到了大胡子警察道谢，没想到询问后却发现根本没有这个人，碰巧这附近频频发生闯空门事件，大家怀疑那个假警察就是盗窃犯，于是柯南他们分头展开调查，意外的是大家都对这个冒牌警察赞不绝口，他到底是谁？又是为了什么目的而假扮警察？

服部打电话告诉柯南虽然没有查到水无怜奈的过去，但是找到了关于神秘转学生本堂英佑的事情，于是，柯南根据服部所提供的情报和阿笠博士、灰原来到了据说有英佑父亲照片的模型店店长的家中，可是，店长却发现柯南要找的照片突然不见了，并且根据房中所留下的痕迹来看，柯南断言一定有人曾入侵过这个房间。

根据这个如此漏洞百出的犯案现场，柯南推断前来拿走照片的人并不是黑暗组织，为查明真相，柯南让店长分别给三个有备份钥匙的人打电话询问他们的行踪，却并未发现有何异样，然而，一切都逃不过柯南敏锐的眼睛，他将凳子上汗渍与这三个人是身形相联系，断定拿走照片的人就在他们之中并且这个人现在就在房间里。

柯南和灰原把捡到的猫还给饲主石上时，对面的高利贷事务所发生了命案，死者正是事务所的老板，他的后脑勺因遭到招财猫的重击而死，柯南发现吸尘器的集尘袋被人拿走，并且还在沙发下找到了招财猫的爪子，警方将出现在现场的村井千佳小姐带来，一番询问，村井承认了自己的罪行，就在警察准备带走犯人时，柯南将小五郎麻醉道出了这件命案的真凶！

佐藤警官左手无名指上突然多出的戒指引起了同事们的关注，连高木也不知这枚戒指的由来，就在他为自己的幸福担忧时，佐藤接到了小兰的报警电话，死者是作家诸口益贵，发现尸体时他正处在一间上锁的密室房间，判断出死者是自杀还是他杀成了破案首要解决的问题，柯南发现这个谨小慎微的作家把戒指戴反了，由此推断，这是起他杀事件，可犯人到底用了什么手法来制造密室？

佐藤警官在分别对三个嫌疑人秘书穴吹晴荣、撰稿人出岛觉治和摄影师垂水进行侦讯之后，并未发现有何异样，就在柯南绞尽脑汁破解密室手法之时，高木警官一句无意的话提醒了他，可是因为佐藤警官在场柯南不便麻醉小五郎，他只能暗中提示，所幸大家在他有意识的引导下，解开了真相。虽然案件解决，但佐藤警官的戒指之谜还有待高木破解。

在阿笠博士的带领下少年侦探团来到了电视台，虽然没能看到《假面超人》的外景拍摄，却遇见了光彦姐姐的偶像摇滚乐团的主唱撒旦鬼塚，由于他的装束好似魔鬼，吓的光彦一时没想到要签名，随后，在大家的陪伴下光彦找到撒旦鬼塚并成功索要签名，元太和步美看到了桌子上的纸鹤兴奋的冲到了休息室，柯南也习惯性的对房间一阵观察，这时，外面传来警铃声，演艺公司的社长被人杀害。

死者因背部被利刃刺中失血过多而死，警方立刻展开了调查，他们首先对撒旦鬼塚进行了侦讯，虽然他可以卸去魔鬼妆假扮送外卖的员工跑去二楼杀人，但大家并未在他的休息室内找到镜子，在没有镜子状态下他如何变回魔鬼妆？柯南一开始就认定社长是鬼塚所杀，可是却苦于想不到他的犯案手法，一筹莫展之际，桌子上的纸鹤和透明尺给了他提示，变身魔鬼之谜终被破解！

竹内先生因为肇事逃逸而被检察官拘留，可妃英理认为竹内既然是自首并主动承认罪行应该有被保释的权利，之后，柯南和小五郎经过调查发现撞人的可能是竹内的妻子，于是，妃英理以此为筹码再次要求放人，可没想到的是竹内才被保释出狱，他就在自家阳台跳楼自杀，而目击证人正是九条检察官，为探寻真相，柯南和小五郎重返案发现场……

妃英理找到企图辞职的九条检察官，并告诉她竹内的死并非自杀而是经过策划的谋杀案件，得知此事九条检察官决定和妃英理一起在法庭上将真相公之于众。审判过程中，小五郎以辩方的特别证人出现，他不但说明了竹内夫妇早已名存实亡的婚姻，还将五年前竹内违法建筑案的内幕也说了出来，然而最关键的竹内死亡之谜还是由柯南道出真相！

服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决(上集)2平次和柯南打电话的时候，讲起了自己在初中时期遇到的一个未曾谋面的劲敌。当时，平次和同学们一起来山里滑雪，不想遇见一起命案，而死者正是着名演员箕轮奖兵，这起案件与四年前曾在这里发生过的命案极其相似，受害者都是死在缆车上并且身边的背包里全是雪。在调查过程中，服部总会从别人口中听到一个同样参与破案的初中生，而这个人正是工藤新一，服部不由和这个“隐形”对手较起了劲。

服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决(下集)随着调查的深入，服部和新一都大概知道了凶手和他犯案的手法，虽然二人都想要抢先对方一步，但还有疑点并没有破解，这时，有希子把另一个版本的雪女故事讲给了新一，同时服部也从自己老爸那里得到启示。天色渐渐暗了下来，接受侦讯的嫌疑人都已焦躁不安，服部冲进小屋将案件的来龙去脉一一道出，几乎是同一时间，新一也在打给警察的电话中说出了真相。

柯南、小兰和园子一起去医院看望国中同学的时候，遇到了拿着照片四处询问的本堂英佑，照片上的人正是水无怜奈，但英佑却坚持认为水无怜奈和姐姐是两个人，于是，小兰打电话给水无怜奈的超级粉丝庵野进行确认，没想到对方竟然说她打错了，随后一行人来到庵野家，他的母亲正准备出门取钱，柯南察觉到事有蹊跷，断定让她打钱的那个人根本就是诈欺犯，在大家的帮助下，诈欺犯被送往了警局，而寻找水无怜奈也进入了正题。

超级粉丝庵野先生看过照片之后十分确定英佑的姐姐就是水无怜奈，他还特意播放了一段水无怜奈在火灾中献血的的影像，但即便如此，英佑还是不承认这个主播就是姐姐，因为她和曾给自己输过血的姐姐的血型不同。几日后，英佑再次来到事务所，说自己会去奥平家取妈妈留下遗物，碰巧小五郎也正准备去那里调查一年前发生的命案，于是，一行人来到奥平家，柯南从亲子手册上确定了英佑的血型，而另一边，小五郎也展开了调查。

死者锻吾是被人捆绑溺毙在泳池中而死，他的一只手上还戴有前管家的手套，作为父亲的角藏认为凶手就是这栋宅邸中的某个人，闻听此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的结论，可是当晚，角藏的房间里就传出花瓶摔碎的声音，当大家赶到时，角藏已上吊身亡，在案发现场高木警官发现疑似角藏所留下的死亡讯息。

警察分别对嫌疑人咏子、菊代和濑川进行了侦讯，可是每个人都有不在场的证明，这时，英佑突然发现自己与母亲的合照不见了，于是柯南，小兰陪他一起去泳池那边寻找，看着锻吾的死亡地点，柯南脑中重现当时的情景，他将所有的线索连成一线，真相浮出水面，随后，他用老方法让小五郎沉睡，并指挥高木重现凶手所使用的手法，没错能这么做的只有那个人！

柯南回家后小兰就告诉他，自从放寒假瑛佑就失去了联系，而在此之前小兰从他那里听说，他好像在杯户中央医院找姐姐的时候发现了关于自己父亲线索，柯南急忙找到茱蒂老师商量对策，并推断出他的父亲就是被黑暗组织杀掉的CIA谍报人员，随后，柯南一行人赶到医院向护士询问英佑的事情，没想到竟然还有另一个人像英佑一样在这家医院打听水无怜奈的事情。

一名老护士告诉柯南，她以前见过英佑并且在他小的时候还因白血病做过手术。另一方面，得知杯户中央医院被黑暗组织入侵后，柯南和FBI立刻对医院的病人进行了排查，其中最具嫌疑的有三个人，为找出那个在医院调查水无怜奈的人，柯南想出了一条妙计，他直接与这三个嫌疑者接触，最终将目标锁定，在接下来的行动中，柯南和FBI又能得到什么样的线索？

当晚，这名潜入医院的黑暗组织同伙南田陆道果然展开了行动，但同时FBI也暴露了行动，南田陆道在驱车逃跑的过程中举枪自尽，虽然柯南破坏了他的手机但他还是通过其他手段将搜集来的信息传给了组织。既然事情发展到这种地步，转院无疑就是在向黑暗组织昭示水无怜奈就在这里，所以只能另想对策。另一方面，英佑伺机潜入了水无怜奈的病房，并发现她早已从昏迷中苏醒。

在FBI制定作战计划的同时黑暗组织就已经展开了行动，他们以南田陆道的名义寄给FBI一盆花，就在柯南推测敌人的意图时，杯户中央医院突然涌来大波病患，这无疑也是黑暗组织的安排，在处理完花盆里埋的炸弹后，医院陆续出现送货员，而这些货物全部都是黑暗组织送的炸弹，如果医院爆炸，后果不堪设想，柯南和赤井秀一又会采取什么行动？

FBI的所有警员立刻将送至各个病房的炸弹进行回收，就在这时，水无怜奈出现在电视上，为一探究竟，所有搜查员都聚集到水无怜奈的病房，却发现她好好的躺在那里，而这其实才是黑暗组织的目的，他们在炸弹上还安装了发讯器，这样一来水无怜奈的位置一目了然。既然已经暴露，那就只能立刻将她转移，为混淆视听，FBI派出了三辆车，但即便如此今恩还是做出了判断。

今恩将目标锁定，就在他们准备采取行动时，水无怜奈突然苏醒并将FBI驾驶员打晕逃回了黑暗组织。然而，这一切都是柯南和赤井秀一所设下的陷阱，柯南早就察觉到英佑在这家医院，并利用他将水无唤醒，之后柯南又戳破水无是CIA的谍报人员的真实身份。既然自己的身份暴露，水无便答应了FBI重新潜入黑暗组织的要求，但条件是他们要保护好自己的弟弟。

柯南在和阿笠博士，步美等人一起去酒店吃自助餐的时候，将事情的来龙去脉全部告诉了灰原，没过一会儿，高木警官赶来办案，柯南询问后得知这家酒店里的一家艺人事务所社长被人枪杀，在他的提醒下，警察抓到了三名有嫌疑作案的人，而其中一名竟然是FBI的搜查官卡梅隆，因为不能暴露身份，所以他接受侦讯时支支吾吾的表现更显可疑，于是，柯南打电话给茱蒂老师让她前来解围。

茱蒂老师以卡梅隆搜查官女朋友的身份出现瞒过了木暮警官，这时，警方找到了一个装有雨衣和凶器的纸袋并且还在死者的便签本上发现了一句疑似死亡讯息的话，根据这些线索，就连第一个发现尸体的女秘书也成了怀疑的对象。另一方面，水无怜奈虽然重新回到黑暗组织，却遭到组织的怀疑，为了证实她是否被FBI所笼络，组织派给她一件任务，那就是杀掉赤井秀一。

警方仍然将嫌疑犯关在一起进行侦讯，期间秘书和英文补习班的老师暂时离开，就在他们离开后，柯南掌握到了关键线索，他让木暮警官准备四把椅子并对他们说一句“咒语”，到时候，凶手自然会露出马脚，到底是什么样的“咒语”？凶手又是这四名嫌疑人中的哪一个？与此同时，明知会有危险的赤井秀一还是按照水无怜奈所发的地址前去赴约。

赤井秀一按照约定来到会面地点，水无怜奈也早已等候在那里，她拔枪直接射穿秀一的肺部，之后又按照今恩的指示朝他的头开枪，这时，巡逻警车赶来，水无怜奈在留下一枚炸弹后匆忙离开。当FBI得知消息后，爆炸的车内只剩下一具烧焦的尸体，在不暴露秀一身份的情况下，茱蒂确认了那具尸体确实是赤井秀一，虽然损失巨大，却保住了水无怜奈。

小五郎带着小兰和柯南一起去美容院接妃英理吃饭的途中听到了奇怪的声音，停车后，他们发现格斗家永作司朗的尸体躺在垃圾堆中，警方立刻赶来调查，他们发现死者的脖颈部位有许多细小的毛发,由此推断永作司朗死亡之前可能在剪头发，这时，给妃英理做头发的美容家叶坂皆代说自己曾和死者是恋人，于是一行人又到她的美容院查看，虽然她有杀人的动机和嫌疑但与此同时她也有不在场的证明。

在前去附近便利店调查的时候，柯南发现路标柱子有擦痕并且在其旁边还有少许堆积成圆形的垃圾，虽然便利店的店员证明叶坂皆代曾在案发时来过这里，但此时的柯南已经可以肯定凶手就是她！之后，柯南又通过确认公路护栏细长的纹路证实了自己的想法，他借小五郎之口让高木警官重现凶手的犯案手法，然而，就在他准备显示证据时，小五郎苏醒，柯南该如何应对这种突发状况呢？

在水无怜奈的事件之后，原本受到FBI人身保护的本堂英佑终于返回了学校，为了庆祝英佑回来，大家在园子的提议下一起前往卡拉OK唱歌，而期间一直有一个神秘男子暗中尾随其后，莫非此人是保护英佑的FBI探员？可是，就在大家唱歌的时候，这名男子在隔壁的包厢里被人杀害，根据监视录影可以推断凶手就在来唱卡拉OK的客人之中。

警察分别对接近过死者的几位嫌疑人进行侦讯，又对他们的包厢展开了搜查，试图在这其中找到消失的凶器，然而却一无所获，期间，警方冲洗出了受害者相机中的照片，发现全都是以园子为主进行拍摄的，就在嫌疑人吵闹着要离开之际，柯南将园子麻醉道出真相。回家的路上，英佑告诉柯南自己将离开日本前往美国，并且他还证实了柯南就是新一的猜想。

以灰原为目标的黑暗组织展开了新的调查，执行此任务的人代号波本。另一方面，同校学生开仁拜托少年侦探团调查住在他们家的奇怪房客，可当柯南他们第二天赶到时，却发现公寓已被大火烧毁，在这片废墟中，警方找到了开仁的日记，他分别给三名房客起绰号为红、白、黄，而黄色的人很有可能就是放火的人。

从日记中得知自己被命名为黑白君后，柯南一下就明白了开仁以颜色为代号的原因，他先将红色的人和白色的人找出来，最后剩下的那个人自然就是纵火犯。案件结束后，其中一名房客冲矢暂时住进了工藤新一的家里，小兰和园子前去打扫卫生时见识到了冲矢的推理，于是，两人计划让新一和冲矢较量一番，所要破解的谜题就是最近在市内传的沸沸扬扬的奇怪纸飞机事件。

根据纸飞机上的图案，柯南和冲矢几乎在同一时间明白这是急救用的摩斯密码，而投纸飞机的人想传达的则是紧急求救的信息，之后，小兰将其他两只纸飞机发到新一的手机上，将这三个带有暗号的纸飞机串联在一起，新一推断出被绑架的人就是电视上成日报道的代田社长以及他所在的地点，得知这些以后，小兰不顾自己的安危冲进了绑匪的据点。

应出版社要求小五郎和知名占星师紫条丽华在她的豪宅进行谈话节目的录制，期间，女演员绿川克拉拉气冲冲的来找紫条商量事情，简单交谈后，紫条便一人回房工作，直到下午吃晚饭的时候也没有见她露面，预感到有事情发生的柯南跑到阳台发现紫条已经死在了房间里，大家从被打破的天窗进入房内，这起密室谋杀案的凶手到底是谁？

电视台要制作与小五郎24小时密切接触的电视节目，为了讨论节目内容，小五郎带着柯南和小兰随节目制作公司的社长染井彰吾一起前往东都电视台制作人中目赖策的家中商讨方案，没想到大门竟然上了锁而且按门铃也没有回应，于是请来管理员打开门进入公寓，出现在他们眼前的是因喝下毒咖啡而身亡的中目的尸体，从在桌面和地面上打翻的咖啡痕迹，柯南看出这是一起密室杀人案。

最有可能犯案的就是第一个冲进房间的染井社长，于是，高木打电话给公司，其中有同事表示曾在案发时间见过染井出入药店，而这件事也从药店员工那里得到了证实，这无疑是染井摆脱嫌疑的最好证明，可他为何只字不提？之后，柯南又注意到了桌子上的蛋糕，在他的提醒下，高木还原了被伪装的案发现场，事已至此，染井主动承认自己的罪行，但柯南却指出凶手另有其人。

园子的叔叔次郎吉因为抓不到基德而整日噩梦缠身，于是，他再次策划了基德抓捕计划，这次他以宝石凉鞋“紫色指甲”为诱饵，并将展示台设在基德不能使用滑翔翼的银座正中央地面上，在粉丝们的期待下基德出现并成功拿到宝石，就在这时，四个路口被巨大的网子隔开，犹如笼中鸟的基德从容不迫，放出烟雾后瞬间移动到了30公尺高的大楼，因为其中一颗宝石是赝品，于是他宣布自己次日还会再来。

为防止基德混入人群，次郎吉将所有人都隔离在防护网外，在众粉丝表示不满的同时，基德也宣告自己不会在如此冷清的舞台表演，在他的煽动下，粉丝们冲破包围网。魔术表演开始以前，他找到死对头柯南并在他身上安装了窃听器，一切准备就绪，基德顺利拿走了宝石鞋子，然而就在他通往楼顶的途中，看破瞬间移动的柯南出现在楼顶……

小五郎，兰，柯南一行人受到虎田直信的委托，负责调查他的儿子义郎离奇死亡的案件，与此同时，服部在虎田的死对头龙尾家调查他儿子康司的死亡，与义郎相同，康司的尸体旁也摆放了一只死蜈蚣。当晚，和叶和小兰看到了身着铠甲的战败武士的影子，得知此事后，龙尾家的绫华神大惊失色跑了出去，而发现她的时候，她已经被吊死在一颗树上，脚下同样出现了一只死蜈蚣。

康司、义郎以及绫华这三位死者有一个共同点，那就是他们曾与阿景和繁次一起挖过武田信玄的秘密金山。之后，柯南和服部去龙尾家查看武田信玄的盔甲时碰巧看到了他常用的军事战略“风林火山”而这正好与康司、义郎和绫华的死亡状况相符合，那么，由此可以推断凶手出接下来可能要施以目标以火刑，就在这时，和叶打来电话说有人倒大火之中，而这个人就是繁次。

警察在案发现场发现了一个笔记本，上面以流动日记的形式写着这四名死者害死甲斐先生的秘密，根据这个笔记本，大和警官推测凶手就是因为内疚而动手杀人的繁次。但是还有疑点并未解开，于是，柯南和服部两人再次来到了绫华的死亡现场，并从一名警察那里听到了关键的线索，凶手就是……

在东京的松阴神社，少年侦探团及时救下了被男子袭击的小早川公子小姐，为了寻找她爷爷藏起来的足以买下国家价值连城的宝藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口车站，遇到了自称是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到这并非他的真名，到达之后，他们又发现了新的暗号，顺着线索来到了萩市，没想到袭击公子小姐的人那些人将灰原、光彦和公子小姐带走。

没过多久，绑匪就打来电话威胁柯南他们尽快找到宝藏，不然难保灰原他们安全。人命关天，柯南绞尽脑汁想要破解暗号，他发现萩市地图与猫图相吻合，而猫眼的地方就是线索的所在，于是，他们来到了円政寺，并在这里找到了日记中被撕掉的一页，柯南将这些零散的图片拼接成一条路线，大伙儿照此地图找到了一个地下山洞，就在宝物将要到手之时，黑衣人绑匪出现……

小五郎、柯南、小兰和白鸟一行人应本城之邀，前来参加葡萄酒协会会长广濑的70岁寿宴。宴会开始前，柯南和小兰两人遇到了发生争执的本城和赤丸，并且在搭乘缆车的时候，柯南还目睹了本城杀害赤丸的场景，于是，他迅速赶往现场，却发现尸体早已被本城转移。然而，品酒环节的一个纰漏，让柯南推断出了事情的真相，他巧妙用计将本城的罪行公之于众。

工藤收到屋田诚人的信，信上说他一年前办的案子有差错让他重新调查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他们一起前往那个村庄。柯南只身来到了信上所说的地址，不想被关进了小木屋，就在这时，他因为误食解药的身体开始发生变化，逃脱期间掉进了旁边的湖里，被人发现时他已经失去记忆。为了让他想起过去，服部一行带着新一来到了当时的案发现场日源村长家，并在这里碰见了记者河内深里以及屋田诚人的同学水川萌生。

虽然没找到什么关键线索，但小五郎他们却从当地人口中得知了死罗神的传说，难道这一切都是死罗神的惩罚？次日一大早，新一就独自前往日源村长家，当服部赶到时，竟然看到新一满身是血的站在记者河内深里旁边，他深信凶手一定不是新一，于是在警察赶到前将他藏到了后车厢，并且还特意交代让小兰、和叶等人暂时瞒过警察，可小兰却突然跑进了森林……

小兰从昏迷中醒来时发现自己在一个小木屋里，并且身上的伤也被人包扎好了，这时，小五郎他们也找到了这里，服部在隔壁的房间发现了很多新线索，他把案件从新理顺后，将所有人都叫到了村长家，并指认这个用刀刺伤河内深里的人就是他身旁的工藤新一，没想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主动承认自己的罪行，就在这时，死罗神出现。

死罗神和服部一唱一和，两人一起揭穿了假新一的身份并且还将当年村长及其妻子遇害一案再次向大家说明，而这个死罗神自然也就是工藤新一本人。案件结束后，新一的身体再次发生变化，幸亏灰原的及时赶到，新一才保住了秘密不被发现，在驱车回家的途中，一辆车很危险的在马路上行驶，当大家努力将其拦下后却发现开车的人已被人勒死。

根据死者身上残留的余温，新一和服部推断出凶手就在这附近，他们借用偶然碰见的高木警官的权力封锁了收费站，并且很快将犯人锁定在三个人身上，之后，他们又在死者的车窗上发现了两个小孔，这无疑是揪出凶手的关键性线索，然而，灰原给新一的药即将失效，新一该如何应对？小兰一直吞吞吐吐想要告诉他的话又是什么？

少年侦探团一行人坐阿笠博士的车去露营，但车子因为没油停在了半路而进退两难，正好古董车车主周藤豪贵路过此地，他不但没有帮助柯南他们还留下了狠毒的话离开，没过多久山上的别墅发生了爆炸事件，当大家赶到时，看到的却是在熊熊大火中燃烧的古董车和他悲痛欲绝的未婚妻银林惠奈，乍看似乎是起意外事故，可惠奈的态度引起了柯南的怀疑，难道凶手就是她？

从其他人的谈话中，柯南得知在这起爆炸事件发生之前，曾经也有油桶被打翻的情况，并且周藤豪贵死前所穿的衣服是未婚妻银林惠奈所送的羊毛衫，根据这些线索再加上灰原无意的提示，柯南将凶手锁定，他以警方要录口讯为由将不知情的凶手带走，并在车库中重现犯案时所用的手法让她自己露出了马脚。

证券员岛平贵文被人用来福枪打死，而嫌疑人正是咖啡店服务员小梓的哥哥杉人，为抓捕逃逸的嫌疑犯，警方从小梓着手调查，就在这时，杉人给妹妹发来了一张照片，同时门铃响起，小梓收到了哥哥寄来的包裹，看过包裹后，小梓以外出买东西为由摆脱了警察的监控，这个包裹到底向小梓传达了什么讯息？

小五郎应邀去一个剧团监控现场状况，查看中柯南误入道具室，没想到他竟然在那里听到了演员驹塚的杀人计划，而且自己还十分不幸的被驹塚发现并监禁了起来，计划逃跑的这段时间内，演员伴野和矢吹陆续来到这里在道具上做手脚，得知了三个心怀鬼胎的人所制定的杀人计划后，柯南能否在戏剧开始前阻止他们的杀人行动？

柯南和小兰来到妃英理的事务所，期间，女子柔道冠军有沢悠子前来拜访，为了商量让她丈夫困扰的跟踪狂事件，一行人准备前往有沢家调查，不想出发前，她的丈夫说自己正在参加朋友的守灵可能会晚点回去，于是大家决定吃完晚饭再去会面，没想到当柯南他们如约到达时，有沢的丈夫已经陈尸家中，柯南和妃英理都察觉到有沢悠子很可疑，可是她却有不在场证明。

因为柯南和妃英理一直想不出嫌疑人有沢悠子所使用的手法，小兰趁机怂恿妃英理打电话给小五郎，没想到电话另一头却传来打麻将的声音，气愤的妃英理挂掉电话后，突然想起了小五郎以前常常使用的录音小把戏，如果死者也曾使用同样的手法骗有沢悠子的话，那么关于这起案件的所有的疑问都能迎刃而解。

最近，都市里出现了一名专门袭击长发女子的榔头男，警方根据目击者的通报找到了榔头男的住所并在周围展开了监视，期间，有三个人陆续进出过榔头男的房间，他们分别是宅配快递员、机车送货员和披萨外送员，考虑到这可能是凶嫌所使用的调虎离山计，警方匆忙冲进了他的房间，不想却发现一名疑似榔头男的人倒在屋内。

在屋内调查的过程中，柯南发现了多处疑点，干净的浴室、没有插电的刮胡刀、消失的牙刷以及洗衣机内的衣服，就在他苦思冥想到底谁是凶手时，园子无意中的一句话提醒了他，原来榔头男从一开始就不存在，这不过是都市传而已，就在目暮警官等人一头雾水时，柯南将园子麻醉，利用变声领结道出了真相。

30年前，庄堂胡桃被一位少年从车祸中救回一命，如今，她想把偶然中得的一亿奖金转送给自己的恩人，线索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海滩的记忆，期间，有两名男子前来认领，为了辨认谁才是正牌货，柯南他们来到了庄堂家，没想到在这里碰到了正在追查快要超过追诉期的杀人案的目暮警官，因为那名凶手身上也有一道伤痕。当晚，小五郎泡澡的时候，发现管家保谷泰辅背上有一道伤痕，胡桃回忆中的少年究竟是谁呢？

柯南在和大家一起吃寿司的时候将小五郎麻醉，当面戳穿了前来领奖的两名冒牌货，帮胡桃找到了记忆中的少年。虽然这件事情成功解决，但是十五年前的连续杀人案却依旧找不到眉目，案件将在三天后失效，可目前追查凶手的线索却只有有两条。在柯南一行人去步美家玩的时候，灰原说自己在这栋公寓里遇见了一个穿着大衣吹着口哨的男人，难道十五年前的杀人凶手出现了？

对三天后即将失效的杀人案凶手不断发出挑衅言论的犯罪心理学家平栋堂次，在自己家中遭到杀害，凶手在他的背上刻下了Z字型伤痕。为找寻更多的线索，柯南等人跟着高木警官来到了二十年前的受害人家中询问相关案情，虽然只得到了零星线索，但柯南却将它们串联起来并发现了共同点，那就是这四名被害者或许是一起打麻将的牌友，于是，高木和柯南等人决定顺藤摸瓜，逐一调查他们可能去过的麻将馆。

柯南他们很快就找到了被害者们常去的麻将馆，并从老板那里得知，曾有一个叫鬼保独郎的人与平栋堂次发生过冲突，抓到嫌疑犯后，高木警官便前去找曾听到凶手声音的锅井永贵做指认，没想刚进门就被人打昏。另一边，柯南因为步美一句玩笑话，突然想通了Z的含义并说凶案早在十五年前就结束了，此次凶案的发生不过是模仿犯所为而凶手就在被害者的家属之中。

传说中的幽灵鬼屋里住进了一个奇怪的大叔，但当柯南他们赶去调查时看见的却是整齐的庭院。不幸的是这个整理庭院的大叔第二天就因病去世了，在庭院门口，少年侦探团遇到了前来取画的画商并从他的口中得知住在这里的人是画家和田，可是大家找遍了房子也没能找到画作，就在他们要放弃之时，来了两名前来看画的客人，而这个人正是和田失忆的阿姨，为了让疼爱自己的阿姨恢复记忆，和田到底创作了怎样一幅画？

铃木次郎吉宅邸中的大保险柜——铁狸是由幕末的机关师三水吉右门卫制造的无法攻陷的最强保险柜。针对铁狸，怪盗基德抛出了挑战书，扬言自己将打开那个击退了无数盗贼的坚固门扉，然而在铁狸外，次郎吉还安装了与重量传感器联动的防盗装置，任谁想要接近保险柜都极其困难。在预告作案的当天，中森警官率领警队进行了严密的布防，可是基德的第二封预告信还是出现在了保险柜前，难道他已潜入宅邸？

女仆？ 秘书？还是保镖？貌似每一个人都像是基德伪装的，就连次郎吉也遭到了警察的怀疑，他像往常一样检查金库，之后，便以与茶木警士长吃饭为由先行离开，可没过多久，茶木警士长就来到了这座宅邸并否认自己与次郎吉有约，与此同时，女仆急匆匆跑来说发现次郎吉躺在衣柜里，中森警官立刻发动警力去追捕离开的次郎吉，可是那个人真的是基德吗？

小五郎、柯南和小兰去镰仓看绣球花的时候遇见了一桩命案，死者是资产家矢口九卫门，警方立刻联系了死者的儿子禄郎、明彦和公夫，分别对他们进行侦讯，发现每个人都有作案动机和嫌疑，但他们却有不在场的证明。死者的三个儿子不但没有为父亲的死感到悲伤反而因为遗产分配问题争吵不休，看透真相的柯南将小五郎麻醉道出老先生的死因以及一个父亲的哀伤。

小五郎受浦生良造的委托帮忙找能够证明他清白的目击证人，本以为小事一桩，没想到出乎意料的困难。几日之后，浦生良造的遗体被人发现，因为五年前他曾有过含冤被抓的经历，因此不愿再次承受这样痛苦的他选择了自杀，然而，小五郎认为这是一起他杀事件，于是他联手老友竹冈一起调查。之后，他们找到了死者的外甥京介并将他锁定为嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，与此同时也找到了他的不在场证明，小五郎认为这都是自己所造成的结果，于是决定摘掉事务所的招牌。

柯南认为这并非单纯的自杀事件，期间一定存在凶手X，于是他匆忙跑去调查，与此同时，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察觉到了蛛丝马迹，当他赶到与浦生良造初次见面的餐馆时碰巧遇见了柯南，两人一起寻找线索，虽然关键性的证据被暗中袭来的凶手抢走，但小五郎还是知道了凶手是谁，面对真相与友谊，身为侦探的小五郎该做何选择？

前往海边钓鱼的柯南等人，在和代替阿笠博士来迎接他们的冲矢昴一起回去的路上，顺道去了有着神奇传说的一角岩参观，在这里大伙儿看到岩石上面刻着“青鱼、鲤鱼、鲷鱼和比目鱼”四种鱼名并且还发现了一名身穿潜水服的女性遗体，虽然状似意外脱水而亡但这却瞒不过柯南的眼睛，根据口红和调节器他推断出这是一起杀人事件。

根据岩石上的暗号以及死者潜水表上刻意抹去的字，步美、光彦和元太三人展开了讨论，虽然没有揭示出这些信息的含义但柯南和冲矢昴却从他们那里得到了启示，就在与死者一起潜水的三个同伴吵闹着要离开一角岩时，警察却在柯南的提醒下找到了杀人犯，没想到凶手竟然以步美为人质想要逃脱抓捕，所幸冲矢昴出手相救，然而这个成为大家英雄的人却总给灰原一种无形的压迫感。

柯南、小兰和小五郎在百货公司吃饭的时候，结识了乐队吉他手中村悠介，之后，小兰和他一起去地下室拿取CD，没想到竟然在休息室看到了主唱渡边友纪子的尸体，警方立刻展开调查并且对乐队其他人进行侦讯，每个人都有杀人的动机和嫌疑，就在他们互相指责怀疑之时，柯南在八楼发现了关键性的线索，凶手果然就是那个人！

传说中驾驶白色FD横扫冬名山的银白魔女，引起了小五郎调查的兴趣，于是，他带着柯南和小兰向冬名山进发，浓雾弥漫的山中魔女的FD果然出现了，小五郎拼命追赶，而魔女却消失在没有路的云雾之中，他立刻与正在盘查的山村警官联系并拦下了所有的白色FD，有三组车手接受了盘查，银白魔女是否就在他们之中？

这三辆白色FD的后备箱中分别放置了钓鱼杆、高尔夫球袋和橡皮艇，就在警方准备进一步调查时，曾经与银白魔女有过一面之缘的山村警官的奶奶否认了银白魔女就在他们其中，虽然没能找到魔女，但柯南却注意到有一组车手的供词中有疑点，于是，他和小五郎再次驶向雾蒙蒙的冬名山，而魔女的白色FD也再次出现，这一次他们能成功狩猎魔女吗？

游戏公司社长的恩田和美遭到凶手枪击身亡，小流氓大岭良介涉嫌重大因此被通缉，他在购物中心劫持一名少女作为人质正打算逃跑时，被柯南发现，他成功救出了女孩但自己却成为了新人质，大岭驱车摆脱了警方的追击，带柯南来到一处地下室躲藏，期间，柯南试图逃跑却遭到不明人士的枪袭，所幸大岭出手相救，柯南开始怀疑这个为自己负伤的人是否真的是杀人犯，或许这起杀人案的背后还隐藏着不可告人的内幕！

差点被警察发现的柯南和大岭及时被阿笠博士带走，之后小五郎也赶到阿笠博士家，听完柯南的分析，大家决定先找到大岭当时所使用的空包弹手枪，被柯南找到的手枪成为了大岭洗清嫌疑的关键证据，接下来就是寻找将罪名嫁祸给大岭的真凶，柯南再次前往遭到枪袭的地下室，并在这里发现了凶手留下的线索，为了让凶手自己露出马脚，柯南计划了一出好戏……

阿笠博士带柯南他们一起去吃回转寿司的时候，遇见了一个让人反感的客人我妻，他不仅挖苦元太和周遭的客人，而且还与这里的店长发生争执，当柯南他们准备离开这种不愉快的氛围时，我妻突然十分痛苦的倒地不起，柯南立刻判断出他是被人毒杀，有三个曾与死者有过节的人成为了首要怀疑对象，然而警察并未从他们身上到隐藏的毒药，凶手到底是谁？他又是如何让我妻拿到沾有毒药的盘子？

虽然警方再次对这三名嫌疑人进行询问，但因为每个人都坐在看不到我妻点餐内容的位置，所以根本无法预知死者会拿哪一盘寿司，案件再遇瓶颈，这时柯南在我妻的回转台上看到了塑胶包装的一角，加之博士向灰原借手帕这一细节，他突然明白了凶手的作案手法，那么凶手一定是他！于是，柯南以阿笠博士为掩护当场指认凶手……

日卖电视台的特别节目《全国小岛先生选手权大赛》即将开始，冠军将会赢得一千万元的奖金和一幅价值不菲的水墨画轴，幸运的是元太的父亲经过层层筛选获得了参加决赛的资格，然而，就在比赛开始之前，主办者小岛权作不知被谁推下了楼梯因而导致死亡，其中能够使用这个楼梯的人就只有进入决赛的三名小岛先生，元太的父亲也成为了嫌疑人之一，问题的关键是到底谁才是元太的爸爸？

警方在将这三个嫌疑人分开侦讯之后，又在死者的包里发现了一把手枪和强盗集团百鬼夜行留下的字条，并从小岛权作的秘书那里得知，他举办此次活动是为了寻找杀死自己爱犬的同叫小岛的强盗头目，于是柯南利用与死者相同的方法找出凶手，虽然证据被销毁，但他巧施妙计让凶手自己主动承认了罪行。

小五郎曾抓捕过的杀人犯富樫文孝，在假释的第二天再次因为杀人被抓进了警局，小五郎深信决定重现做人的他不会再做出这种杀人的事情，便在侦讯室里劝导他说出真相，可是富樫却一直保持沉默。另一方面，柯南和高木警官再次来到案发现场进行调查，根据目击者的证词以及附近便利店的监视影像，柯南发现事情的真相并非那么简单，因为案发现场除了富樫还有另外一个人。

为了让扭伤脚的柯南疗养脚伤，大伙儿一起来到城崎温泉，然而，小兰却突然失踪，柯南从光彦他们所拍的照片上看到小兰和一个小女孩在一起，同时照片上还出现了一个行踪可疑的男人。这时，柯南他们遇到了服部，他受人委托前来找一个叫阳菜的女孩，而她正是和小兰在一起的那个孩子。据阳菜的父亲周平所说，在阳菜失踪的同时他美术馆里的展品彩虹之子也不翼而飞。就在大家四处进行寻找时，阳菜和小兰遇到了危险。

从昏迷中醒来的阳菜趁父母争吵之际悄悄溜出医院，按照歹徒的指示去拿彩虹之子，而这一切都在柯南的预计范围内，他让服部暗中进行追踪，期间，小兰用她捡到的步美的徽章联系上了少年侦探团并暗示她所在的地点，虽然歹徒发现了服部等人，但柯南还是找到了阳菜和歹徒要去的地方，见势不妙想要逃跑的歹徒被得到救援的小兰一招制服，然而，幕后的指使者却另有其人。

小五郎，柯南和小兰三人在前往泡温泉的路上遇到了一起交通意外，其中驾驶红色车子的速水当场死亡，另一位车主车谷整司则身受重伤，据当地交警说发生车祸的原因可能是因为冲撞路线现象，但柯南却并不认为这是单纯的交通事故，因为他之前曾在便利店见过这两辆车子，当时明明是开往不同的方向为什么会如此巧合的发生相撞，调查之后，事情果然如他料想一般，这是一起有预谋的杀人案。

阿笠博士的金龟车在半路抛锚，导致他和灰原只能在路边等便车，碰巧这时来了一辆前往东京的车子，车主是一对古怪的情侣，并且灰原还在车内发现了弹孔和血迹，更恐怖的是她听到这对情侣说要找到柯南把他弄个半死之类的话，惊恐的灰原趁机打电话向柯南求救，没想到一直按照柯南指示的她竟然被这对情侣抓个正着，这两个人是黑暗组织成员吗？柯南又是出于什么原因让灰原和博士乖乖被抓？

这两人竟然是长野县警官上原由衣和大和敢助，他们此次前来的目的是让柯南和小五郎帮忙破解沾满鲜血的赤壁之谜！于是一行人来到案发的希望之馆，这里曾经住着六个很有才华的年轻人，自从三年前一名女性小葵心脏病发去世之后，她的丈夫明石周作就独自一人留在馆内生活，可是他却被人锁在馆内的屋中活活饿死，如今能看到的只有他留下的奇特死亡讯息，这时，大和警官的死对头诸伏高明警官也来到馆内进行调查。

意外的是门把上留下的指纹竟然是诸伏高明警官的部下，为找寻更多线索，大和刻意让柯南跟着高明警官去曾经住在别馆里的翠川尚树、山吹绍二、百濑卓人和直木司郎家进行询问，高明警官谎称在门把上检验出他们的指纹来观察他们的反应，不所料直木司郎听说了这件事之后神色紧张，就在大家以为他是凶手，准备进一步进行调查时，直木司郎被人杀死，而他家里的其中一面墙壁被涂成了红色。

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三个嫌疑人展开询问，可是每个人都有不在案发现场的证明，与此同时，只身一人在公馆思考赤壁之谜的高明遭到了凶手的袭击，在失去意识之前他向大和传了一条“孔明之死”的讯息，当柯南他们赶到公馆后这里已是熊熊大火，所幸上原由衣及时将高明救出，把他送到医院的时候，小兰对医生们不同颜色的衣服表示好奇，而这个问题正好给了柯南和大和提示，让他们破解了赤壁之谜！

案件终于有了眉目，就在柯南和大和针对谜题展开讨论时，高明从昏迷中苏醒，三人一起计划了一出空城计。他们故意对三个嫌疑人放出关键信息，引诱他前去直木司郎家找重要的证据，果然不所料凶手暗中潜伏在直木司郎家附近，为了让狡猾的他放松警惕，柯南联合小兰、大和等人上演了一场能证明周遭没有警察的犯罪戏码，引诱凶手自投罗网。

小五郎受邀来到Nijimura品牌店，却正好目击社长仁地村被人绑架的画面。社长的妻子兼副社长沙希，按照绑架犯的要求带着一亿赎金搭电车解救人质，就在电车开往中户吕铁桥的时候，沙希按照指示将包包从窗户丢到河里，而此刻正赶上泄洪，包包随着增加的河水被冲走，待警方在五公里外的河岸发现时，赎金已经被犯人拿走，而社长仁地村也被杀害。虽然事情已经结束，但柯南和小五郎却重返现场进行调查，并发现……

为了陪光彦把压岁钱存进账户，柯南、步美和灰原等人一起来到帝都银行，可元太因为吃太多胃痛了起来，就在博士和灰原外出买药期间，一波带着面具的抢匪突然闯进银行，前来取钱的茱蒂老师以及一名貌似赤井秀一的人也成为了他们的人质，虽然茱蒂用美人计在厕所独立击倒一名抢匪，却不幸被同伙发现，事已至此，少年侦探团成为了将徒制服的唯一希望！

柯南用变声领结将其中一名抢匪引到厕所并和大家一起将他制服，根据茱蒂老师提供的线索即抢匪注重时间以及让认识的人互相捆绑这两点，柯南推断出了抢匪的目的以及他们的逃跑计划，于是，少年侦探团在柯南的指挥下相互配合，争分夺秒的把即将爆炸的炸弹送进电梯里，之后，柯南又将计就计把混在人质中剩下的三名人质揪了出来，本以为一切就此结束，没想到……

为了出席宴会，小五郎来到一家理发店刮胡子，这里除了店长还有一名正在敷脸的客人，就在小五郎享受敷脸的时候，店内突然发生巨响，他和那位客人拿掉毛巾后，发现店长已经横尸躺在了地上，在尸体的旁边有一个假发和飞镖，根据这些警方将嫌疑犯锁定在飞镖爱好会中的三名成员，而且三个人都有犯罪的动机，这时，步美提供了重要的证词，柯南也发现了事情的真相，没错，凶手就是他！

柯南被小五郎拜托照顾一个叫圣诞的两岁孩子，因为他的妈妈石川茂子最近总是被不明人士跟踪，于是小五郎暗中进行保护，没想到在茂子帮清洁公司送衣服是时候被人绑架，为解救人质寻找更多的线索，柯南和圣诞来到他的家里进行调查，在一片狼藉的屋内柯南发现了鸟的羽毛，这一定是从歹徒身上掉下来的，之后，他和圣诞一起展开了行动，最终柯南找到绑架犯，而这一切竟然是一场无声的误会！

小五郎带柯南和小兰去露天浴场泡温泉的时候，听到了咔嚓咔嚓的石头滑落声，当他们寻声赶到后，发现不动产社长梅津英章已经没了呼吸，这起看似意外的事件其实是桩蓄意杀人案，警察对在场的嫌疑人即死者的女儿麻丽、泰子、秘书八木桥以及浴场老板进行侦讯，期间，一条拧干的毛巾从麻丽的包包中掉了出来，小五郎认为这是她为了不留指纹而使用手法，就在他准备揭穿所谓的凶手时，知道真相的柯南将他麻醉揪出了真正的凶手！

少年侦探团与白鸟警官在电影院偶遇，期间，他回想起了自己想要成为警官的理由，这时，一名叫笠仓那海的小姐与大家相识，并且她与白鸟警官曾经相识过女孩一样，会用吸管包装纸做成的花带装饰乐杯，难道她就是白鸟回忆中的少女？在听说那海被跟踪狂骚扰之后 ，大家一起前往她现居住的公寓 却在发现她的男友横尸家中，这是跟踪狂犯下的命案吗？还是这根本就是那海的自导自演？

警方在那海的家中并没有发现跟踪狂出现的痕迹 ，可是凶手如果是那海，她又是如何犯案的呢？因为她的不在场证明人正是白鸟警官。白鸟警官打电话让高木在电影院调查，并让他买饮料证实自己的想法，虽然这个结果让白鸟警官难以承受，但是为了揭露真相，他揪出了凶手并破解了她的犯案手法，待一切尘埃落定，白鸟警官陷入了消沉的漩涡，就在这时出现了一个人……

柯南、小兰和小五郎在咖啡厅结识了一名叫高畑响子的女士，她从警察那里得知的妹夫福岛意外死亡后就匆忙赶回家中，现场除了尸体还有散弹枪和坠落的吊灯，警察准备以意外事件结案，但身为死者同学的千叶警官却认为事情没有那么简单，他和同样持有怀疑态度的柯南暗自展开了调查，不出所料这果然是一起有预谋的杀人事件！

妖怪仓库是把贵重的物品放进里面就会立刻消失的仓库，少年侦探团为了弄清真相决定一探究竟，元太他们为了让柯南露出无话可说的表情而干劲满满。在调查了仓库内部之后，柯南只看到了地板上留下的零星脚印和嵌在墙上的大算盘，除此之外别无他物。但从外面的天窗向里面看的话，就能看到堆积如山的宝物，可意外的是当再次打开仓库的门时，里面的宝物就全都消失不见，柯南提出的天花板和地板机关的猜想被光彦等人否认，难道妖怪仓库真的存在？

大家二次来到仓库后发现了在门上方供奉着的神坛，而让柯南更为好奇的是神坛对面的大算盘，这很可能是启动机关的钥匙，仔细观察仓库之后，柯南发现了其中的蹊跷，他叫来警察与他一起根据灰尘的多少拨动算珠，果不其然，天花板渐渐向下移动，警察不仅在这里找到了被盗的宝物还抓住了偷盗者，案件结束后，柯南揪出了那个一直暗中帮助元太他们的“军师”，而这个人正是……

服部把和叶的护身符错交给了国末照明，为了要回装有服部照片的护身符，二人到东京。他们找到国末的朋友并随他来到一家运动咖啡馆，不想国末却在厕所里被人殴打昏迷不醒。于是，柯南、服部和高木警官一起展开调查，他们把嫌疑人的范围缩小到三个人，并推断国末白天观看的比赛和这起事件有密切关系，可是他看的到底是什么比赛？这三个嫌疑人的证词中又隐藏着什么线索？

因为警方并未从国末身上发现相关门票所以也无法判断他所观看的比赛内容，就在三名嫌疑人吵闹着要回去的时候，柯南和服部说他们已经知道了凶手是谁，然而却苦于没有证据，这时电视上体育赛事的转播给了他们两人提示，凶手就是他！案件结束之后，大伙一起去医院看望苏醒的国末，期间，警方将和叶的护身符交给了服部，得知和叶秘密的服部会有怎样的反应？

柯南、小五郎陪园子和小兰逛街的时候，在公园的厕所里发现了一具被不明人士勒毙的女尸，身穿流行哥特萝莉装的被害者名叫久濑，柯南他们之前曾在新宿的咖啡厅与她有过一面之缘，她当时只在座位上坐了一下什么也没点就去了店外的厕所，之后与她约见的朋友庄堂来到店里，但久濑却再也没有出现。虽然柯南他们怀疑庄堂就是凶手，但她却有完美的不在场证明。

在咖啡厅进行调查的时候，柯南提醒警方和小五郎，他们曾见到的久濑或许并不是她本人，这时，庄堂提议带他们去久濑买洋装的服装店，并证实了久濑一个人来买衣服的事实，加之在咖啡厅打碎的杯子上检测到久濑的指纹，这些无疑都成了庄堂无法犯案的证明，然而，不论计划多么严密，都无法瞒过柯南的眼睛，他将喋喋不休的小五郎麻醉并躲在柜台后面道出了真相。

阿笠博士和少年侦探团在河滩看萤火虫的时候，垂水打电话给运来萤火虫的中岭，不想电话的另一边却传来痛苦的呻吟声，于是大伙儿匆忙驱车赶往事发地点，到达时中岭已经在自己的车子里停止了呼吸，在他的旁边还有一瓶有毒的饮料，有四人具有犯案嫌疑小和田道武以及他的女儿小葵、垂水和达马，就在鸣龙梳理案情时，柯南注意到了元太从垂水车上拿的手电筒，这正是破案的关键！

就在步美、元太他们因为明天看不到期待的球员上场而唉声叹气时，结识了一个名叫代田恭三的男人，他将对明天无限憧憬的正能量传达给了少年侦探团，大家也因此变的积极起来，但柯南却察觉到这个人的异常，果不其然这个看似充满希望的人却企图卧轨自杀，这到底是为了什么？小兰误接了“红色长袖t恤之谜”的委托，于是，柯南和小五郎一起去百货公司会见委托人，不想却在这里遇到……

柯南他们在米花百货大楼里遇到了一个被不明人士绑满炸弹的男人，他说歹徒的目的是为了抓住每周给他寄红色t恤的人，如果找不到那个人，歹徒将引爆散落在各处的炸弹，面对如此危机的状况，柯南将如何应对？与此同时，貌似赤井秀一的烧伤男性也出现在了这栋大厦中，他给茱蒂老师留下“此处有危险”的讯息后消失不见，而得知赤井出没米花百货消息的黑衣组织也展开了行动，这个人真的是赤井秀一吗？

虽然根据收据知道了这13件t恤是在每个周日的12：28所购买的物品，但专柜的销售员却不记得购买人的长相，与此同时，柯南从t恤上奇怪的折痕调查出了十多年前的登山家遇难事故，而这似乎与这起爆炸事件有特殊的关联，就在人质们开始躁动的时候，柯南将小五郎麻醉，并指出了放置炸弹的幕后黑手，而他就是……

这个安置炸弹引起恐慌的不是别人，正是扮演无辜公民的绑着炸弹的那个男人，柯南不仅揭穿了他的身份还将他曾经杀人的事情公之于众，案件圆满解决之后，柯南看到了不不明人士传给小五郎的推理简讯，根据目击者所说传简讯的那人很可能就是面带伤疤的赤井秀一，待柯南追出去的时候发现赤井已经离开了大厦，而蓄意暗杀他的黑衣组织也因接到幕后老板的指示撤消了暗杀行动。

小五郎应“草莓双人组”中藤森朝子之邀前来参加她的庆生会，没想到开门的朝子小姐竟然一脸惊恐满身是血的出现在小五郎面前，她说有人突然闯入屋内向她发动袭击，进屋后，柯南发现了一具头戴僵尸面罩的的尸体，而这个人正是朝子小姐的搭档今冈次郎，警方把这起案件初步断定为正当防卫，但柯南却察觉到这是一起蓄意谋杀案！

白鸟警官记忆中的少女小林老师在烟火大会的夜晚目击了一场谋杀案件，作为证人的她向白鸟警官提供了三条线索即凶手和死者争执的声音、疑似搬家公司的货车以及凶手的背影，在警局接受侦讯的期间，小林老师无意中得知白鸟警官曾追求过和自己很像的佐藤警官，这个消息沉重打击了小林老师，难道自己只是佐藤警官的替身？抱有这样想法的她该如何面对白鸟警官。

警方将犯案嫌疑锁定在三个人身上，侦讯中警察发现他们都对唯利是图的死者恨之入骨，之后，小林老师魂不守舍的听完了其中两人的录音但表示这都不是凶手的声音便匆匆离开了警局。次日，白鸟警官主动来到帝丹小学向误会他的小林老师表明心迹，不想却遭到了拒绝，当晚，情绪低落的小林老师一人在学校值班，然而，危险却悄悄向她逼近……

就在凶手企图用球棒袭击被骗到音乐室的小林老师时，他却反过来被小林老师撂倒，这时，少年侦探团和白鸟警官出现，原来小林老师早已被白鸟警官所保护而眼前这个人正是佐藤警官，期间，小林老师想起了以前在书店发生的事情，误会消除的二人重归于好。麒麟角是铃木次郎吉在山中寺庙发现的宝物，而基德又以此为目标出了预告函，次郎吉率领基德无法乔装的少年侦探团以及进行直播的工作人员来到寺庙，麒麟像被藏在寺庙的立柱中间，想要拿取它并非易事……

为了消除基德伪装成他人的可能，少年侦探团分别承担起了看守四个台座的重任，就在这时，屋内突然停电，只能听见电流嗞嗞的声音以及窗外吹进的风的呼呼声，屋内很快恢复了光亮，但大家发现在这短短的一分钟内，基德不动声响的将柯南电晕打开中间的立柱盗走了麒麟角，灰原发现这四个台座分别代表了四神兽，这或许与三水吉右卫门刻在柱子上的话相关，在没有柯南的帮助下，少年侦探团能否找到被盗的麒麟角？

灰原要求查看电视台在黑暗中拍摄的影像，然而除了电流被切断的声音和风声并没发现有任何异样，就在案件找不到头绪时，大人们便开始互相怀疑，这时，柯南苏醒过来，但是他让元太他们对此事暂时保密，根据基德在台座上贴的卡片，柯南知道了右卫门刻在柱子上的话以及基德的真身，他让少年侦探团戳穿他的身份，这一次基德能否成功脱身？

小五郎带柯南和小兰去菜园屋顶的时候，发现了其中一块菜田主人中村的尸体，表面上看像是因为脚底打滑磕到了后脑勺的意外死亡，但柯南察觉到了其中的蹊跷，警察找来屋顶菜园的其他三名种植者进行侦讯，每个人都没有不在场的证明，并且其中一人的供词却引起了柯南的注意，当大伙儿再次来到菜园进行现场调查时，柯南发现了一块奇怪的砖头，而这无疑是找出凶手的关键线索。

小兰从小五郎的钱包里发现了五万日元的项链收据，这似乎是要送给妃英理的生日礼物，得知这件事后小兰发挥惊人的手气抽到了饭店住宿券，等到生日那天柯南他们一起来到饭店并享受了一顿豪华的晚餐，可小五郎却丝毫没有赠送礼物的意思，一气之下妃英理独自返回房间，可小兰却想尽办法让小五郎在生日结束前送出礼物，没想到进入妃英理的房间后竟然发现了一具女尸。

小五郎和警察立刻对与死者有关的人士展开侦讯，虽然三个嫌疑犯都很有犯案的动机，可是却苦于找不到证据而且杀人手法也难以破解，当晚，柯南发现了小五郎早早就准备好放在枕头底下的礼物，并且还从他的梦话得到了启示。为了给小五郎在这个特殊的日子提供表现的机会，柯南暗中提醒，所幸小五郎一点就通知道了凶及其犯案的手法。案件结束后，小五郎深情款款拿出礼物，可是这个迷糊的侦探却记错了日子。

阿笠博士带着少年侦探团一起去参观西田在家里建造的水族馆时，遇到了旅行回来的西田的学生井村，他们用备用钥匙进了房子，没想到光彦和元太竟然在厕所的浴缸里发现了西田的尸体，柯南注意到了死者脖子上的针孔、手指上的粘着剂、关闭的浴室电灯，并且还在步美的提醒下看到了水族箱里死去的虾，这种种迹象表明西田是被人蓄意谋杀的，可是警察确认为这是意外事件，就在他们准备结案时，柯南说出了真相！

柯南他们一行人前往乱舞璃神社的酉日集市，没想到园子的背包竟然被头戴火男面具的酉之男抢走。在他们第三酉日来到乱舞璃神社时，酉之男再次出现并刺伤复读生益子士郎，益子昏迷前说“不是酉是猴子”并比划出数字九，可这到底是什么意思？之后，警方在酉之男藏身的公园厕所里发现了三名男子火野辰男、猿川久巳、水江申次，同时还在小兰的钱包里发现了一粒纽扣，当得知这是酉之男的纽扣后，警方对三人展开了搜查……

警察并没有在三个嫌疑人的家中发现有同款纽扣的衣服，而且在三天的酉日集市期间，他们都有无法连续犯案的证明，这时有消息说被害人益子苏醒，然而他却表示自己完全不记得在昏倒前所留下的线索。因为掌握不到确实的证据，警察只好让嫌疑人先行离开，柯南推理遭遇瓶颈，这时，小兰、园子和小五郎的谈话给了他启示，凶手就是那个人！

小五郎为录制日卖电视台的旅游节目来到了宫岛，然而在拍摄期间，制作单位的工作人员却接二连三发生奇怪的事件，柯南发现这些案件的发生与宫岛七大不可思议传说相对应。途中，大家结识了红叶馒头店弥山屋的弥生小姐，并且得知四处调查工作人员的神秘男子似乎就是她的哥哥绅六，绅六在寻找两年前跌落悬崖死亡的双亲后就突然消失，难道这件事与日卖工作人员有什么关联？

一波未平一波又起，继越路被人袭击之后，弥山屋也意外失火，并且有目击者表示弥山的哥哥曾出现在火灾现场，案件越来越扑朔迷离，小五郎和警方等人决定先回广岛试图从绅六的友人着手调查，没想到悲剧再次发生，上诹访被不明人士袭击，这同样与宫岛的七大不可思议相关，柯南想到了上诹访曾说的话，而这也正是破案的关键，没想到凶手居然是拥有最有力不在场证明的那个人！

小五郎受东山先生之邀来到猎户座企划公司，没想到在这里打电话联系东山先生的时候，竟然看到窗外有人坠楼而亡，警方立刻介入调查，死者名叫高幡，同是这家公司的职员，而当时在公司的只有东山和另一名职员砂川七惠，但东山却有充分的不在场证明。之后，随警方来到高幡办公室的柯南在这里发现了一些关键线索，即使案件多么错综复杂但真相只有一个！

阿笠博士带少年侦探团来到一家位于箱根的温泉旅馆，那里正好在进行《血殷杀手》系列最新作品的拍摄，因此，大家结识了剧作家铁山岩治、女主角名取深汐、经纪人丹沢纯作以及男主角寺堂云平。次日，元太他们一起去湖上露天温泉的时候，却在女汤发现了铁山岩治的尸体，从现场来看凶手应该是在发案之后趁机混入了骚动之中，调查之后，警方将嫌疑锁定在深汐、丹沢、寺堂三人中。

在警方对三名嫌疑人进行侦讯时，他们三人反而相互指责并揭露对方的犯案动机，这时，有人在更衣室内发现了一个空瓶子，另外在湖面上还有漂浮的火柴棒，为了弄清真相，警方又找来工作人员进行对峙，然而，他们却表示并未发现异样，期间，女主演深汐的一句话点醒了柯南，在他的引导下，大家得知一整夜都呆在温泉里的人并不是凶手而是死者本人，那么，凶手到底是谁？在他的身上又有怎样的关键性证据？

柯南和小兰在东都环状线列车上遇见了一位见义勇为的老人，然而，没想到当他们再次见面时却是在杀人现场，死者是诈骗集团的通缉犯，而这位名叫法月的老人正是此案的目击证人，他说自己曾看到同是诈骗犯的桐谷出没案发现场，但桐谷却大喊冤屈，期间，柯南察觉到老先生法月的证词有疑点，深入调查后，真相果然如他料想一般。

小五郎受到一个名叫立李三可的委托，带着柯南和小兰一起来到群马县调查真相，途中他们遇见了德备六朗和荒岩，并从他们口中得知了11年前有一个名叫辰彦的孩子在旅馆附近的河中溺毙而亡的事件，这与信中所提及的杀人案有何联系？辰彦父亲同时也是约见地点光罗旅馆的老板沼山伴藏也让人觉得很怪异，次日清晨，满身都是刺鼻气味液体的伴藏死在了旅馆的顶楼房间，难道是小兰昨晚在河边看到的河童下的毒手吗？

杀人案件发生之后，警方立刻调查旅馆中所有人的不在场证明，与此同时，小五郎等人分别进入德备、荒岩以及野平的房间，查看他们是否有能够运送液体的容器，期间，身为画家的德备提议把小兰所看的到的河童画下来，就在大伙聚在德备房内研究河童时，柯南发现了关键线索，他将大谈外星人理论的山村警官麻醉，说出了事情的真相，至于小兰看到的河童，那不过是……

园子的网球教练后藤贵雄即将参加比赛，为了给他加油打气，园子和小兰来到了北轻井沢，柯南去厕所的时候，发现后藤与两名女生纠缠不清。没想到他在和园子进行男女混合双打时突然昏倒在球场上，警方介入调查并初步断定后藤被人下了毒，由于鉴识人员在园子手套上检测出毒物反应，所以山村警官认定园子就是凶手，为帮园子洗清冤屈，柯南又会有何行动？

迷路的小五郎、柯南和小兰来到了一栋怪异的房子，在这里他们结识了雅原煌的影迷，为召唤一年前死于意外事故的偶像，这些人正准备举办降灵会，因为影迷俱乐部之间流传着小煌小姐诅咒的传闻甚至还发生了杀人事件，于是，大家企图通过降灵会来探究其原因。虽然降灵会期间发生的怪异现象都是作假的骗局，但是柯南却发现小煌小姐之死似乎另有隐情，当晚深夜，在举办降灵会的冥想之室，参加者之一的歌仓晶子被杀害。

就在所有人惊讶于晶子之死时，朴之木匆忙跑来说漫画家比良坂也死在了房间中，于是，小五郎、柯南等人急忙赶到现场，这又是一起密室杀人，诡异的是这个房间的门口堆满了被撕碎的小煌小姐的海报碎片，警方展开调查并对别墅里的所有人进行侦讯，八川谈到了泽南被杀的命案，以及比良坂、泽南和朴之木受到不明人士威胁的事情，难道这与此次的密室杀人案有关系？泽南死前所留下的死亡讯息又隐藏着什么意义？

看过泽南留下的死亡讯息后，柯南知道了凶手的真面目，但是在揭发真相之前必须要破解这两个密室杀人的手法，于是，他独自来到比良坂的死亡现场进行调查，并在这个房间内的花瓶上发现了海报碎片，这条关键的线索让他恍然大悟，原来凶手制造密室所利用的工具竟是海报，为了说明真相，他拜托高木和千叶警官场景重现，当然，凶手就是那个人！

法庭的对决Ⅳ 陪审员 小林澄子(上集)小林老师被选为一起入室抢劫杀人案的陪审员，案件中，为被告人辩护的是妃英理，而对手正是九条检察官，虽然对被告不利的物证很多但在妃英理的据理力争下，二人在法庭上形成了平分秋色的微妙局势，期间，旁听的小林老师看见到了案发现场被挂反的画，这引起了柯南的注意。之后，柯南随小五郎来到案发现场，并在这幅画后面发现了被告人向死者借钱的借据，找到了对被告人如此不利证据，妃英理该如何应对？

法庭的对决Ⅳ 陪审员 小林澄子(下集)妃英理按照柯南的要求向被告人岩松询问了房间里消失花瓶的事情，岩松说他当时确实看到了花瓶，事情如柯南料想一般，就在这时，九条检查官打来电话说已经发现了凶器，面对突然出现的越来越多的不利证据，柯南决定帮助妃英理，他让元太等人打探出女佣和花瓶的事情，得到证实后，他又和小五郎暗中蹲守，终于掌握了决定性证据。开庭当天，柯南将小五郎麻醉，道出了事情的真相。

小五郎受邀参加浦井食品创立八周年的纪念宴会，浦井社长在每年的宴会上都会进行魔术或短剧之类的表演，所以宾客们也都非常期待他今年的表演，然而，宴会期间浦井社长却大叫一声倒了下来，就在大家都以为他今年表演是悬疑推理短剧时，柯南发现浦井社长真的停止了呼吸，警方查出他是中毒而死，当时离死者最近的人就是他的夫人浦井星江。

柯南从一开始知道凶手是谁，为了证实自己的想法他又进行了确认，没错，这个人就是浦井星江！虽然知道了凶手的真面目但是她到底使用了什么手法，因为案发时她正在为小兰看手相，根本没机会在浦井社长杯子里下毒，就在他专心思考案情时，千叶和佐藤的谈话给了他启发，同时小五郎乱丢的烟头也指向了关键的线索，于是，他麻醉小五郎说出真相。案件结束后，落寞的小兰看着别人的甜蜜不禁流下眼泪，今年的白色情人节能收到新一的回礼吗？

服部这次带来的案件是五年前去世的犬伏集团会长的养子女们接二连三离奇死亡的事件，而且据说案件是由身上缠绕火焰像犬一样的魔物所造成的，因为其中一名养子跟和叶的母亲是旧识，于是柯南和服部一起登门拜访探听详细情况，没想到对方的名字竟然是工藤伸一与工藤新一读音相似，在他们询问之前，伸一竟然被人设计成一氧化碳中毒而亡，之后，前来调查的警方从死者口中发现了一颗掉落的珍珠，这会是死者留下的死亡讯息吗？

为调查真相柯南、服部等人赶往犬伏家，大家从养女幸姬的口中听说了犬伏家的祖先曾烧死狗的事情后，便一起前往祭奠这只狗的墓碑，没想到竟然亲眼目睹了养女佐纪从悬崖坠落的场景，柯南和服部立刻赶往现场并发现那里留下了一点一点持续燃烧的火脚印，难道说炎之魔犬真的存在？之后，在院子里照顾犬伏家柴犬的和叶和小兰竟然也遭到魔犬的攻击……

遭到魔犬追击的和叶和小兰赶紧跑到屋里躲起来，没过一会，魔犬就消失了踪影只留下一串火脚印，以此同时，从佐纪案发现场找到玻璃球的柯南等人也赶来宅邸，据和叶和小兰回忆她们当时不仅闻到了洋葱味还看到脚印在跳动，这时，养子知晃说起了美我子溺毙沼泽旁边的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼泽进行查看，没想到魔犬再次出现。

柯南和服部等人得知了犬伏家兄妹几人改名的事情，而在和叶子和小兰的闲聊中服部和柯南领悟到了魔犬的秘密正在这时裟臣婆婆却突然倒下。而在小兰和叶子的提示下小五郎推理出幸姬变是此次事件的犯人。而当众人来到小屋里寻找幸姬的时候，魔犬却突然出现！但当魔犬扑过来时众人发现魔犬其实只是小狗，而服部和柯南也揭露了犯人的真面目。

阿笠博士带着少年侦探团到深山里挖竹笋的时候，车子突然出现故障，柯南等人被迫留在深山之中。为了避雨而来到这里别墅区的少年侦探团被一阵钢琴声所吸引，于是，大伙儿进入这栋别墅，虽然这里有人生活的痕迹却没有看到半个人影，而且留在现场的日记还写着可怕的内容，之后大家决定找出日记中出现的被绑架男孩，这时，屋内突然停电，伴随着少年侦探团的恐慌钢琴声再次响起。

柯南并没有从步美找到的照片中发现重要的线索，便将破案的关键再次锁定日记，仔细反复查看之后，柯南发现了其中的端倪，于是，他再次来到琴房确认自己的发现，没想到步美等人放在门口的背包不翼而飞，而且大家还注意到了钢琴旁边凳子的变化，一切如柯南所料，他让步美、元太和光彦等人高唱欢快的歌曲，果然将躲在黑暗中悄悄观察他们的人揪了出来。

柯南等人在来自英国的戴安娜女士的邀请下一起前往伦敦旅行，为了通过关卡，柯南利用灰原的药暂时恢复工藤新一的身份。到达英国后，柯南兴奋的来到福尔摩斯博物馆参观，期间遇到了着名网球选手格拉斯的弟弟阿波罗，柯南以福尔摩斯徒弟的身份从他的口中得知有一名可疑男子给了他一张奇怪的字条，并告诉他将有人死在他的面前，这个男子的目的是什么？字条的内容又有何含义？

福尔摩斯默示录(LOVE is 0)为了尽快解开这张充满危险气息的暗号文字，柯南、阿笠博士、小兰和小五郎兵分两路分头调查，在贝克街福尔摩斯的雕像下小兰还遇到了着名网球选手格拉斯。下午与戴安娜女士共进晚餐的时候柯南和阿笠博士人不见踪影，于是小兰外出寻找，期间她打电话给工藤希望借助他的力量解开暗号，这时，大本钟响起，破解第一行暗号的工藤却在无意之中暴露了自己在伦敦的事情。

来到伦敦的柯南不小心以新一的身份向小兰暴露在伦敦的事实，而此时柯南喝下了回国用的解毒剂暂时以新一的身份出现！在继续调查的过程中小兰从以前新一说过的话中得到启发发现了人偶的秘密。而之后通过与新一电话中发现了更多的线索。这时小兰和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波罗的协助下小兰留在教堂的纸片，而上面写着的就是接下来的线索。

小兰和小五郎按照指示来到了车站，就在这时阿波罗发现了在车站里奇怪的男人并得到了接下来的线索U字。之后小兰一行来到了接下来的提示的瓷器店而这时阿波罗和母亲一起离开剩下小五郎和小兰继续寻找线索。第二天在警方的要求下小兰众人继续破解没有完全解开的暗号，而就在众人解开暗号来到会场之后，柯南发现赛场上的米奈芭有些不对劲！

比赛中的米奈芭的状态不佳，柯南发现她丢在地上的护腕从而发现犯人利用护腕告诉米奈芭自己已经锁定她的事情。柯南用阿波罗的票进入会场寻找犯人，但面对易容高手的罪犯，柯南缜密的分析了米奈芭的击球之后发现了犯人的真正目标不是米奈芭而是她的母亲！而阿波罗则告诉了柯南米奈芭如何每次在球场上准确找到母亲的方法。

福尔摩斯启示录(0 is start)到了抢七局的关键时刻，米奈芭打出了关键的一球，通过最后一球的拉锯战柯南不断观察犯人的位置。拉锯战之后米奈芭失掉了最后一球就在这时她提出了异议，通过慢镜头的回放最终取得了这一局的胜利，而柯南也通过拉锯战找到了犯人所在的位置。在父母的帮助下柯南顺利的进入赛场。就在柯南要制止罪犯之时却被人认了出来，最终米奈芭和柯南联手组织了罪犯。

解决了暗号事件回到日本的柯南终于恢复了正常的生活，在放学回家的路上元太提议大家进入即将拆迁的大楼内来玩捉迷藏。就在这时元太发现有奇怪的敲打墙壁的声音，柯南发现这是有人发出的求救声音，就在他们在搜寻的过程中发现了在检查大楼的两个工人。两人告诉柯南他们那是他们发出的响声不用在意但在柯南的推理下少年侦探团们开始寻找被困的人，就在这时之前的检查工人却抓住了小哀，究竟应该这应该办！

就在光彦拨通报警电话之时，检查的工人以小哀作为威胁，没有办法下光彦挂断了求救电话。犯人们商议着要放弃赎金处理掉一切，少年侦探团的各位陷入了危机，就在这时步美注意到柯南发出的信号，按照指示给依次给步美，柯南，元太和阿笠博士的手机打电话来分散犯人的注意力，但因为声音太大反而引发了犯人的注意。而此时犯人也发现了孩子们的计谋开始寻找光彦他们，柯南利用麻醉枪也终于制符了犯人们。

受小林老师之托的少年侦探团在视听教室找防范犯罪录音带，这时，千叶警官突然出现，虽然他嘴上说是为了怀念母校，但实际目的却是为了找13年前一个女孩子留给他的情书回复，询问过详细情况后，大家帮他一起在众多录影带中找女孩留下的信息，最终，柯南找到了女孩的回复，得知对方也喜欢自己的千叶，准备在今晚的同学会向这名女生表白，曾经错过这段感情的千叶警官能找到自己的幸福吗？

这天是米花大学的校庆，小五郎作为毕业嘉宾带着柯南，小兰和园子前来参加。这是米花大学学生辻荣尊座邀请小兰来帮忙看看僵尸表演是否到位。之后柯南，小兰和园子在尊座和贵士的带领下参观了他们设计的绝叫病栋，就在被他们精湛的设计和表演吓到的同时发现成员之一安菜没有按计划起身吓人，走进之后发现安菜已经中毒身亡！随着调查的深入，一个月之前桥口中毒身亡的事情也逐渐浮出水面。

在参加大学校庆的柯南和小兰等人遇到了杀人事件，就在警官要判定为自杀事件的时候，在柯南的引导下警方判断此次为他杀事件。而安菜在小兰她们进来之前已经死亡，但此时如何让桌子摆动的事情成为了破案的关键，而表演时站在安菜周围的三人成了重点怀疑对象。经过对现场的调查柯南很快发现了犯人的犯罪手法和犯人的身份，在确凿的证据面前犯人最终承认了罪行，并说出了杀死安菜的理由。

园子的次郎吉叔祖父要举办龙马展，而怪盗基德则发出了预告状。但奇怪的是这次基德发出的是归还物品的预告状！而从叔祖父那里园子他们了解到这次次郎吉只是借出了博物馆场地，而展览的主办发则是樽见。为了对抗基德，几次郎在展览场地安排了特别“基德归还处”就在众人在处处提防怪盗基德的时候柯南发觉了基德指定的日期是雨天。但基德的用意究竟何在？

在铃木财团的支持下龙马展的保全措施做的非常好，而柯南在厕所思考之前遗失的龙马遗物的时候基德忽然出现！柯南追着基德来到展馆内部的时候发现园子的袖子上粘到了奇怪奇怪的东西，而柯南也发现了基德所谓下雨的真实含义。基德按照约定来到了展馆内而樽见利用假的被盗信息来出售赝品的事实也最终曝光。

这天园子和小兰带着少年侦探团的孩子们来到孤岛上，问此事正好碰到电视剧的拍摄。而导演和主演则是之前的话题演员宫坂裕弥，而摄影助理冲田则被迫作为替身完成危险的跳崖的镜头。这时因为下雨拍摄被迫中断，剧组人员回到了酒店。就在众人在酒店休息时发现宫坂被刺身亡！而犯人就在野营地的几人之中！

来到野营地拍摄宣传片的话题演员宫坂被杀害，而凶手就在野营地之中。而与宫本有正面冲突的山本，冲田和冴子嫌疑重大。就在柯南去勘察犯罪现场之时，美妃看到鹰山从窗边逃走，就在众人追寻鹰人来到悬崖之时发现鹰人已经坠崖身亡！而就在看了冲田的录像后柯南发现了凶手的犯罪手法，犯人最终也承认了自己的罪行。

天来到公园惊醒乐队指挥训练的步美总是会遇到一个奇怪的人，这天在少年侦探团的各位陪同下步美又一次遇到这个醉酒的跟踪狂。第二天当她们再次来到这里时却发现这个叫做与田的男人的尸体！看似是醉酒事故，但在询问了死者的同事之后得知死者恐高的事实。最终在调查现场后柯南确定了此次是杀人事件并找出了凶手的真实身份。

连续三年都会在生日时会收到恐吓信的保科琉璍子，为了今年的生日会能够顺利举行而邀请毛利作为保镖。来到保科宅邸的小五郎众人发现屋子里有着众多的时钟，而对于时钟的准时性屋子的主任琉璍子也似乎有着非常人的执着。在参观屋子的时候柯南众人还得知了屋子以前发生的事故，就在生日宴会中刚刚吹熄蜡烛的琉璍子突然被刺身亡！

对时钟狂热的保科琉璍子在自己的身日宴会上被刺身亡。在调查来宾是古垣透露出犯人肯能是个胖子的证词，而在调查了所有客人后并没有发现符合猜想的嫌疑人。在听到大时钟的零点报时后柯南发现了犯人利用报时的大时钟的杀人手法和凶手的身份。凶手最终承认了因为为好友报仇而杀人的事实。

这天小五郎在赛马之后来到小酒馆巧遇了同样赛马的几位同好。在屋外抽烟的小五郎遇到了来找他的小兰和柯南，就在众人回到小酒馆时忽然发现酒馆老板娘被刺身亡！在警方调查了酒馆的几位客人之时发现扇小姐为了挽救自己的舞蹈班向老板娘借钱的事实，而其他几位客人也多少有把柄被老板娘抓住。柯南在勘察现场后发现了犯人的身份！

这天柯南陪同小兰和园子来练瑜伽减肥，这时他们碰到来参加减肥班的出川，而出川厚子故意的刁难的态度迫使教练里月跪下息事宁人。而在晚上的训练厚子也早退走掉，独自回到屋里。训练之后保子因为敲不开出川的门而来找里月，但开门之后出现的确实中毒身亡的出川！在勘察现场之后肯纳发现了犯人的犯罪手法，犯人也承认了因为报仇而杀人的事实。

某天小五郎突然接到了出演节目的邀请，而带着小五郎和柯南来到电视台休息室的小五郎却没有见到作为答题嘉宾的洋子小姐。在拜访堺校长的时候小五郎他们遇到了同样来找堺校长的君岛。君岛带来了自己的清朝瓷器藏品来希望能够让本间老师来鉴定。而就在彩排时君岛突然发现自己的藏品不见了！而柯南则推理出犯人仍然将花瓶留在电视台！

君岛带着自满的藏平来参加电视节目，但在彩排时花瓶却离奇失踪！作为名侦探的小五郎也身负重任来寻找失踪的花瓶。而在分析众人之后小五郎发现举止怪异的山崎，但山崎藏起来的是洋子的手绢而非花瓶。而在调查了现场之后柯南发现了犯人偷藏花瓶的手法，并以小五郎的身份揭露了犯人的身份。而君岛带来的花瓶也只是赝品而已。

这天小五郎带着柯南和小南外吃吃饭，回家的途中遇到故意向须坂和中北的汽车，柯南用自己的充气足球阻止了再次撞向两人的汽车。作为答谢片寄邀请小五郎一行来到家里，而小五郎他们在门口碰到了发生口角的野笛和荻人。柯南和中北一起在院子里玩耍时发现倒地身亡的片寄爷爷！而在调查过程中须坂拿出了老爷让保管的钥匙，而盒子里留下的却是一封暗号信。

资产家片寄王三郎在家中中毒身亡，而片寄留下了一封暗号信来提示自己的财产所在地。中北无意的话点醒了柯南，而就在这时牺牲者再一次出现！这次是野笛小姐被箭射中中毒身亡，而在附近的树屋找到了弓，而爱好弓的荻人成了头号嫌疑人但就在这时却传来荻人坠崖的消息。最终在柯南的推理下找出了犯人，而一场遗产争夺战也浮出水面。

这天作为地区体验采访的嘉宾，小兰和柯南来到了冈山。在参观美术馆的时候遇到失去记忆的奇怪女人，而在经过检查后发现身上还有扭打的痕迹。而赶来小五郎接受了调查她过去的委托。通过她画的画小兰她们开始寻找她的记忆，而就在这时柯南发现她们被跟踪了。在来到野崎家的大宅之时出现了认识她的人而她的名字是吉濑万由美，找回名字的万由美却突然逃走了！

就在万由美好不容易找到自己的身份的时候却突然逃走了，而她遗失的纸条上写着“要知道真相就一个人来”的信息！而就在柯南追过来之后发现险遭毒手的万由美。在众人调查神社时得知万由美之前曾来过这里。晚上万由美又再次的险遭绑架，但凡人却留下了一份借条，借此柯南推断出了犯人的身份，而所谓的好友的身份也最终暴露出来。

寒假的这天柯南发烧了休息，而原本约定好的在步美家的纸牌游戏也没有办法参加。就在和步美通电话时忽然有个叫做正南的小男孩说有陌生人闯进家中敲开了步美家的门，但之后他的父母便过来把他带走了。看似小孩子的恶作剧但柯南却发现其实他们不是真的父母，正南可能真的面临危险！于是少年侦探团的各位来到正南的家里一探究竟。

来到正南家里的少年侦探团的各位开始玩起了花牌，而游戏中正南好像利用花牌向小哀他们传递了什么信息。缺少柯南的少年侦探团的各位开始分析正南的用意，通过小哀的推理确定了正南的母亲的所在地，就在这时小哀突然发现了陌生的手机，而此时两名犯人也露出了真相。突然门铃响了起来！就在犯人开门接收快递的时候柯南和高木赶来救援！

因为小兰不在家，柯南和小五郎决定去杯户町的一家拉面馆吃饭，虽然这家饭馆标榜的是美味的要死的拉面，但店面却相当破旧，随后，想要在这条商业街炒地皮的奸商西津也来到这里并与老板小仓、店员彩代以及隔壁理发店长谷中发生了激烈争吵，使这里的气氛变得一团糟，唯一值得安慰的是端出的拉面果真是绝顶美味，然而，西津却在吃完拉面后倒地身亡，是意外还是谋杀？

经过调查警方并未在拉面里发现毒物反应，反而在被害者的衣服内侧以及他随身携带的物品中发现毒物，据拉面店老板说这也可能是西津打算逼走他们而准备放在拉面里的毒药，不想却害死自己的意外事故，这种说法得到了目暮警官的认可，就在他准备以自杀或意外结案的时候，暗中观察而看透真相的柯南将小五郎麻醉道出真相。

在园子的邀请下，柯南、小兰随她一起前往杯户饭店享用“蛋糕吃到饱”，然而在搭公车的途中他们遇到了一位截拳道高手，这位与小兰势均力敌的对手到底是什么人？到了杯户饭店后，得知蛋糕吃到饱餐厅已经截止入场的小兰和园子大失所望，这时，突然传来尖叫声，有一名男子从高处坠楼身亡，目击人昼川表示楼顶有人影闪过，但当柯南赶到楼顶时却只发现了外套和鞋子。

警方、柯南以及公车上遇到过的侦探世良真纯一起进入别馆进行调查，他们在二楼发现了带有钓鱼线的电动轮椅，在死者坠落的六楼发现了窗户下方的油漆和油桶，加之别馆使用的是前后各有一扇门的电梯，将这些线索全部串联起来之后，柯南发现凶手就是那个人！世良先柯南一步破解案件并场景重新，然而结果却并非大家所期待的那样，人偶并没有坠楼，到底是哪里出现了错误？

毛利侦探事务所突然出现了一个带着手枪和炸弹的男子，他将小五郎、小兰和在之前案件中结识的小兰的新同学世良真纯都挟持成人质。这个名为沢栗熏的男子是一个月前在温泉旅馆自杀的推理小说家沢栗未红的哥哥，他因为不相信妹妹的死是自杀，因此前来要求沉睡的小五郎替他解开案件背后的真相，而他所带来的三位女士也正是他怀疑的对象，他扬言找到真凶后自己将会与对方同归于尽，面对如此棘手的案件，柯南该如何解决平安救人质？

柯南以工藤新一的身份联系沢栗熏，并让他拍照传送这三位嫌疑犯的签名书，期间，新一得知了沢栗熏的外号莺鸟并推敲出了沢栗未红取绰号的规则，根据死者生前在SNS留下的信息，新一知道了凶手是谁，但他却无法冒着牺牲两条人命的风险揭露真相，所幸警方的狙击手已经就绪，然而，小兰却做出了让人吃惊的举动……

在小兰做出大胆举动的同时新一也开始了推理，当沢栗熏得知最后离开妹妹房间的人是光井后，便将枪口指向她，但新一却说凶手不是她，紧接着他说起了死者的成名推理作品，将沢栗未红与书中主人公的命运向联系，正是这种亦真亦幻的错觉导致她自杀死亡，听到新一这样的推理，沢栗熏难以接受，就在他精神崩溃之时，警察冲进来将他制服，虽然最大的威胁解除，但这起案件并未结束。

与服部一起来到东京的和叶在家庭餐厅买真空包装咖喱时遇到了杀人事件，世良真纯提议让西部侦探代表服部与工藤借此机会进行一场推理对决。赶到案发现场之后，柯南、服部等人见到了第一个发现死者的卡梅隆警官，目前死者的身份无法确定，唯一的线索就卡梅隆曾听到过的死者疑似自杀的话，得知死者带有关西口音后，服部推断出凶手就在这家餐厅。

警方将嫌疑人锁定在三个人身上，考虑到凶手很可能是关西人，服部要求亲自对他们进行侦讯，这些人分别是须贝、甘粕和东条，他们都声称自己是地道东京人，并且侦讯期间并没有发现什么异常，之后，在旁吃饭的小兰等人提供了一些线索，这让柯南茅塞顿开，原来凶手就是那个人！他让餐厅为这三个嫌疑人分别准备一碗味增汤，并说只要喝下就能真相大白。

一封寄给服部平次奇怪的信件，里面有着一个月前杀害设计公司社长若松耕田先生的杀人凶手寄来的东西，和叶代替感冒的服部依照信上的指示和朋友一起拜访了若松先生的大阪老家，在哪里他们看到了一个头发很长令人毛骨悚然的人，而这个人在停电的时候却消失的无影无踪，更奇怪的是若松先生刻在瓷砖上的死亡讯息也跟着消失了。

继轻井泽别墅中的若松先生遇害之后，他的儿子玉郎也在东京的家中被毒杀，不可思议的是除了玉郎吃掉的那块蛋糕意外并没有发现其他的蛋糕上有毒。于此同时，大和敢助警官等人注意到了被杀害的若松先生浴室的瓷砖是运用了一种名为阴影钻石错视的会引发视觉错觉的形状，总算让若松社长的死亡讯息再次显现出来，而现实出的字母竟是SON。

通过大和警官对若松社长死讯的调查，已经被毒杀的玉郎便是杀害自己父亲若松的凶手，这使案件更加扑朔迷离，柯南和服部一方面拜托高木警官改变方向调查仰慕若松社长的人，一方面开始调查玉郎中毒的原因。找到玉郎中毒原因的柯南和服部把目标锁定在大家的拖鞋上，唯一没被检查的社长夫人却死在了自己的房间里。

社长夫人就好像是在签名的时候被默默溜进来的幽灵毒害了一样，就像是寄给服部奇怪信件的人类擅自虚构出来的不正常的存在所下的毒手。门把和拖鞋上所撒的毒粉只是掩人耳目的手段，而饥饿的玉郎也是因为贾斯特罗错觉选择了有毒的蛋糕，和高木警官的对话后柯南和服部已经知道了凶手的办案手法，但他们现在依然缺少决定性的证据。

阿笠博士为了鉴定古董壶的价值而在影音网站上传了影像，没想到却引起了这次的绑架事件。就在柯南等人重新购买咖喱食材的那段时间内，在家里的阿笠博士被电晕，而和博士在一起的步美也被绑架了，而绑架犯的目标却是让柯南他们寻找简讯中的猫，在柯南等人来回奔波时绑架犯又发来了讯息，声称找到猫的绑架犯释放了步美，但他们的真正目的到底是什么？

根据绑架犯的做法柯南判断是熟悉阿笠博士家的人所为，而最近前来查看古董壶的三组人便成了被怀疑的对象，他们所发来的小猫照片是小兰妈妈上传的音像，而这一切只是为了带走步美的借口，因为他们真正的目的是阿笠博士价值连城的波斯地毯。通过阿笠博士对三组人的描述后柯南锁定了目标，而步美的耳朵和真正地毯上都留有决定性的证据。

巧克力甜点师辻元先生在世界大赛上获奖的巧克力让小兰和园子非常期待，而辻元和他的美女店铺设计师真悠子小姐的浪漫爱情也让很多人憧憬。铃木财团的协助让辻元的店铺将在明天开业，而园子和小兰则是这个店铺的第一组客人，在辻元展示自己获奖的作品时发生了意外，这并不是一起普通的事故，柯南已经看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隐情。

红色喷漆事件是近期发生的恶性连续破坏车辆案，没想到千叶警官的车子也遭到毒手，接到报警电话和由美警官一起赶来的女警新人竟然就是千叶警官的初恋情人淼子，知道这些的柯南等人顺水推舟让千叶和淼子一起调查此案，想要借此机会让迟钝的千叶回想起来，而在两人调查的地下停车场内却发生了追撞事故，而这次事故似乎与红色喷漆事件有着关系。

事故现场的三人里面可能就有近期恶性循环破坏车辆案的凶手，为了帮助迟钝的千叶警官步美等人用尽了办法，但不解风情的由美警官却时常打断两人的独处，在得知了真相之后由美仿佛看到了唯一单身的自己惨淡的生活，她对两人的妨碍更加变本加厉。在被破坏的车子中柯南看到了他们的共同点，这是凶手想要强迫闭上双眼的驾驶员睁大眼睛的报复行为。

照经营管理出租公寓的桐谷贵江婆婆的说法，小五郎每个礼拜都会到她家里帮忙解决难题，对此感到难以置信的小兰和柯南一起来到了桐谷婆婆家里等待，而出现的却是自称婆婆孙女男友的恩田，而他特地打扮成小五郎的目的只是为了探望婆婆的情况。婆婆管理的出租公寓内传来了惨叫，作为房客的傅川先生被害，而真正的凶手就在发现尸体的三个房客之中。

看似自杀的案件还存在着很多疑点，现场留下的物件和快速转台的情况让柯南明白了作案手法，而能够作为决定性证据的物品还藏在真正的凶手身上。奶奶受到的讯息让恩田的谎言不攻自破，而作为冒牌小五郎的他正处于尴尬的境地，察觉到背后隐情的柯南并不准备揭穿他，柯南还准备让这个冒牌的小五郎展现名推理指出真正的凶手。

阿笠博士住在乡下的老友龙太郎那里刚好有元太他们想要的深山楸形虫，在柯南等人捉虫回来时却发现龙太郎大叔倒在了地上，门口的佛像也不翼而飞，再留下“深山楸形”几个字后龙太郎便晕了过去。与龙太郎有土地边界问题纠纷的周平和时常会偷盗佛像的庆都因与“深山楸形虫”有关系而被怀疑，经过调查而前往道之站的柯南认为凶手另有其人。

捡到地图上的四个记号让光彦等人认为将会有案件发生，少年侦探团再次出动逐户去敲门提醒，而这四户中的香月先生却意外身亡。调查回来的柯南遇到了发现香月先生的小狗酷儿，趁光彦等人不注意而被偷走的地图正是酷儿的主人八木泽先生为了遛狗理由而画下的，偷走这样地图的无疑就是这次事故的凶手，而关键词则是香烟。

正在和立野巡警交谈的柯南等人看到了精神恍惚的贵和子小姐，前去询问时才得知她要拜访的大冈先生死在了家中，今天前来拜访的贵和子小姐和久荣先生都是被大冈勒索的人，用勒索得来的钱财用来赌博的大冈让两人非常痛恨，但他们却说自己并没有杀死大刚先生，案发现场醒目的缩写字母K，这个令人疑惑的死前讯息成了破案的关键。

急着跑进侦探事务所的千叶警官拜托小五郎找人，与他在咖啡馆相识的美绪小姐最近遭到了恐吓，从厕所回来的千叶警官得知美绪小姐似乎遇到了什么事而逃回家中，四处寻找拿错雨伞的美绪小姐时千叶警官又遭到了不明车子的袭击。正在和小五郎他们四处寻找美绪的千叶接到了通报，而卷入杀人事件中的年轻小姐便是美绪。

柯南和小兰跟着小五郎一起参加他的老朋友结婚前的庆祝会，在热闹的气氛中新娘加门初音小姐前往美甲沙龙做指甲，但是没想到两小时后初音小姐留下了“永别了”这句话后随着停车场的爆炸声变成了一具尸体，从掉落在案发现场的假指甲上采集到的皮屑与新郎伴场的DNA几乎完全吻合，而初音小姐雇来的侦探安室透也将事件的矛头对准了伴场。

被初音小姐雇佣的侦探安室透在调查伴场先生时发现了一件事，初音小姐和伴场先生都是从同一间饭店获救的婴儿，两人都是在身份不明的情况下在同一所教会中抚养长大，听到这些之后的初音非常在意。所有的证据都指向了伴场先生，在车底找到初音小姐掉落指甲的柯南似乎看出了事情的真相，这背后或许有着令人悲伤的事实。

在小兰的跆拳道社学姐镜堂奈奈美的邀请下，少年侦探团的众人来到了镜堂家寻找传闻中的宝藏，非常热衷建筑的上一代家主镜堂征太郎在这座宅邸中设下了各式各样的机关，而没有入口和窗户的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美带领他们在宅邸四处参观时突然听到了女性的惨叫声，奈奈美的母亲不幸从塔上坠亡，前去调查凶手的途中灰原却不见了踪影。

在警方介入调查奈奈美母亲的坠亡事件时，少年侦探团的孩子们却不见了踪影，而现代当家的助手长濑先生也不见了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各样的机关，在塔内他们还遭到了神秘人物的追赶，当柯南反应过来时身边的伙伴们都消失不见，独自寻找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所说的话语，暗黑之塔宝藏的秘密即将揭晓。

通过新架设的侦探事务所网页得到了一份乍看之下很简单的委托，当小五郎带着柯南、小兰和安室前往更改的见面场所后依然没有见到委托人，再次回到事务所的他们又收到了委托人的讯息，佯装离开事务所的他们发觉了其中的蹊跷，再次回到事务所的他们准备揭穿嫌犯的手法，但在这时他们却听到了厕所里传来的枪声。

结束大致的案件询问之后柯南一行人决定开车送圭小姐回家，却发现圭小姐家中被安装大量的窃听器，在寻找窃听器的安装地点时竟然找到了一具男尸。另一方面跟着打算买东西的圭小姐而离开公寓的柯南被绑架，接到小兰的电话后阿笠博士立即和灰原在昴先生的陪同下开始追踪，而了解了事情始末的世良也前去和小兰会面。

带走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名强盗杀害的银行员贤也的女友，为了替贤也复仇的她一再犯下罪行。同一时间小五郎等人借助安室的推理逐渐逼近事件的真相，并马上前往最后一位抢劫犯的住处，另外阿笠博士和世良等人也赶了过来，而柯南已经跟着情奈前往可能是最后一位抢匪的三位女性那里。

柯南已经从对三位女性的拜访中知道了真正的凶手，情奈小姐敷衍并粗糙的犯案手法让柯南非常担心她事后会做出傻事，但柯南推理中的疏忽让两人陷入了危机。持枪的劫犯挟持柯南和情奈驾车逃跑，知道了情况的众人都紧跟其后，最终世良出手救下了柯南，在营救过程中安室和昴撞了个照面，而两人都露出了诧异的表情。

少年侦探团和阿笠博士被之前在露营认识的夫妻招待吃烤肉，柯南等人受到了夫妻俩的热情招待，当他们还在吃烤肉时丈夫表示找不到手机，夫妻两人便一起去客厅寻找，但手机却在庭院的椅子下面，当步美拿去给他们时却看到了骇人的一幕。事件看似是丈夫采取防卫时不小心将刀刺向了妻子，但柯南却从事件中感受到了强烈的不协调感。

从纯夏女士的电话留言和宅司的表情中柯南看出了这并非是正当防卫，而是宅司利用自己太太的习惯策划的谋杀，他的所作所为会让夫妻之间走到尽头。得知妻子没有生命危险的宅司从安心到负罪感到恐惧的变化验证的柯南的推理，他与灰原在阻止了宅司自杀后解除了夫妻俩的误会，知道真相的宅司陷入了无尽的悔恨之中。

接受汀小姐的邀请小五郎一行人来到了大滨海岸，在汀小姐的家里小五郎等人遇到了她的丈夫海四郎，两人因为冲浪的事情起了争执。傍晚海四郎找到小五郎等人表示汀小姐不见了，看到汀小姐发来的短讯后海四郎先行回到家中，而第二天早上小五郎等人却在海滩上发现了汀小姐的尸体，而她的尸体旁边却没有留下任何足迹。

以幕末的长崎为舞台，有坂本龙马担任的侦探而活跃的推理剧，正在负责写脚本的编剧家耕作先生突然消失踪影，只写了一半的剧本则委托小五郎先生帮忙推理出剧中的真正犯人，调查了耕作房间的柯南等人发现了许多古董美术品窃盗团的简报，这一切似乎都有着隐情。失踪中的耕作先生利用邮件将后续的剧本传送过来，在剧本中出现了奇怪的台词。

被袭击的迫田晕倒前指向了小兰，拥有空手道段数的小兰被怀疑，寻找到目击证人的柯南还从饰演过蝴蝶夫人的两位演员身上找到了小兰饰演角色的原型，而剧本内第二起杀人事件的死亡讯息也不知道蕴含着什么意义。案件变得更加扑朔迷离，拥有犯罪嫌疑的人越来越多，而在案件还没解决的情况下又有人遭到了袭击。

在砂田善三叔叔的邀请下园子、小兰和柯南一起来到温室观看开花的金琥，在参观的过程中爱发脾气的善三叔叔和自己的两个儿子因为遗嘱的事情起了争执。吃过八代小姐做的晚饭后柯南等人听见了温室的警报声，赶过去的他们看到的是握着遗嘱惊慌失措的康之，而砂田善三已经死在了温室里。

高木警官完全没有向任何人告知行踪便独自出了远门，在警视厅门前等待高木警官的少年侦探团们迟迟等不来人，这时一个男人交给了他们一个说是高木警官送来的包裹。佐藤警官打开包裹后发现里面放着一个平板电脑，按下电源后看到的竟然是身处于危险之中的高木警官，即便高木警官还保持着冷静，但体力透支的他还能撑多久？

为了查出监禁高木警官的地点，警方持续搜查的时候三位关系者渐渐浮上台面，锁定了可能是嫌疑犯的人后警方马上进行潜入，虽然向嫌疑人澄清了事件的真相，但早已服毒的嫌犯在没有说出监禁地点的情况下死亡。另一方面，好不容易挣脱了双脚束缚的高木警官丢下了脚边的布后却发现了绑在木板下的定时炸弹。

为了某人的关系，高木警官竟然把快要掉下去的炸弹重新移到身边，通过对高木警官影像的分析柯南锁定了监禁的地点为北海道，寒鸦和只会在寒冷北海道北海道出现的日柱现象证明的柯南的观点，但他们依旧无法找到监禁高木警官的高层。高木警官故意踢下去的布引起的柯南的注意，在认真查看过影像后他找到了答案。

为了赶上先搭上巴士前往滑雪场的少年侦探团一行人，柯南和灰原只好请昴先生驾车前往，途中他们巧遇高木警官，正在和高木警官谈话的时候事件发生了。赶往现场后他们看到了从公寓高楼坠落的遗体，案发现场附近发现又三人认识坠落的男子，在搜查之后啤酒的泡沫、咖啡的热气和未燃完的香烟成为了三人不在场证明的证据。

泡沫、热气和烟的实验与室温并没有关系，在听到三人单独的问话后柯南锁定了凶手。再次来到公寓的柯南又实施了实验，事发时吵闹不停的闹钟和他们到达案发现场的时间成为了案件的突破口，而柯南也明白了制造出不在场证明假象的手法，案件的真相终于揭晓，而在真相的背后又隐藏着不为人知的悲剧。

少年侦探团在帮助真央寻找小狗的时候遇到了千叶和高木，伪装成小五郎声音的柯南从目暮警官哪里得知了发生的事件，中午左右的两起爆炸事件的嫌犯已经抓住，但装有最后一枚炸弹的狐狸宅便车却被毫不知情的劫犯抢走，而真央的小狗正是在这个被劫走的车里。为了防止意外再次发生，柯南带领着少年侦探团们一起寻找车子的下落。

少年侦探团和阿笠博士一起应邀参加冰雕祭奠，而邀请他们的则是前任村长的女儿美加小姐，来到祭奠的他们还看到了技艺精湛的冰雕师傅盐田。盐田先生为祭奠所设计的冰雕旅馆却成为了结束祭奠的诱因，现任的山口村长准备停止祭奠和东都休闲产业合作，就在大家忙着修理冰雕大门的晚上村长死在了冰雕旅馆之中，而晚上起来方便的光彦声称看到了村长的幽灵。

和笹本小姐一起晨跑的高木警官在路上捡到了一个皮包，打开之后里面竟是3千万的巨额钞票，没过多久钞票的失主平沼先生便来到了警局。经过调查之后高木警官发现平沼先生丢钱的时间有所出入，仔细观察后的柯南得出了结论，平沼先生是在早上故意将钱放在路上，而他想把钱交给的则是有着晨跑习惯的笹本小姐，但他的用意却让众人很困惑。

委托小五郎调查男友柘植是否有外遇的笹森小姐不幸从石阶上坠亡，三个月后小五郎又接到了柘植的电话，他表示会公开杀害笹森小姐的凶手。除了小五郎之外，在葬礼上吵成一团的三人也都被叫到了现场，但当他们一起进入房间后却发现柘植先生已经被人杀害，而杀害柘植先生的凶手必定也与笹森小姐的事件有所关联，而凶手就在受邀前来的三人里面。

小兰、园子和世良三人在上学途中发现了路旁的遗体，遗体的旁边留下了用血写下的“死”字，这就和十年前工藤优作唯一没有揭穿犯人的事件几乎一样，为了调查这两期案件的共同点，他们打电话给高木警官，但参与十年前案件的目暮警官看过遗体后却以窃盗事件定性，回忆着十年前的一幕幕柯南依旧没有明白自己父亲的用意。

看起来像是连续杀人的案件却被定性为盗窃事件，世良等人对警视厅产生了怀疑，而昴先生也在她们的谈话中知道了他现在所住房子的主人便是工藤新一。在园子和世良的怂恿下小兰打通了新一的电话，感到不妙的柯南急忙躲进厕所里，当小兰提到昴先生给新一的留言后柯南恍然大悟，这次案件的真相即将揭晓但柯南的秘密却被昴先生发现。

新印象公司旗下的业务员们发生不断遭人袭击重伤的案件，犯人甚至胁迫新印象公司的社长要求支付现金，随后犯人进一步指明交付现金的必须是毛利小五郎，而警方还不知道犯人会以什么样的方式接受现金。犯人利用电磁铁取走现金的手法已被破解，而嫌疑人西泽也浮出水面，在小兰和柯南前往西泽家调查时却看到了他的尸体。

在死去的西泽家里发现了作案的手法和遗书，看似自杀的现场还存在很多疑点，在现金还没有归还的情况下小五郎检查继续调查。西泽的好友田中和公司社长的互相指正引起了小五郎的怀疑，而一路探查的柯南看到了漂浮在宇田川河面上的部分钞票，经过整理之后柯南得知了这次事件的凶手，而他将代替感冒的小五郎为大家揭晓真相。

少年侦探团利用连休来到了京都，他们是为了乘坐神盾舰体验航海的乐趣，但跟着他们一起前来的园子、小兰和小五郎却对小吃和酒更感兴趣。京都的日式甜点是小兰非常喜欢的甜点，但她购买的老店中却没有了巧克力口味，慌忙跑进来的社长竟然称所有分店的巧克力口味都凭空消失了，听到小五郎名号的社长急忙拜托调查。

受百合香小姐之邀小五郎带着小兰和柯南前往了葡萄园，在那里他们看到了前来签合同的山口先生，而百合香小姐的丈夫健吾却带着契约不知所踪。水町带来的契约上已经有了健吾的签名，在水町带着小五郎等人参观葡萄园时百合香小姐依旧没能找到自己的丈夫，他们一起前往酒库后才发现健吾已经遇害，而除了水町之外其他的人都有不在场的证明。

小五郎一大早便被少年侦探团缠上，他们委托小五郎调查的案件是米花町活动中心的花圃破坏事件，而在调查过程中与山崎小姐发生争执的花店老板奥田态度非常恶劣，因为小咲小姐的缘故小五郎决定介入调查。当众人晚上再次来到活动中心时花圃已经遭到了破坏，在破坏的花圃旁还看见了山崎小姐的尸体，奥田被当场抓住，但事件的真相到底是什么呢？

园子中学时的好友矢内小姐拜托小五郎帮她重新调查姐姐的自杀案件，而她也是这次事件的目击者之一。被警方认定为自杀案件的这起事件还存在着很多疑点，事发当天正在商量明年创立祭的矢内小姐和顾问児玉老师看到了受害人在模型社里自杀的一幕，第一个赶到现场的是受害人的未婚夫柴垣老师，而柯南在还原现场时看出了端倪。

为了完成写生作业的少年侦探团来到了米花市的郊外，在那里他们看到了草丛上的UFO，而这与一起杀人事件有着关联。正当柯南等人询问高木警官时UFO的主人小沼博士出现了，在调查研究所时发现了死者和自己要好的大哥万年先生都为大藏工作，小沼先生正好买了大藏的字画，而身藏巨款的大藏临死之前告诉死者和万年的讯息便是UFO。

柯南一行人在阿笠博士的陪同下一起去山上露营，在柯南和博士前去买东西时碰巧遇到了世良真纯。另一方面，在山上捡拾柴火的灰原等人碰到了正在掩埋尸体的可疑人物，无法与柯南联系的他们只能逃到了山中的小木屋内，但让他们没想到的是这里便是凶案的事发现场，在柯南等人开始调查三个有嫌疑的人时小木屋却烧起来了。

因为山上时常有人白天生起营火的缘故，柯南并不能根据浓烟判断小哀等人的位置，柯南现在急于找出凶手问出同伴的下落。火势蔓延的很快，小哀迫于无奈只能吃下解药带着孩子们冲出了木屋，柯南已经根据自己的推理找到了真正的凶手，但被光彦传出去的影片将会带给他们很大的麻烦。

柯南与伙伴们一起搭乘上了铃木号特快车参加活动，位于八号车的伙伴们神情非常诡异，车厢里举办的是推理游戏，柯南和少年侦探团等人也顺势参加，而小哀能够清楚的感受到暗地里接近她的黑影，正在进行的推理游戏竟然转变成了真正的密室杀人事件，柯南能从人群中揪出凶手来吗？

正在进行的推理游戏却变成了真正的杀人事件，在列车到达名古屋前柯南他们要在乘客中揪出真正的凶手来，在他们四处寻找线索的时候灰原却忍受着内心的煎熬。内心忐忑不安的灰原正在受到组织的威胁，组织的黑影已经更近一步接近灰原，她绝对不能以这种摸样被人杀害。

围绕着由推理游戏急转成的杀人事件，柯南在询问过车内有嫌疑的人后渐渐有了线索，事件背后的凶手终于露出了马脚，正在他上演推理秀时却有其他的事情发生。单独出去的小哀至今未归，而世良真纯也被神秘人物电晕带走，但这个车上还藏着不一般的人物，最后谁是赢家现在还没有定论。

八号车厢里的杀人事件已经侦破，而有希子与苦艾酒的对峙还没有结束，在八号车厢制造火灾假象后等待着小哀的是波本。与苦艾酒所计划的一样，随着列车的爆炸苦艾酒的任务也告一段落，正在品味胜利成果的她却又看到了和少年侦探团一起的小哀，这一切的背后还有所隐藏，前来协助柯南的究竟是何方神圣？

为了补偿先前被卷入铃木号特快车内发生的恐怖事件，园子邀请毛利一家和柯南前往度假，而暴露身份的波本竟然以网球特别教练的身份也出现在那里，被球拍砸到的柯南不幸受伤，简单的治疗之后他被带到附近网球社成员的别墅休息，当他醒来时却发现房间里有一具不自然的尸体。

与这起密室杀人事件有关的三人都被问话，柯南对这起在自己身旁发生的杀人事件已经有了眉目，但在波本面前他没有办法利用麻醉枪。无法让小五郎沉睡的柯南只能将大家向案件的真相诱导，而在这场推理中解密的正是波本，案件虽然顺利解决，但案件的背后又是一个悲伤的故事。

正在用餐的毛利突然接到了一通电话，而打来的人是曾近因为银行抢劫而被毛利逮捕的冰室，在电话中冰室说有一个人会因为毛利死去。毛利与冰室冲突的一面被很多人目睹，而曾经指正过冰室的沼尾不幸坠亡，毛利不光名声受到了影响还间接为冰室做了不在场证明，看到整日酗酒的毛利后柯南准备出场了。

揭开暑假序幕的星期天，阿笠博士陪着少年侦探团看完电影后往家赶，在电车上他们看到远方的楼顶上发生了命案，但到达现场后目击坠落的时间却是他们看到案情发生后的10分钟。五层的建筑不可能坠落这么长时间，为了找出案情的真相柯南立即对案发的大楼展开了调查。

毛利一家和柯南想要去的餐馆正在施工，很多以前的建筑都被重建或者改造，正当毛利感叹的时候工地里传来了很大的声音。建筑器材的散落发生了命案，被压在钢管底下的是朱古先生，而捆绑钢材的带子上有被割过的痕迹。最有可能作案的便是在场的三人，而这三个人都有作案动机，在检查了命案现场后柯南有了线索。

以大阪发生的事件为契机，平次等人特地来到东京搜查，事件现场是一所公寓的房间，经过柯南和平次的调查后判定这是一起自杀案件，利落解决案件的柯南等人准备乘坐电梯回去时又发生了命案。乍看之下发生在眼前的是自杀案件，但柯南和平次发现了很多疑点，根据高木警官打听的结果，柯南等人锁定了三名嫌疑人。

乍看之下发生在眼前的命案无疑是自杀事件，但诸多的疑点让柯南和平次沿着他杀的方向调查，在询问过有嫌疑的三人后柯南和平次有了初步的判断，但现在还不清楚的是办案的手法。毛利小五郎的调侃让柯南和平次灵机一动，在三名嫌疑人到达现场后服部利用平板电脑还原了命案的经过。

案件解决后大龙警官却并没有要回到大阪的意思，发现大龙警官的异样后柯南和平次等人一路尾随来到了深山里的洋房，房里的兄弟姐妹们围绕着遗产继承话题明争暗斗，洋房主人卧室里的棺材存在着诸多的疑点，小兰和合叶在棺材里看到了骇人的一幕，整个事件笼罩在吸血鬼那毛骨悚然的气息之中。

洋房的主人传了封群组讯息集合所有的兄弟姐妹，此时大家看到了浮现在窗边惊悚模样的主人，一起目击了飞翔在天空中的怪物，随后他们还发现了次男的尸体，案件愈发的破朔迷离。这起灵异的命案和之前洋房主人未婚妻的事故有着千丝万缕的关系，而策划那起事故的正是兄弟姐妹中的某人。

这起灵异杀人事件所用到的手法柯南和平次基本都清楚了，在他们为大家揭示了这些看似诡异的手法后又发生了命案，这次被害的是消失已久的长女。案件又陷入了谜团，担心被害的人们都躲在自己的房间里，而女仆小光的一个提示让柯南和平次找到了新的线索，但他们现在还缺少决定性证据。

经过不断的调查，柯南和平次终于知道了这起事件的始末，而小光这时又收到了来自洋房主人的简讯。假冒小光的合叶在小兰的帮助下一同打倒了埋伏在南蛮房间里的凶手，败露了行动的凶手趁着昏暗的光线从暗道逃跑，被卡在暗道出口的他遇到的是平次和柯南，而凶手在灯光下显现出来的脸是……

毛利收到的信件上写着有人要杀害美术馆馆长的内容，前去拜访的柯南等人目睹了好几次差点让馆长丧命的危机。而今天前来拜访的赤座先生已经被杀害，怀疑壬生小姐行迹可疑的柯南和小兰正准备亲自联络警方的时候却遭到了袭击，美术馆里的三个员工是共犯，而馆长现在将要面临危险。

从火灾现场逃出来的柯南等人看到的是跪坐在地上的初穗，想要杀害馆长的三人却反被杀害，而初穗承认自己失手将想要对馆长下手的姐姐杀死，看到现场遗留的物品后柯南有了线索，这并不是一起单纯的正当防卫，在这个事件的背后还隐藏着不为人知的真相，隐藏在能面背后的真正凶手到底是谁？

在静冈县写小说的推理作家海棠千贺小姐招待毛利小五郎来她住的别墅，希望小五郎分享关于名侦探的办案经验，没想到见面后却没有要听小五郎分享的意思，而是一直在说自家人内部的矛盾。次日早上醒来的柯南等人发现海棠一家还没起床，再到卧室后才发现海棠夫妇以及海棠小姐的徒弟幸子小姐全部都被毒杀。

备受期待的黑色玫瑰演唱会即将开始，因为门票而卷入麻烦的园子又遇到了错怪她的古奈遥小姐，而古奈遥被偷走的门票竟然以事发咖啡厅的名义高价拍卖。还没有出勤的雅子自然成为了被怀疑的对象，但当他们前去询问时才发现雅子小姐已被人杀害，看似是偷窃杀人的现场却让柯南感觉到了强烈的违和感。

来到熊本阿苏火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盗取熊纹食品机密资料的犯罪嫌疑人试图取回赎金时被步美打断，藏有机密随身碟的熊本熊玩偶阴差阳错到了小男孩贾斯丁手中，与贾斯丁有过一面之缘的柯南等人好不容易才找到了他的线索，但却被犯人抢先了一步，现在丢失的不只是机密文件，连同贾斯丁也被绑架了。

少年侦探团对于贾斯丁的事件还是非常在意，偷偷溜出来的他们和柯南一起展开了调查，聪明的贾斯丁并没有坐以待毙，显眼的他四处留下关于自己的信息，而柯南根据这些信息终于找到了他。犯人终于被捕，但事件却还没有结束，熊纹公司的社员井上先生有着太多的疑点，柯南能感觉到这件事情还不止这么简单。

在宅急便送圣诞蛋糕到阿笠博士家前，柯南等人在公园踢球消化肠胃，途中为了追把保罗咖啡厅当做根据地的猫咪，他们不小心被关进了宅急便的配送冷藏车内。想办法离开的他们看到了货柜里的尸体，打算向外界求救时手机又恰好没电，拿出手边所有东西的他们准备想办法向外界求助。

柯南用收据做出的特殊暗号被猫咪带去保罗咖啡厅的时候被风吹走了，在冷柜的他们情况很不乐观，不能坐以待毙的他们又更改了送往阿笠博士家蛋糕的收获地址，察觉到异样的昴先生邮寄手机给货柜里的柯南，但这一手法却被犯人发现了。让柯南没有想到的是，前来解救他们的竟然是看到特殊暗号收据的波本。

怪盗基德与赤面人鱼（前篇）

怪盗基德与赤面人鱼（后篇）

幸福邮件招来不幸

装满水果的宝箱（前篇）

装满水果的宝箱（后篇）

钻石与绘画与着名女星

过于完美的模型

现场的邻居是前男友（前篇）

现场的邻居是前男友（后篇）

婚宴与两声枪响

茱蒂的追忆与赏花的陷阱（前篇）

茱蒂的追忆与赏花的陷阱（后篇）

带暗号的请帖

毛利小五郎像的秘密

疑惑的散步道

小五郎在酒吧里（前篇）

小五郎在酒吧里（后篇）

小兰也倒在浴室里了（前篇）

小兰也倒在浴室里了（后篇）

与J联盟球员的约定

两度重合的偶然

嫌疑人是京极真吗（前篇）

嫌疑人是京极真吗（后篇）

怪盗基德VS京极真（前篇）

怪盗基德VS京极真（后篇）

本厅刑事恋爱物语（告白）

本厅刑事恋爱物语（真相）

被海背叛的男子

招财三色猫事件（前篇）

招财三色猫事件（后篇）

合租公寓的死角

赤女的惨剧（雾气）

赤女的惨剧（恶灵）

赤女的惨剧（复仇）

来自首的搞笑艺人（前篇）

来自首的搞笑艺人（后篇）

结局惊人的恋爱小说（前篇）

结局惊人的恋爱小说（后篇）

加贺百万石推理之旅（金泽篇）

加贺百万石推理之旅（加贺温泉篇）

柯南与平次 恋爱的暗号（前篇）

柯南与平次 恋爱的暗号（后篇）

堤无津川放风筝事件（前篇）

堤无津川放风筝事件（后篇）

消失在暴风雪中的恋人

灰原哀监禁事件

麻烦的急救患者

气氛僵硬的茶会 前篇

气氛僵硬的茶会 后篇

工藤新一水族馆事件 前篇

工藤新一水族馆事件 后篇

消失的蒙克的呐喊

被支配的名侦探 前篇

被支配的名侦探 后篇

少年侦探团VS老年侦探团

消失天使的海市蜃楼

绯色的序章

绯色的追寻

绯色的交错

绯色的回归

绯色的真相

欢迎来到织女俱乐部

太阁之恋名人战（上集）

太阁之恋名人战（下集）

沉入盛夏泳池的谜

沉入盛夏泳池的谜（下集）

女王大人的天气预报

米花宝 出血大甩卖

高木刑警 带着手铐逃跑

三个第一发现者（上集）

三个第一发现者（下集）

保镖毛利小五郎

年轻夫人消失的秘密

恩爱夫妻的策略

幻想少女的糊涂推理

移动的目标

侦探团的密室推理比赛

追逐1亿日元

鸟取沙丘神秘之旅（仓吉篇）

鸟取沙丘神秘之旅（鸟取篇）

小心火烛的陷阱

歌舞伎十八番之谜 之一

歌舞伎十八番之谜 之二

歌舞伎十八番之谜 之三

歌舞伎十八番之谜 之四

腹语师的错觉（上集）

腹语师的错觉（下集）

镰鼬的旅馆（上集）

镰鼬的旅馆（下集）

县警的黑暗（上集）

县警的黑暗（中集）

县警的黑暗（下集）

悄悄靠近安室的黑影

博客女星密室事件（上集）

博客女星密室事件（下集）

令人遗憾的善良外星人

消失的未婚妻

小五郎 愤怒的大追踪（上集）

小五郎 愤怒的大追踪（下集）

候车室的7个人

昙柄寺隐藏的秘密

嫌犯是热恋情侣（上集）

嫌犯是热恋情侣（下集）

少年侦探团躲雨记

潮入公园逆转事件

美女与谎言与秘密

好吃得要死的拉面2（上集）

好吃得要死的拉面2（下集）

不可思议的少年

被僵尸包围的别墅（上集）

被僵尸包围的别墅（中集）

被僵尸包围的别墅（下集）

有弱点的名侦探

死了两次的男子（上集）

目前案件的最大嫌疑人从鲛二变成了宝田的妻子美香太太，在路边发现的金色假发和路人的指正让警方认定美香太太就是嫌犯，而在柯南看来事件却还没有结束。如果将美香太太认定为嫌犯还是比较牵强，看似周密的布置却漏洞百出，经过多方查证后柯南终于有了线索，他们一开始都被先入为主的观念蒙蔽了。

昨天电影里出场的女高中生乐队让园子来了兴致，她提议小兰和世良与她一起组建女高中生乐队参加年末米花町举办的跨年晚会。园子乱吹牛的个性引来了旁边吉他手的羞辱，而安室先生很漂亮的替她解了围，这样园子乐队的吉他手也找到了。在他们在休息室等录音棚的时候凶杀案发生了，而被杀害的是一个女子乐队的鼓手。

柯南、世良等人看过了女子乐队的彩排视频后便有了线索，这段看似与案件无关的视频却暴漏了凶手的目的。本案的凶器还没有确定，在场的监控器镜头被挡住了一半，在场的乐队成员们看似都没有时间办案，警察把重点转移到了其他的乐队，但柯南等人却坚称凶手还没有走出摄影棚。

铃木集团举办的热气球大赛引来了很多参赛选手，冠军奖金高达1000万日元，蝉联两届冠军的水口先生今年带着太太一起参加了比赛，赛前他和奥田先生发生了争执。比赛中，奥田先生撞上了水口先生的热气球，在坠落过程中水口太太坠落身亡，发生的这一切看似只是一场事故，但柯南却从热气球的残骸中看出了端倪。

毛利小五郎带小兰和柯南到传说有天狗出没的山里玩，路遇乡土学者下村昌三。天色已晚，小五郎他们只好在民宿住上一晚。第二天，在小兰的提议下，大家去附近的洞窟景点参观，却意外撞到镇长带着天狗的面具，在洞窟悬崖上的祠堂上吊自杀。镇长为何要扮成天狗？他自杀的动机又是什么？

周六早晨顿比町公园内发现了命案，勒索恐吓惯犯胜井优死亡，逐一排查嫌疑人后广濑纯子小姐主动承认了自己的罪行，但毛利小五郎却因为此事来到了警署。在案发当天八点的时候毛利小五郎在米花町看到了广濑小姐，这一点让广濑小姐有了不在场证明，但听到毛利的陈述后广濑小姐却非常惊讶，柯南得知后认为此事并没有那么简单。

小五郎和柯南准备外出吃饭的时候正巧看到了交通事故，驾驶车辆的是菊池俊明，而被撞死的人是他的熟人堤先生，看到堤的尸体后菊池痛哭流涕，而警方在堤的外套里找到了一封遗书，据此将这起事故作为自杀案件处理。菊池的举动和现场的细节引起了柯南的怀疑，他知道这并不是一起自杀案件。

半年前毛利小五郎去杯户北町工作时，碰巧遇到了一起事件。名为桐崎礼美的女性被发现吊死在自己的公寓中，因为房东和桐崎的邻居惠小姐都能证明她有自杀的倾向，外加她还留有一封遗书，所以事件被当做自杀处理。桐崎的死让惠小姐非常自责，而小五郎的话让她重新振作了起来，为了感谢小五郎才有了今天的约会，但在约会中柯南却看出那起案件的隐情。

阿笠博士中奖拿到了餐饮券，少年侦探团便跟着来到了位于米花百货商店顶楼的高级餐厅，但是那里的主厨却被人刺中腹部受到重伤。柯南见状马上联系了百货商店各处的侦探团成员，正在挑选礼物的步美等人立马去楼梯口寻找犯人的下落，但当警察来后他们三人的证词却完全不一样。

柯南跟着步美等人调查他们目击犯人的楼层，圣诞节的百货商场人流量非常多，他们三人在目击犯人时都没有看到犯人的脸，综合他们当时所遇到的场景柯南有了线索。步美等人的证词都没有错误，出现不一致的原因是外观印象会受到周围环境的影响，而综合这些证词后符合条件的人只有一个。

柯南醒来后发现自己身在一个狭小黑暗的空间里，眼睛渐渐习惯后他才发现自己被困在了棺材里，能听到风声这一点证明他还没被埋起来，晕倒前的一幕幕也渐渐想了起来。毛利小五郎最近接到了一起案子，律师事务所保险柜被撬，存放在里面的遗嘱不见了，这是过世的塘桥集团会长的遗嘱，这件事与柯南的遭遇是否有联系呢？

柯南在灵车中发现了遗失的遗嘱，小兰和少年侦探团赶到会场后才发现葬礼已经结束，而灵车正开往火葬场。情况十万火急，小兰等人在尸体火化前赶到了火葬场，而棺材内却并没有找到柯南，在大家束手无策时又传来了柯南的讯息。灵车有两辆，而载着柯南的老旧灵车正驶向报废场，在不知道灵车内有人的情况下柯南的处境十分危险。

千叶警官在警局四处询问有关“不明飞行物”的线索，却毫无所获，这天他回到家，收到了声称是自己宇宙第一大粉丝的人寄来的神秘邮件。在另一边，名为和田阳奈的女高中生来到毛利事务所，委托小五郎调查杯户公园“UFO”一事。杯户公园隔壁的杯户高中发生杀人案件，这两者是否有联系？

混凝土杀人事件还未解决网上就已经闹得沸沸扬扬，说是案件真凶是外星人而警察在故意隐瞒外星人的存在，将案件告诉过毛利小五郎的千叶警官为此被训斥了一番。柯南可以确定的是这起案件是人为的杀人事件，在走访犯罪嫌疑人朽木后柯南有了线索，到底朽木是用什么方法杀了被害人呢？

由美的前男友秀吉几年前曾经交给她一个信封保管，并说等他“集齐七个”后再打开信封，虽然秀吉已经“集齐七个”，但由美却并没有特别在意，信封也被夹在杂志中当垃圾处理。突然插播的广告让由美知道秀吉竟然是将棋的七冠王，佐藤猜测信封里很可能是婚姻登记表，并提到将棋七冠王收入不菲，回过神来的由美立即回家寻找信封。

喜欢刁难人的管理员并没有告诉由美等人过多的线索，柯南结合能够得到的信息一步步推敲终于有了结果，输入密码后笔记本电脑只是切换到了前置镜头，而那封装有结婚登记表的信封早已被管理员塞回了由美的上衣口袋里。就在众人打算去比赛会场时秀吉打来了电话，他告诉由美可以丢掉信封，因为心事重重的他已经输掉了比赛。

小五郎让柯南和小兰陪他一起去位于大分的别府温泉旅行，说到别府温泉最有名的莫过于地狱巡游之旅，就在小兰和柯南兴致勃勃讨论的时候小五郎却在一旁默不作声。在柯南和小兰的逼问下小五郎才说出了实情，这次的旅行目的是寻找仲代电气社长的女儿麻奈美，柯南根据照片找到了麻奈美所住的旅馆，但这仅仅只是开始。

柯南从无人机上坠落后便失去了犯人的线索，就在众人一筹莫展的时候佐藤警官打来电话，她称发现了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人却反被挟持，柯南和高木等人赶到后协力制服了犯人，但手提包内的1亿日元却不翼而飞。另一方面，本该被绑架的麻奈美小姐正在美术馆欣赏裕之的作品，而这背后到底是谁在搞鬼？

走在樱花盛开的小道上小兰不由得想起了与新一的初次相遇，那还是在上幼稚园的时候。急忙赶去上班的小五郎不小心踩坏了小兰的樱花名牌，英理只能先给女儿用纸做了一块名牌应急，但小兰却因为这块名牌受到其他小朋友的讥讽，同样是樱花班的新一称自己也丢了名牌，他要求小兰也为自己做一个。

小兰和园子聊着幼稚园时的往事，新一当时所做出的樱花名牌推理，正是他的第一次推理，而在小兰不知道的情况下新一一直在背后默默地守护着她。樱花班班主任江舟论介看小兰的眼神让新一非常在意，他认为这个老师是故意想要和小兰亲近，他所作出的解释看似合理，但新一依旧无法放松警惕，新一的父亲工藤优作得知后也展开了调查。

练习空手道的京极曾在幼时受到高见达人的指点，高见老师的教诲才成就了如今的京极，京极拜访老师道馆的时候园子拖着柯南也来参观。高利贷催款的人来到了道场，得知老师要卖掉道场引退后京极非常反对，京极出去没多久就听到了玻璃破碎的声音，一行人冲出去后发现道馆内宝贵的黑带不见了。

找到失踪的猫咪后小五郎和柯南拿着酬劳准备去吃饭，但他们却突然听到尖叫的声音，在楼下他们发现一对夫妻死在了家里。死在客厅里的是身中数刀的前原圣一，而他的妻子前原早纪则被捆绑在卧室的衣橱里窒息死亡。警方探查之后认为杀死圣一的正是他的妻子早纪，想要掩人耳目而把自己捆起来关入衣橱的早纪却遇到了意外，但真相真是这样吗？

不分昼夜骑着巨大摩托车四处游荡的天城达也遇害，生前给周围居民带来不小困扰的他遭到了人们的冷漠对待，大家都很庆幸有人杀了他。应当担任与天城达也沟通协商的居委会会长番藤彦一死在了自己的家中，虽然现场布置成了自杀的模样，但柯南和小五郎还是看出了端倪，这一点被咖啡厅的老板金满丰子证实，她提出昨晚番藤根本就不会与天城见面。

柯南确信被警察盯上的千野并不是真正的犯人，而尸体的第一发现者福田先生和催促番藤与天城协商的江崎小姐都有杀人的机会，但在调查中柯南并没有得到这方面的线索。案件的条理逐渐明确，犯人杀死天城和番藤的目的是为了陷害千野，想起千野偶尔担任推理小说新人奖的审查后另一条线索出现了。

少年侦探团的理科自由研究作业是拍摄镇子的全景照片，为此阿笠博士带他们来到云丸山露营，在山中小屋他们遇到了正在争吵的四人，而三年前意外去世的元木是他们争吵的焦点。争吵过后岳美负气离开睡在了悬崖底下，半夜的时候荣子等人为三年前因意外去世的元木默哀，正好醒来的柯南见证了这一幕，但在第二天元太却发现山下的岳美小姐倒在了血泊中。

在帮纯子小姐调查入室偷窃的时候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是纯子小姐的邻居北上先生，初步判断为酗酒坠楼，但在高木警官调查附近邻居时柯南看出了端倪。所调查的房间里柯南看到了几处线索，这些都可以说明北上并非意外坠亡，但是柯南还是没有找到关键的证据，小五郎在电梯里整理仪容时柯南突然明白了什么。

17年前日本将棋四冠王羽田浩司遇袭案让柯南非常在意，和他同日遇害的还有同一酒店的美国资本家阿曼达，柯南和灰原推测这是组织所为，但羽田浩司遇害时的房间却不像是组织的一贯风格。地产公司社长被害时手里拿着阿笠博士发明的剪刀，目暮警官请阿笠博士来说明剪刀的用途看是否能为破案提供帮助，柯南注意到这次的案件却与17年前羽田浩司遇害案非常相似。

死者被杀时手里握着剪刀，尸体的伤口处还粘满了蜂蜜，不仅如此，案发现场的水龙头还一直开着，柯南和昴确定凶手就是零食店的仙波先生，但他们还一时半会儿找不到凶器。在询问了保镖后柯南有了一些线索，阿笠博士在院子里看到的成群蚂蚁也为他们提供了帮助，凶手到底是运用了什么手法来作案的呢？

和柯南推测的一样，17年前杀害羽田浩司的凶手就是那个从现场消失的名叫浅香的保镖，其真实身份是黑暗组织的二把手朗姆，除了这些从羽田的死亡讯息中得到的线索外柯南一筹莫展。就在柯南思索的时候听到了电视台打给毛利小五郎的电话，号称灵魂侦探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但当柯南和小五郎赶到指定宾馆时又一起凶杀案发生了。

为了和灵魂侦探堀田凯人进行对谈，柯南跟着毛利小五郎来到了酒店，但到时发现堀田已被杀害，其隔壁房间的客人竟然是世良。柯南和世良在案发现场进行了一番调查，罪犯的手法与关键性的证据全被找了出来，就在柯南准备和往常一样进行推理时却发现自己的变声器不见了，而这时竟有人很自然的用他遗失的变声器开始模仿小五郎的声音进行推理。

正在公园里踢足球的少年侦探团突然听到一声惨叫，房间里冲出来一个人慌张的让他们报警，此人正是受害人小久保女士的侄子。所有可能杀害小久保女士的人都有着不在场证明，就在众人一筹莫展时，小久保女士生前饲养的八哥引起了柯南的注意，这只一直口出恶言的八哥为解开案件提供了关键的线索。

音乐人波土禄道发表了新歌并准备召开演唱会，柯南等人约定一起去看波土的彩排表演。来到表演厅外的众人偶遇了波本和小梓，却被工作人员通知表演临时取消。正当众人在表演厅外交谈时，前来做消防检查的警察却突然发现波土禄道被吊死在了舞台正中央……

在被害人波土的遗物中发现了他亲手所写的字条，经纪人和社长随即回忆起了波土生前的往事，众人这才得知经纪人小姐原来竟是波土的前女友。而在舞台上发现的绳索和折叠椅也为柯南等人提供了线索，经过波本对绳索的一番讲解和演示，众人共同推理出了波土的死因和凶手的真实身份。

柯南等人帮助旧书店店主裕次郎搬运书籍，并在书店遇到了裕次郎的儿子一郎。一郎对于父亲经营旧书店的事感到很不满，争执中众人不欢而散。在光彦的带领下，柯南等人来到了旧书店旁的公园，准备观看蒸汽机车发动的场面，并在等待的途中偶遇了一郎。正当众人与蒸汽机车合影完毕返回书店时，却发现裕次郎被压在了倒塌的书架下面……

阿笠博士带着少年侦探团去朋友家的别墅玩，众人却在别墅的院子里发现一名倒在血泊中的男子，经证实此人正是俗称“佐罗”的连环抢劫纵火犯的同党伊势原祐二。为了解开谜团，柯南只身一人前往深山，目睹了佐罗意图杀害伊势的场面。想要解围的柯南在和伊势一起逃亡的过程中被逼上了临海的悬崖，在佐罗的追杀中不慎坠落悬崖的二人命运将会如何？

目睹柯南坠崖的众人陷入了痛苦和无助之中，警察署的搜查工作也一筹莫展，然而小哀却觉得此事另有蹊跷，便独自上路寻找柯南。另一方面伊势原在柯南的帮助下成功脱险，二人在山中的木屋与小哀相遇。在三人的设计和警方的帮助下，抓捕佐罗的行动圆满完成。正当众人以为此事已画上句点时，柯南却发现案件仍有疑点……

为了纪念战国武将信长入主岐阜城450周年，侦探少年团和阿笠博士来到岐阜市内游玩。在光彦的提议下，众人共同观看了当地的英雄秀表演。表演结束后，光彦因想得到签名而独自返回观看场所，然而他却在寻找表演人员的过程中遭到绑架……与此同时，在博物馆展出的信长公像也一并失窃。光彦能否获救？柯南众人寻尽线索，希望迅速找出幕后黑手。

受宿里村村长之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村寻宝。到达旅店后，通过与其他几位考古学家和历史学家交谈，他们得知在宝藏的埋藏之处曾发生过塌方事故，其中一位外国挖掘队员在弥留之际写下了意为“鵺”的字条，而鵺正是传说中极为凶猛的怪兽。饭后当众人准备回房休息，平次却突然发现门前失火，众人在火中看到了体型巨大的怪兽。为了一探究竟的柯南和平次在追踪怪兽的过程中，却发现了倒在血泊中已经丧命的历史学家。

柯南和平次传来历史学家的死讯，众人陷入恐慌，并认为是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出门，考古学家主动要求与小兰交换房间。众人回房后，柯南与平次在院子里和村长询问细节，院子却突然再次着火，与此同时楼上的考古学家似被不明物体击中，惨叫一声后倒在房内，待柯南等人赶到时已经丧命。经过一番调查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遗忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

一直被大家遗忘在家中的狗引起了柯南与平次的注意，二人很快就洞察了这一系列杀人事件的作案手段。平次委托村长告诉众人他已经得知了鵺的真面目，并在庭院内为众人重新演示了一遍案发当日的情形。在二人的推理下真相终于浮出水面，凶手成功被警方抓获。当案件尘埃落定后，平次终于鼓起勇气准备向和叶告白……

柯南等人来到方斗寺调查会预知未来的佛像一事，因天色已晚便决定在寺院内留宿。正当众人享用晚饭时，突然从房内传出一声惨叫，原来是正在房中念经的住持被人杀害。毛利小五郎通过柯南在院内找到的一些线索，推断出了凶手的身份，然而正当凶手跪地坦白自己的罪行时，柯南突然发现案件并没有结束……

毛利小五郎受久须美工械厂社长的委托，调查工厂零部件被偷的案件，为了不引起职员的警惕，柯南和小兰也一同随行假装参观。在对职员们暗中调查后，行为怪异的谷崎成为毛利小五郎的怀疑对象，三人计划在仓库抓住罪犯的现行，不料却发现谷崎死在了反锁的房间里。正当案件一筹莫展时，谷崎生前研究的老鼠机器人引起了柯南的注意。

元太在奥米花的路口边找东西时，突然被身后狂奔而来的红衣男子撞倒，元太追逐红衣男子未果，便叫来少年侦探团一起帮他寻找红衣男子的下落。正当几人争论不休时，柯南等人被警察叫住询问，这才得知该红衣男子竟是一名抢劫犯，于是少年侦探团便决定帮助警察抓到红衣男子。与此同时，另一名红衣男子来到警察局，告诉警察他失忆了，却被警察以嫌疑人的身份进行追捕。这名红衣男子究竟是不是抢劫犯？感觉此事另有蹊跷的柯南展开了调查。

柯南陪小兰和世良等人在商场逛街，几个女孩子试泳衣的场面让他感到十分尴尬，便借口去别的柜台得以脱身。正当柯南四处闲逛时，恰好目睹了两名女顾客和店员争执的场面。购物结束的小兰等人与柯南会合准备离开，却听到不远处传来惨叫声，原来是刚才发生争执的其中一名女顾客死在了试衣间里。死者留下的讯息引得众人纷纷猜测，柯南能否凭借这些蛛丝马迹找出真凶？

警方分别对三位女当事人进行了询问，并检查了她们随身携带的物品，而案发现场所发现的白色凉鞋成为了本案最大的疑点。在诸多线索的指引下，柯南和世良很快便推理出凶手的身份，但却未能明白凶手的作案手段。最终在园子不经意的提示下，柯南顺利地将案发过程演绎给众人，成功找出真凶。而凶手与死者之间，竟有这样一段不为人知的往事……

外出露营的少年侦探团为了避雨来到了一栋别墅，别墅内的男佣人告诉大家最近房间内有幽灵出现。在交谈中，柯南等人得知别墅的女主人不久前刚刚去世，而男主人则认为幽灵是女主人回到了家中。关于出现幽灵一事，女佣人似乎显得十分不适，而男主人的侄子似乎行迹也有些奇怪。柯南察觉到幽灵之事必有蹊跷，决心与少年侦探团一同查明真相。

通过与世良的接触，柯南回忆起与世良初次相遇的情形。十年前，秀一从美国回到日本，与家人一起在海滩游玩，恰好偶遇了年幼的新一和小兰。沉迷侦探游戏的新一引起了秀一的兴趣，正当二人交谈甚欢时，突然有一辆车从沿海公路上冲破护栏坠入深海。秀一马上潜入海中实施救援，却发现驾驶员已当场死亡。根据秀一的推断，案发前车上应该还有死者的同伴，而死者的身份也是疑点重重……

根据死者背包中的赃物，秀一判断该死者可能是一名抢劫犯，同时他发现还有一名嫌疑犯在逃。柯南在秀吉的帮助下带来了三名有作案嫌疑的游客，经过秀一的推理，真相很快浮出水面，警方也顺利抓获了犯罪嫌疑人。至此，柯南终于回忆起十年前与世良初次相遇的情景，同时他也意识到，世良可能已经知晓自己的真实身份。

毛利小五郎收到了一本未出版的图画书，柯南发现书上的内容与近日发生的爆炸案有关。目暮警官得知此事后，带着图书作者的编辑赶到了现场。根据编剧所言，图书作者已因病去世，而引发爆炸案的嫌疑人正是图书作者的哥哥。通过书上的线索，柯南和毛利小五郎找到了藏匿在公园的炸弹，并被告知还有其他炸弹存在，柯南能否化险为夷找出其余的炸弹？

根据图画书中的线索，柯南等人得知还有其他炸弹存在。目暮警官马上出动全体警力前去搜查，不料却发现其余的炸弹都只是爆炸犯捉弄警方的恶作剧，而真正的炸弹早已按照计划在指定地点爆炸。正当调查一筹莫展时，目暮警官突然接到匿名电话报警，称自己发现了爆炸犯的藏身之处。而正当众人赶往此地时，据称是犯人居住的地方却再一次发生了爆炸……

平次陪同和叶一起来到东京，准备约小兰与柯南一起去看彩灯。由于和叶要帮助小兰一起做饭，平次和柯南便去楼下的白罗咖啡馆打发时间。二人来到咖啡店闲聊，隔壁桌是四位来咖啡馆庆生的大学生。为了一起观看庆生视频，其中一名男学生掏出了笔记本电脑，不料却在插上电的一瞬间导致总闸跳闸，咖啡店内瞬间一片漆黑，并有人发出一声惨叫。当店员急忙重新打开总闸时，众人却发现该名男学生倒在了血泊之中……

平次与和叶邀请小兰和柯南一起去看彩灯，在等小兰与和叶准备晚饭的期间，平次和柯南去楼下的白罗咖啡馆打发时间，不料却恰好遇到了一起杀人未遂的案件。受害者虽没有生命危险，但血迹却溅到了柯南和平次的脸上，二人本以为可以通过血迹找到真凶，万万没想到店内的几个客人身上均未发现血迹。正当案件调查一筹莫展时，店内一名自称和田进一的男子突然念起一首和歌，平次和柯南马上明白了此人的用意，并合力找出了真凶。

为了打开藏有珍贵月长石的机关盒，铃木次吉郎准备在铃木大图书馆将机关盒展出，并邀请各界人士前来打开机关盒。同时，他也向怪盗基德发出了邀请，希望借此机会吸引基德并将其绳之以法。收到邀请函的基德如约而至，正当众人专心致力于打开机关盒时，基德已偷偷伪装成其他人的模样伺机以动。柯南能否顺利找出基德真身？

根据友寄夫人的回忆，写有打开机关盒方法的纸条被丈夫藏在了某本书中，众人纷纷开始查阅图书馆中的藏书。柯南在回忆友寄夫人所言之后，顿悟了纸条被藏匿的方法，并推理出纸条所在的书籍。正当众人齐心协力想要从书中找出纸条时，图书馆突然停电陷入一片黑暗，柯南等人赶紧前往放置机关盒的展厅，却发现基德早已留下卡片逃之夭夭。

柯南所在的班里来了一位新老师名叫若狭留美，若狭老师想在体育课前用石灰画线，却发现石灰已经用完了。柯南告诉若狭老师旧仓库里可能有石灰，元太和光彦开玩笑说旧仓库有幽灵出没，若狭老师感到很害怕，便拜托少年侦探团一同前往旧仓库。在寻找石灰的过程中，柯南发现一扇通往地下的门，众人合力打开门后，却惊人地发现了一具骸骨……

利用步美找到的暗号解读表，柯南本以为能顺利解开暗号，不料却遇到了瓶颈。正当此时，若狭老师再次拜托少年侦探团前往旧仓库寻找石灰。来到旧仓库的众人发现仓库一片狼藉，在若狭老师不经意的提示下，柯南终于解开了暗号的含义，并推测犯人将再次来到旧仓库。为了避免打草惊蛇，柯南设计误导犯人，并在深夜与若狭老师等人再次来到旧仓库，柯南能否顺利将犯人一网打尽？

毛利小五郎收到一封落款人名为仓田屋驹吉的信件，此人号称要把传家宝送给他，于是小五郎便与柯南和小兰一同前往约定地点山口县。来到山口县的三人偶遇了记者夏目明日香，小五郎谎称三人是来此地度假的，明日香便主动请求为三人当导游。然而在旅行中，小五郎不慎说漏嘴透露出此行目的，却因此遭到了警察的逮捕。原来名为仓田屋驹吉之人竟是一名抢劫犯，而所谓的传家宝则是抢来的贵重赃物……

为了追踪仓田屋驹吉的下落，柯南等人来到荻市进行调查，却不慎遭到了神秘人的枪击，所幸无人受伤。因担心明日香的安危，毛利小五郎迅速向明日香致电，正当二人通话时，明日香却遭到了神秘人的绑架。宝田先生告诉众人犯人疑似是藤木律师，并猜测明日香被绑架的地点在指月公园。而柯南则在明日香掉落的手机中发现了其他线索，只身一人前往目的地搜寻明日香的下落。

毛利小五郎带柯南和小兰来高级餐厅用餐，进门后三人发现桌上摆满了食物却没有客人，并在厨房发现了倒在地上的厨师口石先生。清醒后的口石先生告诉三人，原本有五名客人在餐厅里用餐，不料自己在做饭时遭到了歹徒的袭击，客人们也不知去向。毛利小五郎马上通知了目暮警官，并查清了每个客人的身份，然而却难以判断消失的客人们去了何处。正在这时，摆放在餐桌上的甜点和杂物引起了柯南的注意。

毛利小五郎捡到一张中了大奖的赛马彩票，便带着柯南和小兰一起去寿司店庆祝。寿司店内新来的厨师很喜欢推理，与毛利小五郎交谈甚欢，期间有三名客人陆续来到寿司店用餐。就在大家酒足饭饱准备离开时，突然有一名客人冲进店内，声称店里有人偷了自己的手包。随后这名客人在寿司店的洗手间内找到了遗失的手包，经过一番检查后，她告诉众人自己丢了一张中奖的赛马彩票。

柯南等人在寿司店用餐时，突然有一位女士冲进来声称店里有人偷了自己的手包，手包内有一张中了大奖的万马彩。据这位女士所说，犯人的袖口上会留有自己手指上的血迹，然而经过检查，在座的客人们并没有人袖口上沾到血迹。此时，毛利小五郎想到自己之前捡到一张中了大奖的万马彩，并且中奖金额和这名女士丢失的相同，心中感到十分不安。

若狭老师不慎将话剧演出要用的屏风弄脏，柯南一行跟着若狭老师回到公寓帮忙重画，完工后隔壁房间传来了噪音，元太和柯南前去抗议时遇到了新的案件。死者是一名模特，而她的男友是有名的高尔夫运动员，若狭老师在早上听到了两人的争吵，而柯南已经确定了谁是凶手，现在只差找到关键的证据。

帮忙绘制屏风的少年侦探团卷入了杀人案件，通过元太手上的化妆品香味与现场的蛛丝马迹，柯南断定凶手就是职业高尔夫球运动员伴野贞悟，但他始终没有找到关键性的证据，那便是伴野脸上被“凶手”写下的文字。在屏风上酣睡的元太，脸上沾上了老虎纹的颜料，这个细节让真相浮现了出来。

毛利一家大早上就来到了白罗咖啡厅，安室特制的蛋糕是店里的招牌，但打开冰箱后却发现蛋糕融化了。少年侦探团听到柯南在白罗咖啡厅便全跟了过来，得知蛋糕融化后他们都很失望，为了让伙伴们吃到安室的蛋糕柯南准备着手调查此事，经过了几天的监控他们并没有找到原因，这起蛋糕融化事件的真相到底是什么？

绫乃在休息日应邀来到了美冬家，谁知在门口时却听到了屋内的争吵声以及美冬的惨叫，终于打开门的绫乃只看到了美冬的尸体和房内凌乱的脚印。匆忙逃命的绫乃在路口撞上了柯南和毛利并带他们来到了案发地，而当柯南他们顺着屋内遗留的线索找到“凶手”田端时却发现对方竟然已经死亡。

一家房地产公司的黑心社长东先生和他的助手河西找到了毛利小五郎，他们称自己接到了杀人预告电话，而对方的目标就是东先生。嫌疑人有三个，小五郎和柯南一一找他们确认过，调查过程中柯南察觉到了一丝异常。三个嫌疑人被叫到了一起，柯南麻醉了小五郎后展开了推理，但就在结果出来后众人却都露出了诡异的笑容。

小五郎竟然拒绝去看冲野洋子主演的新电影，原因是这部电影的原型很像他和妃英理，正当他们争论的时候小兰接到了一个聊天软件的申请，同意后小兰竟然收到了妈妈妃英理的求救，就在他们疑惑的时候另一个相同的账号也加入了聊天，柯南一眼看出妃英理遇到了危险，而犯人正在扰乱他们的判断。

小兰的母亲妃英理在自己的事务所突然被人绑架，但她趁绑匪不注意躲进了废弃的大楼内，并用抢来的手机向小兰求救，虽然遭到了绑匪的干扰但柯南还是分辨出来了妃英理所发的信息内容，从中获得了一些线索后柯南带领小兰和小五郎立刻展开救援，但被绑架的地点可能有两处，柯南能在危急时刻找到正确的位置吗？

日卖体育记者加贺爪弘和桥爪明曾在一年前报道过一篇关于大企业老板角山制作所的山角雄三社长去世引发的遗嘱失踪事件，这两位记者当时不断煽风点火，将自己挖到的争夺遗产的丑闻都刊登在杂志上害的亲属争执不断最后甚至引发了杀人未遂案。柯南白天在餐馆遇到了这两名关系很差的记者，没想到就在当晚，加贺爪弘竟然被发现在河边遇害。

建太去捡球时透过窗户发现了一个人身受重伤靠在沙发上，待大家发现后检查伤者已经死亡。柯南不认为这是起意外事件，因为客厅里还躺着另外一名死者。经警察调查后得知受伤死者是房地产老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的员工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合开除，警察推测这可能是柴田的杀人动机。事件发生时河合的妻子优子正在家中二楼睡觉，没有听到楼下的打斗声，这件事让柯南起了疑心。

7年前杯户街上发生了一起抢劫杀人案，案件当时只有一个目击证人，那就是5岁的小女孩友里未央奈。7年后小五郎带着兰和柯南一起来到鸠笛庄度假，友里未央奈正是鸠笛庄女主人的女儿。来度假的客人井出正也无意间谈起了7年前很热门的特摄剧彗星假面超人比恩，这让友里未央奈陷入了恐慌之中，因为当年那起抢劫杀人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。

警方开始调查啤酒王子南北家O太郎的死因，大家都有不在场证明，小五郎断言这是一场意外事故。但警方却从Q次郎的尸检报告中发现了疑点，经检查发现Q次郎尸体肺部里的水并不是池塘水而是自来水，而O太郎的房间里发现了监听器，上面还有Q次郎的指纹。更令人惊讶的是桌子上留下的指纹是O太郎的，而这指纹竟然与七年前抢劫杀人案犯人留下的指纹是一致的。

小五郎受J联赛之邀担任东京SPIRITS队和大阪钢巴队的比赛开球仪式嘉宾，柯南与小哀他们也跟着小五郎来参观后台。步美是东京SPIRITS队11号赤木英雄球员的粉丝，这次是英雄受伤后的首次出赛，步美本想送自制饮料给英雄，但因规定只能将赛场提供的运动饮料递给了英雄。小五郎见状也要了一瓶饮料解渴，但却没想到因此引发了不良反应。

小五郎带兰和柯南来到东京附近的度假山庄放松，在那里遇到了同样来休闲的女大学生三人组。小五郎伴着美景喝了许多酒，正当他昏昏欲睡之时，河边突然出现了异变。河水突然变红，顺水而下居然有一具尸体飘了过来，小五郎立刻清醒跳河救人，等打捞上来后大家惊觉这居然是刚才的女大学生之一的秋叶夕子。

黑田管理官公事缠身最近显得很疲劳，白鸟警官建议他去露营场好好放松一下，正巧柯南一行人随若狭留美老师也要去露营。在露营场地，柯南他们遇见了几位白网大学篮球社的成员，队员漆原史昭与其他成员关系闹得很僵，篮球社经理古冈美鸟想借此露营机会让成员们彼此拉近感情。没想到晚饭过后，漆原史昭所在的帐篷突然着火，众人急忙灭火却为时已晚。

警察开始调查帐篷燃烧的原因，篮球社的成员都有不在场证明。柯南从段野的证词那里发现了奇怪之处，黑田管理官也发觉了异样，这不是一起意外自杀，而是故意杀人事件。柯南从大家做的橡子挑担偶人得到了启发，怀疑是有人做了一个自动起火装置故意暗杀了漆原史昭。

日暮警官有事求助于小五郎，最近一件杀人案让他非常苦恼。舞滨龙二是文学家灵岸雄高的外甥，灵岸先生在家被人谋杀，根据目击者的证词，警方锁定犯罪嫌疑人就是舞滨龙二。但就在离起诉期只剩两天的时候，舞滨龙二突然推翻之前的证词，说灵岸先生被害那晚他正在自家附近实施入室抢劫，受害者的证词也证明了这点。灵岸家与舞滨家距离有一个多小时的车程，舞滨龙二到底是怎么错过时间差实施杀人犯罪的，这让日暮警官百思不得其解。

高木警官突然来电要找柯南，他说柯南是杀人事件的知情人。画家北园青峰下午三点半左右在家被人杀害， 警方为了确定嫌疑人之一北园先生的弟子西山大树的不在场证明把柯南叫来，因为事发当日西山将柯南和朋友们作为模特画了一幅风景画。北园先生的两位弟子和妻子都似乎与北园先生有过纠纷，这次的案件让警察们陷入困局。

警方确定了一起宝石抢劫案的嫌疑人，嫌疑人鹰取严男躲在一个仓库里，不知为何柯南与小五郎也在场。警方突破仓库门进入准备抓捕嫌疑人时，鹰取严男打开事先设下的陷阱，趁现场混乱之时绑架了柯南当做人质逃跑。柯南在犯人车上伺机逃跑，不料却跑进死胡同里被抓。无奈之下柯南被带到了一个荒废的仓库里，犯人鹰取严男究竟想让柯南做些什么？

鹰取严男在取回宝石后将柯南扔在了马路中间的绿化带中，柯南受不住冲击昏了过去，当他醒来时鹰取早已不见踪影。柯南随后被送到医院检查，所幸身体没有受伤。柯南想弄清案件的真相，趁病房没人偷溜出去寻找线索。他先去寻找之前在鹰取身上发现的酒吧地址，在酒吧隔壁的房间里竟然发现了被盗珠宝店的采购员的尸体。

夜晚园子心血来潮带着小兰和柯南来公园里观赏银河，不料却在花坛里发现了一起行凶案。园子透过望远镜看到了一双女子的手，她手上的戒指正在被凶手摘下，园子过于震惊没有看到凶手的长相。之后园子大概确定了行凶案的方向，带着小兰和柯南组成女高中生侦探团去破解这桩行凶案。

平次参加了全国高中生剑道大赛，他在个人赛中获得了优异的成绩，他决心打败对手冲田然后向和叶告白。但是事情进展的并不顺利，中场休息时场外发生了一起凶杀案。裁判拔谷士道在室外厕所旁被杀害，凶手穿着京都泉心高中的剑道护具，现场没有目击者，只有一位双目失明的老人听到了声响。

佐藤警官开始调查凶杀案的现场，她盘问过从旁边厕所出来的三人，但三人都有不在场的证明。小兰借口要去洗手间，独自一人跑到比赛场馆内开始进行调查。之后平次的对手冲田总司发现了一个可疑之处，凶手穿着的护具和道服都沾上了血迹，袴的正面却没有一丝血迹，背面却被溅上了血。在现场的那位失明老人也想起了案发时他曾听到有人用关西腔打电话，平次凭借这些信息大概掌握了凶杀案的真相。