明治十一年，东京下町流传「拔刀千人斩」杀手，连续於夜间出没，滥杀无辜，并自称师出神谷活心流，使得神谷道场的代理师父「神谷薰」急得四处搜寻。在误打误撞之下，神谷薰认识了浪人绯村剑心，并在其帮助下找到凶手原是当年被薰父逐出师门的比留间伍卫。「假拔刀斋事件」落幕，薰感激之馀，诚心留下浪人，央求他协助重振神谷道场。

「假拔刀斋事件」後，神谷道场的弟子流失殆尽，仅剩下食客绯村剑心。一日，小薰不耐日子的沈闷，硬是耍赖要剑心请大伙上街吃火锅。不料，路上竟遭小扒手(明神弥彦)所窃，小薰不服，逮到小扒手理论，剑心不以为忤，欲将钱包给弥彦，反遭自尊心极强的弥彦所悍拒。弥彦因无钱偿债，而被一帮混混痛打，小薰一时义愤挺身相助，使得二人深陷危境，幸亏剑心及时赶到，化解危难。弥彦深为小薰的奋不顾身之义气所感动，亦为仰慕剑心之高强剑法，在剑心的撮合之下，遂投入神谷活心流门下，成了小薰的头号弟子。

大批警察来到神谷道场抓拿剑心，小薰和弥彦因而得知原来剑心就是传说中的「史上最强」的剑士--拔刀斋千人斩。弥彦紧急上街欲通知剑心逃走，却因路见不平，当场和蛮横的剑客警官队大起冲突而被捕，险遭当场处决，幸赖剑心及时出手相救。特为游说剑心投效明治政府而来的山县有朋将军亦在此时出现，无奈剑心早已无意仕途，坚决辞谢将军所请。

小薰变卖爷爷生前画作，请大家上馆子吃牛肉火锅，却遇上一群高谈民主自由的酒鬼，起了摩擦，冲动的弥彦马上过去叫架，使得剑心不得不出面应付。此时，出现了一位身穿「恶」字袍的「打架专家」的斩左(相乐左之助)，俐落地赶走了那群酒鬼，在心怀鬼胎的比留间，看上斩左的身手，便私下雇他除掉剑心。斩左答应了，但不是为了钱，而是因为想和传说中的拔刀斋千人斩过招。剑心在不得已的情况下只好勉为其难地出面应战。

号称「打架专家‧斩左」的相乐左之助来意不善，扛着斩马刀执意与剑心一较高下，此举令小薰和弥彦十分担心。剑心逼不得已亮出逆刃刀，使出飞天御剑流而终於降伏了左之助。事後，左之助怅然道出为找维新志士复仇之因﹐经过剑心开导，左之助多年心结稍解，对剑心更添敬意，决意和他结为好友。

社会上出现了一位人称「黑斗笠」的杀人魔头，专杀维新志士出身的政府高官，而且在杀人前一定先送信通知准被害者，一时间，风声鹤唳，人心惶惶。剑心受警方之托到某高官府邸等待杀手「黑斗笠」刃卫的出现；黑斗笠认出剑心就是幕府末期的冷血杀手拔刀斋，於是改变目标，剑心反而成了「黑斗笠」下次的狙杀对象。

为了营救被「黑斗笠」劫持的小薰，剑心依约来到指定的决斗场所，但仍不愿开戒杀人，而被黑斗笠所击伤。然而黑斗笠处心积虑要剑心回复到以前的杀手身份，要和真正的「拔刀斋千人斩」一较高下，於是向一旁的小薰展以密技「心之一术」，令小薰濒临死境。剑心怒不可遏，潜藏的杀气爆发，随即制住敌手，欲下手杀人，紧急中，小薰拼命发声喝止，让剑心免於破了杀戒。然而，偏激孤执的黑斗笠却不领情而拔剑自尽。

剑心和左之助无意间救获一名被歹徒追杀的神秘女子高荷惠，才知她所得罪的是巨商武田观柳。观柳命密探头子苍紫派人去把她自神谷道场抓回来，苍紫於是命手下恶见前往处理，恶见派出喷火高手「丑男」前去要人，然而在一阵决斗後，「丑男」被左之助打败。恶见心有不甘，於是放暗器想致小惠於死地，不料弥彦却挺身出来挡了这一记毒标，小命奄奄一息‧‧‧。

原来神秘女郎小惠乃出身於会津的医药世家，父亲是一代名医，因为会津大战不幸丧生，母亲和两位哥哥也下落不明。富商武田观柳实为军火贩子，他为求财富，不择手段，胁迫小惠制造鸦片，图谋厚利。小惠不愿辱没门风制造鸦片害人，遂逃出观柳之处，而中途为剑心所救。然而观柳却不肯放手，威胁小惠乖乖回去，否则派人放火烧了道场。小惠不愿殃及无辜，遂不告而别，重回观柳处。这厢剑心等人却决意把小惠救出虎口。

剑心等人为了营救小惠，决定硬闯观柳邸。观柳知道剑心就是拔刀斋，欲重金收买想为贴身护卫，反而惹火了剑心。狡诈的观柳提出一个小时後交出小惠兔脱而去。一小时之後，赫然惊觉密探头子--苍紫所率领的御庭番众已经在屋内设好层层关卡，严阵以待。剑心等人一一硬闯，最後终於来到苍紫面前。苍紫不愧为江户城御庭番众的头目，几招之内便将剑心打得口吐鲜血‧‧‧。

剑心等人闯进观柳邸救小惠，连过几关後，剑心终於和头目苍紫正式交手。起初剑心处於下风，後来终於打败了苍紫，苍紫要求剑心一刀将他了结，四个御庭番众部下都出来劝阻，但苍紫依然执意要求剑心的最後一刀。然而下定决心不再杀人的剑心，还是没有杀他。後来，观柳见苍紫和御庭番众都不再听命於他，於是一怒之下抬出机关枪拼命的扫射，四个御庭番众全部葬生在枪口下，最後剑心一剑毁了机关枪把手，才救了其馀的人。小惠被救出後到玄齐大夫处继续学医术，立志成为一个好医生。

神谷活心流道场的首席弟子明神弥彦(整个道场也只有这个弟子)，自从师拜小薰後，勤练神谷活心流剑术。一天在河边练剑，遇到一位好心的小燕姑娘，帮他绑断了的鞋带，弥彦来不及道谢，小燕就走了。一天道场的夥伴到红屋去吃饭，恰巧小燕也在这里工作，弥彦连忙赶过去道谢。就在此时，发现小燕有难，便挺身前去相救，不料反却被混混打得鼻青脸肿。事後，弥彦请教剑心以寡敌众的方法，再度和混混们交手，终於打败了混混，救小燕脱离魔手。

虎丸是一名相扑力士，因为潜力雄厚，被位居大关的师兄千两山忌妒，不择手段当他赶出相扑场。後来遇到好心的小薰收容他，还陪他一起练相扑。千两山知道虎丸没有放弃相扑，反而在剑道场加紧练习，遂萌生歹念欲将虎丸除之而後快。小薰为了保护虎丸，独力对付一群相扑力士，力士推倒石灯打算压死小薰，却被虎丸一掌推开。後来剑心和左之助赶到，摆平了其他力士，让千两山和虎丸单独较量，虎丸果然发挥实力打败了千两山‧‧‧。

玄齐大夫不慎扭到腰卧床休息，小惠於是代替玄齐看病，因为是个女医生，病人多少都怀疑她的医术，但小惠依然秉持仁医救人。一天，卍字帮的坏蛋和雷光联手，以假法术假病人诈骗村人，许多病人因而花大钱改找雷光大师看病。剑心等人看出这个骗局，直捣卍字帮巢穴，打得一帮人落花流水，救出了命在旦危的病人，破了这场骗局。雷光还突然大叫肚子痛，恳求小惠高抬贵手救他，弄得众人啼笑皆非。

社会上出现一群自称『神风队』的暗杀集团专杀一些贪官污吏，自许为正义之士。然而神风队的背後其实是位野心高官为铲除异己所利用之工具。神风队的东马队长心性偏激，苦逼早已退隐的师兄--私塾平八郎老师再度握剑杀人。......就当平八郎即将再度握剑杀人时，左之助和剑心出面阻止了他，并且打退了神风队。

东马受到野心政客桥爪的利用，组织了神风队暗杀集团，专门暗杀和桥爪对立的军政官员，而曾任京都巡查组的平八郎，以及陆军大臣山县将军，甚至绯村剑心都在名单之内，而平八郎更是以前东马的同门师兄。剑心得知这个消息後，前去阻止东马杀害陆军大臣，谁知东马执迷不悟，硬要和剑心过招，却一招就被剑心击倒；师兄平八郎也出面苦劝东马，放下屠刀接受法律制裁，而东马知道他被政客利用後，也十分懊悔，甘心接受法律制裁。

剑心等人上街逛街，遇见一个「惠比须炮弹术团」，此乃类似特技表演团，里面有个少女进入大炮里，然後由大炮射出直飞靶心的特技。由於惊险刺激，吸引了许多观众。然而隔壁的传统特技表演却无人问津，引来老板墨田的妒意，设计加害炮弹术团的团长，害他受重伤无法演出。後来因剑心等人出手搭救，还在舞台上表演了剑心的飞天御剑流剑法，将墨田手下一干为非作歹的特技演员打得落花流水，表演得以顺利演出，并且得到观众的鼓掌叫好，最後也将墨田送进了警察局。

弥彦凭着一把竹剑赶走在赤别户牛肉锅店行抢的强盗，事後自信满满，一直希望小薰跟剑心答应他使用真剑。但真剑容易伤人，剑心始终觉得不是好主意。一天，坏蛋伍兵卫又买通杀手想要剑心的命，蒙骗弥彦取出逆刃刀，并翻脸挟持弥彦，要剑心前来赎人。剑心为救弥彦，手无寸铁前往指定地点赴约，杀手施展法术将剑心困住，准备一举取下剑心的首级。‧‧‧‧‧‧危急中，弥彦挣脱捆绑，火速将逆刃刀送去给剑心，剑心终於轻松地擒下歹徒。

剑心等人到了伊豆花婆婆(玄齐大夫之妹)家度假，认识了当地望族之子--冢山由太郎。由太郎自小父母双亡，五岁便成了一家之主，傲慢的个性下却不失少年的正直之心。由太郎一直希望找个像他父亲一样厉害的师父习剑，碰巧遇上野心家雷十太带着真古流的同志来到伊豆企图在此独立建国，由太郎心仪他的剑术，遂拜雷十太为师。於是，雷十太趁机将真古流的同志带进冢山邸，筹谋建国计画。剑心得知消息後，十分担心由太郎的安危，一天终於和雷十太等人对上，为了救由太郎，败在真古流四大天王之手‧‧‧。

剑心击败雷十太一群人，从河里救出由太郎。然而由太郎醒来後并不由衷感谢剑心，只是嚷着要回家。弥彦知道他现在回家很危险，於是放话要由太郎打赢他才能回去，由太郎根本从未好好练过剑，虽然手持真剑，依然败在弥彦的竹剑下。小薰很欣赏少年由太郎，决定教他神谷活心流剑法，由太郎亦发愤习剑，企图在三天内击败弥彦。 ... 三天後，陆军包围了冢山邸，准备一举击溃真古流一帮人，由太郎得到这个消息後，匆匆赶回邸里。剑心等人也赶过去准备阻止这场战争，然而当他们抵达时已经开战了‧‧‧。

野心勃勃的雷十太率领旗下真谷流同志，与明治政府大批军警，双方於冢山砥开始一场厮杀，无数人因此丧命。剑心等人赶到为阻止双方继续残杀，决定和雷十太单打独斗一决胜负，以避免更多的流血发生。当剑心和雷十太准备过招时，由太郎出面相劝，雷十太不仅不与理会，还出手伤了由太郎，剑心看了十分愤怒，破了雷十太的秘剑饭纲，也把他给杀了。然而由太郎的右手因此无法练剑，决心前往德国找学医的叔叔疗伤。

明治初年，日本第一次从英国引进了蒸汽火车，当东京的新桥站到横滨站通车後，剑心和小薰等人也来坐火车，然而当时因为民智未开，许多人依然视火车为庞然怪物，左之助就是其中一个，吓得他在车上直打哆嗦。火车上遇见了一个盗贼集团想劫走商人的金币，还好剑心等人仗义相助才打退了盗贼，商人还送剑心金币以表谢意。到了横滨後，小薰提议大家拍照留念，然而照相这种新技术未能被大家普遍接受，甚至传言照相机是恶魔的机器，会把人的灵魂吸走，而左之助更是深信不疑，打死不肯拍照，最後还是在小薰的压迫下勉强拍了。

进藤带刀原是维新志士，维新後成了警察的高级干部，十年前他嫁祸给赤报队，害得赤报队被政府军给杀了，而左之助和月冈克浩就是当初赤报队幸存下来的两人。十年後，左之助再度重逢，克浩化名为月冈津南，成了一位很受欢迎的浮世绘画师，两人唯一不同的是，左之助遇见剑心之後已经放弃报仇；但是克浩这十年来却一直在准备报仇的工作。此时，进藤又率手下冒名赤报队馀党，四处烧杀抢掠，最後被左之助和克浩查出，两人联手把进藤的巢穴给毁了。

左之助和以前赤报队的同志月冈重逢，月冈花了十年的时间制造了许多炸弹，准备推翻明治政府，邀左之助一起参与行动，左之助明知事不可为，但为当年的同志之谊愿舍命相陪。为了答谢神谷道场好友对他的照顾，摆了一桌酒菜欢宴好友，众人未察觉这是生死离别宴，唯独剑心。当大家都酒醉入睡後，左之助和月冈会合，前往内务省，准备从内务省开始下手。不料，剑心早已恭候多时，誓死阻止他俩的复仇暴行。左之助为了月冈，再度和剑心过招，却也再度输给剑心，并且受了重伤，月冈为了帮左之助疗伤，只好终止这场行动。

剑心、左之助及弥彦三个人整天无所事事，完全没有收入，就靠小薰一个人教剑赚钱养他们，有一天终於穷到要三男个人分吃一条鱼，却还对小薰发牢骚，小薰气不过骂了他们一顿，三个男人只要外出找工作。结果他们来到一艘船上当保镖，保护船货免得被海盗抢走，上工那一天居然发现小薰也在船上当厨娘。後来船只果然遇到海盗「海龙」的袭击， ‧‧‧剑心为了救小薰，自愿和小薰交换，让海盗把他抓走‧‧‧。

剑心被女头目朱罗绑回海盗窝，原抱着必死的决心来到了海盗岛。然而朱罗却无意下杀手，只要求跟剑心再比试一次，因为剑心在刚才的一战中，故意对她手下留情。然而剑心却无意和她过招，因为她救了小薰一命，而且本质上她并不是个穷凶恶极的坏女孩，只是继承父业於趾高气扬。後来，朱罗手下的海盗造反，联合起来打算杀死朱罗，剑心挣脱绳索挺身相救，却不幸双双跌入深谷中，身死未明。

银丈等人不服朱罗的领导，群起反抗想致朱罗於死地，还好有剑心和忠心耿耿的猿次郎救了她。朱罗伤势稍愈後，请剑心带猿次郎和岩藏伯离开海盗岛，独自回村里找银丈算帐，银丈的武功在朱罗之下，没几招就被朱罗打败了，跪着求朱罗饶他一命，就在朱罗心软的时候银丈偷袭她的旧伤，将朱罗撂倒在地。此时，剑心出现了，使出飞天御剑流龙槌闪，一招便将银丈打败了。手下见银丈输了很不甘心，居然拿出弹炮对付剑心，却不慎引起了弹药库的爆炸，把整个岛都烧成了灰烬。此时，小薰等人也赶到了，和剑心带着受伤的朱罗乘船逃离了海盗岛。

幕府末期京都新撰组的高手齐藤一，在明治初年出现在东京了，现在他是警政署的警官，却也以暗杀为副业。剑心在京都时曾经几次和他交手，但都未分出胜负，可见他的武功与剑心在伯仲之间。而这次，齐藤被小人以重酬雇来来杀死剑心，因为对手是剑心，他也乐意接下这份差事。然而当他第一天去神谷道场找剑心时，恰巧剑心等人全出去了，只有一个来吃白饭的左之助坐在门口。左之助看出齐藤有异，一言不和就打起来了，却被齐藤打成重伤。事後剑心看了左之助的伤势，知道是齐藤干的，觉得十分不安，他怀疑自己如果坚持不开杀戒，是否能敌得过齐藤‧‧‧。

剑心的宿敌新撰组的第一杀手齐藤一，在十年後终於又找上剑心了。他看到现在的剑心已经不再杀人，以往的杀人剑只用来保护身边的人，使得他十分焦虑愤怒，决定逼剑心一比高下，趁剑心在对付赤木的时候，以警官的身分进驻道场等待剑心回来。剑心解决赤木回来後，看见化名藤田五郎的齐藤一正坐大厅里，马上警觉到事情不妙。然而剑心眼见这场打斗是无法避免，便叫好友们让开与齐藤对打，然而在第一回，剑心的飞天御剑流龙槌闪居然败在齐藤的「对空牙突」之下，并且受了伤‧‧‧。

齐藤一和绯村剑心在十年後终於又对上了。然而这十年来剑心已经成为一个不杀人的浪人，剑法也不若以前俐落，所以跟齐藤过招时，总是处於下风，还因此身受重伤。然而拔刀斋终归是拔刀斋，剑心在为了保护好友的情况下，终於被迫激出原本的杀手本能，出剑毫不留情，剑剑直逼对方要害，使得齐藤也没有占上风，一样受了重伤。就在最後一回合决定胜负时，内务大臣大久保赶到了，即使阻止了这一场无谓的争斗，因为齐藤是被大久保派来探测剑心现在的实力，准备请剑心走一趟京都，杀掉恶魔志志雄真实。剑心在知道真相後十分犹豫，然而周遭的好友都不让剑心去京都。无奈之下，大久保只得请剑心仔细考虑，下次再来听他的回覆。

终于到了该给大久保大臣回复的日子了。这一天剑心的好友们个个都非常紧张，深怕剑心会决定离开他们到京都去，小惠甚至准备了锁链想把剑心绑起来，真的绑不住的时候还准备灌他迷幻药。然而剑心依然出门去找大久保了。不料大久保在前往开会的途中，遭到了志志雄手下濑田宗次郎的暗杀，当场身亡。消息传来全国十分震惊，民众甚至开始恐慌起来，深怕政局会再度混乱，内战会再度发生。然而考虑到日本的未来，大久保的死使得剑心更下定决心重回京都，以铲除幕末余孽志志雄真实。剑心终于告别了神谷道场的伙伴们，以及心爱的小薰。

剑心不告而别，独自前往京都，只对小薰当面说了再见。剑心走後，小薰像失了魂般的茶不思饭不想，整日以泪洗面，连牛肉火锅店的阿妙和小燕带吃的来探望她，都还要受她的气，後来经过小惠和弥彦的开导，小薰终於化眼泪为勇气，准备前往京都寻找剑心。令一方面，左之助气剑心的不告而别，其实是担心剑心在京都可能需要帮忙，於是向好友月冈克浩借了盘缠，也随後往京都前去。唯有身为医生的小惠，因为有许多病患需要她照顾，只好忍泪留在东京，耐心等待剑心的归来。

小薰和弥彦终於启程前往京都了，好友们都到河边送他们，希望他们早日把剑心劝回来。而提早出发的左之助，一边赶路一边练武功，把自己弄得心急如焚，最後还在山里迷路了，不知道京都到底在何方。另外复出的御庭番众头目四乃森仓紫，又找上了神谷道场，准备找剑心一决胜负摘下最强的头衔，谁知剑心已经在京都的路上，被在虎视眈眈的志志雄手下盯上了，先派人试探他的实力，然後准备收买他为志志雄卖命。一代豪杰仓紫原本不屑跟志志雄挂钩，可是想到死去的夥伴们，也准备走一趟京都和志志雄联手除掉剑心。

剑心在京都的路上，遇见一位用美色沿路打劫的少女卷田操，虽然小操打劫的对象是盗匪，依然被剑心给劝阻，将劫来的银两原封送还失主，并且帮小操打退了那帮盗匪。小操也在回京都的路上，正好可以和剑心同行，但是剑心深知此趟京都之旅，随时都可能遭人袭击，拼命的想摆脱小操的跟随，偏偏小操和御庭番众有一段渊源，得知道剑心曾与他们交过手，苦苦追问御庭番众的下落，剑心迟迟不肯回答，不死心的小操於是更跟定了他。剑心无奈之下只好答应她的跟随，只要她假装不认识剑心，以免惹祸上身。

剑心和少女小操一路往京都前进，沿途上小操不断设计想套剑心说出仓紫和御庭番众的事，奈何剑心守口如瓶硬是不肯说。接着两人来到了一个村外，发现村民三岛荣一郎浑身是血奄奄一息，手里还抱着弟弟荣次，由荣一郎的口中获知，整个村子已经被志志雄的手下所占据，而政府已经弃守这个村子，成了志志雄的领土，村民要是想脱逃就会被杀死，而志志雄现在也在村里。剑心帮荣次埋葬家人的屍体後，和随後赶到齐藤一起前去找志志雄，而志志雄听到风声，也已经有所准备。

志志雄真实终於让剑心和齐藤给找上了，并且说出他想称霸天下的志向，却无法得到剑心二人的支持，於是一场决斗在所难免。志志雄为了看清剑心招数，首先派出尖角来对付他，尖角是个大块头的人，力大无穷而且速度也十分神速。当剑心看出志志雄的伎俩後，故意不肯出招，只一味快速的跑给尖角追，跟他玩捉迷藏的游戏，後来尖角巨大的身体终於承受不了快速移动时，一转身变把自的脚扭断了。志志雄看了十分生气，放话要把尖角杀掉，剑心不忍，终於使出飞天御剑流龙翔闪，将尖角打伤在地，却也救了他一条命。

剑心打败尖角後，志志雄继而派出宗次郎挑战剑心，而宗次郎也是用剑高手，人称「天剑」宗次郎，也就是他暗杀了身手不凡大久保利通。可是外表稚气纯真的样子，甚至与人过招时也也没有半点杀气，使得剑心完全摸不透他，只得先发制人采取主动攻击。然而两人的决斗就在拔刀的瞬间‧‧‧

迷路的左之助走着走着在山里遇见了一位修行僧，这位修行僧自称「破戒僧」名叫悠久山安慈在山里苦修十年，创出了一种致命的拳法「双重的极致」。左之助对这个绝招十分着迷，恳求安慈一定要传授他。安慈於是把道理说给他听，并且要他在一个月之内练成，否则就要将他打死。自信的左之助扬言要在一星期内练成，不料此拳法果然困难，左之助历经辛苦，梦中遇见相乐队长，突然悟出拳法的诀窍，练成「双重的极致」，才继续赶往京都，寻找剑心。

剑心终於来到京都，落脚在小操家，小操家是一家高级餐馆，名叫葵屋料亭。而小操的爷爷翁老也是御庭番众出身，在幕末时期出任京都的密探头子，翁老不愿见京都被志志雄一帮人毁掉，决心助剑心一臂之力。首先找到了打造逆刃刀的刀匠新井赤空的儿子青空，拜托青空重新打造一把逆刃。然而，青空不愿再制造杀人刀器，剑心亦不忍强人所难。不过赤空死後尚留下一把刀，消息被志志雄手下「猎刀张」知道後，掳走青空稚子为胁，准备强夺那把名匠之刀。

剑心为了救青空之子伊织，不惜带着他的断剑前往神社找猎刀张要人，当猎刀张知道他就是千人斩拔刀斋时，明明知道剑心的逆刃刀已经断了，依然苦苦相逼想要跟剑心一决胜负。剑心只得用刀鞘和拳法对付他，当然不是猎刀张的对手，後来当猎刀张要伤及伊织时，父亲赶紧前往神社取出另一把逆刃刀「真打」，这也是斥空留下来的最後一把刀，青空将他送给剑心，终於制服了猎刀张。剑心不愿再连累任何人，也离开了小操家，然而小操随後追去，却在大街上遇见了小薰和弥彦‧‧‧。

阔别师父十五年，剑心终於又见到了教他飞天御剑流的师父﹣比古清十郎。清十郎是唯一全部习得飞天御剑流的人，也是现阶段飞天御剑流的继承人。十五年前幕末乱世，剑心不忍看着人们受战乱之苦，在最後的精髓尚未练成前便下山去救助人们；十五年後为了对付志志雄真实，再度回师门求教。小薰和弥彦亦来到山上，见到了剑心，再度重逢，剑心忧喜参半，担心二人之安危。

御庭番众的大头目四乃森苍紫，终於跟志志雄会面了。苍紫为了替死去的夥伴们冠上最强的头衔，不惜投靠志志雄，出卖京都分部葵屋的人让志志雄的手下去袭击翁老等人，只为取得剑心的下落。袭击虽然没有成功，却把翁老给惹火了，决定亲自出马收拾苍紫这个叛徒。小操得知後，火速前往阻止，却只见翁老奄奄一息，小操大受刺激，决定断绝情念，自立为御庭番众新头目，打算与剑心联手除掉志志雄及苍紫等人。

剑心为了对付志志雄那帮人回去找师父比古清十郎，要求授予「飞天御剑流」的精髓。经过几天的过招试炼，清十郎终於答应把精髓传授给他。首先清十郎教他飞天御剑流的九头龙闪，聪颖的剑心一学就学会了，但是因为腕力跟体重的关系，同样是九头龙闪却败在清十郎的剑下。

剑心习得飞天御剑流的精髓天翔龙闪，却将师父比古清十郎杀成重伤，剑心急忙找出以前师父为他疗伤的药方替师父疗伤，却不知是否能救回师父性命。第二天，清十郎终於醒来了，而且看起来并无大碍，原因并不在药方，而在剑心使用的逆刃刀真打，由於赤空的精心设计，使得这把刀在使用时会削弱用剑者的力道，才挽回清十郎的性命，剑心告别师父下山欲铲除志志雄等人。而志志雄这方面也集结了十本刀的九位高手，准备放火烧掉京都，也烧掉以前残害他的维新志士。

剑心终於跟齐藤、左之助会合，和警方合作开始展开围剿志志雄的行动。首先他们探出志志雄打算在夜里放火烧掉京都，於是联络御庭番众的新头目小操，立即飞鸽传书通知散布在全京都的御庭番众，和民众联手防范火灾的发生，终於阻止了京都大火。另一方面，志志雄带着手下亲信，搭乘「炼狱号」军舰准备开往东京，炮击东京，这个计画也被剑心识破，众人立刻赶到港边阻止志志雄出航，然而炼狱号的火力实在太强了‧‧‧。

志志雄展现他巨资建造的铁甲战舰「炼狱号」，准备用舰上的炮火轰死剑心他们，然而此时，左之助拼死将克浩送给他的炸弹丢进舰上，炸毁了炉锅室，引爆了弹药库，船也开始下沈了。由於志志雄的轻敌，使他火烧京都和炮击东京的计画双双失败。临走前，志志雄约剑心等人在比叡山大本营一决胜负，剑心也接受了，然而这一次剑心不再死斗，他答应小薰要活着跟大家一起回东京。

剑心一行三人终於来到志志雄的大本营，打算十本刀一决胜负。志志雄采纳方治的建言，留下盲剑宇水，明王安慈及天剑宗次郎三名高手出面迎战，剩下的六名十本刀则派往葵屋赶尽杀绝。剑心等人到了之後，由志志雄的亲信由美出面迎接，决斗方式采一对一，其馀的人只能观战不能插手，然而剑心下了一个但书，他只答应决斗但不允许有互相惨杀的情况出现，否则他必定出手干与。第一战由左之助出战安慈，两人的绝招都是「双重的极致」，然而左之助师承安慈，力道自然不能跟安慈相比，最後左之助凭他的聪明胆识，终於把安慈打倒在地，不料安慈却又站了起来‧‧‧。

左之助对安慈，「双重的极致」的决斗。两个人都打到遍体鳞伤，却依然没有人肯认输倒下去，後来安慈到出了他为什麽成为不动明王的悲惨过去，左之助听了十分痛心，因为这跟他十年前的遭遇十分类似，若不是遇见了剑心，他现在可能也跟安慈一样，变成一个丑陋仇恨的极端份子。左之助於是劝安慈想想那些死去的孩子们，安慈突然恍然大悟知道自己作错事，结束了这场打斗，并且告诉剑心等人，其馀的十本刀已经前去杀害葵屋的人，剑心虽然担心，却也决定尽快把比斗结束。下一个要面对敌手是剑术超群的盲剑宇水‧‧‧。

剑心等三人出战十本刀，第一战左之助赢了安慈和尚，并且唤醒了安慈原本的慈悲之心。第二战十本刀派出的高手是盲剑宇水，由齐藤出战，而剑心跟左之助赶去第三个人。宇水和齐藤之战，起初齐藤居於下风，连被宇水刺中两剑，後来齐藤使出牙突绝招，终於一剑夺下宇水的性命。另一方面，其他的十本刀趁剑心不在时，带着一百五十名士兵袭击葵屋，因为翁老受伤未愈不能亲自迎战，於是坐镇屋内指挥，派小操与御庭番众的人及小薰弥彦出去迎战，展开一场敌众我寡之战。而剑心与左之助赶往第三战时，在走廊上发现某个房间有异，而四乃森苍紫就在房内‧‧‧。

剑心和左之助在前往第三战的途中发现了四乃森苍紫，剑心曾答应小操要把苍紫带回去，之前也答应苍紫要跟他再度一决胜负，为了履行承诺，剑心毫不犹豫的退门而进，於是剑心跟苍紫的再战便正式展开了。苍紫的剑法比以前精进很多，而剑心自然也不在话下，最後剑心打赢了苍紫，并且为苍紫解开他心中的迷思，希望他为了死去的同志勇敢的活下去，不能因为丧失活的勇气，就拿死者当藉口挥动凶刀杀人。苍紫听了剑心这番话後突然恍然大悟，想起了为他壮烈成仁的同志们‧‧‧。苍紫是否为因此放下屠刀呢？

剑心唤醒苍紫心底真正的感情後，苍紫起初觉得有点恼羞成怒，频频对剑心出手，然而剑心毫不还手，等到苍紫不再是修罗，变回以前江户城御庭番众的大头目後，剑心终於履行承诺与苍紫决一胜负，在危急之际施展飞天御剑流的精髓天翔龙闪，由於剑心的天翔龙闪已经练到可以收空自如的境界，所以没有将苍紫杀死，只将他打倒在地全身无法动弹。苍紫败得心服口服，也决定回去葵屋跟同志们道歉。

剑心施展飞天御剑流的精髓天翔龙闪制伏了四乃森苍紫，随後立即赶往第三战。然而就在此时，葵屋已经一片战火，首先是四个御庭番众被大肉球夷腕坊给制伏，接着弥彦出战蝙也，蝙也身着蝙蝠装藉着炸弹爆炸的爆风飞上半空中，在由半空中丢掷炸弹炸人，弥彦被逼得走投无路，最後以门板当翅膀跃上比蝙也更高之处，学剑心的龙槌闪一剑将他击毙。

葵屋等人联手击退十本刀的蝙也、鎌足之後，夷腕坊见情势不对也逃之夭夭，以为已经没事了，却出现了十本刀的破军两人组才槌老人与不二。然而此时葵屋等人已经战得精疲力尽满身创痍，眼看只有不战而降之际，剑心的师父比古清十郎适时赶到，与不二展开一场超人对巨人之战，最後比古清十郎以飞天御剑流的九头龙闪击败不二巨人，救了葵屋等人也完成了剑心的托付。

剑心跟宗次郎终於交手了。宗次郎是个在「喜怒哀乐」的情感中，只有「乐」的情感的人，永远都是心平气和笑咪咪的，没有人猜得出他的心思，所以剑心在与他过招的时候显得特别艰。这次交手，宗次的心思，所以剑心在与他过招的时候显得特别艰难。

宗次郎是小老婆所生的孩子，父亲去世後将他交给正室的儿子扶养。那时宗次郎还小，受尽了同父异母的兄嫂家人的虐待，於是他学会了用笑容来保护自己，不管受到什麽虐待总是笑咪咪的。後来他遇见了逃亡中的志志雄，让他躲在家中的仓库里，志雄点醒他「弱肉强食」的道理，并且把自己的剑送给他。

宗次郎一直相信志志雄「强者生存，弱者灭亡」的论调，如今面对剑心坚持「不杀」的原则，以及「剑是用来保护弱者」的论调时，感到不解与不满。为了寻求答案，宗次郎决定使出他的绝招「瞬天杀」，剑心无奈之下也只好使出」天翔龙闪」，最後剑心赢了宗次郎，但并没有杀了他。於是宗次郎找出了答案，认为剑心是对的，志志雄是错的。

绯村剑心与志志雄真实之战终於开始。同样曾经驰骋幕末时代的两个两个人，拥有着同样杀手「千人斩」的过去，挥动着同一个刀匠打造的剑，而内心却完全不同，剑心的剑在於保护弱小，志志雄的剑在於弱肉强食。为了阻止志志雄继续残害弱小，剑心决定倾出全力阻止他，第一招剑心使「龙翔闪」，被志志雄轻易地化解，因为志志雄在新月村一战已经见识过这一招。

剑心在连战苍紫与宗次郎之後，体力大量消耗，跟志志雄几招过下来明显不是志志雄的对手，後来终於被志志雄的「贰之秘剑‧红莲腕」击倒，昏死在地。接着齐藤一出现，负伤跟志志雄过招，也败在志志雄手下。左之助为报剑心之仇，使出「双重之极致」，打算与志志雄同归於尽，却也被志志雄一掌击倒。

剑心、左之助、齐藤连续被打败後，四乃森苍紫负伤挑战志志雄，使出他的绝招御庭番式小太刀二刀流「回天剑舞‧六连」，然因负伤体力不够，依然不是志志雄的对手。然而聪明如志志雄也看出苍紫冒死一博只是在拖延时间，希望剑心能够醒过来，而剑心在强韧的求生意志下终於不负所望地苏醒了。

志志雄真实对绯村剑心，「飞天御剑流精义天翔龙闪」对「终极秘剑‧火产灵神」，剑心终於打败了志志雄。然而志志雄不肯服输，撑着火热的身体继续想向剑心挑战，却被由美挡了下来。由美告诉剑心，志志雄的身体因为全身烧伤的後遗症，所有的排汗组织完全坏死，体内宿着异常的高温，只能打斗十五分钟，然而十五分钟早就超过，由美担心志志雄的身体会产生不堪设想的後果，求剑心就此罢手。

剑心终於打败志志雄，带着垂死的重伤回到葵屋，小薰立即捎信给东京的小惠，小惠也立即赶到京都为剑心疗伤。一个月之後，剑心的伤势已无大碍，一天十本刀的猎刀张又找上剑心等人，使得众人十分紧张，以为又有一场打斗。原来，被捕的猎刀张和政府私下交换条件，成为警视厅的密探，此趟前来的目的是十本刀众人的近况告诉剑心等人。

剑心伤势痊愈後，一群人准备返回东京。小惠特地把小薰叫出去，将剑心的身体状况告诉她，虽然这次把命捡回来了，如果再有类似的打斗，下次丧命可能不稀奇了，小薰听了十分震惊，决意要坚强起来当剑心最有力的求生支柱。离开京都之前，剑心到一处坟前献花悼祭，墓碑上没有刻名字，只知是十年前认识的人，师父比古清十郎随後也出现在坟前，鼓励剑心抛掉过去，迎接未来更美好的人生。

剑心和小薰等人终於回到东京神谷道场，过着和以前一样平静安和的日子，弥彦还是勤於习剑，左之助依然在这里当食客混饭吃，当然免不了要做些杂活。然而因为长久的旅行，小薰几乎已是身无分文，於是拜托剑心去河边钓鱼回来当晚餐。剑心到了河边遇见一位隐士剑客，听他谈起「祈愿萤火虫」的故事，有个女孩对着萤火虫祈愿，希望她的心上人能早日放下屠刀回到她身边。21年後，男子回来了，然而女孩却在一年前死了。

爪哇国的席恩王子来日访问，正值爪哇国王过世不久之际，所以西方列强看准了爪哇，想把它攻下当殖民地，於是买通日本国内的暗杀集团准备暗杀王子。王子第一次遭袭时，恰巧遇见剑心仗义相助而逃过一劫，但王子却因身体虚弱无法参加隔日的国宴，老侍卫见弥彦长得跟王子十分相似，於是请求弥彦扮成王子前去赴宴，剑心等人则扮成他的随从。

左之助在神社附近救了一只狗，当时这只狗已经奄奄一息，左之助立刻请小惠帮它诊治，并且为它取名「野太郎」。野太郎是只像熊一样的大狗，爱偷东西厚脸皮又爱吃，因为捡到政府机构秘密金库的钥匙，被坏人追杀才流落在外。到了神谷道场後又把剑心的逆刃刀跟丁字裤，以及小薰的新草鞋、弥彦的竹剑都咬去藏起来，气得小薰将它逐出家门。

七夕到了。好心的阿妙看剑心跟小薰的感情一直没什麽进展，想在一旁使点力撮合他们。七夕这天，阿妙一早就到神谷道场骗剑心今天是小薰的生日，叫他准备特别的礼物。谁知剑心居然跑去河边钓鱼，钓了一尾好大的鲶鱼回来，却得不到小薰的欢心，因为小薰期待着七夕这天剑心会送他一只订婚戒指向她求婚。

剑心等人回到神谷道场後过着祥和的日子。一天京都的小操来信说京都发生很可怕的事情，有人陈屍在河面，屍体上刻着西洋文字和图样。经葵屋御庭番众调查结果显示，这些人的死跟天主教徒有关，并且那个杀手也练得一身高超的飞天御剑流，并且也习会天翔龙闪。

仁志田兵卫曾是飞天御剑流门下弟子，但在最後学习天翔龙闪的时候没有成功，坠入瀑布生死未卜。十几年後有人在中国大陆见过他，才知道他人在大陆并且收了一个徒弟天草翔伍。兵卫原是天主教徒，翔伍也是天主教徒，兵卫将飞天御剑流传授给翔伍，希望翔伍能用它来发扬天主教，谁知翔伍一意想为在日本被迫害的教徒报仇，凭他习剑的天份超越师父兵卫的功力，并且自创了一招「雷龙闪」，将师父伤成失明。

剑心为了阻止天草翔伍发动宗教报复，带着小薰等人前往岛原一探究竟，途中遇见旧识荷兰领事馆的领事艾尔斯坦先生，还到领事官邸小叙。领事是一为虔诚的天主教徒，听剑心说岛原可能会有宗教之乱，立即答应剑心必定倾全力相助。

俩个同习飞天御剑流的剑客终於对上了，绯村剑心对天草翔伍。剑心决定应战是因为，飞天御剑流是用来帮助人们拯救人们的性命，而不是用来残害生灵，所以他认为翔伍没有资格使用飞天御剑流，希望让翔伍了解做人的道理。第一招，剑心使出「龙卷闪」，翔伍随後也使出「龙卷闪」，威力在剑心之上。

剑心中了天草翔伍的雷龙闪，双目失去了光明，暂时在岛原的一处破屋里疗伤，然而剑心若想恢复光明，则必须和翔伍同时使出天翔龙闪再度决战，可是以剑心目前的情况来看似乎十分困难。翔伍是个有宗教热情的人，对於同是遭受迫害的天主教信徒们怀着崇高的使命感，希望为大家建立一个上帝的国度，让大家过着幸福的日子。

鬼王其实不是虔诚的天主教徒，而是信奉恶魔的大坏蛋，他投靠翔伍只是为了实现自己的野心，在日本国内发动战乱，将政权交给荷兰人，然後自己当殖民地的国王。由於翔伍不知道他的野心，也反对和荷兰人合作，因此鬼王决定除掉翔伍，自立为大主教发动战乱。左之助及小夜发现鬼王的阴谋企图阻止他，却被鬼王关了起来，就在第二天的圣灵之日鬼王即将除掉翔伍。

鬼王背叛的阴谋被小夜等人发现後，命令属下将小夜、庄三、左之助等人关进铁牢里炸死。炸弹爆发时，庄三用身体护住小夜和左之助，自己身受重伤，小夜看了十分不忍，和左之助两人合力清除残垣想救出庄三，却被鬼王的爪牙发现，想把他们三人一网打进。

鬼王出卖翔伍等人，向县令密告翔伍将带领信徒造反，县令於是带领大批军队来到岛原，企图一举消灭这些隐藏的天主教徒。翔伍在知道被军队包围之後，向圣灵之丘的88名教徒喊话，希望他们拿起武器消灭上帝的敌人和军队作战，翔伍将带大家上天堂。信徒们在翔伍的号召之下抱着死後上天堂的必死决心奋勇和军队作战，也一一阵亡了。

剑心为了阻止天草翔伍继续让更多无辜信徒牺牲，苦劝翔伍企图唤醒他心中的善良仁慈，翔伍深知杀人之後的痛苦与愧疚，可是就是无法面对自己不是上帝只是一介凡人的事实，最後依然选择和剑心以天翔龙闪做一了结。剑心虽然双目失明，但却更能洞悉翔伍的动静，速度也比以前快很多，瞬间将翔伍击倒在地，幸好剑心使用的是逆刃刀，翔伍才不至於毙命。

剑心降伏天草翔伍之後，翔伍与信徒们即被官方押禁在看守所，信徒们可能被判流放，翔伍可能被判极刑。剑心与荷兰领事艾尔斯坦为了拯救他们四处奔走，艾尔斯坦甚至上书日本政府要求释放翔伍等人，最後日本政府为了不愿重蹈迫害宗教信仰自由的悲剧，却不能不对这帮人造成的混乱做出惩戒，最後决定取消翔伍的极刑，判他跟信徒们一起流放国外，不过要在有国家愿意收容他们的情况下。

剑心等人一路搭船返回东京，因为船只耽搁使他们不得不在下关待上三天。下关是个港都，吃不完海鲜美味，尤其河豚更是出名，剑心还吃到过敏手指发麻。後来在镇上遇见一个自称拔刀斋的彪形大汉，本名小川兵藏，仗着拔刀斋的名号在镇上仗义相助，保护民众吓阻地皮流氓的欺压，得到民众的爱戴，常常给他一些保护费。

剑心等人在回东京的路上，一路来到了箱根。箱根是个出名的温泉乡，众人於是决定在这里享受一晚，偏偏剑心把小薰托他保管的旅费搞丢了，只得求旅馆老板让他们打工还债。旅馆里住着一名学画的学生龙三郎，看见小薰後执意要为小薰作画，接着又要求小薰跟他交往，小薰委婉的拒绝了。

剑心一行人终於回到东京，在路上遇见胜海舟的弟子大五郎，大五郎是个喜爱好科学的人，当时日本的科学并不发达，於是他每天沈浸在西洋科学的翻译书籍里。这天，大五郎跟老师胜海舟外出遇见歹徒袭击，正巧剑心等人路过出手相救，事後胜海舟假装嫌大五郎没出息保护不了老师，於是叫他跟小薰习剑，学不好剑术就不准他回来。

剑心在探访胜海舟的归途上遇见歹徒埋伏，这名歹徒是「红葵」的人名叫柴田，以为剑心是胜海舟雇来来对付他们的，想把剑心除掉，事後知道剑心只是一个浪人剑客，也就没有再为难他。

明治十一年，东京下町流传「拔刀千人斩」杀手，连续於夜间出没，滥杀无辜，并自称师出神谷活心流，使得神谷道场的代理师父「神谷薰」急得四处搜寻。在误打误撞之下，神谷薰认识了浪人绯村剑心，并在其帮助下找到凶手原是当年被薰父逐出师门的比留间伍卫。「假拔刀斋事件」落幕，薰感激之馀，诚心留下浪人，央求他协助重振神谷道场。

剑心等人赶到两源寺救逸子，不料大五郎却被「红葵」首领柴田一剑刺中，当场倒地，剑心等人一气之下出手制服了所有红葵份子。之後警察居然出现了，说是有人写信去通报，有个年轻女孩被挟持在这里，而且通报信还有两封。剑心马上察觉到一封是胜海舟写的，而且胜老至今尚未前来救女儿，必定身陷险境，立刻赶往胜府一瞧究竟。

德国名医汉斯博士治好由太郎的手伤，带着由太郎一起前来日本，神谷道场的友人见到由太郎归来个个欣喜若狂，尤其弥彦更急着找由太郎比剑，後来由太郎正式入门神谷活心流，成了弥彦的师弟。然而汉斯博士此次来日其实是为了寻找「神圣灵药」，而德国的神秘组织黑骑士也随後赶到，想要夺取汉斯博士身上的地图，抢到了地图後还想把汉斯博士杀掉，幸好剑心即使赶到救了汉斯博士一命。

汉斯博士的地图虽然被黑骑士团夺走，但他已经将地图所示的灵药所在地写成一篇文章，剑心等人於是照着文章的提示来到了诹访湖。而另一方面，黑骑士团等人勾结上真田忍者的大头目御沙雉，御沙雉是位少女，答应黑骑士团将灵药找出来给他们，但是也要求黑骑士团在完成支配世界大业後将日本归她，双方达成协议结成同盟。

剑心等人为了寻找汉斯博士所说的「灵药」，来到了信州的诹访湖，巧碰遇到小操前来调查真田忍群的动向，於是便结伴同行。路上，弥彦突然肚子痛，幸好碰到一位好心的猎人相助，并且从猎人口中得知新线索，一群人便来到了龙神湖，顺着汉斯博士的文章一路找下去，终於到了最後一关，打开最後一道门。

剑心等人中了御沙雉的陷阱跌落地底洞穴，藉着左之助神拳击碎石墙才顺着地下水脉流出脱困。到了水潭边遇见被真田忍群逐出师门的忍者戒太，戒太当时身受重伤，由太郎不顾他是敌军依然出手相救，戒太感恩於是带领剑心等人走秘密通道回到原来的地方，准备抢救灵药。

剑心等人出战真田三人众，因不得其法连连败退，不仅剑心的土龙闪失灵，连左之助都受伤不轻，後来得戒太的提醒，破了蝙蝠群才降伏真田三人众。另一方面，真田忍群的大头目御沙雉依约带黑骑士团来到种满「神圣灵药」的花园，梅达斯中尉见大功告成居然想杀御沙雉过河拆桥，薛奈特少尉看不起这种背信行为，挺身保护御沙雉，却不敌梅达斯而受伤倒地。

剑心等人为了保护神圣灵药之花，和黑骑士团展开一场决斗，由於梅达斯中尉御马工夫精湛，使得剑心无法接近他而频频败退。後来梅达斯用长矛在地上画出火花，使得灵药花海变成一片火海，剑心於是使出天翔龙闪将中心变成真空引来火焰，逼得马儿开始奔窜，梅达斯终於落马坠地，到了地上的梅达斯当然不是剑心的对手。

小操留在神谷道场作客，乐得不想回京都去。这天阿增和阿近特地带来翁老的信函，催小操尽快回京都，别老待在神谷道场麻烦剑心等人，最令小操惊讶的是，苍紫居然也来了。起初小操还有点闹别扭，後来终於乖乖的跟苍紫回去，还跟小薰等人上街买了许多礼物准备送给葵屋的人。

两三百年前江户风水师的风族及水族的恩怨在今天明治时代的东京再度爆发，大街小巷发生怪事，接着就有风水师出现指点迷津，然後就是企业家出场买地设置「石敢当」，连阿妙的「赤别户」都遭鱼池之殃，一把无名火几乎烧掉整个店面，接着企业家佐伯出面请他们搬到别处经营。

大和风水的水族一派，企图破坏德川家康时代由风族摆下的「永劫之阵」，到处制造灾变收购土地，想改变龙脉的流向。如果成功整个关东地区将毁之一旦，而赤别户和神谷道场都在法阵范围之内。一天风族後裔阵风出现在神谷道场，向剑心等人说明这个事件的来龙去脉。

由於中了水族族长灵水的邪气法术，小薰的身体将会腐烂而死。而解药只有武藏野的地下龙脉泉水。剑心与阵风冒着生命危险来到武藏野，在隧道里突破层层障碍後终於找到泉水，却发现龙脉之气已经被水族歹徒所利用，并且朝着东京府内前进，意图毁坏着名的德川家。

剑心与阵风终於取回龙脉泉水，救回小薰的性命。二人随即又启程转往日光东照宫，欲找寻改变龙脉流向的地点，以拯救整个东京。然而，关键所在却是德川家康所留下来的一枚翡翠纹章。该纹章原本被嵌在家康灵庙的阳明门上，当剑心寻到时却已遭人掉包。

剑心、阵风、左之助三人赶到战场之原，企图阻止灵水发动「玉座之阵」来操纵龙脉行凶。由於剑心和左之助进不了结界，只剩阵风和灵水二人展开一场「风与水的决斗」。最後，灵水身亡，但佐伯依然操纵着「玉座之阵」，而阵风已身负重伤，於是只能靠剑心和左之助独力破除「石敢当」毁掉「玉座之阵」。